genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21121283--21121317	11	3.2	11	91	0	61	68	0	0	31	0.90
21123532--21123596	28	2.4	27	89	5	103	46	6	1	46	1.37
21126375--21126431	24	2.4	25	82	8	73	43	0	1	54	1.10
21126503--21126533	16	1.9	16	100	0	62	61	0	6	32	1.21
21139625--21139699	6	12.7	6	79	20	79	16	2	0	81	0.80
21139625--21139697	31	2.4	31	82	13	91	16	2	0	80	0.82
21139631--21139700	16	4.4	15	79	15	79	17	2	0	80	0.84
21139807--21139898	42	2.2	42	84	3	114	32	34	13	19	1.90
21141633--21141694	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
21143203--21143253	17	3.1	17	70	13	52	41	3	3	50	1.39
21144080--21144419	43	8.0	43	87	1	470	24	18	32	25	1.97
21144980--21145012	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
21147644--21147682	21	1.9	21	89	5	62	41	7	10	41	1.68
21147644--21147690	21	2.3	21	85	3	60	40	6	8	44	1.60
21147818--21147924	49	2.2	49	79	3	126	50	8	5	35	1.56
21168254--21168298	19	2.5	19	82	7	58	51	20	6	22	1.70
21171400--21171447	20	2.5	20	86	3	62	66	2	4	27	1.21
21171442--21171504	27	2.3	26	76	10	63	50	11	1	36	1.47
21178053--21178100	20	2.3	21	76	16	55	62	4	0	33	1.14
21178157--21178203	19	2.5	19	76	13	51	55	6	0	38	1.26
21178197--21178243	9	4.8	10	85	12	62	63	4	2	29	1.25
21178273--21178298	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21178812--21178870	19	3.3	17	75	11	55	28	1	5	64	1.24
21178866--21178900	18	1.9	18	88	0	52	34	2	0	62	1.10
21178864--21178929	29	2.3	29	86	5	89	30	1	1	66	1.10
21178847--21178929	17	5.1	17	68	22	63	31	1	2	65	1.13
21178793--21178926	27	4.8	25	67	20	63	31	1	3	63	1.21
21190366--21190509	43	3.3	43	75	9	114	34	20	17	28	1.95
21200986--21201049	24	2.7	24	85	4	85	21	0	28	50	1.49
21200986--21201074	24	3.8	22	78	15	81	21	1	28	49	1.57
21201034--21201125	38	2.4	39	85	12	127	17	1	33	47	1.55
21201035--21201550	21	24.0	21	73	11	323	16	1	32	48	1.56
21201232--21201550	50	6.4	49	71	15	158	16	2	31	49	1.58
21201425--21201488	22	2.9	22	86	4	76	14	1	29	54	1.49
21200978--21201550	7	79.3	7	72	11	275	17	1	32	49	1.55
21201426--21201494	15	4.6	15	75	15	54	13	1	28	56	1.45
21201424--21201495	22	3.3	21	76	16	67	13	1	30	54	1.48
21202011--21202057	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
21202318--21202490	46	3.8	46	85	4	185	20	24	15	39	1.91
21202835--21202867	16	2.1	16	100	0	66	42	12	0	45	1.41
21202834--21202866	9	3.9	9	84	15	52	42	12	0	45	1.41
21207496--21207523	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21212423--21212455	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
21224468--21224580	47	2.4	48	77	11	124	27	14	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21229823--21229907	20	4.2	20	80	11	95	40	0	5	54	1.25
21230493--21230551	31	1.9	31	86	6	84	38	15	11	33	1.84
21230506--21230580	31	2.5	31	82	4	82	41	14	10	33	1.81
21231325--21231356	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
21231479--21231540	30	2.1	30	87	0	88	56	11	3	29	1.50
21231521--21231549	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
21232169--21232228	30	2.0	29	83	3	75	58	11	5	25	1.53
21232270--21232297	11	2.5	11	100	0	56	60	0	28	10	1.30
21233704--21233742	20	2.0	20	85	10	53	28	7	2	61	1.37
21240094--21240179	24	3.4	24	70	16	75	40	5	0	53	1.25
21240401--21240434	14	2.5	14	90	4	52	35	29	14	20	1.93
21243909--21243938	11	2.6	12	94	5	53	0	23	0	76	0.78
21244018--21244048	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
21250764--21250821	29	2.0	29	100	0	116	48	0	13	37	1.43
21251603--21251657	17	3.2	17	73	21	53	43	0	0	56	0.99
21260589--21260618	16	1.9	16	93	6	53	6	23	0	70	1.11
21261304--21261376	37	2.0	37	100	0	146	50	21	5	21	1.69
