genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61410596--61410644	10	5.0	10	78	12	57	46	4	2	46	1.33
61410457--61410771	156	2.0	162	83	8	405	38	9	7	44	1.66
61415259--61415301	23	2.0	22	86	9	61	37	2	2	58	1.24
61416878--61416927	25	2.0	25	100	0	100	36	8	24	32	1.84
61423488--61423639	42	3.6	42	78	7	157	26	17	24	31	1.97
61423504--61423639	42	3.2	42	81	5	159	27	17	25	30	1.97
61435852--61435931	41	2.0	40	85	2	106	28	26	18	26	1.98
61446318--61446550	42	5.6	42	86	3	337	27	18	19	33	1.95
61456562--61456640	37	2.1	37	85	0	104	25	29	20	25	1.99
61456761--61457281	47	11.0	47	92	2	801	27	31	9	30	1.89
61460725--61461004	40	6.9	40	89	2	416	25	27	22	25	2.00
61460738--61461004	123	2.2	120	89	3	408	24	27	22	25	2.00
61460742--61461079	40	8.4	40	82	7	173	24	26	22	26	2.00
61460742--61461079	123	2.8	123	83	5	341	24	26	22	26	2.00
61461390--61461466	29	2.6	29	85	6	102	27	32	15	24	1.95
61463317--61463395	37	2.1	37	85	0	104	25	29	20	25	1.99
61463516--61464084	47	12.0	47	94	1	904	27	31	9	30	1.89
61472604--61472792	40	4.7	40	82	0	207	33	15	29	21	1.94
61484279--61484322	22	2.0	22	95	0	79	36	20	9	34	1.84
61485761--61485811	25	2.0	25	88	0	75	23	21	19	35	1.96
61492905--61492978	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
61494403--61494512	27	4.1	27	77	8	107	17	22	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61498120--61498330	46	4.5	47	78	8	184	27	18	30	24	1.97
61498075--61498330	140	1.8	140	81	8	324	28	17	29	24	1.98
61500450--61500541	28	3.3	28	81	0	103	19	15	36	28	1.92
61500858--61501116	27	9.6	27	84	2	261	38	20	9	30	1.84
61500858--61501116	81	3.2	81	85	2	315	38	20	9	30	1.84
61500964--61501158	27	7.2	27	84	3	119	37	18	12	30	1.88
61506771--61506809	19	2.1	19	100	0	78	25	20	25	28	1.99
61507805--61507832	10	2.8	10	100	0	56	21	21	10	46	1.81
61508922--61509019	46	2.3	40	79	16	108	34	15	12	37	1.85
61511288--61511447	32	5.0	32	89	0	257	33	12	10	44	1.76
61511288--61511447	64	2.5	64	94	0	284	33	12	10	44	1.76
61513438--61513490	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
61517000--61517042	20	2.2	20	87	8	61	76	0	4	18	0.95
61524767--61524807	22	1.9	21	85	5	55	9	41	26	21	1.84
61528653--61528849	97	2.0	97	98	0	376	40	18	7	34	1.78
61536526--61536629	26	4.0	26	91	0	172	32	6	24	36	1.81
61557611--61557649	6	6.5	6	96	0	69	53	0	46	0	1.00
61558130--61558183	27	2.0	27	89	7	83	37	7	22	33	1.82
61558464--61558502	20	1.9	21	89	5	62	20	2	7	69	1.26
61560841--61560869	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
61560812--61561102	62	4.7	62	93	0	494	49	8	5	35	1.58
61565209--61565587	47	8.1	47	93	0	598	34	10	28	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61565423--61565497	22	3.3	22	66	23	64	32	13	29	25	1.93
61565469--61565544	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
61565561--61565697	46	3.0	46	90	0	211	35	8	31	24	1.86
61568491--61568559	27	2.6	27	88	0	93	33	31	17	17	1.93
61568984--61569016	15	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
61575416--61575681	47	5.7	46	73	14	213	28	19	29	22	1.98
61575376--61575678	94	3.2	92	78	10	314	27	20	29	22	1.98
61580187--61580219	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
61584372--61584730	47	7.7	46	71	12	178	28	19	28	22	1.98
61584370--61584580	94	2.2	93	83	8	259	29	18	27	23	1.98
61584367--61584726	141	2.6	140	76	9	365	28	19	29	22	1.98
61587878--61588114	78	3.0	78	88	0	357	42	24	3	29	1.72
61589587--61589684	42	2.3	42	82	6	119	33	13	20	32	1.91
61597114--61597209	42	2.3	42	87	3	131	33	13	20	32	1.92
61598986--61599040	26	2.1	27	86	6	78	23	14	23	38	1.92
61600517--61600581	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
61604278--61604327	12	4.2	12	92	0	82	14	50	18	18	1.79
