genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86334502--86334543	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
86334500--86334547	22	2.3	23	82	17	68	43	2	0	54	1.12
86341088--86341201	27	4.2	27	82	5	149	32	21	14	31	1.93
86341088--86341201	54	2.1	54	88	1	165	32	21	14	31	1.93
86341194--86341238	23	2.0	23	95	0	81	24	24	24	26	2.00
86344777--86344808	15	2.1	15	94	0	55	31	9	6	53	1.58
86344909--86345059	42	3.6	42	80	7	171	31	15	23	29	1.95
86350041--86350171	42	3.0	41	76	10	120	20	16	25	37	1.93
86350045--86350202	43	3.7	43	72	12	137	22	17	26	33	1.96
86361290--86361317	14	2.0	14	100	0	56	14	0	0	85	0.59
86362344--86362383	13	3.1	13	85	0	53	80	0	0	20	0.72
86362355--86362383	7	4.3	7	91	8	51	86	0	0	13	0.58
86371359--86371492	64	2.1	65	87	5	193	47	5	17	29	1.70
86372220--86372489	134	2.0	134	98	0	522	40	12	12	34	1.81
86374432--86374699	48	5.6	48	83	1	288	27	30	16	24	1.97
86376662--86376751	27	3.3	27	85	0	117	32	26	15	25	1.96
86376684--86376818	66	2.0	67	85	1	182	33	25	14	27	1.94
86376769--86376845	27	2.8	28	86	2	111	29	19	14	36	1.91
86376663--86376836	93	1.9	93	82	3	224	31	25	13	29	1.93
86388421--86388645	122	1.9	120	85	5	310	40	12	18	28	1.87
86394482--86394520	21	1.9	20	84	5	51	28	12	12	46	1.79
86396172--86396228	6	9.5	6	80	0	69	38	15	12	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86396172--86396228	18	3.2	18	94	0	96	38	15	12	33	1.85
86408081--86408378	46	6.5	46	93	1	465	39	14	24	22	1.91
86408032--86408378	138	2.6	136	88	5	485	38	14	23	23	1.91
86408649--86408695	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
86424621--86424645	12	2.1	12	100	0	50	40	16	36	8	1.77
86429735--86429789	25	2.2	26	83	3	67	69	9	5	16	1.34
86435062--86435118	24	2.3	25	84	6	71	52	1	1	43	1.21
86440195--86440459	68	3.9	66	80	4	219	37	15	20	26	1.92
86440225--86440459	67	3.5	67	78	7	217	37	14	20	27	1.92
86441447--86441567	42	2.9	41	80	2	118	15	21	19	43	1.87
86454120--86454149	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
86456017--86456222	46	4.5	46	72	11	154	24	28	18	28	1.98
86463638--86463810	46	3.7	45	76	7	159	24	27	19	28	1.98
86465552--86465593	22	1.9	22	85	0	57	57	2	7	33	1.39
86469986--86470037	24	2.2	24	96	3	97	17	5	7	69	1.33
86486001--86486089	37	2.4	37	94	0	151	24	32	21	21	1.98
86486230--86486558	48	6.9	48	93	1	561	31	27	6	34	1.83
86490640--86490671	5	6.6	5	92	7	57	81	0	18	0	0.70
86501227--86501315	20	4.6	20	74	14	96	50	11	12	25	1.73
86501211--86501290	37	2.2	37	93	0	133	53	12	7	26	1.64
86502427--86502482	10	5.2	10	77	14	58	32	3	1	62	1.23
86502430--86502482	22	2.4	23	81	9	65	32	3	1	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86502429--86502472	5	8.4	5	80	9	52	31	2	2	63	1.19
86502429--86502472	11	4.2	10	82	8	52	31	2	2	63	1.19
86507338--86507599	39	6.7	38	89	3	371	29	29	22	18	1.98
86507338--86507599	78	3.3	78	91	2	409	29	29	22	18	1.98
86509734--86509768	3	11.7	3	87	0	52	28	31	2	37	1.72
86511802--86511844	18	2.5	17	82	14	52	60	6	2	30	1.35
86517462--86517517	23	2.5	22	80	8	67	32	7	1	58	1.35
86523144--86523228	39	2.2	38	83	6	107	44	22	14	18	1.85
86523207--86523314	40	2.7	40	82	5	121	31	18	24	25	1.97
86523888--86523967	21	3.8	19	80	9	70	30	1	35	33	1.66
86523900--86523968	7	9.9	7	73	6	59	30	0	37	31	1.58
86524875--86525139	75	3.3	81	72	15	217	35	11	22	30	1.90
86526647--86526685	20	2.0	19	85	5	51	61	17	0	20	1.34
86527942--86527988	24	2.0	24	86	0	67	31	19	6	42	1.76
86528153--86528228	39	1.9	39	94	0	134	39	0	5	55	1.23
86528172--86528228	19	2.9	21	71	15	66	42	0	1	56	1.10
86528154--86528217	19	3.3	19	70	12	58	39	0	6	54	1.26
