genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70803756--70803819	22	2.9	22	81	9	85	21	20	23	34	1.97
70803978--70804085	27	4.0	27	78	5	112	19	21	21	37	1.94
70803978--70804085	54	2.0	53	81	1	126	19	21	21	37	1.94
70804225--70804327	6	16.8	6	70	15	68	18	18	14	48	1.81
70804213--70804267	25	2.2	25	86	0	74	20	21	12	45	1.84
70804225--70804318	37	2.5	37	87	0	134	18	19	13	48	1.80
70810880--70810949	8	8.2	8	71	22	54	60	1	1	37	1.15
70810882--70810936	25	2.1	26	90	6	85	60	1	1	36	1.18
70810881--70810946	25	2.5	26	79	16	82	59	1	1	37	1.16
70810881--70810942	18	3.5	18	76	10	65	59	1	1	37	1.17
70823748--70823831	42	2.0	42	100	0	168	35	2	23	38	1.68
70827002--70827057	27	2.1	27	100	0	112	39	7	21	32	1.80
70835400--70835449	20	2.5	20	90	0	73	24	32	0	44	1.54
70838875--70838964	29	3.1	29	96	0	162	44	20	4	31	1.71
70845938--70846049	43	2.7	43	84	2	138	29	24	16	30	1.96
70848444--70848491	25	1.9	25	83	8	62	33	20	18	27	1.96
70854694--70854739	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
70854728--70854773	24	1.9	24	82	8	58	65	2	10	21	1.35
70857921--70858237	27	11.7	27	86	0	400	28	22	9	40	1.84
70857901--70858266	81	4.5	81	82	1	367	30	21	8	39	1.84
70858034--70858302	54	5.0	54	81	0	180	33	22	7	36	1.82
70858216--70858436	27	8.2	27	79	6	171	41	21	7	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70858230--70858436	80	2.6	80	80	4	220	42	20	7	28	1.80
70858216--70858520	54	5.6	54	76	6	231	40	20	7	30	1.81
70858225--70858521	27	11.0	27	77	7	147	40	19	8	30	1.82
70858538--70858612	27	2.8	27	76	11	73	37	20	20	22	1.94
70858552--70858616	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
70859219--70859266	25	1.9	25	100	0	96	27	20	20	31	1.98
70859293--70859368	20	3.9	20	86	8	104	36	10	19	32	1.86
70859313--70859368	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
70859418--70859539	52	2.4	51	94	4	212	26	22	23	27	1.99
70859418--70859539	26	4.8	26	90	2	178	26	22	23	27	1.99
70859684--70859775	42	2.2	42	92	0	148	28	11	19	40	1.87
70859799--70859876	31	2.5	31	91	2	131	25	17	26	29	1.98
70863610--70863687	24	3.2	24	88	0	111	33	3	43	19	1.69
70865115--70865198	27	3.2	26	86	5	114	15	23	21	39	1.92
70871401--70871454	24	2.2	24	83	0	72	33	1	42	22	1.64
70887881--70887957	27	2.9	27	82	3	84	33	15	20	29	1.94
70888115--70888160	22	2.1	22	91	0	74	17	23	21	36	1.94
70890476--70890500	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
70895590--70895649	24	2.5	24	94	0	102	21	40	3	35	1.70
70897638--70897687	25	2.0	25	100	0	100	28	36	4	32	1.76
70901926--70902036	27	4.1	27	81	5	127	38	20	24	16	1.92
70901926--70902036	54	2.1	53	84	5	143	38	20	24	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70903469--70903545	24	3.2	24	92	0	118	20	41	3	33	1.71
70905187--70905289	28	3.7	28	84	0	125	28	28	12	31	1.93
70905275--70905382	41	2.7	41	84	7	132	32	29	17	20	1.96
70910736--70910765	14	2.1	14	100	0	60	43	6	20	30	1.77
70911197--70911877	27	25.6	27	83	5	699	38	20	9	31	1.85
70911196--70911877	53	12.8	53	86	3	777	38	20	9	31	1.85
70911196--70911771	158	3.6	158	91	1	886	38	20	10	31	1.85
70912351--70912376	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
70915559--70915588	14	2.1	14	100	0	60	43	6	20	30	1.77
70919583--70919641	28	2.2	27	85	11	77	22	8	18	50	1.73
70931221--70931345	43	2.9	43	86	2	144	31	26	16	25	1.97
70932859--70933253	135	2.9	135	90	0	610	24	22	21	30	1.99
70934686--70934739	22	2.5	21	72	3	54	18	35	29	16	1.93
70937519--70937635	27	4.3	27	84	0	135	24	21	17	36	1.94
70944476--70944736	40	6.6	40	83	6	318	24	21	28	24	1.99
70944526--70944734	79	2.6	79	95	2	366	24	22	28	24	1.99
70950016--70950197	28	6.5	28	94	0	294	34	28	11	25	1.91
70953725--70954022	80	3.8	79	78	6	266	26	21	26	25	1.99
