genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85180930--85181083	75	2.0	76	87	1	220	37	28	18	15	1.91
85183178--85183217	13	3.0	13	96	3	71	47	7	0	45	1.31
85184485--85184514	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
85185590--85185665	25	3.1	24	81	5	98	25	22	23	28	1.99
85185590--85185677	25	3.6	24	80	4	95	26	22	23	27	2.00
85187013--85187071	9	6.6	9	84	7	75	44	20	8	27	1.80
85187013--85187071	27	2.2	27	90	0	91	44	20	8	27	1.80
85187091--85187117	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
85187412--85187447	19	1.9	19	88	5	56	19	16	16	47	1.83
85192155--85192202	12	4.0	12	77	0	51	68	0	2	29	1.01
85192296--85192332	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
85193871--85194150	89	3.1	88	71	10	244	29	18	22	29	1.97
85193900--85194141	133	1.8	135	82	1	317	26	20	22	30	1.98
85194071--85194292	44	4.8	44	70	14	151	27	22	20	28	1.99
85194167--85194383	44	4.9	45	72	5	172	27	23	18	30	1.98
85194735--85194823	46	1.9	46	93	0	151	24	28	17	29	1.98
85194761--85194921	81	2.0	81	82	2	198	24	19	19	36	1.95
85206982--85207011	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
85207407--85207514	27	4.0	27	80	8	103	18	23	21	37	1.95
85217493--85217534	20	2.1	20	100	0	84	54	9	9	26	1.63
85217765--85217835	3	23.7	3	85	0	97	63	2	4	29	1.27
85218804--85218834	15	2.1	14	94	5	53	0	3	12	83	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85222962--85222987	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
85226473--85226510	16	2.3	17	90	4	60	44	0	2	52	1.14
85238714--85238850	40	3.5	40	89	1	204	24	28	21	25	1.99
85246520--85246655	38	3.6	38	83	10	147	25	28	20	25	1.99
85246520--85246657	37	3.7	38	84	10	151	25	28	21	24	1.99
85246540--85246658	38	3.1	39	86	10	165	25	29	21	23	1.99
85254351--85254525	40	4.4	40	89	3	257	26	29	20	24	1.99
85254351--85254525	79	2.2	80	88	6	259	26	29	20	24	1.99
85258166--85258340	46	3.8	46	80	15	207	28	29	20	22	1.98
85258173--85258345	93	1.9	93	92	0	292	27	30	20	22	1.98
85258171--85258360	46	4.1	46	75	15	151	28	29	20	22	1.98
85263049--85263276	48	4.9	48	74	7	207	28	24	21	26	1.99
85268877--85268910	12	2.8	12	83	16	52	35	8	0	55	1.31
85273348--85273379	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
85283355--85283519	41	4.1	40	79	9	172	29	19	24	26	1.98
85290911--85291075	41	4.1	40	79	9	172	29	19	24	26	1.98
85292049--85292222	27	6.5	26	82	6	213	35	23	23	17	1.96
85292052--85292222	54	3.2	54	94	0	306	35	23	23	18	1.96
85292327--85292400	26	2.8	26	79	4	76	32	9	21	36	1.86
85293843--85293950	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
85299196--85299408	27	7.9	27	78	12	215	35	22	23	18	1.96
85299233--85299408	54	3.3	54	95	0	316	34	23	25	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85299512--85299587	26	2.8	27	82	4	82	28	11	23	35	1.90
85301031--85301138	26	4.2	26	90	0	171	35	24	7	33	1.83
85307404--85307470	25	2.6	26	79	9	75	31	19	25	23	1.98
85311119--85311151	6	5.7	6	96	3	59	0	12	0	87	0.53
85315523--85315666	23	6.2	23	76	7	94	38	24	7	29	1.83
85331498--85331550	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
85336748--85336782	7	5.0	7	100	0	70	14	0	0	85	0.59
85336739--85336797	14	4.0	14	86	6	64	22	0	1	76	0.88
85336738--85336797	22	2.7	22	76	7	50	23	0	1	75	0.90
85337752--85337799	23	2.1	22	84	3	60	22	0	27	50	1.50
85337839--85338057	41	5.3	41	85	0	312	19	20	23	36	1.95
85338043--85338111	27	2.6	27	93	4	113	11	17	20	50	1.76
85340769--85340860	24	4.0	23	75	13	109	31	4	26	38	1.76
85347927--85348077	33	4.5	33	85	3	187	17	9	35	38	1.82
85347927--85348077	66	2.3	66	87	4	214	17	9	35	38	1.82
85350952--85351029	34	2.3	34	97	2	147	58	5	10	25	1.51
85351309--85351372	18	3.5	19	70	18	55	62	6	1	29	1.29
85353642--85353714	37	2.0	37	84	10	98	28	5	1	64	1.24
85353664--85353747	19	4.4	19	76	7	62	33	5	0	60	1.21
