genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64782925--64782976	27	2.0	26	88	3	77	34	19	26	19	1.95
64783599--64783932	27	12.4	27	84	4	347	23	21	18	35	1.96
64783600--64783928	54	6.1	54	85	1	419	24	21	18	35	1.96
64783600--64783928	81	4.1	81	87	1	455	24	21	18	35	1.96
64783914--64783983	27	2.6	27	86	6	97	25	7	22	44	1.78
64802371--64802799	47	9.1	47	93	1	696	32	9	30	28	1.88
64802918--64802996	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
64808763--64808791	13	2.1	14	93	6	51	48	13	3	34	1.60
64809033--64809099	32	2.1	32	88	0	98	28	26	8	35	1.87
64809150--64809328	28	6.4	28	70	10	89	24	28	19	27	1.99
64809173--64809303	28	4.7	28	72	14	110	23	25	20	29	1.99
64809150--64809267	56	2.1	56	89	4	177	25	27	18	28	1.98
64815467--64815533	32	2.1	32	94	0	116	28	26	8	35	1.87
64815583--64815849	28	9.5	28	68	8	141	24	28	17	28	1.98
64815576--64815848	56	4.9	56	85	4	329	24	28	17	28	1.98
64818848--64818921	27	2.7	27	80	12	80	37	20	10	31	1.87
64818901--64818960	27	2.2	27	87	0	84	45	16	11	26	1.82
64819409--64819470	28	2.2	28	88	0	88	22	22	25	29	1.99
64819857--64820029	27	6.4	27	85	2	240	34	19	21	24	1.96
64850755--64850859	43	2.4	43	88	0	156	33	22	15	28	1.95
64857844--64857869	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
64861039--64861133	42	2.3	42	86	0	127	33	14	22	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64864000--64864119	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	22	1.79
64865992--64866539	47	11.6	47	91	2	773	33	9	29	28	1.88
64865992--64866518	143	3.7	141	91	2	783	33	9	29	28	1.88
64873751--64873790	20	2.0	21	90	5	64	40	5	2	52	1.37
64873580--64873847	144	1.9	145	88	2	405	44	9	4	42	1.57
64877243--64877464	40	5.6	40	94	1	367	22	24	26	26	2.00
64883033--64883126	29	3.2	29	84	6	109	18	9	25	46	1.79
64886604--64886679	38	2.0	38	100	0	152	42	21	13	23	1.88
64886776--64886842	32	2.1	32	85	0	89	31	25	5	37	1.80
64886920--64887019	28	3.6	28	80	0	119	23	29	19	29	1.98
64886885--64887046	56	2.9	56	82	7	161	23	30	17	28	1.97
64889020--64889067	24	2.0	23	84	4	60	39	18	8	33	1.81
64891857--64891914	27	2.2	27	84	3	73	37	20	22	18	1.94
64892052--64892137	43	2.0	43	93	0	145	33	4	15	46	1.66
64904126--64904231	56	1.9	56	84	3	142	23	16	28	32	1.96
64906632--64906677	24	2.0	24	86	4	67	39	26	21	13	1.90
64906881--64906937	23	2.3	24	80	17	64	33	21	22	22	1.97
64912325--64912385	26	2.3	27	77	5	63	70	1	3	24	1.11
64913234--64913325	44	2.1	44	83	4	114	22	22	22	31	1.98
64916243--64916283	19	2.3	18	87	8	57	39	0	39	21	1.54
64919990--64920198	37	5.7	37	82	0	222	40	27	11	21	1.87
64926174--64926220	19	2.2	21	85	14	62	55	4	0	40	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64926800--64926853	28	1.9	28	88	0	81	24	11	1	62	1.37
64937453--64937679	49	4.6	49	85	2	292	26	18	26	28	1.98
64937453--64937687	99	2.4	100	86	2	321	25	19	26	28	1.99
64940242--64940333	40	2.3	40	88	0	130	21	14	25	39	1.91
64943683--64943716	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
64952685--64952756	36	2.0	36	91	2	119	27	15	8	48	1.73
64955760--64955791	15	2.0	17	88	11	50	62	0	6	31	1.20
64956890--64956935	18	2.4	18	82	7	56	39	2	6	52	1.40
64957009--64957081	38	2.0	37	86	7	105	49	6	16	27	1.71
64957566--64957671	53	2.0	53	100	0	212	30	9	28	32	1.88
64979797--64979829	16	2.1	16	100	0	66	51	30	0	18	1.46
64982540--64982615	35	2.2	35	82	0	89	22	22	25	30	1.99
64985767--64985830	25	2.7	22	75	13	56	45	1	7	45	1.42
64988246--64988285	20	2.0	20	100	0	80	10	0	30	60	1.30
64991939--64992036	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
64991967--64992049	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
64991939--64992050	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
65006608--65007142	47	11.4	47	94	0	885	31	8	30	29	1.87
