genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73731500--73731673	89	2.0	89	94	0	303	31	14	28	25	1.95
73733648--73733694	21	2.3	20	85	3	58	38	17	0	44	1.48
73735133--73735169	18	2.1	18	90	10	58	29	2	45	21	1.65
73735593--73735658	16	4.1	16	88	0	96	42	4	27	25	1.74
73735837--73735983	59	2.5	59	88	5	217	53	2	0	44	1.15
73740498--73740523	6	4.3	6	100	0	52	34	15	15	34	1.89
73749566--73749735	93	1.8	92	93	1	295	21	21	28	27	1.99
73749570--73749740	46	3.7	46	77	14	199	22	21	28	28	1.99
73753870--73753995	46	2.8	45	83	8	148	28	18	28	24	1.98
73754107--73754311	49	4.3	49	67	13	138	27	22	25	23	2.00
73754017--73754320	142	2.1	142	98	0	590	26	21	26	24	1.99
73757370--73757585	47	4.6	47	87	7	289	26	20	29	24	1.99
73764866--73764944	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
73765063--73766241	47	25.1	47	97	0	2133	29	28	8	33	1.87
73770067--73770238	49	3.5	49	86	1	220	26	20	30	23	1.98
73779807--73780031	40	5.6	41	78	1	215	25	23	26	24	2.00
73785717--73785755	8	4.5	8	84	15	51	25	2	2	69	1.14
73797086--73797969	31	28.5	31	98	0	1689	29	25	12	31	1.93
73797992--73798083	42	2.2	42	88	0	130	33	20	15	30	1.93
73798229--73798300	26	2.8	26	93	2	119	26	23	23	26	2.00
73798348--73798400	20	2.7	20	96	0	97	30	16	11	41	1.84
73799125--73799188	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73799242--73799349	27	3.9	27	75	13	94	30	8	19	41	1.81
73799305--73799455	27	5.6	27	87	4	191	27	7	22	41	1.81
73799330--73799488	54	2.9	54	84	3	205	28	10	21	38	1.87
73799306--73799455	81	1.9	81	87	5	223	28	8	22	42	1.81
73799305--73799488	81	2.3	81	82	7	214	28	10	21	40	1.86
73799326--73799495	27	6.3	27	78	13	136	28	11	22	37	1.88
73799487--73799684	27	7.3	27	86	2	254	39	7	23	29	1.81
73799487--73799684	81	2.4	81	90	0	306	39	7	23	29	1.81
73816959--73816984	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
73821511--73821549	17	2.3	17	90	0	60	10	17	0	71	1.12
73822245--73822290	23	1.9	25	86	8	69	47	4	8	39	1.54
73822349--73822405	9	6.2	9	72	11	53	28	3	1	66	1.18
73822374--73822406	10	3.3	10	95	0	57	24	3	0	72	0.98
73822319--73822406	20	4.6	19	68	13	65	30	4	1	63	1.21
73822381--73822414	11	3.2	11	91	4	52	29	0	0	70	0.87
73822381--73822426	21	2.2	21	84	3	58	28	2	2	67	1.14
73825421--73825455	16	2.2	16	100	0	70	45	25	5	22	1.74
73829811--73829886	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
73831079--73831223	40	3.6	40	87	0	200	26	24	26	22	2.00
73831627--73832207	290	2.0	290	99	0	1153	25	16	22	35	1.94
73833386--73833535	50	3.0	49	87	1	203	26	26	20	27	1.99
73836755--73836972	47	4.7	47	79	12	227	26	30	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73836754--73837065	95	3.3	92	80	8	314	25	30	17	25	1.97
73836753--73837065	142	2.2	139	80	6	337	25	30	18	25	1.98
73839717--73839860	50	2.9	50	92	0	225	27	27	20	25	1.99
73858388--73858434	24	2.0	24	100	0	94	29	12	17	40	1.86
73859158--73859192	13	2.7	13	90	0	52	8	25	40	25	1.84
73863036--73863316	39	7.2	39	88	0	409	24	22	28	23	1.99
73863032--73863316	117	2.4	117	92	0	482	24	22	28	24	1.99
73869881--73869928	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
73870198--73870337	41	3.5	40	86	3	167	33	26	15	24	1.95
73870179--73870337	40	4.0	41	85	2	207	33	27	15	23	1.94
73873896--73874127	48	4.9	47	74	10	175	26	31	18	24	1.97
73879014--73879184	46	3.7	46	77	14	197	27	19	29	23	1.98
73881722--73881864	40	3.6	40	93	1	225	20	24	29	25	1.99
73889090--73889291	53	3.8	55	82	10	228	21	25	16	36	1.94
73895829--73896030	55	3.8	54	83	5	225	23	25	15	35	1.94
73899748--73900003	40	6.5	40	87	4	333	26	27	23	22	1.99
73899748--73900003	78	3.2	79	85	4	304	26	27	23	22	1.99
