genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28019882--28019947	21	3.0	21	73	16	69	27	3	15	54	1.55
28021277--28021355	19	4.2	19	87	9	117	39	10	16	34	1.82
28024605--28024709	51	2.1	51	94	0	183	35	23	6	34	1.81
28024905--28025054	27	5.5	27	81	6	144	28	28	16	26	1.97
28031731--28031812	41	2.0	41	95	0	146	15	25	23	35	1.94
28032812--28032991	27	6.6	27	80	5	121	28	28	16	26	1.97
28032813--28032991	54	3.3	55	80	9	206	28	28	16	26	1.97
28032835--28032990	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
28054672--28054698	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
28085979--28086163	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
28085980--28086163	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
28086032--28086196	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
28088228--28088394	27	6.2	27	88	5	248	32	19	23	25	1.97
28088224--28088413	27	7.0	27	88	1	208	33	19	22	24	1.97
28088559--28088637	27	2.9	27	79	3	70	24	20	20	35	1.96
28088837--28088924	33	2.7	33	92	3	151	26	20	29	23	1.99
28093327--28093356	14	2.1	14	100	0	60	13	10	20	56	1.65
28106404--28106665	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
28109966--28110088	60	2.0	60	93	0	210	30	18	23	26	1.98
28120177--28120352	50	3.5	49	86	4	228	29	26	17	26	1.98
28120177--28120360	101	1.8	99	87	2	269	28	27	17	26	1.98
28124178--28124303	29	4.4	28	82	5	155	27	15	31	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28131027--28131178	29	5.3	29	83	3	184	25	14	32	27	1.95
28131027--28131172	57	2.6	58	86	3	190	26	14	32	27	1.95
28137575--28137721	50	2.9	50	83	2	179	39	16	11	32	1.84
28144330--28144507	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28144351--28144506	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28152517--28152694	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28152538--28152693	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28156902--28157117	50	4.3	50	81	3	256	39	18	11	30	1.86
28162089--28162245	43	3.7	43	83	5	185	32	24	14	28	1.95
28166998--28167397	200	2.0	200	98	0	773	29	23	15	32	1.95
28170588--28170627	16	2.5	17	84	12	57	27	22	10	40	1.86
28179101--28179515	76	5.5	75	89	4	579	32	15	20	31	1.94
28179101--28180729	145	10.5	149	75	13	929	29	16	19	33	1.94
28179738--28179983	88	2.8	87	84	4	289	28	17	19	34	1.94
28179916--28180204	73	3.9	72	87	3	380	30	17	18	32	1.95
28180225--28180731	73	6.9	72	88	2	744	30	16	19	33	1.94
28181042--28181170	64	2.0	63	95	1	231	30	26	21	21	1.99
28181510--28181574	21	3.0	21	76	13	60	33	7	3	55	1.44
28181528--28181574	18	2.6	18	82	0	58	36	6	2	55	1.37
28184259--28184381	60	2.0	60	95	4	221	29	11	24	34	1.90
28184854--28184908	28	1.9	29	92	3	94	25	16	30	27	1.96
28184850--28184915	28	2.3	29	81	2	89	24	15	30	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28187162--28187240	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
28187359--28187648	47	6.1	47	87	3	382	27	31	9	32	1.88
28187359--28187648	96	3.0	96	88	1	422	27	31	9	32	1.88
28187359--28187648	143	2.0	142	87	2	411	27	31	9	32	1.88
28196944--28197009	28	2.3	29	86	2	98	22	15	31	30	1.95
28204764--28204826	30	2.1	30	96	0	117	26	31	20	20	1.98
28205704--28205768	24	2.6	25	85	4	87	30	16	23	29	1.96
28207516--28207567	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
28214469--28214640	93	1.8	93	97	0	326	28	29	20	20	1.98
28214462--28214637	46	3.8	46	80	12	225	29	29	20	20	1.98
28220333--28220396	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
28220590--28220683	23	4.0	23	81	9	109	27	21	23	27	1.99
28220734--28220800	20	3.3	20	91	0	107	31	20	11	35	1.89
28220837--28220884	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28227183--28227246	31	2.1	31	87	0	92	25	23	17	34	1.96
