genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89518004--89518146	42	3.4	42	83	3	180	16	21	18	44	1.87
89519924--89520032	20	5.6	19	76	18	100	34	4	0	59	1.24
89519945--89519993	22	2.2	22	82	13	57	36	8	0	55	1.30
89519907--89520032	25	5.2	23	70	22	62	34	3	0	61	1.20
89519917--89520068	77	1.9	78	82	10	186	34	5	1	57	1.31
89539413--89539570	43	3.7	43	76	12	146	24	17	27	31	1.97
89544894--89544939	25	1.9	24	82	8	58	65	10	6	17	1.45
89545430--89545495	19	3.2	21	87	8	73	36	18	9	36	1.82
89545447--89545544	19	5.2	19	90	7	155	34	17	10	37	1.83
89545447--89545544	36	2.6	37	88	9	144	34	17	10	37	1.83
89545967--89546768	389	2.1	392	85	7	1073	29	21	17	31	1.96
89546884--89547201	44	7.3	43	76	10	270	26	24	19	29	1.99
89546813--89547203	87	4.6	88	77	9	402	26	25	18	29	1.98
89546827--89547203	131	3.0	128	75	11	384	26	25	18	29	1.98
89553157--89553214	26	2.3	26	80	11	68	62	12	6	18	1.52
89553692--89553776	19	4.2	21	90	4	70	36	18	9	35	1.84
89553709--89553806	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
89560685--89560929	27	9.1	27	86	2	300	42	19	15	22	1.89
89563834--89563993	27	5.9	27	87	2	205	40	17	18	23	1.91
89569509--89569547	20	2.0	20	100	0	78	20	12	15	51	1.76
89571799--89571927	64	2.0	64	89	0	195	30	19	10	40	1.84
89578683--89578748	33	2.0	33	100	0	132	27	27	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89583232--89583289	29	2.0	29	96	0	107	24	15	22	37	1.93
89584883--89585004	43	2.8	43	80	4	113	26	18	23	31	1.97
89584840--89585045	86	2.4	85	80	7	202	28	16	23	32	1.96
89591095--89591919	278	3.0	277	84	1	1035	24	22	15	37	1.93
89616098--89616148	22	2.3	22	93	0	84	62	5	21	9	1.47
89617963--89617995	14	2.3	15	89	5	50	51	3	0	45	1.16
89621541--89621585	24	1.9	24	90	4	74	64	4	2	28	1.25
89625846--89625928	41	2.0	41	100	0	166	38	7	16	37	1.77
89628640--89628679	5	8.0	5	88	0	62	40	2	17	40	1.63
89628644--89628695	20	2.6	20	87	6	70	40	3	17	38	1.68
89638333--89638362	15	2.0	15	93	0	51	43	33	0	23	1.54
89644251--89644286	17	2.1	18	94	5	65	16	19	0	63	1.30
89644436--89644500	20	3.3	19	83	10	69	66	7	0	26	1.19
89648312--89648384	19	3.9	19	73	22	66	50	2	2	43	1.30
89648688--89648722	17	2.1	17	88	0	52	34	2	20	42	1.66
89658913--89658983	36	2.0	36	100	0	142	42	16	5	35	1.72
89668640--89668718	40	2.0	40	94	0	140	35	34	16	13	1.88
89675826--89675904	40	2.0	40	92	0	131	35	31	17	15	1.91
89681876--89681917	18	2.3	18	92	8	68	33	0	4	61	1.17
89698981--89699053	38	1.9	38	100	0	146	56	8	0	35	1.29
89700108--89700148	20	2.0	20	85	4	55	65	2	0	31	1.05
89705301--89705326	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89707456--89707485	14	2.1	14	93	0	51	80	10	10	0	0.92
89712370--89712414	22	2.1	21	84	12	56	48	0	4	46	1.22
89712462--89712530	29	2.4	27	72	13	66	55	1	0	43	1.08
89712678--89712707	15	2.0	15	93	0	51	26	6	16	50	1.70
89714023--89714064	22	1.9	22	85	0	57	30	7	0	61	1.22
89723402--89723447	20	2.3	20	96	0	83	10	39	39	10	1.76
89724957--89724996	17	2.4	17	83	8	55	67	0	30	2	1.04
89726826--89726856	15	2.1	15	93	0	53	32	16	35	16	1.91
89727302--89727342	5	8.2	5	100	0	82	41	0	0	58	0.98
89731075--89731218	27	5.3	27	70	6	94	37	15	25	20	1.93
89731264--89731335	27	2.7	27	82	0	81	40	15	25	19	1.90
89731352--89731406	27	2.0	27	92	0	92	36	20	27	16	1.93
89738933--89739047	18	6.4	18	71	8	74	35	3	1	59	1.25
89738936--89739046	45	2.5	45	86	4	145	36	3	1	57	1.27
89747331--89747371	10	4.3	10	78	9	50	9	12	0	78	0.98
89762479--89762562	31	2.7	31	90	1	134	28	26	15	29	1.96
89762586--89762677	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
89762810--89762919	26	4.3	26	90	2	163	28	22	19	30	1.98
