genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59339381--59339486	39	2.7	39	94	1	187	27	26	23	22	2.00
59339382--59339603	77	2.9	77	80	6	218	26	24	22	26	2.00
59339500--59339610	39	2.8	39	95	0	195	26	24	20	28	1.99
59342238--59342283	22	2.1	22	95	0	83	23	17	15	43	1.87
59344627--59344849	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
59344627--59344849	79	2.8	80	83	9	255	24	26	22	26	2.00
59348183--59348223	21	2.0	21	95	0	73	41	7	9	41	1.66
59353450--59353492	22	2.0	22	90	9	70	37	27	13	20	1.91
59355531--59355584	27	2.0	27	85	0	72	42	7	11	38	1.68
59355831--59356053	50	4.6	48	81	7	261	26	18	26	29	1.98
59363362--59363454	24	3.9	24	83	5	118	21	22	19	36	1.95
59365212--59365324	56	2.0	56	100	0	226	46	8	12	31	1.72
59365362--59365426	22	3.1	21	75	24	66	32	0	3	64	1.09
59365378--59365443	18	3.3	20	77	12	66	31	1	3	63	1.19
59380380--59380603	48	4.7	48	74	5	168	25	18	30	25	1.98
59380380--59380603	96	2.3	96	82	3	254	25	18	30	25	1.98
59381384--59381488	55	1.9	55	92	0	174	13	31	29	25	1.94
59385402--59385441	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
59388366--59388396	12	2.6	12	94	0	53	22	35	22	19	1.96
59397205--59397427	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
59397280--59397462	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
59403096--59403226	40	3.3	40	87	0	163	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59403043--59403263	40	5.6	40	78	7	130	24	21	26	27	1.99
59406752--59406924	87	2.0	87	98	0	337	37	17	24	19	1.94
59407166--59407351	93	2.0	93	94	0	327	30	15	24	29	1.96
59407505--59407707	101	2.0	101	97	0	379	27	20	27	25	1.99
59408875--59409032	79	2.0	79	97	0	298	25	22	22	29	1.99
59413820--59413995	46	3.8	46	76	7	176	21	19	28	31	1.97
59416969--59417020	15	3.5	15	72	17	54	13	15	11	59	1.61
59424265--59424458	101	1.9	99	83	5	246	29	26	15	27	1.96
59424213--59424506	50	5.8	50	73	10	233	32	27	14	25	1.95
59429083--59429133	18	2.8	18	82	8	68	3	33	0	62	1.13
59430362--59430477	28	4.2	28	81	2	137	18	24	21	36	1.95
59430361--59430477	56	2.1	54	84	4	153	17	23	22	35	1.95
59439921--59439957	18	2.1	18	100	0	74	27	16	16	40	1.89
59458224--59458248	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
59459204--59459228	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
59481396--59481573	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
59481417--59481572	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
59482454--59482643	93	2.0	94	96	1	355	35	22	4	37	1.74
59496411--59496463	25	2.2	24	86	10	72	37	20	22	18	1.94
59496956--59496995	21	1.9	21	84	0	53	35	17	0	47	1.48
59500296--59500327	15	2.1	15	94	0	55	31	9	34	25	1.87
59515173--59515224	26	2.0	26	100	0	104	26	15	11	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59520794--59521032	118	2.0	118	97	0	451	33	23	15	28	1.94
59523301--59523439	26	5.3	26	92	0	233	32	6	25	35	1.82
59534463--59534513	27	1.9	26	88	4	75	39	17	15	27	1.90
59537320--59537378	29	2.0	30	90	3	93	54	10	3	32	1.51
59537799--59537825	10	2.7	10	100	0	54	92	0	7	0	0.38
59538194--59538239	23	2.0	23	87	4	67	52	10	6	30	1.62
59542215--59542262	24	2.0	24	91	0	78	37	18	22	20	1.94
59542651--59542716	13	5.1	13	80	7	80	33	7	24	34	1.84
59546493--59546528	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
59550548--59552024	48	30.8	48	95	0	2540	35	5	28	30	1.80
59552069--59552171	37	2.8	37	92	0	170	24	20	30	25	1.99
59555954--59556086	49	2.7	49	82	2	160	20	25	23	30	1.98
59556104--59556366	48	5.6	48	82	3	302	24	26	19	28	1.99
59556104--59556321	94	2.3	96	85	1	296	23	27	19	28	1.99
59556104--59556366	94	2.8	92	82	4	287	24	26	19	28	1.99
59556104--59556363	142	1.8	141	85	4	362	24	26	19	29	1.98
59565521--59565582	29	2.1	30	87	3	90	41	9	12	35	1.76
