genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78264364--78264433	35	2.0	35	100	0	140	48	11	20	20	1.79
78268880--78268987	3	36.0	3	98	0	207	66	0	0	32	0.98
78272610--78272661	27	1.9	27	100	0	104	23	17	0	59	1.37
78275542--78275585	22	2.0	22	90	0	70	40	0	2	56	1.11
78277802--78277878	39	2.0	39	94	0	136	42	11	10	35	1.76
78278525--78278575	25	2.0	25	100	0	102	27	15	15	41	1.88
78279678--78279842	82	2.0	81	95	1	294	35	12	26	25	1.91
78283161--78283242	41	2.0	41	97	0	155	31	13	12	42	1.81
78285880--78285943	31	2.1	31	87	0	92	21	21	17	39	1.93
78286162--78286305	25	5.9	25	93	1	222	29	21	20	28	1.98
78286356--78286422	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
78286356--78286411	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
78292434--78292618	79	2.3	82	85	7	247	25	27	22	23	2.00
78292415--78292618	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	2.00
78295316--78296436	40	28.0	40	97	0	1974	27	25	22	24	2.00
78296473--78296564	38	2.4	38	78	7	98	27	25	17	30	1.97
78305513--78305576	31	2.1	31	90	0	101	21	23	17	37	1.94
78305770--78305892	48	2.5	49	83	10	153	28	22	18	30	1.98
78305770--78305892	25	5.0	24	85	8	151	28	22	18	30	1.98
78305941--78306007	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
78305941--78305996	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
78311257--78311334	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78311287--78311614	174	1.9	174	98	0	629	30	15	24	30	1.95
78313520--78313582	32	2.0	32	93	0	108	23	4	15	55	1.59
78315033--78315949	49	18.5	49	97	2	1744	22	16	30	30	1.96
78316049--78316100	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
78323222--78324150	99	9.4	99	99	0	1840	22	16	31	30	1.95
78324239--78324290	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
78327192--78327275	23	3.5	24	77	9	73	26	21	19	33	1.97
78327229--78327285	25	2.3	25	84	6	71	28	22	19	29	1.98
78328655--78328694	20	2.0	20	85	0	53	42	17	20	20	1.89
78331014--78331055	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
78331689--78331737	25	2.0	25	88	8	73	36	2	2	59	1.21
78341526--78341649	31	4.0	31	100	0	248	32	3	16	48	1.62
78350532--78350571	21	2.0	20	85	5	53	17	40	22	20	1.92
78352628--78352738	40	2.8	40	97	0	204	19	28	20	30	1.97
78352721--78353270	275	2.0	275	99	0	1082	35	23	10	30	1.89
78364221--78364337	56	2.1	57	81	10	134	34	21	24	19	1.97
78364246--78364337	28	3.2	28	86	6	123	31	22	25	20	1.98
78364443--78364509	28	2.4	28	89	0	107	31	7	26	34	1.84
78364754--78364785	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
78366789--78366852	32	2.0	32	100	0	128	56	15	3	25	1.54
78367013--78367061	23	2.1	23	100	0	98	59	12	8	20	1.58
78374273--78374382	46	2.4	43	83	8	123	28	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78377803--78377982	89	2.0	89	86	2	254	38	17	16	27	1.91
78380241--78380322	42	2.0	42	82	4	103	30	18	21	29	1.97
78382450--78382507	30	1.9	30	82	0	71	15	22	39	22	1.91
78387994--78388055	30	2.1	30	96	0	115	24	16	24	35	1.95
78390502--78390580	38	2.1	38	82	2	95	36	2	6	54	1.39
78402181--78402239	22	2.7	22	78	5	57	30	23	25	20	1.98
78402559--78403054	27	18.5	27	75	5	353	32	9	17	40	1.83
78402559--78403052	81	6.2	80	78	7	412	31	9	18	40	1.82
78409884--78409995	57	2.0	57	91	3	181	40	23	13	23	1.90
78413417--78413500	41	2.0	41	90	4	134	33	16	22	27	1.96
78416056--78416232	67	2.7	66	81	8	173	31	16	30	22	1.95
78416080--78416263	67	2.8	64	77	13	189	29	16	30	23	1.96
78418367--78418559	105	1.9	101	83	6	253	32	15	24	27	1.95
78418499--78418626	33	3.9	32	73	8	96	31	17	25	25	1.97
78418396--78418627	105	2.3	99	79	5	223	31	16	25	27	1.96
78423077--78423109	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
