genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71176706--71177953	653	1.9	650	94	0	2113	27	23	16	32	1.96
71180858--71180883	11	2.4	11	100	0	52	53	11	19	15	1.71
71181856--71182033	46	3.8	46	81	5	207	21	22	26	28	1.99
71188508--71188558	26	2.0	26	100	0	102	27	15	7	49	1.72
71192980--71193146	43	3.9	43	87	0	217	28	29	17	23	1.97
71192979--71193166	43	4.4	43	84	0	205	30	28	17	23	1.97
71193190--71193233	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
71193375--71193421	24	2.0	24	91	0	76	51	19	2	27	1.58
71198441--71198509	7	9.7	7	74	13	52	43	40	0	15	1.47
71198444--71198528	22	4.0	21	72	7	55	43	37	1	17	1.57
71198731--71198911	82	2.2	81	75	6	197	25	24	20	29	1.99
71204288--71204337	26	2.0	24	84	7	64	62	6	2	30	1.31
71205156--71205203	17	2.7	18	83	6	62	39	27	8	25	1.84
71205156--71205203	9	5.4	9	90	5	62	39	27	8	25	1.84
71205285--71205345	17	3.4	17	65	12	50	52	14	3	29	1.58
71205202--71205350	37	4.0	37	90	0	226	45	14	6	32	1.71
71207684--71207754	28	2.5	28	88	0	106	39	9	21	29	1.85
71207827--71208049	39	5.7	39	92	1	340	19	21	28	30	1.98
71210001--71211357	47	28.5	47	93	2	2214	33	8	29	29	1.86
71210001--71211357	143	9.5	141	94	2	2214	33	8	29	29	1.86
71210001--71211357	192	7.1	191	95	1	2295	33	8	29	29	1.86
71213582--71213929	40	8.7	40	90	1	511	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71215548--71216807	47	26.5	47	93	2	2108	33	8	29	29	1.86
71215548--71216807	143	8.8	141	94	1	2108	33	8	29	29	1.86
71215548--71216807	190	6.6	188	95	1	2117	33	8	29	29	1.86
71218925--71218983	28	2.1	27	90	3	91	27	0	23	49	1.51
71219141--71219174	13	2.6	13	90	0	50	17	0	47	35	1.48
71219224--71219249	6	4.3	6	100	0	52	0	0	46	53	1.00
71219374--71219409	18	2.0	18	94	0	63	30	16	19	33	1.94
71219904--71220063	44	3.8	42	75	15	141	23	17	25	33	1.96
71219904--71220063	42	3.7	44	75	12	145	23	17	25	33	1.96
71222256--71222328	27	2.8	27	80	12	73	38	21	9	30	1.86
71222313--71222363	26	1.9	27	88	4	77	43	9	11	35	1.75
71222350--71222687	27	12.6	27	82	2	412	38	19	16	26	1.92
71222358--71222687	54	6.1	54	89	2	468	37	19	16	25	1.93
71222685--71222742	27	2.1	27	81	6	64	22	22	17	37	1.93
71223040--71223091	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
71223249--71223357	27	4.1	26	85	5	137	18	22	21	37	1.94
71223477--71223540	25	2.6	25	92	0	101	18	17	14	50	1.79
71223496--71223609	31	3.7	31	68	13	90	20	16	14	49	1.80
71223496--71223575	37	2.2	37	83	0	106	21	16	13	48	1.80
71223474--71223614	62	2.3	62	91	0	228	19	16	13	50	1.78
71223474--71223635	6	26.3	6	67	16	82	19	16	13	50	1.77
71227661--71227762	48	2.1	47	82	7	116	27	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71230009--71230209	27	7.4	27	89	1	267	36	19	18	24	1.95
71230009--71230209	82	2.5	81	86	4	278	36	19	18	24	1.95
71230010--71230209	109	1.8	109	89	0	310	36	20	18	25	1.95
71231803--71231895	32	2.8	33	81	3	125	27	26	20	24	1.99
71232252--71232556	27	11.3	27	89	2	398	24	20	20	34	1.97
71232681--71232719	17	2.3	17	95	0	69	10	33	30	25	1.89
71235394--71235529	50	2.8	50	86	2	177	27	26	19	27	1.99
71238323--71238545	119	1.9	120	85	6	310	24	27	23	24	2.00
71238302--71238545	40	6.1	40	85	6	300	24	27	22	24	2.00
71249424--71249453	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
71254416--71254460	22	2.0	23	82	4	56	77	6	13	2	1.05
71254943--71255052	55	2.0	55	98	0	211	34	17	11	36	1.86
71260643--71260675	16	2.1	16	88	11	50	3	9	0	87	0.63
71261461--71261569	55	2.0	55	96	0	200	35	17	9	37	1.82
71266036--71266196	38	4.3	38	90	1	243	20	21	25	32	1.98
71266036--71266196	75	2.1	76	89	1	243	20	21	25	32	1.98
71270848--71270958	22	4.7	23	82	8	111	23	22	20	33	1.97
71294487--71294537	24	2.1	25	89	10	79	27	37	17	17	1.93
