genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59904865--59904999	40	3.3	40	84	5	173	25	22	25	25	2.00
59912167--59912343	27	6.5	27	83	5	178	30	27	15	26	1.96
59912898--59912922	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
59915992--59916136	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
59921414--59921467	21	2.6	20	82	8	63	35	3	25	35	1.74
59921752--59921789	15	2.5	15	87	8	51	42	2	5	50	1.39
59921868--59921906	16	2.3	18	83	16	57	64	0	2	33	1.08
59926524--59926805	150	1.9	148	82	2	359	23	29	18	28	1.98
59926524--59926809	50	5.8	50	81	3	283	23	28	18	29	1.98
59931773--59931803	15	2.1	15	93	0	53	12	6	3	77	1.08
59935229--59935366	46	3.0	46	94	0	231	39	14	23	23	1.91
59935244--59935382	46	3.0	46	91	2	208	41	14	22	21	1.89
59939790--59940012	79	2.8	80	83	6	231	26	28	21	24	1.99
59939792--59940012	119	1.9	120	81	6	279	26	28	21	24	1.99
59939790--59940012	40	5.6	40	82	7	258	26	28	21	24	1.99
59947828--59947996	40	4.2	41	89	3	240	27	28	20	24	1.99
59947828--59948050	79	2.8	80	82	6	222	26	27	21	24	1.99
59963375--59963418	22	2.0	21	83	12	54	38	22	4	34	1.75
59971205--59971235	16	1.9	16	93	0	53	38	16	22	22	1.92
59980374--59980530	43	3.7	43	78	10	169	26	17	24	31	1.97
59991621--59991694	35	2.1	35	94	0	130	43	13	14	28	1.84
59991721--59991770	24	2.1	24	88	7	75	38	4	8	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59993511--59993546	17	2.1	17	100	0	72	25	27	5	41	1.77
59998733--59998767	11	3.2	11	83	0	52	31	17	20	31	1.95
59999224--59999309	31	2.8	31	85	7	86	46	19	3	30	1.67
60011776--60011832	24	2.4	24	87	0	78	35	5	12	47	1.64
60013996--60014121	43	2.9	44	73	11	109	34	23	15	26	1.95
60019055--60019105	25	2.0	25	96	0	93	19	11	13	54	1.69
60022761--60022788	14	2.0	14	100	0	56	7	14	0	78	0.95
60024165--60024290	44	2.8	46	83	6	159	23	31	19	25	1.98
60041903--60041957	29	1.9	29	85	3	76	34	23	18	23	1.96
60045457--60045492	17	2.1	17	100	0	72	33	22	16	27	1.95
60045547--60045722	46	3.8	46	80	14	209	20	19	29	30	1.97
60045544--60045715	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
60050820--60051016	100	2.0	99	89	5	299	36	25	10	27	1.88
60052871--60052939	34	2.0	34	100	0	138	26	28	8	36	1.86
60073881--60074048	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
60073904--60074048	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
60077649--60077702	22	2.5	22	96	0	99	27	33	22	16	1.95
60079553--60079666	41	2.8	41	87	0	165	19	19	25	35	1.95
60079553--60079688	41	3.3	40	84	4	157	19	19	25	35	1.96
60095919--60095984	32	2.1	32	100	0	132	21	13	30	34	1.92
60113838--60113999	45	3.8	44	82	8	160	25	20	30	22	1.98
60114487--60114519	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60119922--60119974	19	2.7	19	73	5	52	71	1	7	18	1.19
60122104--60122144	19	2.2	19	100	0	82	31	9	19	39	1.84
60122406--60122438	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
60128559--60128733	45	3.9	45	96	0	323	22	21	28	28	1.99
60129305--60129337	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
60131604--60131864	78	3.3	79	85	3	368	34	14	11	39	1.82
60131878--60132037	87	1.8	87	86	2	232	35	10	11	41	1.77
60133429--60133509	25	3.3	25	77	3	92	28	24	16	30	1.96
60133429--60133514	24	3.5	24	79	6	93	27	23	16	32	1.96
60133413--60133550	49	2.8	49	81	4	163	28	21	18	31	1.97
60133482--60133558	25	3.1	25	75	14	79	29	23	16	29	1.96
60134601--60134744	72	2.0	72	91	5	238	43	11	20	24	1.84
60137138--60137172	18	1.9	18	100	0	70	31	0	17	51	1.45
60137472--60137501	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
60150215--60150432	40	5.5	40	90	2	298	22	22	28	25	1.99
60158418--60158635	40	5.5	40	88	2	289	22	22	29	25	1.99
60161363--60161441	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