86528332--86528496	27	6.1	27	84	7	194	44	23	1	30	1.61
86528332--86528496	9	18.3	9	82	6	174	44	23	1	30	1.61
86533956--86534028	21	3.5	21	86	0	92	30	19	46	4	1.68
86534261--86534341	31	2.5	31	86	4	99	13	4	17	64	1.45
86540986--86541088	41	2.5	40	89	3	170	33	22	21	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86541224--86541258	17	2.0	17	88	5	52	20	0	14	65	1.26
86541821--86541859	18	2.2	18	95	0	69	33	0	15	51	1.44
86541982--86542038	29	2.0	29	82	6	71	31	0	21	47	1.51
86545018--86545151	64	2.1	64	92	0	223	37	10	4	47	1.58
86545031--86545165	64	2.1	64	83	4	175	40	8	4	47	1.53
86545199--86545269	24	3.0	24	77	8	81	28	18	7	46	1.75
86545311--86546015	241	2.9	241	97	0	1324	33	17	15	33	1.91
86546134--86546261	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
86546151--86546228	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
86546147--86546259	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
86552102--86552179	31	2.4	33	76	8	88	15	2	19	62	1.43
86552114--86552180	31	2.2	31	86	0	89	17	2	17	61	1.47
86552255--86552412	43	3.7	43	96	0	280	22	32	19	25	1.98
86563150--86563181	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
86564829--86564858	16	1.9	15	93	6	51	43	0	10	46	1.37
86589031--86589133	46	2.2	48	87	3	147	35	14	24	25	1.93
86609248--86609350	46	2.2	48	87	3	147	35	14	24	25	1.93
86617057--86617240	40	4.6	41	80	12	199	25	22	27	24	2.00
86617057--86617240	79	2.3	81	81	11	213	25	22	27	24	2.00
86617109--86617273	79	2.1	79	81	8	185	26	21	27	24	1.99
86624606--86625351	374	2.0	375	95	0	1352	27	19	17	35	1.94
86628014--86628038	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86631984--86632047	20	3.2	20	70	0	56	20	18	21	39	1.93
86635288--86635329	4	10.5	4	100	0	84	23	0	0	76	0.79
86638291--86638338	24	2.0	25	88	12	73	33	25	6	35	1.81
86639418--86639575	79	2.0	79	91	2	255	30	22	18	27	1.98
86642757--86642786	15	1.9	16	93	6	53	20	20	33	26	1.97
86643236--86643287	26	2.0	26	100	0	104	38	7	15	38	1.76
86649328--86649409	32	2.7	29	81	12	87	26	35	0	37	1.57
86663626--86663907	95	3.0	95	97	0	537	32	15	18	32	1.93
86671196--86671331	69	2.0	69	89	0	209	37	8	13	40	1.75
86671789--86671834	16	2.9	16	83	0	56	30	23	2	43	1.66
86676320--86676367	18	2.9	16	79	11	60	25	8	2	64	1.32
86676526--86676577	26	2.0	26	81	11	61	28	5	7	57	1.50
86676613--86676722	26	4.3	26	72	4	80	24	6	7	61	1.45
86678191--86678245	27	2.0	27	85	0	74	12	14	10	61	1.56
86679164--86679291	27	4.7	26	70	9	69	27	17	27	27	1.98
86679299--86679496	81	2.4	81	82	1	218	19	16	26	38	1.92
86680841--86681120	93	3.0	93	91	0	434	26	20	24	28	1.99
86685916--86685956	20	2.0	21	95	4	75	36	9	24	29	1.87
86686766--86686895	66	2.0	66	83	6	165	42	11	19	26	1.85
86688230--86688255	11	2.4	11	100	0	52	34	19	0	46	1.50
86688576--86688695	60	2.0	59	96	1	222	30	11	15	41	1.83
86693961--86694028	31	2.2	32	94	2	120	32	7	16	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86698367--86698428	21	3.0	21	100	0	124	22	19	14	43	1.87
86698340--86698506	40	4.2	40	71	11	126	16	16	24	43	1.87
86699579--86699621	20	2.2	20	86	0	59	32	20	2	44	1.65
86712213--86712237	10	2.5	10	100	0	50	0	0	8	92	0.40
86730959--86731026	31	2.2	31	91	0	109	26	25	14	33	1.94
86731054--86731141	42	2.1	42	89	0	131	35	19	14	30	1.92
86731298--86731432	26	5.2	26	90	0	216	27	22	21	28	1.99
86731298--86731432	52	2.6	52	96	0	243	27	22	21	28	1.99
86733194--86733263	31	2.3	31	94	0	122	28	25	14	31	1.95
86733291--86733378	42	2.1	42	86	0	122	35	18	14	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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