genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50--244	55	3.6	54	80	7	225	23	23	15	36	1.94
1070--5994	985	5.0	985	95	0	8528	29	20	18	31	1.96
8488--8551	21	3.2	21	69	13	71	40	21	26	10	1.86
8430--8569	39	3.6	39	88	0	208	38	22	25	12	1.90
12013--12158	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
12122--12390	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
12165--12384	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
12122--12390	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
15508--15711	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
15592--15710	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
15601--15691	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
16956--17101	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
17065--17333	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
17108--17327	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
17065--17333	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
21761--22221	255	1.8	255	97	0	877	25	20	17	36	1.94
25107--25337	112	2.1	112	95	0	417	20	30	17	30	1.96
25834--25922	27	3.3	27	80	0	88	23	22	25	28	1.99
26058--26102	22	2.0	22	95	0	81	37	4	24	33	1.76
26879--26931	21	2.5	21	81	6	63	73	1	22	1	1.03
26893--26965	34	2.3	31	86	9	94	72	1	26	0	0.93
28156--28195	19	2.1	19	86	9	55	27	5	2	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31361--31386	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
33506--33724	47	4.7	47	92	2	329	21	24	17	36	1.94
33506--33725	22	9.4	23	77	15	204	20	24	17	37	1.94
36230--36257	13	2.2	13	100	0	56	75	0	25	0	0.81
38057--38102	13	3.3	13	80	16	56	39	2	2	56	1.24
38059--38093	8	4.4	8	92	0	61	37	2	0	60	1.12
39697--39741	2	22.5	2	100	0	90	0	0	48	51	1.00
39811--39843	13	2.7	13	90	9	52	51	0	0	48	1.00
40456--40481	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
42087--42394	49	6.7	46	81	10	246	29	25	14	29	1.95
42122--42342	91	2.4	92	83	8	261	30	26	14	28	1.95
42213--42389	47	3.7	49	84	4	177	29	25	14	29	1.95
42122--42395	95	2.9	97	81	8	259	30	25	14	29	1.95
42157--42389	49	4.8	49	87	3	253	30	25	14	29	1.95
43423--43478	20	2.8	20	84	7	71	32	23	16	28	1.96
46037--46123	31	2.8	31	92	0	147	26	28	19	25	1.99
48273--48428	41	3.8	41	95	0	276	30	21	21	26	1.98
48645--48708	33	2.0	32	87	3	92	28	9	23	39	1.86
55178--55306	35	3.5	36	81	12	138	33	10	24	31	1.90
61438--61476	20	2.0	20	85	10	53	51	15	0	33	1.44
65512--65556	21	2.2	20	84	4	54	26	24	22	26	2.00
76383--76429	22	2.1	22	88	0	67	53	4	14	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77057--77154	49	2.0	49	84	4	126	32	19	16	31	1.94
77682--77831	78	1.9	77	82	2	185	24	22	15	37	1.93
86429--86454	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
105057--105117	20	2.9	21	70	7	52	40	9	11	37	1.75
110691--110719	13	2.2	13	100	0	58	24	20	13	41	1.89
116775--116820	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
116782--116826	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
136661--136817	76	2.1	76	92	0	260	35	12	15	36	1.86
136944--137035	47	2.0	47	88	0	139	42	13	11	32	1.80
137096--137292	105	1.9	105	89	0	304	36	12	14	36	1.85
139357--139393	11	3.4	11	88	0	56	27	18	8	45	1.77
139646--139740	48	2.0	48	91	0	154	32	9	27	30	1.88
142151--142222	18	4.0	18	72	3	65	34	16	12	36	1.87
144888--144974	25	3.5	24	74	9	68	0	14	10	74	1.06
144888--144964	23	3.2	23	73	20	68	0	15	9	75	1.04
146074--146255	27	6.8	26	85	6	204	35	20	25	19	1.96
146091--146255	54	3.1	53	87	8	235	35	21	24	18	1.96
146091--146255	81	2.0	81	89	4	253	35	21	24	18	1.96
146364--146437	28	2.8	26	85	4	85	31	8	22	37	1.84
147886--147993	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
151564--151588	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
151561--151633	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151847--151887	13	3.2	13	86	3	57	60	7	0	31	1.24
153833--153885	27	2.0	25	85	7	70	58	9	11	20	1.60
157200--157286	40	2.1	41	87	2	122	22	1	9	66	1.27
157513--157674	3	53.3	3	69	15	66	31	8	1	58	1.39
157513--157574	14	4.3	15	80	10	76	35	6	0	58	1.24
157552--157594	17	2.5	17	80	0	50	34	6	0	58	1.25
157566--157640	23	3.3	22	74	20	66	30	8	1	60	1.34
157757--157802	7	6.7	7	83	11	51	39	0	4	56	1.19
157893--157935	3	14.3	3	87	0	59	27	0	4	67	1.10
157894--157935	15	2.8	15	92	0	66	26	0	4	69	1.08
157893--157935	18	2.4	18	96	0	77	27	0	4	67	1.10
157894--157941	15	3.2	15	82	5	62	27	0	4	68	1.07
167843--167908	27	2.4	27	92	0	105	40	13	28	16	1.87
169214--169271	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
169215--169272	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
169217--169272	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
170593--170631	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
170871--171005	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
171128--171168	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
172537--172579	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
173148--173216	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
173148--173216	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173197--173287	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
173432--173486	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
173438--173486	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
173339--173666	156	2.1	156	95	0	584	42	3	7	46	1.49
173608--173642	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
173525--173803	137	2.0	136	93	1	407	44	3	5	46	1.43
173567--173777	67	3.1	67	68	20	193	47	3	2	45	1.33
173745--173779	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
173873--173899	13	2.1	13	100	0	54	25	0	22	51	1.48
179638--179773	67	2.0	67	100	0	272	47	16	8	26	1.76
184864--184955	43	2.1	43	100	0	184	32	2	25	40	1.68
198784--198812	6	4.8	6	100	0	58	17	31	17	34	1.93
214370--214428	22	2.7	22	76	23	70	52	5	6	35	1.50
214615--214660	18	2.5	19	79	10	51	58	0	6	34	1.24
214792--214842	9	5.7	9	77	13	52	58	9	0	31	1.30
217604--217645	13	3.0	15	73	20	54	64	7	4	23	1.38
220810--220864	6	9.3	6	90	4	67	20	43	18	18	1.88
221971--222053	6	13.8	6	87	5	87	2	27	32	37	1.70
231407--231450	23	1.9	23	95	0	79	34	15	20	29	1.94
232383--232407	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
244255--244292	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
244522--244692	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244517--244689	46	3.7	46	77	10	190	28	28	21	21	1.98
245112--245171	30	2.0	30	86	0	84	31	25	5	38	1.77
247033--247095	30	2.1	30	93	0	108	55	15	3	25	1.55
249126--249301	50	3.5	50	85	0	235	36	15	22	25	1.93
249277--249394	31	3.8	31	93	0	200	27	19	27	25	1.99
249413--249553	49	2.9	49	86	5	171	29	12	25	31	1.93
259116--259140	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
269051--269083	16	2.0	17	88	5	50	63	12	18	6	1.48
269315--269389	6	12.5	6	91	0	96	13	29	34	22	1.92
283895--283946	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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