genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20020015--20020041	12	2.2	12	100	0	54	48	33	7	11	1.67
20027496--20027627	66	2.0	66	81	0	156	31	15	23	29	1.96
20030947--20031094	40	3.7	40	94	0	262	25	27	22	24	2.00
20033318--20033411	49	1.9	49	95	0	170	32	10	23	32	1.89
20037814--20037860	10	4.7	10	89	5	69	38	12	17	31	1.87
20037814--20037880	21	3.3	21	85	4	75	38	11	17	31	1.87
20037929--20037998	25	2.8	25	88	0	104	32	25	17	24	1.96
20037932--20038009	25	3.2	25	83	7	88	32	24	19	24	1.98
20044549--20044674	61	2.1	61	93	1	218	18	29	11	41	1.85
20045960--20046006	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
20045960--20046026	21	3.3	21	87	4	84	38	10	19	31	1.85
20046072--20046156	25	3.4	25	91	0	134	29	27	22	21	1.99
20047596--20047976	125	3.0	126	89	1	568	34	19	19	27	1.96
20050958--20051003	20	2.4	20	92	7	78	39	8	17	34	1.80
20051480--20051522	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
20051651--20051732	41	2.0	41	90	0	128	8	32	18	40	1.81
20053160--20053282	48	2.6	46	86	8	151	51	5	8	34	1.57
20053416--20053468	11	4.9	11	74	4	54	39	0	16	43	1.49
20056917--20056947	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
20057136--20057179	21	2.0	24	82	13	58	34	2	2	61	1.21
20058498--20058613	33	3.5	33	83	1	144	26	25	14	32	1.95
20058495--20058742	65	3.8	62	76	8	199	28	22	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20058531--20058718	33	5.8	32	83	5	171	30	23	12	34	1.91
20058531--20058722	98	2.0	98	81	2	224	30	23	12	33	1.92
20059425--20059472	21	2.2	21	82	14	62	35	14	0	50	1.44
20063495--20063533	19	2.0	20	90	5	62	25	15	17	41	1.89
20064619--20064646	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
20066019--20066124	33	3.2	33	79	1	115	30	24	14	31	1.94
20066042--20066215	33	5.3	32	79	3	159	31	21	12	33	1.91
20066042--20066215	65	2.7	65	77	0	168	31	21	12	33	1.91
20066901--20066942	21	2.0	22	85	4	59	35	14	0	50	1.43
20073234--20073381	46	3.2	46	88	0	215	32	15	27	25	1.95
20073780--20074064	89	3.2	89	74	4	295	29	19	22	28	1.98
20073731--20074132	178	2.3	178	89	0	608	31	18	22	26	1.97
20074048--20074254	96	2.2	96	83	1	245	31	17	21	28	1.96
20075893--20075919	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20076024--20076049	10	2.6	10	100	0	52	19	0	7	73	1.07
20077855--20077887	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
20079121--20079161	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
20086055--20086080	12	2.2	12	100	0	52	23	0	23	53	1.46
20089893--20090046	42	3.6	43	82	6	206	29	27	18	24	1.98
20097043--20097174	40	3.3	40	85	3	160	28	28	20	23	1.99
20097071--20097171	39	2.5	40	87	1	141	29	27	17	24	1.98
20099306--20099384	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20099503--20099946	47	9.4	47	86	4	606	29	30	8	31	1.87
20099558--20099944	96	4.1	96	96	1	690	30	29	8	31	1.86
20100028--20100106	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20100227--20100374	47	3.1	47	90	0	197	27	31	10	31	1.89
20103705--20103820	40	2.9	40	84	0	124	25	30	20	23	1.99
20103731--20103982	80	3.2	80	79	9	223	25	27	20	26	1.99
20103810--20103982	40	4.3	41	86	5	214	23	27	21	28	1.99
20104276--20104349	29	2.6	29	89	4	105	25	32	16	25	1.96
20104331--20104476	43	3.4	43	97	0	274	26	34	15	23	1.95
20110788--20110833	11	3.7	13	77	19	53	4	26	0	69	1.07
20110780--20110833	23	2.3	23	84	6	65	3	22	0	74	0.98
20110538--20111025	244	2.0	243	97	0	931	20	25	12	42	1.87
20125061--20125153	34	2.5	37	81	8	102	23	23	22	30	1.99
20129126--20129163	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
20135112--20135149	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
20135378--20135549	93	1.8	93	86	2	247	28	25	20	25	1.99
