genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89980243--89980360	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
89980984--89981038	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
89986007--89986046	16	2.5	15	80	11	53	12	10	0	77	0.99
89986377--89986439	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
89991978--89992020	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
89994930--89994984	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
90005168--90005232	22	2.9	22	86	2	85	35	33	3	27	1.73
90006495--90006542	25	1.9	25	83	8	62	52	16	14	16	1.76
90007959--90007997	20	1.9	21	89	5	62	38	12	25	23	1.90
90009252--90009305	18	3.2	17	73	21	51	12	25	1	59	1.44
90009274--90009325	18	2.9	18	80	8	61	15	19	5	59	1.56
90009330--90009428	6	16.0	6	72	8	74	5	20	2	72	1.13
90010380--90010429	11	4.8	10	85	14	66	14	2	0	84	0.72
90010394--90010430	9	4.0	9	89	6	56	13	0	0	86	0.57
90011541--90011566	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
90015234--90015272	20	1.9	21	84	5	53	38	12	25	23	1.90
90017021--90017076	27	2.2	25	83	6	67	10	32	1	55	1.45
90021173--90021235	21	3.0	21	90	2	90	30	1	33	34	1.67
90021174--90021235	10	5.9	10	76	10	61	30	1	32	35	1.68
90021351--90021550	100	2.0	100	99	0	391	39	17	25	18	1.91
90023265--90023325	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
90023266--90023326	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90025084--90025180	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
90049974--90050026	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
90055223--90055253	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
90056552--90056743	39	5.0	39	84	5	153	28	28	22	21	1.99
90056549--90056743	78	2.5	77	79	7	182	28	27	22	21	1.99
90060683--90060757	39	1.9	39	100	0	150	29	10	10	49	1.71
90066933--90067195	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
90072927--90073085	80	2.0	80	92	0	264	30	23	20	25	1.98
90077458--90077635	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
90077479--90077634	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90082511--90082550	20	2.0	20	95	0	71	32	10	0	57	1.32
90086299--90086368	32	2.2	30	82	14	79	37	1	5	55	1.32
90089251--90089323	29	2.5	29	82	10	78	31	19	9	39	1.84
90092528--90092586	9	6.7	9	78	9	50	44	0	0	55	0.99
90096547--90096618	9	8.0	9	73	0	54	34	26	8	30	1.86
90096555--90096619	18	3.6	18	95	0	112	33	27	10	27	1.90
90096552--90096631	18	4.6	17	90	4	92	36	25	8	30	1.86
90098089--90098126	12	3.3	12	89	7	53	21	5	5	68	1.29
90098092--90098134	10	4.1	10	80	11	50	16	4	9	69	1.31
90098251--90098283	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
90099504--90099665	54	3.0	54	90	4	249	18	24	22	34	1.96
90099507--90099665	27	5.9	27	82	11	184	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90099507--90099665	81	2.0	80	84	8	207	18	24	22	34	1.96
90103322--90103410	31	2.9	31	81	8	110	55	4	2	38	1.33
90107724--90107809	43	2.0	43	100	0	172	32	23	9	34	1.87
90114278--90114772	255	1.9	255	97	0	945	29	15	18	36	1.92
90116893--90117126	76	3.1	76	99	0	459	29	15	14	40	1.87
90132486--90132567	42	2.0	42	87	0	119	28	17	21	32	1.96
90132491--90132584	42	2.2	42	78	0	98	29	18	23	28	1.97
90134247--90134338	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
90134486--90134543	25	2.3	25	91	5	91	27	20	27	24	1.99
90135365--90135428	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
90135486--90135615	27	4.7	27	72	13	86	30	6	19	44	1.75
90135545--90135701	81	1.9	81	84	5	210	28	9	19	42	1.83
90135546--90135710	27	6.2	26	78	6	143	29	9	21	40	1.84
90135688--90135791	27	3.9	27	89	3	149	41	8	21	28	1.82
90135546--90135826	27	10.4	27	77	5	131	33	8	20	37	1.84
90135546--90135826	54	5.2	54	71	8	169	33	8	20	37	1.84