60161560--60161851	47	6.1	47	90	3	431	28	30	8	31	1.88
60161560--60161851	96	3.0	96	92	2	462	28	30	8	31	1.88
60171157--60171265	43	2.5	43	83	5	132	26	20	22	31	1.98
60172156--60172193	19	2.0	19	94	0	67	36	7	28	26	1.84
60175865--60175899	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60176505--60176638	25	5.4	25	92	4	202	29	21	20	29	1.98
60176505--60176638	51	2.7	50	89	7	202	29	21	20	29	1.98
60176688--60176744	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
60184501--60184583	24	3.4	24	85	6	105	30	21	19	28	1.98
60184633--60184689	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
60195367--60195506	53	2.6	55	85	4	187	22	25	17	35	1.96
60195372--60195567	55	3.6	53	80	7	191	22	23	17	36	1.95
60195547--60195762	47	4.6	47	95	0	369	25	24	13	36	1.92
60216563--60216629	29	2.2	31	81	5	84	35	10	13	40	1.79
60216814--60216870	29	1.9	30	89	3	89	50	12	3	33	1.57
60216259--60216862	310	2.0	309	85	1	834	40	9	10	39	1.71
60229137--60229161	10	2.5	10	100	0	50	56	20	12	12	1.67
60229732--60229765	17	2.0	17	88	0	50	79	5	0	14	0.91
60231850--60231884	16	2.1	17	89	5	54	45	8	11	34	1.71
60232021--60232054	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
60242837--60242903	22	3.0	22	75	2	71	44	7	13	34	1.72
60247481--60247506	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
60248172--60248366	100	2.0	100	91	0	318	28	11	26	34	1.91
60250291--60250316	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
60251119--60251180	30	2.1	30	100	0	124	30	12	14	41	1.83
60252451--60252530	40	2.0	40	90	0	124	36	26	15	22	1.93
60259206--60259252	16	2.9	16	77	0	58	17	4	2	76	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60278719--60278939	40	5.6	40	85	3	232	25	28	21	24	1.99
60278871--60278948	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
60286592--60286814	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
60286746--60286823	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
60292983--60293042	5	12.2	5	75	16	54	20	3	1	75	1.04
60292978--60293068	9	9.6	9	69	19	51	21	4	2	71	1.15
60293022--60293090	28	2.5	29	81	13	74	23	4	4	68	1.26
60293044--60293097	28	1.9	28	81	7	65	24	5	7	62	1.42
60295792--60295825	17	2.0	17	94	0	59	67	5	0	26	1.13
60299680--60300253	47	12.1	47	93	1	878	31	9	31	27	1.88
60300372--60300450	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
60312017--60312094	24	3.2	24	73	20	65	39	2	7	50	1.45
60312120--60312146	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
60314583--60314722	60	2.3	60	83	8	160	28	20	25	26	1.99
60316019--60316189	43	4.0	43	86	1	245	22	30	21	25	1.99
60319212--60319393	47	3.9	47	91	0	283	34	11	28	25	1.91
60319229--60319550	48	6.8	47	90	4	275	35	9	27	28	1.87
60319371--60319550	48	3.8	48	97	0	342	35	6	26	31	1.81
60319700--60319808	37	2.9	37	93	0	173	22	18	32	27	1.97
60326816--60326917	47	2.2	47	84	5	127	32	13	23	30	1.93
60328790--60328820	12	2.6	12	94	0	53	9	9	45	35	1.70
60331082--60331228	42	3.5	41	84	1	168	25	24	34	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60336152--60336246	50	1.9	49	95	2	149	55	11	5	27	1.57
60336152--60336249	49	2.0	50	95	2	180	56	11	5	27	1.55
60336636--60336690	26	2.1	26	90	6	85	32	0	5	61	1.19
60336954--60337006	24	2.2	24	83	12	65	62	0	0	37	0.96
60340675--60340784	57	1.9	59	85	7	154	28	17	20	33	1.95
60345559--60345699	27	5.2	26	81	6	165	18	23	23	34	1.96
60345559--60345699	54	2.6	53	89	2	210	18	23	23	34	1.96
60350577--60350682	26	4.2	26	87	4	162	32	6	24	36	1.81
60350584--60350682	50	2.0	50	93	0	171	31	7	25	36	1.83
60352280--60352420	27	5.2	26	83	6	174	17	23	23	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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