genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65862559--65862619	29	2.1	29	87	6	88	49	0	0	50	1.00
65862818--65862998	9	20.7	9	80	6	185	46	20	0	32	1.55
65862843--65862955	60	1.9	60	88	0	172	45	20	0	33	1.57
65865455--65865519	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
65866989--65867041	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
65868617--65868645	12	2.4	12	100	0	58	10	24	51	13	1.72
65871624--65872003	47	8.1	47	93	0	598	28	30	8	31	1.88
65879465--65879513	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
65894229--65894354	28	4.5	28	93	1	209	25	13	29	31	1.94
65902349--65902501	28	5.5	28	91	1	229	25	13	29	31	1.94
65902349--65902501	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
65907984--65908089	48	2.2	48	91	0	167	34	4	27	33	1.78
65911076--65911177	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
65911298--65911710	47	8.3	47	77	17	332	28	30	9	31	1.88
65911416--65911468	22	2.4	22	96	0	97	24	33	15	26	1.95
65911369--65911515	69	2.1	69	98	0	285	27	31	10	29	1.91
65911438--65911710	96	2.9	96	95	3	498	29	29	8	32	1.87
65911296--65911611	165	1.9	163	92	1	533	28	31	9	31	1.89
65911438--65911710	143	1.9	142	98	0	528	29	29	8	32	1.87
65914515--65914663	39	3.8	39	89	0	208	28	26	20	24	1.99
65914498--65914661	78	2.1	78	86	0	211	27	27	20	24	1.99
65917766--65918406	47	13.6	47	93	1	1048	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65917970--65918045	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
65917766--65918406	143	4.5	143	93	1	1060	32	8	29	29	1.87
65924785--65924934	67	2.2	66	83	8	178	32	17	28	21	1.96
65931825--65932001	45	4.0	44	84	5	196	35	27	14	23	1.93
65931825--65932001	90	2.0	89	83	7	225	35	27	14	23	1.93
65932383--65932413	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
65932927--65932955	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
65944563--65944610	24	2.0	24	91	0	78	27	14	22	35	1.93
65946178--65946349	93	1.8	93	96	0	317	27	28	22	22	1.99
65946171--65946346	46	3.8	45	78	7	201	28	28	21	21	1.99
65953705--65953877	46	3.7	46	74	15	158	28	27	21	21	1.99
65953710--65953881	93	1.8	93	89	0	272	27	28	22	22	1.99
65957373--65957428	27	2.0	28	89	3	87	39	12	12	35	1.81
65959372--65959550	56	3.2	56	90	0	268	27	10	22	39	1.87
65959370--65959593	112	2.0	112	81	1	261	27	12	22	36	1.91
65968789--65968886	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
65968817--65968899	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
65968789--65968900	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
65974856--65975038	79	2.3	81	83	5	221	25	28	22	23	1.99
65974854--65975038	40	4.7	40	80	7	207	25	29	22	23	1.99
65978209--65978515	153	2.0	153	100	0	614	24	20	26	28	1.99
65987285--65987474	50	3.8	49	80	6	188	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65993604--65994111	47	10.6	49	91	3	779	29	29	8	33	1.86
65993604--65994111	96	5.3	94	93	1	764	29	29	8	33	1.86
66002285--66002311	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
66010275--66010410	40	3.4	40	90	1	220	27	25	22	25	2.00
66016467--66016687	122	1.8	120	87	1	325	39	11	19	28	1.87
66017976--66018014	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
66019868--66019914	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
66019868--66019934	21	3.3	21	87	4	84	35	10	19	34	1.86
66025970--66026008	20	2.0	20	89	0	60	41	2	12	43	1.56
66027862--66027938	10	7.6	10	85	5	102	37	10	19	32	1.86
66027868--66027938	21	3.4	21	92	1	108	38	11	19	30	1.87
66030683--66030794	43	2.6	43	95	0	197	31	33	25	10	1.90
66030787--66030894	38	2.8	38	82	0	135	31	26	21	20	1.98
66040367--66040535	43	4.0	41	84	6	198	32	24	13	30	1.93
66040408--66040528	42	2.9	41	87	7	163	33	24	14	28	1.94
66040374--66040528	85	1.8	84	84	6	215	32	24	13	29	1.93
