genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3420043--3420076	11	3.1	11	86	0	50	70	14	2	11	1.27
3421462--3421740	121	2.3	120	89	3	420	46	7	12	34	1.69
3424300--3424502	46	4.3	48	88	7	256	36	14	21	28	1.92
3424234--3424502	98	2.7	98	92	0	448	35	14	21	28	1.93
3424466--3424611	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
3447205--3447247	22	2.0	22	86	9	61	55	2	0	41	1.12
3455058--3455095	18	2.1	19	85	5	51	44	2	2	50	1.30
3460305--3460379	37	2.0	37	100	0	150	36	21	5	37	1.76
3466987--3467044	29	2.0	29	96	0	107	43	13	17	25	1.86
3479742--3479780	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
3485524--3485564	20	2.0	20	86	9	57	46	0	4	48	1.23
3488942--3488973	15	2.1	15	100	0	64	12	25	18	43	1.85
3519213--3519341	46	2.9	44	85	10	158	23	29	23	24	1.99
3519334--3519496	38	4.2	38	91	1	227	29	26	22	21	1.99
3522279--3522345	33	2.0	33	97	0	125	34	16	8	40	1.80
3524903--3525017	46	2.6	44	85	8	137	28	27	21	21	1.99
3525015--3525134	38	3.1	38	89	2	168	30	25	21	23	1.99
3528147--3528215	16	4.1	16	71	20	52	33	2	0	63	1.09
3528215--3528260	16	2.9	16	78	12	51	43	0	4	52	1.21
3530810--3530844	17	2.1	17	100	0	70	48	0	5	45	1.26
3534708--3534851	72	2.0	72	83	5	184	22	17	22	37	1.94
3539205--3539243	19	2.1	19	100	0	78	20	0	25	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3540847--3540871	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
3548832--3548857	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
3570476--3570540	21	3.1	21	71	18	64	36	4	3	55	1.36
3575028--3575054	14	1.9	14	100	0	54	40	7	7	44	1.60
3588300--3588354	16	3.5	16	73	14	51	60	14	0	25	1.35
3588713--3588744	3	10.7	3	93	0	55	0	28	0	71	0.86
3595585--3595694	39	2.9	38	86	5	170	37	21	26	14	1.92
3595585--3595694	36	2.9	37	87	4	168	37	21	26	14	1.92
3598789--3598964	46	3.8	46	77	12	198	20	19	30	30	1.97
3598786--3598956	93	1.8	93	92	0	288	20	19	30	29	1.97
3602080--3602254	46	3.8	46	78	13	196	29	30	18	21	1.97
3602088--3602258	93	1.8	93	91	0	279	29	30	19	21	1.97
3607620--3607731	59	1.9	59	85	3	154	42	10	8	38	1.69
3622960--3623038	39	2.0	39	97	0	149	43	12	26	17	1.85
3633759--3633822	28	2.3	28	94	0	110	28	9	3	59	1.44
3651496--3651639	46	3.2	46	81	6	143	19	17	15	47	1.82
3651563--3651791	46	5.0	46	86	0	296	24	19	13	43	1.87
3651529--3651789	138	1.9	138	85	1	362	22	18	13	45	1.84
3653875--3653909	11	3.2	11	91	0	61	71	0	2	25	1.00
3653877--3653952	20	3.8	20	76	13	59	61	3	1	32	1.22
3654555--3654625	35	2.0	35	100	0	142	30	25	9	33	1.88
3655303--3655362	31	1.9	31	86	6	86	40	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3657916--3657975	24	2.5	24	79	15	61	60	3	3	33	1.30
3660921--3661039	60	2.0	60	86	3	168	18	14	42	25	1.88
3664994--3665044	20	2.7	19	76	8	50	47	3	0	49	1.20
3665843--3665880	18	2.1	18	85	9	51	23	5	0	71	1.07
3667628--3667690	33	1.9	33	83	0	81	42	9	7	39	1.67
3685875--3685960	40	2.2	40	97	0	163	48	12	15	23	1.79
3697601--3697699	19	5.2	18	67	25	53	39	3	2	55	1.27
3699151--3699582	213	2.0	215	93	1	742	30	14	17	37	1.89
3714554--3714596	22	2.0	21	81	4	50	48	0	0	51	1.00
3714580--3714622	14	2.9	14	82	6	50	48	0	4	46	1.22
3723611--3723655	22	2.1	21	91	4	72	11	20	31	37	1.87
3723680--3723925	43	5.7	43	89	0	314	26	29	17	26	1.97
3723680--3723925	128	1.9	129	84	2	334	26	29	17	26	1.97
3728480--3728520	21	2.0	21	95	0	73	29	43	0	26	1.55
3728718--3728771	22	2.3	24	84	9	76	62	0	0	37	0.95
3728801--3728863	22	2.9	22	85	4	83	38	42	0	19	1.51
3728876--3728916	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
3728879--3728925	15	3.3	15	82	8	53	42	29	0	27	1.56
