genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86383397--86383421	13	1.9	13	100	0	50	64	12	0	24	1.27
86384294--86384360	31	2.2	31	89	5	100	41	8	13	35	1.76
86397982--86398018	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
86398535--86398700	23	7.9	22	66	17	66	57	2	3	37	1.27
86398519--86398745	62	3.6	62	95	2	393	55	2	3	38	1.29
86398519--86398745	125	1.8	124	93	2	393	55	2	3	38	1.29
86402384--86402420	18	2.1	18	100	0	74	29	21	27	21	1.99
86407735--86408545	45	18.0	45	100	0	1622	42	6	4	46	1.50
86413988--86414214	116	2.0	116	90	0	355	40	20	10	28	1.86
86415138--86415198	29	2.0	31	84	6	81	45	8	14	31	1.74
86417622--86417710	25	3.5	26	72	15	87	20	24	22	32	1.98
86417667--86417785	25	4.8	25	79	5	109	21	28	20	29	1.98
86417744--86417800	25	2.2	25	81	9	62	17	24	22	35	1.95
86419452--86419532	32	2.5	32	91	4	126	38	14	19	27	1.91
86420621--86420676	19	3.3	19	67	27	61	26	25	26	21	1.99
86420620--86420693	32	2.3	32	95	0	130	28	28	25	17	1.98
86423585--86423640	25	2.3	23	78	6	58	28	1	5	64	1.26
86430002--86430079	32	2.4	32	95	2	138	35	16	20	26	1.94
86436125--86436301	94	1.9	94	87	0	264	27	20	30	20	1.98
86436177--86436341	44	3.6	44	78	11	154	27	19	28	24	1.98
86437182--86437300	55	2.2	55	84	3	150	21	22	29	26	1.99
86439943--86440076	67	2.0	67	98	0	259	39	3	4	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86443276--86443301	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
86460294--86460423	46	2.8	48	78	13	155	30	27	20	22	1.98
86460846--86460905	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
86467840--86468171	46	7.2	46	96	0	565	30	28	20	21	1.98
86469792--86469827	5	7.6	5	87	12	58	19	0	0	80	0.71
86469793--86469820	13	2.2	13	100	0	56	21	0	0	78	0.75
86470014--86470073	30	2.0	30	100	0	120	13	20	13	53	1.72
86485312--86485471	43	3.7	43	78	3	160	31	26	17	24	1.97
86485312--86485471	86	1.9	85	81	3	196	31	26	17	24	1.97
86486677--86486838	46	3.5	46	76	6	175	29	28	20	20	1.98
86496194--86496410	46	4.7	46	94	0	362	27	29	22	20	1.99
86497874--86498458	292	2.0	292	100	0	1170	38	12	5	43	1.65
86499168--86499211	21	2.1	21	91	0	70	47	25	0	27	1.52
86500589--86500737	45	3.3	45	81	4	176	20	18	15	45	1.85
86503450--86503666	45	4.9	45	89	3	300	24	20	27	27	1.99
86506247--86506305	21	2.9	21	89	2	84	32	20	10	37	1.86
86506247--86506313	10	6.6	10	83	6	82	32	19	10	37	1.86
86513983--86514047	11	6.1	11	72	12	55	32	15	13	38	1.87
86514018--86514053	10	3.6	10	92	7	56	33	16	11	38	1.84
86513996--86514035	21	1.9	21	94	0	71	32	17	10	40	1.83
86521064--86521193	45	2.9	45	94	0	224	22	21	27	28	1.99
86525416--86525516	27	3.8	27	85	1	132	34	22	23	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86528403--86528628	26	9.1	26	65	18	106	39	21	20	19	1.93
86530625--86530784	74	2.1	75	86	2	214	51	8	10	29	1.66
86530760--86531037	138	2.1	135	85	4	373	39	8	5	47	1.56
86532245--86532270	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
86535247--86535284	19	2.0	19	100	0	76	36	15	26	21	1.93
86538352--86538514	41	4.0	40	79	11	143	25	26	19	28	1.99
86556394--86556444	20	2.7	19	75	19	61	52	3	1	41	1.31
86557136--86557183	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
86558081--86558112	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
86560996--86561034	17	2.3	17	90	0	60	48	20	5	25	1.70
86561003--86561037	17	2.1	17	100	0	70	48	17	11	22	1.79
86571709--86571767	6	9.8	6	94	0	82	28	0	49	22	1.50
86571820--86571975	76	2.1	76	100	0	312	35	22	16	25	1.95
86572506--86572561	27	2.1	27	100	0	112	46	10	0	42	1.38
86575462--86575538	31	2.5	30	75	8	82	31	16	7	44	1.77
86578069--86578128	31	1.9	31	100	0	120	33	28	25	13	1.93
86579674--86579712	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
