genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29780773--29780799	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
29780840--29780881	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
29780959--29781004	22	2.0	22	83	4	56	13	2	30	54	1.50
29781209--29781294	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
29781208--29781294	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
29781209--29781298	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
29781500--29781556	17	3.1	19	78	14	66	31	0	8	59	1.28
29783620--29783689	34	2.1	34	100	0	140	37	22	5	34	1.78
29783558--29783751	96	2.0	96	95	0	352	38	23	6	31	1.81
29785052--29785140	8	10.4	8	75	14	54	79	8	8	2	1.01
29785052--29785145	9	10.1	9	75	17	50	79	8	8	3	1.02
29785114--29785176	22	2.8	22	80	2	72	82	3	6	7	0.93
29785128--29785176	14	3.4	14	78	15	55	83	0	6	10	0.80
29785114--29785167	16	3.4	16	77	12	58	81	3	5	9	0.97
29785584--29785621	8	4.6	9	90	9	55	84	7	7	0	0.79
29785586--29785648	7	8.7	7	78	18	51	85	4	9	0	0.72
29785585--29785648	17	3.8	16	80	15	58	85	4	9	0	0.72
29785585--29785648	13	5.2	12	81	12	76	85	4	9	0	0.72
29785596--29785648	21	2.5	21	84	9	72	86	3	9	0	0.68
29785984--29786179	108	1.8	108	89	2	313	25	17	10	46	1.80
29786681--29787013	46	7.4	45	64	10	126	25	21	23	29	1.99
29786672--29787082	134	3.1	134	95	1	743	26	20	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29786984--29787179	97	2.0	96	94	1	340	30	18	22	29	1.97
29786850--29787313	231	2.0	229	94	0	820	27	20	23	29	1.99
29787146--29787459	46	7.0	46	63	11	148	26	20	23	29	1.99
29787079--29787458	134	2.8	134	92	1	634	27	20	22	29	1.98
29786714--29787447	365	2.0	365	95	0	1333	27	20	23	29	1.99
29787457--29787658	44	4.6	44	71	9	151	36	21	21	20	1.96
29787501--29787780	43	6.4	43	75	9	235	35	22	19	22	1.96
29787440--29787747	132	2.3	132	94	0	544	36	22	20	20	1.95
29787544--29787847	88	3.4	87	75	4	295	36	20	21	22	1.95
29787501--29787833	175	1.9	175	86	2	481	35	21	20	21	1.96
29787440--29787850	132	3.1	132	86	3	456	36	20	20	21	1.95
29787860--29788047	68	2.8	68	89	1	279	29	23	21	25	1.99
29788162--29788661	44	11.4	44	78	6	426	31	18	23	27	1.97
29788193--29788626	176	2.5	176	95	0	771	31	18	23	26	1.97
29788093--29788682	132	4.5	131	78	7	518	31	18	23	26	1.97
29788966--29788992	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
29789153--29789198	22	2.0	22	83	4	56	13	2	30	54	1.50
29789404--29789489	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
29789403--29789489	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
29789404--29789493	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
29789720--29789752	15	2.1	17	88	11	52	36	0	3	60	1.12
29789695--29789755	19	3.2	19	80	13	72	32	0	6	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29792370--29792421	20	2.6	20	75	9	52	34	1	5	57	1.33
29797621--29797661	19	2.2	19	86	8	57	36	0	2	60	1.10
29798249--29798292	19	2.3	18	81	11	52	47	11	4	36	1.60
29798836--29798872	18	2.1	18	89	0	56	13	5	18	62	1.50
29800454--29800669	90	2.5	87	87	5	310	38	20	9	31	1.84
29800696--29800875	10	19.4	9	67	17	75	63	1	2	32	1.16
29800735--29800829	18	5.2	18	72	12	59	62	1	1	35	1.10
29800759--29800836	19	4.2	19	78	8	70	65	1	2	30	1.14
29800792--29800884	29	3.2	29	80	7	116	62	0	3	34	1.11
29800805--29800934	19	6.7	19	70	10	59	60	0	6	33	1.27
29800803--29800901	29	3.4	27	76	17	92	58	0	6	35	1.23
29800777--29800922	58	2.5	59	81	9	160	63	1	4	30	1.23
29801136--29801192	19	3.2	18	73	16	55	43	0	0	56	0.99
29801418--29801443	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
29802035--29802563	264	2.0	264	95	0	941	22	15	27	34	1.94
29804212--29804238	12	2.2	12	100	0	54	29	25	0	44	1.54
