genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28605273--28605406	46	3.0	44	81	4	142	35	11	23	29	1.91
28605280--28605406	44	2.8	45	81	4	139	33	11	24	30	1.91
28606857--28607082	114	2.0	114	88	0	337	41	11	10	36	1.76
28608784--28608840	25	2.3	25	75	9	62	56	5	7	31	1.49
28610811--28610875	29	2.2	29	83	5	78	41	1	3	53	1.25
28625948--28625976	9	3.2	9	100	0	58	24	44	10	20	1.82
28630407--28630455	21	2.4	20	86	6	71	22	28	8	40	1.82
28630628--28630758	21	6.3	21	83	3	176	45	17	22	14	1.85
28630628--28630758	61	2.1	63	91	2	212	45	17	22	14	1.85
28634463--28634526	22	2.9	22	80	0	74	42	17	25	15	1.88
28634508--28634598	25	3.6	25	83	8	121	40	19	20	18	1.91
28635448--28635485	18	2.1	18	95	0	67	5	18	5	71	1.25
28635472--28635512	12	3.5	12	84	12	50	0	29	2	68	1.03
28635567--28635607	21	2.1	18	86	13	55	48	4	0	46	1.23
28639829--28639877	5	10.8	5	75	20	54	69	0	14	16	1.19
28639822--28639877	13	4.2	14	86	6	73	71	0	12	16	1.15
28639830--28639873	9	5.0	9	91	5	72	70	0	11	18	1.16
28642646--28642683	12	3.2	12	81	11	51	0	31	0	68	0.90
28647125--28647167	19	2.2	20	87	4	61	48	6	6	37	1.57
28647178--28647254	5	15.4	5	100	0	154	40	0	0	59	0.97
28648180--28648293	37	2.9	40	73	15	119	27	18	22	31	1.97
28650622--28650715	32	2.9	32	83	10	95	50	8	0	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28650642--28650715	33	2.3	32	86	11	98	51	8	0	40	1.32
28656992--28657022	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
28657009--28657077	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
28658257--28658307	19	2.7	19	93	0	84	27	19	27	25	1.99
28664195--28664227	13	2.4	14	85	15	50	0	12	15	72	1.12
28664540--28664570	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
28667352--28667402	25	2.0	25	100	0	102	33	31	19	15	1.93
28668554--28668587	15	2.2	16	89	5	52	20	2	5	70	1.21
28668724--28668798	32	2.3	32	84	13	93	50	8	1	40	1.40
28673906--28673947	21	2.0	21	81	9	50	35	4	9	50	1.56
28679538--28679575	17	2.3	17	86	4	51	10	7	0	81	0.87
28683962--28684010	22	2.3	22	82	3	55	44	4	2	48	1.33
28684342--28684367	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
28686572--28686619	23	2.1	23	100	0	96	25	20	12	41	1.87
28692423--28692505	42	2.0	41	88	4	107	42	3	7	46	1.48
28692483--28692535	16	3.4	15	74	25	56	37	1	3	56	1.28
28692483--28692538	15	3.6	14	74	25	51	39	1	3	55	1.28
28700023--28700055	16	2.1	16	94	0	57	6	15	15	63	1.49
28702303--28702371	33	2.1	33	91	0	111	34	1	11	52	1.47
28702410--28702451	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
28702401--28702442	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28702596--28702686	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28702665--28702724	16	3.8	16	93	0	102	26	36	1	35	1.67
28702665--28702727	32	2.0	32	96	0	117	26	36	1	34	1.67
28711884--28711928	20	2.3	20	88	3	65	26	17	4	51	1.65
28718546--28718848	167	1.8	168	88	0	473	35	17	12	34	1.88
28721021--28721109	43	2.1	42	93	2	151	38	7	24	29	1.84
28722794--28722828	5	6.6	5	96	3	52	42	0	0	57	0.99
28724119--28724177	18	3.3	18	78	4	57	28	16	20	33	1.95
28724190--28724237	18	2.6	19	83	9	64	41	4	12	41	1.62
28724195--28724248	18	3.0	17	78	10	54	42	5	11	40	1.64
28735570--28735710	68	2.1	68	95	0	255	29	20	25	24	1.99
28737595--28737665	36	2.0	36	85	0	97	21	23	22	32	1.98
28749094--28749146	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
28750584--28750639	21	2.6	22	80	8	71	30	7	32	30	1.84
28752601--28752634	15	2.2	16	89	5	52	64	20	0	14	1.28
28765559--28765717	32	5.0	32	88	0	239	33	11	10	44	1.76
28765559--28765719	64	2.5	64	92	1	270	33	11	10	44	1.76
28767725--28767798	21	3.5	21	92	0	121	32	37	8	21	1.83