21266640--21266731	45	2.0	45	93	0	157	34	30	5	29	1.80
21272587--21272638	17	3.0	17	83	10	61	63	0	1	34	1.06
21272592--21272623	6	5.3	6	100	0	64	65	0	0	34	0.93
21273730--21273843	59	1.9	60	96	1	212	26	49	3	21	1.65
21273730--21273843	30	3.8	30	91	2	185	26	49	3	21	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21274402--21274559	25	6.1	25	72	12	90	32	6	3	56	1.44
21274391--21274528	27	5.3	27	73	10	90	32	7	3	56	1.44
21274480--21274570	23	3.9	24	75	11	73	32	6	5	54	1.49
21274693--21274740	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
21274693--21274744	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
21283183--21283598	75	5.5	74	89	3	559	32	15	20	31	1.94
21283751--21283892	72	2.0	73	90	1	223	22	14	23	39	1.91
21283884--21284239	148	2.4	148	86	2	479	28	16	22	32	1.95
21283902--21284233	73	4.5	73	85	2	434	28	15	23	31	1.96
21284203--21284262	31	1.9	31	93	0	102	20	21	31	26	1.98
21284245--21284410	75	2.2	74	90	3	253	29	16	23	30	1.96
21285081--21285255	30	5.8	30	93	0	296	25	49	3	22	1.65
21285081--21285255	60	2.9	60	98	0	332	25	49	3	22	1.65
21285738--21285867	23	5.5	23	68	19	81	35	3	2	58	1.29
21285804--21285874	25	2.8	26	78	6	83	36	4	1	57	1.27
21285758--21285876	14	8.1	14	68	19	66	35	3	2	58	1.28
21285891--21285976	25	3.6	25	80	7	83	31	6	5	55	1.50
21285893--21285983	23	3.9	24	75	11	73	32	6	5	54	1.49
21286105--21286142	8	4.9	8	90	6	60	34	2	0	63	1.09
21286105--21286161	16	3.8	15	81	13	64	31	1	0	66	1.02
21286112--21286157	8	6.3	7	87	12	58	32	0	0	67	0.91
21286113--21286158	14	3.3	14	80	19	60	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21287127--21287162	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
21287114--21287154	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
21287247--21287295	23	2.1	23	100	0	98	46	40	4	8	1.52
21287661--21287707	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
21287981--21288044	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
21288558--21288586	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
21298954--21298983	15	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
21305306--21305425	53	2.3	53	92	0	195	26	18	26	28	1.98
21305306--21305456	53	2.8	53	87	4	178	25	16	29	29	1.97
21311358--21311462	37	2.7	40	73	8	108	29	26	20	23	1.99
21312827--21312921	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
21312939--21312994	3	21.0	3	73	23	54	60	0	0	39	0.97
21312937--21312997	8	7.8	8	76	23	67	60	0	0	39	0.97
21312931--21312997	5	13.2	5	80	19	77	59	0	0	40	0.97
21315215--21315261	24	1.9	25	86	4	69	38	0	0	61	0.96
21315224--21315269	24	1.9	24	86	0	65	43	2	0	54	1.12
21315266--21315298	16	2.0	17	88	5	50	15	6	3	75	1.11
21315513--21315572	29	2.1	28	85	11	79	53	5	3	38	1.39
21322747--21322774	13	2.2	13	100	0	56	32	7	25	35	1.83
21340183--21340221	19	2.1	19	100	0	78	46	33	0	20	1.51
21351031--21351076	23	2.0	23	83	8	58	45	0	2	52	1.13
21351107--21351199	45	2.1	45	82	9	111	49	3	5	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21351788--21351826	20	2.0	20	84	0	51	43	5	5	46	1.48
21356481--21356571	43	2.1	45	82	12	109	48	3	3	45	1.35
21356496--21356583	45	2.0	45	84	8	117	45	2	3	48	1.31
21360087--21360219	46	2.9	46	87	1	176	21	21	25	31	1.98
21365389--21365457	33	2.1	33	94	0	120	43	13	5	37	1.67
21368097--21368142	18	2.4	20	79	17	53	36	8	6	47	1.60
21371158--21371195	19	2.1	19	90	5	60	60	2	0	36	1.11
21377986--21378033	11	4.2	11	74	10	51	35	2	4	58	1.29
21380951--21380983	16	2.1	16	94	0	57	51	3	0	45	1.16
21381024--21381064	13	2.9	14	77	22	50	53	0	2	43	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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