Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  10  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2517299--2517332
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16
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0
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117
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0
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20
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2.4
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27
2.7
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2.2
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1
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1.22
2568511--2568584
20
3.5
19
76
20
76
58
2
1
37
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2569007--2569046
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2.5
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8
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20
7
0
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1.08
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2572413--2572525
3
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3
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36
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10
1
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0
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2
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2572456--2572525
31
2.3
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4
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2572919--2572976
17
3.4
17
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4
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10
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23
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1.44
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1
7
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1.40
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2587011--2587351
157
2.2
158
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3
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17
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0
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5
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2.6
30
84
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6
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34
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2.1
58
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213
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2.3
30
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2
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1.31
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2.6
30
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0
100
46
11
3
37
1.59
2610079--2610131
27
1.9
28
84
3
72
62
3
0
33
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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13
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0
0
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13
2.1
13
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0
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14
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0.97
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37
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1.9
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2
232
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18
23
27
1.98
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167
2.7
161
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4
602
30
17
20
31
1.96
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3.5
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5
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29
18
21
30
1.97
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142
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6
404
30
16
20
32
1.95
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168
4.8
168
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1
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20
19
33
1.97
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3.1
74
82
5
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29
16
19
34
1.94
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4.7
46
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1
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28
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21
1.98
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46
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30
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4
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1.49
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2.0
32
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9
12
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17
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18
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19
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2.0
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17
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3.5
15
83
5
77
62
1
0
35
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2669446--2669479
16
2.0
17
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2
5
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1.9
21
89
0
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37
20
2
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1.66
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2.1
18
89
5
56
30
5
0
63
1.17
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16
2.8
17
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4
2
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2.1
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25
0
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18
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52
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0
2
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25
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4
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0
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0
5
56
1.23
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12
6.0
11
73
22
52
30
7
1
60
1.33
2715989--2716189
87
2.3
85
80
9
212
34
22
20
22
1.97
2717784--2717852
3
23.7
3
75
19
58
28
4
1
65
1.21
2717817--2717855
19
2.1
19
90
9
62
30
2
5
61
1.31
2717908--2717944
19
2.0
20
89
10
60
35
5
0
59
1.20
2718122--2718182
29
2.2
29
83
13
76
29
8
3
59
1.43
2718073--2718116
3
14.3
3
88
4
61
34
4
0
61
1.16
2718267--2718341
12
6.2
12
83
13
93
32
8
1
58
1.35
2718267--2718321
15
4.1
13
84
15
60
32
9
0
58
1.30
2718271--2718348
27
3.2
25
80
15
92
32
7
1
58
1.34
2718271--2718350
12
7.0
11
78
18
76
32
7
1
58
1.34
2718274--2718350
3
25.7
3
72
15
61
32
7
1
58
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2719583--2719648
32
2.1
32
94
0
114
39
16
9
34
1.80
2724776--2724806
14
2.1
15
94
5
55
25
25
0
48
1.52
2728135--2728200
26
2.6
25
80
4
69
31
1
1
65
1.11
2728191--2728240
21
2.4
22
80
6
59
42
0
6
52
1.26
2728189--2728243
22
2.4
23
79
11
60
41
0
5
52
1.24
2729233--2729266
17
1.9
17
88
5
50
70
8
20
0
1.13
2729681--2729714
18
1.9
17
88
5
50
47
0
20
32
1.51
2730213--2730292
27
2.9
27
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10
74
23
5
31
40
1.76
2731216--2731254
20
2.0
19
85
5
51
38
23
5
33
1.77
2735769--2735807
20
2.0
19
85
5
51
35
23
7
33
1.83
2737664--2737737
25
2.9
26
92
6
116
35
17
24
22
1.95
2739975--2740075
51
2.0
51
82
0
121
30
11
22
34
1.90
2740991--2741030
21
1.9
21
84
0
53
42
10
22
25
1.84
2747597--2747626
15
1.9
16
93
6
53
50
3
6
40
1.45
2748617--2748683
31
2.2
31
83
0
80
59
17
4
17
1.53
2748931--2748988
21
2.8
20
79
10
62
1
46
20
31
1.61
2754536--2754755
9
23.9
9
73
9
131
38
0
12
48
1.48
2754536--2754751
18
11.7
18
76
9
150
37
0
12
48
1.47
2754589--2754755
27
6.0
27
77
10
147
38
1
13
47
1.50
2754512--2754733
114
1.9
114
85
3
304
38
0
12
48
1.48
2754866--2754921
15
3.8
15
78
21
73
53
0
0
46
1.00
2755098--2755165
24
2.8
24
82
8
93
44
7
20
27
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2759206--2759235
14
2.1
15
93
6
53
36
0
13
50
1.42
2761146--2761238
28
3.2
28
76
11
84
24
0
26
48
1.51
2761528--2761785
41
6.6
40
72
16
193
25
18
23
31
1.97
2761563--2761703
72
2.0
71
88
4
212
26
17
24
31
1.97
2767083--2767129
21
2.2
22
92
3
78
21
19
38
21
1.94
2775255--2775288
13
2.7
13
95
4
61
23
0
38
38
1.55
2779234--2779298
25
2.9
23
80
15
66
66
7
0
26
1.19
2779260--2779298
19
2.0
20
90
5
62
71
7
0
20
1.10
2780146--2780179
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2.0
17
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11
52
58
0
0
41
0.98
2782465--2782535
16
3.6
19
75
22
67
30
2
1
64
1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322