71324080--71324109	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
71328893--71329152	25	10.4	25	84	2	326	23	23	18	34	1.96
71329131--71329197	22	3.1	21	79	14	82	14	25	20	38	1.91
71336116--71336318	40	5.1	40	93	0	327	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71339775--71340042	46	5.8	46	87	7	391	22	20	27	29	1.98
71360028--71360088	30	2.0	30	83	0	77	29	26	8	36	1.85
71364591--71364626	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
71365869--71366004	24	5.7	24	79	1	139	22	13	27	36	1.92
71367016--71367053	18	2.1	18	100	0	76	50	15	5	28	1.66
71372361--71372422	28	2.2	28	79	0	70	33	19	16	30	1.94
71377160--71377256	30	3.2	30	75	2	97	26	28	16	27	1.97
71385675--71385753	31	2.5	31	89	0	122	30	24	15	30	1.95
71385959--71386093	51	2.7	52	87	6	190	28	22	20	28	1.99
71385959--71386093	25	5.3	26	81	5	154	28	22	20	28	1.99
71386892--71386983	27	3.4	27	85	8	116	19	26	20	33	1.96
71387098--71387360	81	3.3	81	84	7	322	28	9	20	40	1.84
71387014--71387401	27	14.3	27	77	7	232	31	9	20	38	1.84
71387014--71387401	54	7.1	54	75	6	275	31	9	20	38	1.84
71387165--71387387	107	2.1	108	79	2	243	31	8	20	39	1.82
71387326--71387482	27	5.8	27	86	1	172	40	6	21	32	1.78
71387326--71387482	54	2.9	54	84	1	190	40	6	21	32	1.78
71387341--71387527	81	2.3	81	74	1	178	38	5	20	34	1.77
71389757--71389835	31	2.5	31	95	0	149	26	24	18	30	1.98
71390041--71390176	26	5.3	26	82	3	154	29	22	19	27	1.98
71390041--71390176	52	2.7	51	84	5	188	29	22	19	27	1.98
71391045--71391403	27	13.2	28	77	9	237	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71391045--71391403	54	6.6	53	76	6	272	30	9	20	39	1.84
71391158--71391389	81	2.9	80	88	1	331	28	9	21	40	1.83
71391129--71391525	27	14.7	27	82	4	257	32	9	21	37	1.85
71391340--71391549	81	2.6	80	74	3	213	35	8	21	34	1.83
71395223--71395290	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
71395112--71395439	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
71395392--71395470	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
71399955--71400000	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
71399962--71400006	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
71415259--71415296	18	2.1	18	95	0	67	52	15	13	18	1.74
71415719--71415780	27	2.3	26	80	2	70	24	14	17	43	1.86
71415769--71415981	27	7.9	27	93	1	345	34	15	13	35	1.87
71416319--71416385	16	4.2	16	83	7	82	5	19	19	55	1.63
71416318--71416379	32	1.9	32	90	0	97	6	17	20	54	1.65
71417788--71417920	43	3.1	43	80	2	135	31	24	14	29	1.94
71421447--71421508	29	2.2	29	91	2	99	29	12	27	30	1.93
71434847--71435015	28	6.0	28	78	10	182	30	13	29	27	1.94
71434855--71435015	57	2.8	57	92	3	254	29	13	30	26	1.94
71442578--71442621	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
71442722--71442757	11	3.1	12	88	8	56	83	0	16	0	0.65
71442722--71442757	6	6.2	6	87	6	56	83	0	16	0	0.65
71442724--71442758	17	2.1	17	94	0	61	85	0	14	0	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71442772--71442851	39	2.1	39	100	0	160	45	2	31	21	1.65
71446517--71446662	40	3.7	40	82	7	172	22	23	28	26	1.99
71454448--71454633	40	4.7	40	88	5	252	23	22	27	26	1.99
71454501--71454666	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
71456563--71456614	27	1.9	27	88	7	79	17	23	26	32	1.96
71469272--71469388	38	3.1	38	90	2	180	23	28	24	23	2.00
71469273--71469391	39	3.1	39	91	1	186	24	28	25	21	1.99
71488764--71488904	67	2.1	67	81	6	158	19	28	20	31	1.97
71496036--71496087	27	2.0	26	84	3	68	17	26	19	36	1.94
71500505--71500562	30	1.9	30	85	0	80	31	12	27	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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