70953725--70953987	40	6.6	40	84	4	264	25	21	26	26	1.99
70960803--70961018	40	5.4	40	86	7	212	26	20	26	25	1.99
70960756--70961053	80	3.8	79	79	6	275	26	21	27	25	1.99
70965714--70965901	40	4.7	40	93	0	315	26	22	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70965714--70965934	80	2.8	80	87	2	331	26	22	27	23	1.99
70981352--70981380	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
70985543--70985611	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
70989481--70989569	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
70989481--70989549	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
70993711--70993739	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
70996505--70996544	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
71008276--71008300	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
71021094--71021182	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
71021094--71021162	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
71025299--71025327	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
71028087--71028126	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
71052519--71052576	28	2.1	28	83	6	73	29	8	25	36	1.86
71053800--71053836	19	1.9	19	100	0	74	24	5	21	48	1.71
71056887--71057002	42	2.8	42	78	10	112	22	16	31	29	1.96
71058335--71058372	13	2.9	13	100	0	76	31	28	39	0	1.57
71061822--71062041	40	5.6	40	80	5	232	25	22	26	25	2.00
71061822--71062041	80	2.8	80	83	5	261	25	22	26	25	2.00
71063443--71063655	46	4.6	46	94	1	338	21	23	13	41	1.88
71065543--71065575	9	3.8	9	92	4	50	0	24	3	72	0.98
71068399--71068467	22	3.1	23	83	8	90	43	17	21	17	1.88
71069753--71069980	46	5.0	46	93	1	350	21	22	13	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71072719--71072796	29	2.6	30	76	15	81	25	5	17	51	1.66
71072886--71072925	19	2.0	21	90	9	66	60	0	0	40	0.97
71073390--71073416	9	3.0	9	100	0	54	88	11	0	0	0.50
71074277--71074302	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
71085255--71085322	21	3.2	21	68	0	55	45	19	19	16	1.85
71085222--71085317	42	2.3	42	88	0	138	42	16	23	16	1.88
71086990--71087032	18	2.4	18	80	0	50	39	6	9	44	1.64
71087978--71088019	18	2.3	19	95	4	77	16	45	28	9	1.79
71089780--71090035	80	3.2	80	90	3	367	23	22	26	26	2.00
71089780--71090009	40	5.8	40	92	1	356	23	22	27	26	1.99
71097423--71097586	40	4.1	40	86	5	226	23	21	28	26	1.99
71105568--71105739	40	4.3	40	80	6	190	24	22	26	26	2.00
71105568--71105730	80	2.1	79	84	5	213	23	22	26	27	1.99
71116220--71116271	2	26.0	2	100	0	104	0	0	50	50	1.00
71117319--71117415	49	2.0	49	97	0	185	42	14	16	26	1.87
71120451--71120632	40	4.6	41	81	12	204	25	22	26	24	2.00
71120451--71120632	79	2.3	81	82	11	218	25	22	26	24	2.00
71120503--71120667	79	2.1	79	81	8	185	26	21	27	24	1.99
71128365--71128548	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
71128365--71128548	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
71128417--71128581	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
71129886--71130048	1	163.0	1	100	0	326	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71136529--71136560	14	2.2	15	94	5	57	68	9	9	12	1.39
71144887--71144942	24	2.2	26	78	15	64	42	7	8	41	1.63
71156808--71156972	40	4.2	40	81	6	185	24	20	26	28	1.99
71159061--71159210	27	5.6	27	83	1	167	24	26	16	32	1.96
71162107--71162276	46	3.7	46	74	13	168	21	20	28	29	1.98
71162097--71162269	93	1.9	93	92	0	292	22	20	28	28	1.99
71172293--71172342	23	2.2	22	86	6	73	24	18	32	26	1.97
71172299--71172345	23	2.0	23	95	0	85	23	17	29	29	1.97
71176146--71176232	43	2.0	45	81	4	106	33	10	26	29	1.90
71176036--71176360	176	1.8	177	90	0	526	29	18	25	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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