73899746--73899997	118	2.1	119	87	3	357	27	26	22	23	1.99
73903741--73903934	40	4.8	40	92	0	316	25	22	29	22	1.99
73906840--73907227	194	2.0	194	98	0	749	18	18	26	36	1.94
73914328--73914373	17	2.7	17	93	0	83	19	50	21	8	1.75
73922908--73923003	27	3.6	26	73	13	79	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73922932--73923007	27	2.8	27	80	4	82	38	25	9	27	1.86
73922989--73924053	27	39.6	27	88	2	1379	36	19	18	24	1.94
73924315--73924366	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73924315--73924881	100	5.7	100	99	0	1100	21	26	20	31	1.98
73924989--73925239	6	40.7	6	73	17	203	17	18	15	47	1.82
73924989--73925176	25	7.6	25	84	7	185	18	19	15	46	1.84
73925013--73925218	37	5.2	37	74	19	175	17	19	15	47	1.83
73924989--73925239	62	4.1	62	94	1	416	17	18	15	47	1.82
73926251--73926339	42	2.1	42	93	0	151	39	35	7	16	1.78
73927448--73927496	25	2.0	25	87	0	71	42	0	12	44	1.41
73927771--73927854	43	1.9	43	82	2	105	52	4	22	20	1.65
73931808--73931938	66	2.0	66	96	0	244	35	12	20	31	1.90
73932904--73933003	28	3.6	28	75	10	105	29	18	28	25	1.98
73932879--73933002	56	2.2	56	88	0	176	28	16	29	25	1.97
73932902--73933038	56	2.4	56	80	7	145	28	17	29	24	1.97
73933111--73933179	32	2.2	32	91	0	111	37	7	23	31	1.82
73938698--73938787	28	3.2	28	66	25	80	35	2	22	40	1.66
73938684--73938798	57	2.0	57	98	0	221	35	3	21	39	1.71
73939212--73939338	28	4.5	28	76	3	112	27	19	29	23	1.98
73939212--73939338	56	2.3	56	88	0	182	27	19	29	23	1.98
73939239--73939338	28	3.6	28	79	0	119	29	20	27	24	1.99
73939213--73939372	56	2.9	55	81	8	164	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73939415--73939513	32	3.1	32	89	2	110	37	9	24	29	1.86
73945459--73945519	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
73948821--73948873	27	2.0	27	81	7	63	52	1	24	20	1.56
73948822--73948903	43	1.9	43	92	0	137	53	1	24	20	1.53
73950836--73950873	20	1.9	20	94	0	67	23	23	0	52	1.47
73968608--73968634	11	2.5	11	100	0	54	40	29	0	29	1.57
73973838--73974009	93	1.8	93	93	0	299	28	28	21	21	1.99
73973831--73974006	46	3.8	46	77	12	198	29	28	21	21	1.98
73978716--73978768	26	2.0	26	96	0	97	24	15	7	52	1.68
73981319--73981490	93	1.8	93	92	2	292	27	29	20	21	1.98
73981312--73981487	46	3.8	46	77	14	191	28	29	20	21	1.98
73981363--73981506	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
73982801--73982985	50	3.7	50	84	1	228	29	27	17	25	1.97
73982802--73982985	101	1.8	99	87	2	269	29	27	17	25	1.97
73994316--73994468	29	5.3	29	79	7	132	39	12	25	22	1.89
73994369--73994507	29	4.8	29	81	3	127	39	12	23	23	1.90
73994337--73994500	87	1.9	87	84	5	224	40	12	24	23	1.88
74002098--74002208	56	2.0	56	96	0	204	22	13	27	36	1.92
74005591--74005681	44	2.1	42	86	8	121	23	19	27	29	1.98
74007083--74007265	79	2.3	80	85	7	239	25	27	22	24	2.00
74007081--74007265	40	4.7	40	82	7	234	25	28	22	23	2.00
74010640--74010766	64	2.0	64	96	0	236	41	9	23	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74015985--74016123	42	3.2	43	75	10	106	28	19	23	28	1.98
74018292--74018346	17	3.2	17	81	2	65	16	45	25	12	1.83
74024174--74024237	25	2.9	21	75	20	67	34	14	12	39	1.83
74025172--74025210	6	6.3	6	82	5	51	46	2	17	33	1.62
74027144--74027320	40	4.4	40	84	4	234	23	22	28	26	1.99
74030008--74030036	15	1.9	15	100	0	58	55	0	6	37	1.27
74030799--74030847	25	2.0	25	87	0	71	42	0	12	44	1.41
74044581--74044838	40	6.5	40	86	4	335	25	27	20	26	1.99
74044581--74044838	119	2.2	120	85	4	344	25	27	20	26	1.99
74058928--74059185	40	6.5	40	89	4	353	24	21	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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