20139159--20139225	35	1.9	35	100	0	134	37	17	19	25	1.94
20142811--20142987	35	5.0	35	77	2	158	40	18	9	31	1.83
20147092--20147244	42	3.6	42	78	6	166	32	16	25	25	1.97
20151385--20151418	16	2.0	18	88	11	54	2	17	20	58	1.51
20152788--20152988	27	7.4	27	89	1	285	36	18	20	23	1.95
20152788--20152988	109	1.8	109	92	0	339	36	18	20	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20153125--20153208	27	3.2	26	81	6	80	22	21	20	35	1.96
20156563--20157056	47	10.4	47	89	1	700	27	28	8	34	1.86
20156565--20157056	143	3.5	143	90	1	740	28	28	8	34	1.86
20162822--20162965	74	1.9	74	97	0	270	27	18	22	31	1.97
20170727--20170959	49	4.7	50	82	2	290	25	18	26	29	1.98
20170730--20170959	101	2.3	97	85	6	293	25	19	26	29	1.98
20183373--20183517	40	3.6	40	92	0	236	20	20	28	31	1.97
20190091--20190197	40	2.7	40	94	0	187	20	20	28	30	1.98
20199342--20200266	39	23.6	39	96	1	1655	25	22	27	23	2.00
20201009--20201070	32	1.9	32	96	0	115	53	9	14	22	1.70
20203270--20203317	22	2.2	22	100	0	96	45	18	12	22	1.83
20205291--20205362	36	2.0	36	100	0	144	55	11	13	19	1.68
20206592--20206631	20	2.0	20	90	0	62	50	2	15	32	1.57
20212438--20212510	31	2.3	29	76	15	74	45	1	1	52	1.18
20218916--20219052	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
20219026--20219220	47	4.1	47	82	5	237	27	29	10	32	1.90
20219026--20219220	98	2.0	94	85	3	255	27	29	10	32	1.90
20225720--20225779	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
20225741--20225804	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
20225820--20225871	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
20230764--20231281	259	2.0	259	100	0	1036	30	20	15	32	1.94
20232360--20232607	80	3.1	80	80	3	252	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20232385--20232609	40	5.7	40	83	1	231	28	27	20	23	1.99
20232848--20232963	37	3.1	37	68	20	114	36	15	11	37	1.83
20232848--20232997	75	2.0	75	98	0	291	37	15	10	36	1.82
20240611--20240860	40	6.3	41	83	3	228	27	27	21	24	1.99
20240636--20240860	120	1.9	119	80	6	267	27	27	21	23	1.99
20251435--20251521	44	2.0	44	84	4	113	27	16	22	33	1.95
20264701--20265021	48	6.6	48	74	6	265	26	20	28	24	1.99
20264693--20264923	96	2.4	96	86	1	311	25	19	29	25	1.99
20264701--20265021	144	2.2	146	82	3	380	26	20	28	24	1.99
20276167--20276342	46	3.8	45	77	14	171	21	18	28	31	1.97
20276164--20276335	93	1.8	93	90	2	274	21	19	29	30	1.97
20278194--20278352	42	3.8	42	79	12	130	28	23	15	33	1.94
20302044--20302081	16	2.2	19	86	13	55	52	15	0	31	1.43
20303468--20303497	12	2.5	12	94	0	51	26	0	0	73	0.84
20322708--20322790	22	3.5	22	76	17	69	26	16	25	31	1.97
20322712--20322767	27	2.1	27	100	0	112	30	16	25	28	1.96
20322722--20322800	27	3.1	27	78	12	78	24	15	26	34	1.94
20322757--20322811	22	2.5	22	93	0	92	25	20	23	30	1.98
20323430--20324444	127	8.0	127	99	0	2021	39	19	4	36	1.73
20329010--20329122	56	2.0	56	100	0	226	38	23	19	19	1.94
20329858--20329893	16	2.2	17	90	5	56	86	0	11	2	0.68
20344700--20344794	39	2.4	39	77	3	93	31	16	31	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20351786--20351832	10	4.6	10	80	12	51	63	0	2	34	1.06
20356840--20356911	25	2.9	25	72	14	67	63	2	2	30	1.22
20358652--20358693	19	2.2	20	95	4	77	33	11	9	45	1.73
20359445--20359478	16	2.1	17	88	5	52	32	26	0	41	1.56
20360536--20360565	10	3.1	10	95	4	53	40	30	0	30	1.57
20381314--20381385	34	2.2	33	85	7	92	33	22	22	22	1.97
20386623--20386680	30	1.9	30	92	0	98	15	22	41	20	1.90
20393901--20394045	49	3.0	49	73	6	123	26	20	23	28	1.99
20399281--20399380	42	2.4	42	77	5	112	31	21	21	27	1.98
20404305--20404483	46	3.9	46	72	9	132	30	26	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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