28768856--28768906	25	2.0	25	88	0	75	35	17	7	39	1.79
28799872--28799921	25	2.0	25	92	0	82	38	6	18	38	1.75
28816333--28816402	27	2.6	27	93	0	113	31	4	0	64	1.13
28817617--28817688	31	2.3	32	80	7	85	25	25	16	33	1.96
28826262--28826341	32	2.6	30	77	13	81	37	3	8	50	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28827217--28827273	24	2.4	24	87	0	87	56	1	0	42	1.10
28828687--28828794	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
28828681--28828804	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
28833380--28833460	15	5.4	15	69	16	60	49	7	18	24	1.73
28833374--28833497	30	4.1	30	92	1	185	45	6	22	25	1.76
28833426--28833475	15	3.3	15	72	10	57	46	8	20	26	1.78
28834506--28834537	11	2.8	12	86	13	50	46	0	0	53	1.00
28843836--28844459	120	5.2	120	96	1	1160	43	2	6	48	1.40
28844167--28844201	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28844678--28844746	16	4.2	16	90	3	111	36	36	1	26	1.66
28844678--28844746	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
28847044--28847081	17	2.2	18	85	4	51	21	7	18	52	1.70
28854213--28854253	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
28862345--28862385	21	1.9	22	85	5	57	41	9	19	29	1.83
28886943--28887117	46	3.8	46	77	15	198	28	29	21	20	1.98
28886951--28887121	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
28891470--28891538	5	12.8	5	79	14	75	20	4	0	75	0.97
28891466--28891538	11	6.6	11	75	12	78	20	4	0	75	0.97
28891470--28891538	17	4.2	16	80	12	70	20	4	0	75	0.97
28897047--28897093	17	2.7	19	87	12	66	74	4	10	10	1.20
28897063--28897093	9	3.6	9	91	8	55	70	6	9	12	1.31
28897357--28897471	3	40.0	3	72	8	78	59	2	6	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28897357--28897471	23	5.3	20	71	19	88	59	2	6	31	1.38
28897357--28897471	43	2.6	46	77	8	137	59	2	6	31	1.38
28898187--28898234	20	2.5	19	83	6	69	81	0	14	4	0.84
28898903--28899389	93	5.3	92	68	15	314	27	19	18	34	1.95
28898985--28899331	45	7.8	43	70	12	193	26	21	19	33	1.97
28898893--28899388	182	2.7	182	89	0	724	27	19	18	34	1.95
28899373--28899508	44	3.1	44	67	19	120	25	22	21	31	1.98
28899373--28900172	88	9.1	88	85	2	1016	21	23	21	33	1.97
28899540--28899946	44	9.3	44	67	12	246	21	23	20	34	1.97
28902469--28902541	38	1.9	38	100	0	146	39	13	19	27	1.89
28906031--28906068	20	1.9	20	88	0	58	60	13	15	10	1.59
28907194--28907236	15	2.9	15	82	0	50	48	2	13	34	1.56
28907356--28907494	3	47.3	3	74	7	97	58	2	7	31	1.40
28907361--28907482	23	5.4	23	76	11	126	59	3	6	31	1.39
28907366--28907491	44	2.8	44	81	2	144	57	3	7	30	1.43
28908265--28908302	20	1.9	20	94	0	67	81	0	13	5	0.85
28912789--28912843	26	2.2	24	90	6	83	25	18	20	36	1.94
28912824--28912893	23	2.9	24	85	6	97	30	21	14	34	1.93
28913438--28913474	18	2.1	18	100	0	74	21	5	24	48	1.71
28917130--28917298	41	4.1	41	87	3	225	34	21	23	19	1.96
28917914--28917962	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
28918244--28918396	7	21.6	7	73	7	67	20	0	34	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28918295--28918375	21	3.8	21	77	11	85	18	0	40	40	1.51
28918518--28918584	14	4.7	14	85	3	89	40	4	16	38	1.69
28918729--28918779	13	3.9	13	77	7	50	45	0	0	54	0.99
28919143--28919200	22	2.7	21	82	15	73	65	1	1	31	1.13
28919211--28919319	38	2.8	40	90	5	186	41	20	22	16	1.90
28919544--28919627	35	2.4	34	76	9	89	32	34	4	28	1.78
28921896--28922331	241	1.8	242	98	0	856	33	18	15	33	1.92
28922330--28922388	9	6.6	9	86	0	82	45	23	1	28	1.63
28922330--28922388	27	2.2	27	90	0	100	45	23	1	28	1.63
28927524--28927618	46	2.1	46	95	0	172	34	4	4	56	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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