3729150--3729265	41	2.8	40	88	6	162	27	30	20	21	1.98
3729301--3729379	39	2.0	39	92	2	131	25	20	15	39	1.91
3729301--3729438	40	3.5	40	76	5	136	23	20	17	39	1.92
3731667--3731760	42	2.2	42	86	3	136	43	17	19	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3735187--3735223	20	1.9	18	89	10	56	21	0	8	70	1.13
3736786--3736886	21	4.4	23	73	20	79	52	0	1	44	1.19
3747944--3747984	22	1.9	22	85	14	59	58	0	4	36	1.20
3747949--3748034	10	8.9	9	74	14	57	62	1	2	33	1.15
3747966--3748030	28	2.2	29	78	13	71	63	1	1	33	1.13
3757987--3758011	6	4.2	6	100	0	50	32	20	32	16	1.94
3784180--3784226	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
3806781--3806916	33	4.3	33	78	12	167	7	17	13	61	1.55
3806796--3806850	18	3.2	17	71	23	53	7	14	16	61	1.54
3806831--3806892	28	2.2	28	82	2	72	8	16	14	61	1.55
3807984--3808039	21	2.6	22	91	2	87	21	12	25	41	1.88
3811481--3811507	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
3812905--3813099	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
3813132--3813165	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
3813132--3813170	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
3813136--3813175	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
3813255--3813389	15	8.9	15	67	24	70	42	2	3	51	1.32
3813131--3813349	120	1.8	119	89	6	345	40	3	5	50	1.44
3813357--3813398	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
3813348--3813645	154	1.9	156	95	2	537	47	5	3	44	1.40
3813498--3813532	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
3813765--3813803	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3813778--3813834	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
3813957--3813996	21	1.9	21	89	0	62	65	5	30	0	1.14
3813963--3814015	16	3.5	14	78	21	54	69	3	26	0	1.05
3821586--3821824	41	5.8	41	90	4	340	27	20	23	28	1.99
3828726--3829084	41	8.8	41	93	2	571	27	19	23	30	1.98
3834047--3834077	5	6.2	5	92	0	53	41	0	0	58	0.98
3837672--3837953	150	1.9	150	99	0	555	45	14	10	29	1.78
3837994--3838029	18	2.0	18	94	0	63	58	27	8	5	1.50
3838013--3838312	41	7.4	41	87	1	433	35	25	21	18	1.96
3838013--3838312	81	3.7	82	87	1	433	35	25	21	18	1.96
3838013--3838312	122	2.5	123	90	1	469	35	25	21	18	1.96
3850137--3850188	26	2.0	26	96	0	95	34	11	21	32	1.89
3853782--3853830	24	2.0	24	96	0	89	28	18	16	36	1.92
3858179--3858207	13	2.2	13	100	0	58	48	13	31	6	1.69
3863770--3863883	56	2.0	57	96	1	212	33	13	12	41	1.81
3864770--3864795	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
3866569--3866600	9	3.4	9	95	4	55	12	53	0	34	1.39
3871813--3872040	46	5.0	46	85	3	271	41	14	23	21	1.89
3884008--3884054	20	2.3	21	85	7	62	65	2	2	29	1.15
3887992--3888103	39	2.8	40	76	8	113	30	25	20	23	1.98
3889665--3889700	5	7.0	5	93	6	63	61	0	0	38	0.96
3892311--3892343	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3896734--3896826	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
3897179--3897221	3	14.7	3	80	4	52	60	4	0	34	1.17
3897915--3897948	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
3897937--3897987	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
3898137--3898173	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
3904882--3904940	25	2.4	25	85	0	73	25	27	20	27	1.99
3912708--3912754	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
3919987--3920060	38	1.9	38	94	0	130	51	12	10	25	1.71
3923645--3923692	24	2.0	24	83	4	60	31	6	0	62	1.20
3924299--3924335	8	4.6	8	100	0	74	37	0	0	62	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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