85353699--85353743	21	2.1	21	87	0	63	33	6	0	60	1.23
85353689--85353803	9	12.1	9	69	17	56	34	4	0	60	1.16
85353698--85353803	10	11.0	10	69	12	55	35	3	0	60	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85353757--85353820	26	2.3	29	82	10	73	35	1	1	60	1.15
85356948--85357010	29	2.1	29	85	5	81	25	1	9	63	1.34
85358952--85359283	161	2.1	161	99	0	657	41	15	11	31	1.82
85362518--85362558	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
85365882--85365967	43	2.0	43	95	0	154	26	24	13	34	1.93
85376991--85377038	25	2.0	24	91	4	78	43	4	2	50	1.33
85379645--85379677	15	2.1	16	88	5	50	0	54	0	45	0.99
85384091--85384126	16	2.2	16	100	0	72	22	19	38	19	1.93
85384842--85385131	120	2.4	120	91	3	476	42	3	4	50	1.38
85384972--85385027	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
85384903--85385102	61	3.3	61	68	19	175	41	3	6	49	1.44
85385083--85385117	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
85385071--85385345	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
85385230--85385264	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
85385426--85385520	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
85385501--85385552	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
85386444--85386477	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
85386467--85386503	18	2.1	17	90	5	56	48	2	2	45	1.30
85388005--85388080	27	2.8	28	78	11	86	36	22	14	26	1.92
85388134--85388212	27	2.9	27	81	9	97	30	26	11	31	1.91
85388139--85388223	27	3.2	26	80	5	89	28	24	10	36	1.89
85393681--85393738	26	2.2	26	81	0	62	27	15	13	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85395333--85395382	24	2.1	24	100	0	100	28	12	16	44	1.83
85396187--85396232	17	2.6	18	77	19	51	41	13	0	45	1.43
85396868--85396902	4	8.8	4	100	0	70	74	0	25	0	0.82
85402114--85402290	58	3.1	56	91	6	293	53	1	4	41	1.29
85402448--85402534	42	2.1	41	89	6	131	57	0	16	26	1.39
85406090--85406206	42	2.7	42	84	6	137	25	17	22	34	1.96
85406069--85406225	43	3.7	42	77	7	140	24	17	25	32	1.97
85408451--85408628	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
85408451--85408628	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
85408472--85408627	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
85416513--85416690	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
85416513--85416690	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
85416534--85416689	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
85420588--85420901	46	6.8	46	85	2	398	20	24	13	41	1.88
85420588--85420899	138	2.3	138	88	2	455	20	24	13	41	1.88
85421872--85421923	28	1.9	27	92	7	88	57	34	3	3	1.35
85424460--85424495	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
85424468--85424499	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
85432452--85432841	130	3.0	131	91	4	621	29	15	23	31	1.96
85432652--85432841	72	2.9	61	82	15	247	31	16	24	27	1.97
85432711--85432857	72	2.0	73	96	1	269	31	17	21	29	1.96
85432767--85433078	87	3.6	88	80	14	368	30	17	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85432852--85433018	76	2.2	75	88	5	246	30	17	19	32	1.95
85432709--85433752	171	6.2	161	74	17	731	29	17	19	33	1.95
85432943--85433118	95	1.9	95	87	0	262	30	19	17	32	1.95
85433098--85433392	80	3.7	80	75	16	254	30	16	18	34	1.93
85432711--85433523	414	2.0	394	83	7	1004	29	17	19	33	1.95
85433285--85433425	75	1.9	74	89	2	221	29	17	21	31	1.97
85432851--85433841	266	3.9	244	76	12	612	29	17	18	34	1.94
85433502--85433534	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
85433339--85433933	87	6.7	87	78	11	459	27	16	18	37	1.92
85432709--85433689	414	2.4	401	78	13	973	29	17	19	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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