78426282--78426543	39	6.7	40	86	7	319	25	22	27	24	2.00
78426334--78426568	78	3.0	79	84	6	239	26	21	26	25	1.99
78434313--78434574	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
78439936--78439968	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
78442373--78442418	11	4.2	11	78	18	51	43	0	2	54	1.12
78443344--78443389	21	2.2	20	84	3	56	17	21	0	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78450134--78450258	62	2.0	62	96	3	234	33	17	17	31	1.94
78450347--78450531	40	4.7	40	83	5	223	24	27	23	24	2.00
78450349--78450531	79	2.3	80	83	7	221	24	27	23	25	2.00
78458257--78458440	40	4.6	39	79	9	185	23	22	28	25	1.99
78458295--78458473	79	2.3	79	77	7	186	26	21	27	25	1.99
78466361--78466544	40	4.6	39	82	9	203	23	23	28	24	2.00
78466413--78466577	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	24	1.99
78467997--78468111	58	2.0	58	96	0	212	35	20	22	21	1.96
78474125--78474253	47	2.7	49	85	3	154	22	30	19	27	1.98
78478925--78479265	47	7.2	47	72	10	207	23	29	20	26	1.99
78478962--78479267	94	3.3	93	78	5	305	24	29	20	26	1.99
78483533--78483595	33	1.9	33	96	0	117	15	36	23	23	1.94
78492435--78492506	24	3.0	25	75	17	80	40	19	25	15	1.90
78492681--78492728	24	2.0	24	84	8	62	31	16	31	20	1.95
78493803--78493876	24	3.0	24	90	2	121	36	5	37	20	1.76
78498887--78498960	24	3.0	24	90	2	121	36	5	37	20	1.76
78515468--78515522	25	2.2	25	87	6	76	29	30	10	29	1.91
78522029--78522058	15	2.0	15	93	0	51	36	6	26	30	1.82
78522949--78522981	5	6.4	5	96	3	57	78	0	0	21	0.75
78526499--78526528	14	2.1	14	93	0	51	50	3	6	40	1.45
78538461--78538636	68	2.6	68	78	12	157	20	27	17	34	1.95
78540501--78540553	24	2.2	24	86	3	72	41	24	20	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78540571--78540643	24	3.0	24	72	11	67	41	16	21	20	1.90
78568272--78568626	46	7.5	45	69	16	156	24	29	18	27	1.98
78570682--78570815	50	2.6	50	86	6	173	23	15	27	32	1.95
78570728--78571109	137	2.6	145	85	6	503	24	16	26	31	1.96
78570872--78571053	101	1.8	101	82	2	240	25	15	27	31	1.96
78570866--78571109	50	4.8	51	74	6	210	25	15	27	31	1.96
78571312--78571343	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
78574527--78574583	28	2.0	28	100	0	114	19	10	31	38	1.86
78576644--78576726	28	3.1	27	81	11	107	36	22	22	18	1.95
78576828--78576891	26	2.4	26	84	2	74	23	10	28	37	1.89
78580975--78581202	101	2.3	101	80	3	255	25	15	27	31	1.96
78580924--78581210	50	5.7	50	77	6	249	25	16	26	32	1.96
78583490--78584540	49	21.6	49	96	1	1929	30	29	8	32	1.86
78592011--78592124	27	4.2	26	78	11	113	37	20	22	19	1.94
78592011--78592124	55	2.1	54	82	8	133	37	20	22	19	1.94
78595479--78595630	40	3.8	40	88	2	180	25	27	21	25	1.99
78595479--78595630	80	1.9	80	84	2	207	25	27	21	25	1.99
78602438--78602493	28	2.0	28	100	0	112	25	21	17	35	1.95
78603502--78603712	40	5.3	40	88	2	248	28	27	20	23	1.99
78605082--78605179	5	18.2	5	74	19	74	18	5	1	75	1.04
78605090--78605139	26	2.0	25	88	4	73	14	6	0	80	0.90
78605082--78605174	41	2.4	38	84	13	113	18	5	1	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78605094--78605179	6	14.3	6	75	9	68	17	5	1	75	1.06
78608231--78608359	50	2.6	50	87	0	177	25	17	27	29	1.97
78608570--78608600	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
78615369--78615519	56	2.7	56	86	0	203	32	17	19	30	1.95
78617712--78617780	25	2.8	25	93	2	113	26	23	24	26	2.00
78617699--78617780	25	3.4	24	86	9	105	25	23	21	29	1.99
78617942--78618005	27	2.4	28	76	7	69	37	26	17	18	1.93
78617986--78618180	27	7.2	27	85	1	160	27	17	17	37	1.92
78618003--78618234	81	2.9	81	79	6	204	27	14	18	39	1.90
78618082--78618236	27	5.7	27	83	1	168	29	10	19	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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