65007261--65007339	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
65025872--65026054	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
65025873--65026056	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
65025925--65026079	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65027748--65027814	28	2.4	28	87	0	89	31	32	11	23	1.91
65037567--65037744	89	2.0	92	85	7	249	10	22	10	56	1.64
65038861--65038898	20	1.9	20	89	10	60	65	0	2	31	1.06
65041648--65041770	43	2.9	42	77	7	149	30	16	25	27	1.96
65041848--65041916	34	2.0	34	97	0	129	39	7	20	33	1.80
65044172--65044290	46	2.6	46	83	4	141	26	21	15	36	1.93
65050010--65050129	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
65053862--65053897	18	2.0	18	100	0	72	22	11	22	44	1.84
65057043--65057121	39	2.1	38	92	2	131	35	6	22	35	1.80
65057573--65057655	42	2.0	42	90	4	132	37	16	19	26	1.93
65057572--65057719	42	3.5	42	80	6	120	36	16	20	26	1.94
65058401--65058439	18	2.2	18	90	0	60	43	15	17	23	1.87
65058781--65058941	27	6.0	27	87	2	216	43	18	13	24	1.86
65058786--65058941	81	1.9	81	89	2	242	43	17	13	25	1.85
65061117--65061301	40	4.7	40	81	6	198	26	28	21	24	1.99
65077866--65077991	28	4.5	28	91	1	200	31	30	13	24	1.93
65077866--65078016	28	5.4	28	88	1	169	31	30	13	24	1.93
65084772--65085184	47	8.8	47	96	0	718	31	8	30	29	1.87
65085303--65085381	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
65086595--65087053	40	11.4	40	92	0	657	23	21	27	27	1.99
65090874--65091333	47	9.8	47	96	0	830	32	8	30	29	1.87
65091452--65091530	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65095408--65095531	39	3.2	39	78	0	131	24	19	27	29	1.98
65108613--65108654	21	2.0	21	100	0	84	38	14	23	23	1.92
65115148--65115173	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
65115656--65115775	56	2.1	56	96	0	222	45	9	23	21	1.80
65117234--65117732	47	10.6	47	92	3	704	33	8	30	28	1.87
65117511--65117588	25	3.2	25	68	23	76	28	7	32	32	1.85
65117583--65117704	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
65120052--65120136	39	2.2	39	86	2	125	25	22	28	23	1.99
65120013--65120156	40	3.6	40	81	10	152	24	22	27	25	2.00
65120131--65120646	40	12.9	40	92	0	791	24	20	27	26	1.99
65120809--65120860	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
65121914--65122033	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	23	1.81
65123489--65124087	47	12.6	47	93	2	855	33	9	29	28	1.88
65123489--65124087	96	6.3	94	91	2	855	33	9	29	28	1.88
65126098--65126176	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
65126294--65126471	49	3.7	49	96	2	315	30	30	8	30	1.87
65133197--65133391	39	5.0	39	91	0	302	25	29	22	22	1.99
65139372--65139543	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
65139365--65139540	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
65144026--65144106	37	2.2	38	88	2	119	48	12	17	22	1.80
65149656--65149681	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
65151182--65151257	40	1.9	40	94	0	134	27	21	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65151198--65151334	40	3.4	40	82	6	152	24	21	26	27	2.00
65157956--65157981	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
65163055--65163208	28	5.5	28	97	0	283	33	29	11	25	1.91
65163552--65163733	28	6.5	28	98	0	330	34	28	11	25	1.91
65163055--65164077	525	2.0	524	99	0	2028	30	26	11	31	1.92
65170866--65170991	28	4.5	28	96	1	227	33	29	11	25	1.92
65183097--65183133	6	6.2	6	87	12	58	32	0	16	51	1.45
65183098--65183134	18	2.1	17	95	5	65	35	0	16	48	1.46
65187250--65187751	126	4.0	126	90	0	801	28	19	17	34	1.94
65188280--65188350	19	3.8	19	81	12	85	42	18	1	38	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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