86579674--86579738	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
86582358--86582420	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
86582358--86582420	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
86582479--86582529	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
86582602--86582694	44	2.1	46	84	8	120	35	23	5	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86584228--86584369	3	46.3	3	72	5	97	30	7	2	59	1.37
86584245--86584369	28	4.5	28	79	9	112	29	8	1	60	1.34
86584679--86584709	12	2.7	12	95	5	55	16	0	0	83	0.64
86588814--86588840	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
86589853--86589992	46	3.0	47	87	2	178	22	24	13	40	1.90
86603735--86604149	88	4.7	88	88	3	611	32	20	23	22	1.98
86603745--86604147	44	9.2	43	64	16	157	32	20	23	23	1.98
86604909--86605064	47	3.3	46	83	6	170	30	26	14	28	1.95
86605089--86605267	31	5.8	31	90	1	261	25	26	19	27	1.99
86605089--86605267	61	2.9	62	89	0	279	25	26	19	27	1.99
86605243--86605371	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
86607379--86607750	88	4.2	88	86	4	482	34	21	24	19	1.97
86607379--86607750	177	2.1	176	84	4	482	34	21	24	19	1.97
86609345--86609511	3	54.7	3	70	9	97	29	7	2	60	1.36
86609361--86609506	28	5.4	28	77	13	119	29	7	2	60	1.35
86609350--86609506	68	2.3	68	79	5	176	29	7	2	60	1.38
86609430--86609507	13	5.8	13	76	20	72	29	7	0	62	1.23
86610739--86610797	26	2.3	26	84	0	73	52	3	6	37	1.45
86614837--86614875	12	3.1	12	85	7	51	58	7	0	33	1.26
86617285--86617313	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
86625362--86625388	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
86640606--86640658	3	17.7	3	100	0	106	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86641240--86641287	25	2.0	24	83	4	60	45	8	6	39	1.59
86642271--86642362	45	2.0	45	100	0	184	33	20	10	34	1.88
86647593--86647633	22	2.0	20	85	9	55	51	4	14	29	1.63
86647644--86647695	26	2.0	26	100	0	104	53	15	0	30	1.42
86654678--86654736	31	1.9	31	100	0	118	33	0	22	44	1.53
86666670--86666696	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
86667277--86667323	24	1.9	25	91	4	78	44	4	0	51	1.21
86676679--86676726	23	2.2	22	85	7	62	60	6	4	29	1.40
86683096--86683120	12	2.1	12	100	0	50	40	36	0	24	1.55
86685091--86685158	24	2.8	24	77	4	66	50	5	8	35	1.58
86687080--86687129	25	1.9	27	88	8	77	50	2	10	38	1.48
86698716--86698852	35	3.9	34	80	8	132	37	16	20	25	1.93
86717440--86717525	40	2.2	39	82	2	109	25	15	27	31	1.95
86717540--86717610	28	2.5	29	81	4	83	32	19	25	22	1.98
86722774--86723103	129	2.6	126	82	3	399	25	17	20	36	1.94
86728218--86728250	17	1.9	17	88	11	50	21	6	3	69	1.24
86728227--86728289	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
86728411--86728443	10	3.0	11	86	13	50	72	0	0	27	0.85
86729909--86729984	33	2.3	32	78	10	82	34	14	23	27	1.94
86733484--86733596	23	4.9	23	76	11	99	33	18	23	24	1.97
86733470--86733597	45	2.7	46	80	11	145	32	19	22	25	1.98
86734283--86734365	26	3.2	26	100	0	166	31	7	26	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86743515--86743566	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
86746019--86746071	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
86753279--86753310	16	2.0	16	100	0	64	43	31	6	18	1.75
86757573--86757697	39	3.2	39	88	0	187	23	24	20	32	1.98
86761294--86761432	21	6.3	21	66	19	61	47	21	2	28	1.65
86761455--86761511	21	2.7	21	86	2	69	50	24	0	24	1.49
86765834--86765933	19	5.3	19	67	20	75	40	1	6	53	1.32
86765853--86765953	9	10.7	9	67	21	55	39	0	3	55	1.25
86765889--86765953	20	3.3	20	72	20	73	40	0	3	56	1.15
86765853--86765917	24	2.8	23	73	11	62	40	1	3	55	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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