89762810--89762919	51	2.2	50	88	4	159	28	22	19	30	1.98
89762969--89763055	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
89763889--89763990	27	3.8	27	75	17	79	30	7	18	43	1.79
89763865--89763990	54	2.3	54	82	2	137	32	8	17	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89764042--89764294	54	4.6	54	72	12	167	35	7	23	33	1.83
89763914--89764242	27	12.2	26	74	13	152	32	8	21	37	1.85
89764111--89764242	55	2.4	53	79	9	133	31	9	21	37	1.85
89763969--89764335	190	1.9	189	83	6	465	32	8	22	35	1.85
89764222--89764323	27	3.8	27	86	1	125	36	8	26	28	1.86
89764196--89764335	54	2.6	53	73	2	127	34	9	23	32	1.87
89768715--89768747	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
89769553--89769628	18	4.4	17	74	14	75	40	1	22	35	1.62
89769553--89769634	34	2.4	32	79	16	94	40	1	21	36	1.62
89769553--89769641	18	5.1	17	71	21	53	40	1	22	35	1.62
89774029--89774173	43	3.4	43	79	11	156	33	24	13	28	1.93
89781076--89781298	40	5.6	40	91	1	340	22	24	27	25	2.00
89786491--89786586	27	3.6	26	81	4	102	18	22	22	35	1.96
89788922--89788955	18	1.9	17	94	5	59	23	5	5	64	1.38
89788922--89788959	18	2.3	17	86	13	53	26	5	5	63	1.37
89790945--89790970	9	2.9	9	100	0	52	11	19	23	46	1.82
89792882--89792952	34	2.1	34	100	0	142	35	11	18	35	1.86
89796829--89797113	40	7.2	40	89	3	371	23	19	28	29	1.98
89805307--89805593	40	7.2	40	92	2	416	22	19	28	29	1.98
89829029--89829076	23	2.1	23	84	7	62	39	16	8	35	1.79
89831515--89831561	20	2.3	20	100	0	94	14	44	23	17	1.85
89836778--89836812	18	1.9	18	100	0	70	42	17	0	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89841467--89841503	17	2.2	17	90	0	56	16	0	5	78	0.93
89863367--89863406	2	20.0	2	94	0	71	0	0	47	52	1.00
89865003--89865087	44	1.9	44	92	0	143	32	27	17	22	1.96
89865012--89865174	45	3.7	44	79	6	157	33	26	16	23	1.96
89870572--89872093	506	3.0	506	93	0	2594	29	17	22	30	1.97
89887132--89887195	26	2.5	26	94	0	110	23	23	23	29	1.99
89892774--89892801	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
89905088--89905117	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
89905823--89905926	26	4.0	26	93	0	163	32	7	24	35	1.84
89907525--89907665	27	5.2	26	82	6	165	18	24	22	34	1.96
89907525--89907665	54	2.6	53	90	2	210	18	24	22	34	1.96
89920660--89920769	42	2.6	42	91	0	148	18	26	30	25	1.98
89931281--89931460	40	4.5	41	73	9	124	25	26	21	26	2.00
89939193--89939293	40	2.5	40	85	4	125	25	27	21	24	1.99
89939230--89939320	40	2.3	40	88	3	130	26	27	20	25	1.99
89945928--89945962	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
89947602--89947635	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
89949431--89949698	47	5.7	48	80	8	270	24	29	17	28	1.98
89949429--89949696	140	1.9	141	85	5	373	24	29	17	28	1.98
89956502--89956725	46	4.8	46	82	9	249	22	31	19	26	1.98
89956502--89956725	94	2.4	92	85	7	274	22	31	19	26	1.98
89956851--89956910	27	2.2	27	100	0	120	48	21	0	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89970048--89970180	41	3.2	41	88	4	180	21	21	23	34	1.97
89974824--89974915	27	3.4	26	80	7	112	41	20	7	30	1.80
89974921--89974984	27	2.4	27	97	0	119	34	20	6	39	1.78
89974936--89975049	27	4.2	27	79	2	113	37	24	6	31	1.80
89974836--89975018	100	1.8	100	80	2	224	38	20	7	33	1.81
89975033--89975255	27	8.3	27	86	0	241	35	18	19	26	1.95
89975006--89975185	81	2.2	81	82	5	211	38	22	14	25	1.92
89975033--89975236	81	2.5	81	82	3	266	36	19	18	25	1.95
89975684--89975745	22	2.9	21	80	7	70	20	22	22	33	1.97
89975911--89975976	27	2.5	27	82	7	82	21	25	18	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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