29804848--29804921	28	2.6	27	81	8	85	31	1	17	50	1.55
29804874--29804928	28	2.0	28	85	7	76	29	0	16	54	1.42
29805606--29805656	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
29805618--29805666	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
29805629--29805692	21	3.1	21	72	14	53	68	6	0	25	1.12
29806584--29806617	17	1.9	18	94	5	61	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29806966--29806993	4	7.0	4	100	0	56	25	50	25	0	1.50
29811053--29811109	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
29811355--29811389	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29815807--29815849	16	2.8	15	80	16	52	41	0	0	58	0.98
29816374--29816439	29	2.2	30	83	2	80	50	6	3	40	1.43
29816749--29816787	20	2.0	20	84	0	51	43	2	2	51	1.29
29817094--29817128	18	1.9	18	100	0	70	45	17	17	20	1.85
29817218--29817255	18	2.1	18	95	0	67	44	47	0	7	1.32
29817232--29817256	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
29817281--29817378	6	15.5	6	85	10	133	77	5	0	17	0.94
29817286--29817378	32	2.9	31	91	3	150	77	5	0	17	0.95
29817281--29817378	38	2.6	38	98	1	187	77	5	0	17	0.94
29817398--29817457	9	6.7	9	79	7	68	28	10	18	43	1.82
29817398--29817465	18	3.8	18	76	7	66	30	8	16	44	1.78
29817398--29817457	27	2.2	27	84	0	84	28	10	18	43	1.82
29817406--29817465	27	2.2	27	78	0	66	31	8	15	45	1.75
29817837--29817892	20	2.8	19	72	20	51	33	1	1	62	1.16
29826954--29827260	106	2.9	107	86	3	415	47	6	9	36	1.63
29845708--29845786	39	2.0	39	97	0	149	43	10	16	30	1.81
29851422--29851450	14	2.1	14	100	0	58	41	0	0	58	0.98
29851509--29851698	60	3.1	57	64	27	145	44	7	4	43	1.52
29851436--29851704	127	2.1	133	95	4	487	45	6	3	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29854282--29854385	46	2.4	43	82	10	115	32	23	15	28	1.95
29861643--29861684	22	1.9	22	100	0	84	30	0	26	42	1.55
29865171--29865227	30	2.0	28	82	6	69	63	0	8	28	1.24
29865258--29865311	19	2.6	20	80	13	56	57	7	7	27	1.53
29865469--29865516	19	2.5	19	86	0	60	35	2	0	62	1.07
29870124--29870224	45	2.2	45	91	3	168	41	18	16	22	1.90
29892629--29892671	21	2.0	21	100	0	86	32	16	18	32	1.93
29894763--29894802	19	2.1	19	86	9	55	67	5	2	25	1.23
29898287--29898347	21	2.9	21	76	16	63	57	6	1	34	1.34
29898377--29898478	47	2.2	46	78	15	111	52	4	8	33	1.54
29898430--29898473	21	2.2	20	83	4	52	54	4	11	29	1.56
29898392--29898604	25	8.7	25	70	16	135	53	5	7	32	1.54
29898392--29898598	77	2.9	69	76	13	163	53	5	8	32	1.54
29898446--29898616	52	3.4	50	69	18	127	53	5	7	33	1.52
29898717--29898772	3	18.7	3	85	7	78	62	0	1	35	1.06
29899017--29899056	11	3.9	11	78	15	50	70	0	0	30	0.88
29899229--29899282	22	2.6	20	78	21	58	64	1	3	29	1.21
29899846--29899883	10	3.5	11	85	10	51	10	5	0	84	0.77
29899855--29899887	12	2.6	13	85	9	50	9	6	0	84	0.76
29902330--29902486	51	3.1	50	91	1	251	31	15	23	29	1.95
29905914--29906023	26	4.2	25	87	9	132	35	4	24	35	1.76
29905914--29906023	52	2.1	52	88	6	161	35	4	24	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29907634--29907773	27	5.2	27	86	2	165	18	25	22	34	1.96
29907634--29907773	54	2.6	55	87	2	185	18	25	22	34	1.96
29912172--29912328	51	3.1	50	91	1	251	31	15	23	29	1.95
29915812--29915850	17	2.3	17	81	0	51	41	2	0	56	1.13
29916384--29916426	18	2.4	18	80	7	52	46	4	0	48	1.22
29916953--29916980	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
29921339--29921497	3	53.7	3	73	10	105	62	2	5	29	1.29
29923150--29923273	44	2.8	45	80	2	133	27	23	21	27	1.99
29922993--29923699	143	4.9	144	84	0	891	27	21	19	32	1.97
29922993--29923699	287	2.5	285	85	1	948	27	21	19	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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