66046753--66047115	47	7.7	47	95	1	629	31	8	29	30	1.86
66046756--66047115	140	2.5	141	95	2	641	31	8	29	30	1.86
66046756--66047115	187	1.9	189	94	1	643	31	8	29	30	1.86
66047233--66047311	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
66049163--66049265	43	2.4	43	98	0	197	22	15	36	25	1.93
66049247--66049320	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66049631--66049946	40	7.9	40	82	2	307	24	21	27	25	1.99
66049631--66049931	80	3.8	80	85	2	347	24	21	27	25	1.99
66053351--66053575	49	4.7	48	95	1	373	31	8	29	30	1.88
66053351--66053575	96	2.3	95	92	3	371	31	8	29	30	1.88
66053693--66053771	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
66072732--66072876	40	3.6	40	85	6	186	25	24	26	24	2.00
66075344--66075412	26	2.7	26	90	0	111	39	21	17	21	1.93
66075374--66075455	27	3.1	27	83	1	85	36	23	21	18	1.95
66078310--66078358	27	1.9	24	84	12	62	22	4	18	55	1.60
66094031--66094253	79	2.8	80	81	11	244	26	21	26	25	2.00
66094031--66094253	39	5.7	40	84	6	253	26	21	26	25	2.00
66094083--66094276	79	2.5	78	83	9	200	26	21	26	24	1.99
66102004--66102226	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
66102004--66102226	79	2.8	82	84	9	277	25	22	27	24	2.00
66102056--66102249	78	2.5	78	84	9	209	25	21	27	24	1.99
66118987--66119028	21	2.1	21	86	8	61	40	7	2	50	1.43
66126456--66126563	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
66126940--66126982	4	10.8	4	100	0	86	76	0	0	23	0.78
66127023--66127064	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
66127139--66127206	21	3.2	20	80	15	66	10	1	29	58	1.40
66127162--66127208	21	2.2	21	92	3	76	6	0	27	65	1.16
66127111--66127208	22	4.5	22	75	13	85	8	1	31	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66127532--66127617	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
66127531--66127617	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
66127532--66127621	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
66130602--66130848	40	6.2	40	88	1	318	29	28	19	22	1.98
66138143--66138389	40	6.2	40	87	1	300	29	27	19	22	1.98
66138130--66138389	120	2.2	120	84	3	337	29	27	19	23	1.98
66140689--66140735	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
66140868--66140917	24	2.1	23	85	3	64	52	14	24	10	1.71
66143539--66143575	10	3.7	10	85	0	56	86	13	0	0	0.57
66144910--66146111	43	27.6	43	72	9	649	35	21	21	20	1.96
66145084--66146111	87	11.8	86	69	12	524	35	21	21	20	1.96
66144898--66146027	132	8.6	132	86	5	1526	36	21	21	20	1.96
66146132--66146330	68	2.9	69	88	3	287	29	23	20	26	1.99
66146397--66147257	44	19.6	44	76	7	701	31	19	23	25	1.98
66146374--66147313	132	7.1	132	84	4	974	32	19	23	25	1.97
66146529--66147257	176	4.1	176	96	0	1305	31	19	23	25	1.98
66147595--66147629	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
66147783--66147880	22	4.2	24	74	21	66	13	1	27	58	1.42
66147785--66147861	23	3.3	23	79	13	70	10	1	28	59	1.38
66147816--66147857	21	2.0	21	95	0	75	4	0	26	69	1.08
66148189--66148274	3	28.3	3	71	19	56	31	3	1	63	1.18
66155528--66155693	83	2.0	83	90	0	260	36	7	15	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66164898--66165180	127	2.2	125	85	3	372	26	17	18	37	1.93
66166846--66166918	25	2.9	25	93	0	128	21	21	27	28	1.99
66166950--66167032	22	3.9	22	78	10	93	31	16	14	37	1.89
66166950--66167026	11	7.1	11	80	1	84	29	16	15	37	1.90
66168887--66168925	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
66174861--66174959	25	4.0	25	80	10	87	25	23	23	28	2.00
66174887--66174959	25	2.9	25	84	8	94	24	23	24	27	2.00
66175005--66175042	10	3.7	10	89	3	58	31	21	10	36	1.87
66176879--66176917	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
66187778--66188338	135	4.2	135	87	2	754	30	20	22	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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