90143354--90143531	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
90143355--90143510	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
90143351--90143531	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
90151413--90151590	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
90151414--90151569	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
90151410--90151590	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90155215--90155267	15	3.4	15	84	7	61	75	3	0	20	0.96
90163624--90163691	19	3.6	19	86	4	102	38	10	14	36	1.81
90163624--90163697	37	2.0	38	89	2	114	40	9	13	36	1.77
90169433--90169519	1	87.0	1	74	0	66	86	0	12	1	0.64
90169433--90169519	9	9.2	9	79	18	81	86	0	12	1	0.64
90169436--90169520	21	3.9	22	78	14	88	84	0	14	1	0.68
90169434--90169520	32	2.6	34	80	10	108	85	0	13	1	0.67
90170459--90170767	43	7.3	42	64	23	123	31	23	21	23	1.98
90170459--90170593	41	3.3	38	70	21	105	30	22	21	25	1.99
90170449--90170818	87	4.4	85	83	6	434	31	24	21	22	1.98
90170535--90170737	44	4.8	42	66	21	104	32	25	20	21	1.97
90170947--90171661	207	3.5	207	92	1	1130	29	17	23	28	1.97
90171487--90171674	87	2.2	88	79	9	192	31	17	23	27	1.97
90171745--90172012	45	5.9	45	78	6	274	30	16	27	25	1.96
90171745--90172010	89	2.9	89	82	6	286	30	16	27	25	1.96
90172364--90172452	19	4.8	19	87	8	139	37	11	14	37	1.82
90172385--90172440	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
90172372--90172452	35	2.2	37	91	6	130	37	12	13	37	1.83
90173615--90173661	21	2.3	21	85	10	62	34	0	21	44	1.52
90175861--90176660	400	2.0	400	99	0	1564	32	20	10	36	1.87
90176850--90177114	103	2.6	104	90	3	408	29	29	20	20	1.98
90183894--90183945	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90184423--90184485	29	2.2	28	80	8	72	30	28	4	36	1.78
90184430--90184485	29	1.9	29	85	0	76	30	25	5	39	1.78
90185704--90185734	16	1.9	16	93	0	53	35	16	6	41	1.74
90186764--90186820	29	2.0	29	96	0	105	49	10	14	26	1.75
90187644--90187802	38	4.1	39	87	7	200	22	23	25	28	1.99
90188183--90188273	39	2.3	39	96	0	164	21	15	20	41	1.89
90188866--90189017	43	3.6	43	84	3	200	32	25	16	25	1.96
90190649--90190941	48	5.9	48	74	9	237	19	19	26	35	1.95
90190692--90190803	58	1.9	58	88	0	170	17	20	29	32	1.96
90190652--90190851	106	1.9	106	86	2	285	18	20	27	35	1.95
90192218--90192242	12	2.1	12	100	0	50	40	8	20	32	1.81
90207889--90208041	43	3.6	44	74	12	131	28	23	18	29	1.98
90211813--90211863	23	2.1	25	82	7	61	35	5	5	52	1.50
90212218--90212391	45	3.8	46	75	6	140	32	14	12	40	1.83
90214410--90214508	40	2.4	41	86	5	130	35	17	30	17	1.93
90214410--90214519	41	2.7	40	83	9	134	34	16	30	18	1.93
90216544--90216632	44	2.0	44	95	0	160	24	26	19	29	1.98
90220241--90220377	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
90220240--90220341	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
90220370--90220415	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
90220382--90220425	19	2.2	20	88	4	63	31	25	18	25	1.97
90226017--90226194	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90226018--90226173	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
90226014--90226194	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
90234898--90235289	38	10.3	38	91	1	613	30	25	22	20	1.98
90241941--90242055	43	2.7	43	75	5	117	34	23	14	26	1.94
90244255--90244336	42	1.9	43	82	7	105	21	14	28	35	1.93
90246629--90246692	32	2.0	32	96	0	119	42	4	25	28	1.75
90249544--90249915	46	7.9	48	76	9	277	28	19	28	23	1.98
90249553--90249915	94	3.9	94	78	11	313	28	19	28	23	1.98
90256744--90256915	47	3.7	46	78	10	183	28	18	30	22	1.97
90257943--90257988	21	2.2	21	96	0	83	15	36	26	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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