61605912--61605966	26	2.1	27	86	6	78	23	14	23	38	1.92
61607431--61607492	30	2.0	31	96	3	117	40	25	6	27	1.80
61608018--61608063	13	3.6	13	91	2	76	2	28	45	23	1.65
61626517--61626577	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
61629527--61629626	10	9.2	11	69	14	64	42	22	1	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61629523--61629631	54	2.0	54	98	0	209	43	22	0	33	1.60
61640805--61640896	42	2.2	42	84	0	112	36	21	11	29	1.89
61641041--61641163	26	4.8	26	87	1	160	27	21	23	27	1.99
61641041--61641163	52	2.4	51	91	2	185	27	21	23	27	1.99
61641965--61642042	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
61642060--61642312	27	9.3	27	73	10	138	30	9	20	39	1.84
61642174--61642312	54	2.6	54	78	6	156	28	7	22	41	1.82
61642290--61642420	27	4.9	27	87	0	190	41	9	20	28	1.84
61645506--61645536	16	1.9	16	100	0	62	51	29	6	12	1.65
61647023--61647134	29	3.9	28	79	5	118	25	14	32	28	1.94
61651360--61651544	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
61651361--61651544	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
61651413--61651577	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
61659299--61659483	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
61659299--61659483	79	2.3	81	81	7	218	24	22	27	25	2.00
61659352--61659516	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	1.99
61662595--61662706	29	3.9	29	82	5	147	25	16	33	25	1.96
61662587--61662699	58	2.0	57	89	5	174	28	15	31	24	1.95
61665574--61665884	27	11.5	27	80	5	191	36	21	6	34	1.80
61665580--61665778	54	3.7	54	84	1	220	35	22	5	36	1.78
61665574--61665778	81	2.5	81	83	0	257	34	21	5	37	1.78
61665728--61665951	54	4.1	55	75	9	181	41	20	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61665743--61666004	81	3.2	79	70	9	195	41	19	9	29	1.83
61665737--61665980	27	9.0	27	77	7	145	40	19	8	31	1.82
61665998--61666071	27	2.7	27	74	12	71	40	21	17	20	1.91
61667885--61667962	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
61667915--61668407	174	2.9	174	94	2	869	29	14	24	30	1.95
61676190--61676267	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
61676220--61676710	174	2.9	172	93	4	865	29	14	25	30	1.94
61680829--61680874	20	2.3	20	82	14	60	26	15	30	28	1.96
61683242--61683312	31	2.4	29	83	6	88	9	15	5	69	1.35
61683262--61683302	17	2.5	16	88	11	57	4	14	7	73	1.22
61683306--61683361	12	4.5	12	75	16	60	19	3	5	71	1.21
61684837--61684874	10	3.8	10	83	13	51	26	15	28	28	1.96
61684839--61684885	20	2.3	20	88	0	67	23	14	34	27	1.94
61702941--61702995	26	2.1	27	86	6	78	23	14	23	38	1.92
61704457--61704521	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
61705126--61705174	13	3.8	13	94	0	89	2	26	46	24	1.63
61707985--61708087	45	2.3	43	80	4	116	22	19	20	37	1.94
61708605--61708649	9	5.0	9	88	0	63	35	0	17	46	1.49
61710602--61710767	84	2.0	84	100	0	332	37	9	22	30	1.86
61712259--61712308	21	2.4	21	86	0	73	34	30	8	28	1.86
61712370--61712481	43	2.5	45	85	4	147	33	2	16	47	1.61
61712414--61712499	9	9.6	9	75	5	75	32	2	19	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61712407--61712535	61	2.1	60	84	5	161	34	1	17	46	1.57
61712419--61712536	36	3.3	36	76	11	102	36	0	17	44	1.55
61714641--61714692	19	2.8	19	83	13	72	36	0	34	28	1.58
61714641--61714688	18	2.6	18	84	12	62	37	0	37	25	1.56
61714914--61715185	124	2.2	124	80	4	305	26	20	18	34	1.95
61715503--61715598	7	13.7	7	75	0	84	42	35	2	19	1.63
61715706--61715851	64	2.3	64	83	5	170	48	31	1	18	1.57
61715728--61715851	21	5.8	21	67	12	65	50	29	1	18	1.57
61715763--61715817	28	1.9	28	88	3	83	49	30	0	20	1.49
61715699--61715908	7	29.3	7	71	11	59	48	30	1	20	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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