28227440--28227557	23	5.0	24	87	5	152	27	22	20	28	1.99
28227607--28227673	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
28227607--28227662	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
28233368--28233431	26	2.5	24	79	16	67	35	0	17	46	1.48
28234642--28234682	21	2.0	21	85	9	57	43	2	24	29	1.67
28239140--28239317	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
28239141--28239296	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28239137--28239317	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
28248302--28248357	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
28248291--28248357	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
28248407--28248561	24	6.4	24	93	2	265	30	20	20	28	1.98
28248407--28248555	49	3.1	49	93	1	264	30	20	19	28	1.97
28248407--28248561	73	2.1	72	93	2	265	30	20	20	28	1.98
28248406--28248775	48	7.5	48	72	17	253	28	19	22	29	1.98
28248648--28248775	24	5.3	24	89	2	186	28	21	20	28	1.98
28248447--28248846	200	2.0	201	95	1	714	27	18	25	29	1.98
28252733--28252906	27	6.4	27	81	4	161	29	28	16	25	1.96
28260843--28260993	27	5.6	27	83	3	151	27	28	15	27	1.96
28260843--28260992	55	2.8	54	82	4	158	28	28	16	27	1.97
28276789--28276848	24	2.5	24	97	0	111	38	20	13	28	1.90
28276906--28276962	11	5.5	11	72	16	59	35	14	19	31	1.91
28276896--28276962	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
28277012--28277112	24	4.2	24	94	0	166	32	19	19	27	1.97
28280780--28280831	21	2.6	19	74	11	50	73	1	17	7	1.16
28280800--28280924	18	6.9	18	71	9	67	66	1	20	11	1.31
28280799--28280897	6	16.5	6	67	8	58	69	1	19	10	1.22
28289753--28289904	42	3.6	42	82	7	182	28	24	17	29	1.97
28304935--28305228	50	5.9	50	80	5	310	28	19	28	23	1.98
28310210--28310317	56	1.9	56	92	3	182	34	17	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28314205--28314369	42	3.9	42	75	15	137	27	13	24	33	1.93
28316023--28316071	24	2.0	24	96	0	89	32	14	20	32	1.92
28317061--28317117	24	2.4	24	76	5	62	22	0	26	50	1.49
28320989--28321071	22	3.7	22	82	8	96	22	22	19	34	1.96
28323535--28323719	40	4.6	39	82	6	196	24	21	27	26	1.99
28323535--28323719	79	2.3	81	82	9	220	24	21	27	26	1.99
28323536--28323752	79	2.7	79	79	9	185	25	21	27	25	1.99
28330025--28330105	42	1.9	42	85	5	110	22	33	24	19	1.97
28331131--28331162	16	1.9	17	93	6	57	25	15	9	50	1.74
28335066--28335254	40	4.7	40	88	1	254	22	28	23	25	1.99
28337439--28337623	27	6.9	27	82	0	210	38	19	16	25	1.92
28341271--28341356	34	2.5	34	88	0	118	27	20	20	30	1.98
28344881--28344944	32	2.0	32	100	0	128	46	18	12	21	1.82
28344959--28345062	27	3.9	27	79	0	100	38	16	16	28	1.90
28346756--28346881	46	2.7	46	91	0	198	30	29	19	20	1.97
28356843--28356894	27	1.9	27	92	0	86	28	15	21	34	1.94
28360031--28360135	30	3.5	30	74	6	90	32	15	24	27	1.95
28373524--28373620	42	2.3	42	92	0	158	23	23	28	23	1.99
28374886--28375042	43	3.7	43	85	6	228	25	18	28	27	1.98
28388809--28389054	40	6.2	39	89	4	359	24	22	24	28	2.00
28388797--28389054	120	2.2	120	90	3	414	25	22	24	27	2.00
28392886--28392950	33	2.0	33	90	0	103	9	33	12	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28395866--28395894	14	2.0	15	93	6	51	27	6	13	51	1.66
28397021--28397175	43	3.6	43	78	3	159	27	12	27	31	1.93
28404068--28404106	20	1.9	21	89	5	62	71	0	7	20	1.10
28409657--28409865	46	4.5	44	73	14	154	28	18	28	24	1.98
28409657--28409920	140	1.9	140	80	10	306	28	18	28	24	1.98
28414922--28415002	28	2.9	28	83	1	101	25	14	28	30	1.95
28420986--28421017	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
28422175--28422225	8	6.4	8	79	0	57	50	19	21	7	1.72
28422175--28422225	24	2.1	24	88	0	75	50	19	21	7	1.72
28422175--28422225	16	3.2	16	85	0	66	50	19	21	7	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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