59567972--59568298	48	6.6	49	83	7	380	27	27	16	28	1.97
59567972--59568263	150	1.9	150	96	2	543	26	27	16	28	1.97
59567972--59568298	98	3.3	97	83	9	412	27	27	16	28	1.97
59571775--59571799	11	2.3	11	100	0	50	36	0	20	44	1.52
59575196--59575324	48	2.7	48	86	1	170	21	13	29	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59579688--59579812	49	2.6	49	79	6	139	27	30	19	23	1.98
59579791--59579947	46	3.4	46	80	13	146	25	29	18	26	1.98
59584377--59584413	15	2.5	15	90	0	65	48	24	5	21	1.71
59586530--59586749	40	5.6	40	78	7	225	25	25	22	25	2.00
59589185--59589356	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
59589132--59589354	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
59589212--59589389	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
59596083--59596385	150	2.0	150	98	0	588	32	10	27	29	1.91
59596864--59597035	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
59596811--59597033	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
59596891--59597068	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
59598964--59599100	40	3.4	39	81	6	141	24	25	21	28	1.99
59598951--59599100	80	1.9	80	83	5	196	24	26	21	28	1.99
59599456--59599534	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
59599516--59599661	43	3.4	43	99	0	283	26	34	15	22	1.94
59604691--59605315	316	2.0	316	97	0	1180	25	16	25	31	1.96
59606108--59606207	50	2.0	50	100	0	200	34	24	26	16	1.95
59612889--59613065	40	4.4	40	85	2	241	26	27	22	23	2.00
59619791--59619844	28	2.0	27	82	10	65	40	3	27	27	1.73
59620074--59620369	50	5.9	50	76	5	265	25	17	25	32	1.97
59620129--59620314	101	1.8	101	88	2	284	25	19	24	29	1.99
59620081--59620401	150	2.1	152	82	1	385	24	16	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59627937--59628114	27	6.6	27	82	3	178	28	29	15	26	1.96
59629948--59630065	59	2.0	59	100	0	236	30	15	20	33	1.93
59647003--59647579	289	2.0	289	93	2	989	32	21	14	31	1.93
59648922--59649127	28	7.4	28	88	2	263	32	27	13	26	1.94
59652793--59652844	18	2.9	18	77	5	61	44	13	15	26	1.84
59661435--59661466	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
59664020--59664136	42	2.7	43	81	6	130	35	23	14	25	1.93
59664019--59664160	43	3.3	43	78	5	135	33	24	14	26	1.94
59664053--59664163	44	2.6	43	80	7	100	36	27	13	23	1.92
59669704--59669736	15	2.2	15	89	10	50	54	12	6	27	1.60
59671176--59671242	28	2.4	28	77	5	73	70	2	2	23	1.15
59691278--59691355	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
59691308--59691635	174	1.9	174	95	0	593	30	14	24	31	1.94
59695542--59695691	75	2.0	75	93	0	255	29	16	27	27	1.96
59699540--59699649	42	2.6	42	88	0	157	20	33	22	22	1.97
59699696--59699731	14	2.5	15	86	9	56	8	25	30	36	1.85
59700309--59700349	17	2.4	17	87	0	55	26	26	14	31	1.95
59700783--59700835	25	2.2	25	82	3	63	24	18	24	32	1.97
59700799--59700905	25	4.4	24	73	8	72	30	17	25	26	1.97
59703763--59704000	49	4.8	49	79	6	255	29	26	17	26	1.98
59704233--59704286	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
59704582--59704640	30	2.0	30	86	0	82	32	22	10	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59705077--59705110	16	2.1	16	100	0	68	17	17	0	64	1.29
59709553--59709787	49	4.7	49	79	5	256	28	26	18	26	1.98
59710024--59710077	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
59712366--59712706	48	7.4	48	70	19	199	28	24	20	26	1.99
59712343--59712714	141	2.7	140	87	5	519	28	24	20	26	1.99
59719754--59719995	48	5.1	48	71	16	180	29	23	19	28	1.98
59720340--59720398	30	2.0	30	82	0	73	35	18	5	40	1.73
59721790--59721853	33	2.0	32	90	0	92	43	9	23	21	1.81
59727449--59727578	35	3.7	35	81	5	154	33	13	21	31	1.91
59734409--59734451	7	5.6	7	80	20	50	67	2	0	30	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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