genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33416023--33416099	38	2.0	38	100	0	154	23	25	20	29	1.99
33418893--33419166	46	6.0	46	90	0	361	20	23	15	40	1.91
33422959--33423049	12	8.2	11	72	26	68	73	0	2	24	0.94
33422959--33423049	17	5.4	16	80	15	103	73	0	2	24	0.94
33422959--33423050	33	2.8	32	84	12	114	73	0	2	23	0.94
33422951--33423042	8	11.1	8	71	23	66	72	0	3	23	0.99
33422966--33423050	5	16.4	5	75	20	77	74	0	2	23	0.94
33425660--33426194	179	3.0	179	98	0	1025	27	15	18	39	1.90
33428402--33428445	16	2.6	17	82	3	54	65	6	2	25	1.28
33428422--33428460	13	3.1	13	85	14	55	58	12	0	28	1.34
33430418--33430443	10	2.6	10	100	0	52	53	19	11	15	1.71
33431272--33431305	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
33431705--33431735	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
33432629--33432766	39	3.5	39	76	7	120	25	21	26	27	1.99
33432884--33432924	18	2.3	18	87	8	57	48	0	21	29	1.50
33433412--33433449	20	1.9	20	84	10	51	44	0	10	44	1.38
33437211--33437258	23	2.1	23	96	0	87	37	18	4	39	1.70
33457680--33457822	43	3.3	43	89	0	205	28	30	18	22	1.97
33463223--33463273	19	2.5	20	72	15	52	54	0	0	45	0.99
33474307--33474388	18	4.3	18	72	14	58	70	8	4	15	1.29
33474351--33474385	14	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
33474351--33474404	27	2.0	27	82	13	67	74	0	5	20	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33476569--33476635	31	2.2	31	84	7	84	59	8	11	19	1.58
33483446--33483499	23	2.5	21	79	8	63	46	7	5	40	1.55
33483777--33484020	122	2.0	123	93	0	418	33	13	14	38	1.86
33487915--33487979	30	2.1	32	86	11	91	75	4	18	1	1.05
33488039--33488125	18	5.1	17	68	17	54	60	5	21	11	1.51
33493580--33493665	44	2.0	44	97	0	163	38	25	10	25	1.88
33494866--33494918	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
33496403--33496460	26	2.2	26	100	0	116	37	25	3	32	1.73
33500184--33500236	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
33501721--33501778	26	2.2	26	96	0	107	37	24	3	34	1.72
33503697--33503769	25	3.0	24	76	9	76	30	21	27	20	1.98
33503727--33503829	49	2.1	50	83	1	127	33	15	27	23	1.95
33503825--33503890	24	2.7	24	75	15	73	45	21	18	15	1.85
33508235--33508277	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
33511933--33511975	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
33513960--33514013	18	3.1	18	75	17	60	35	0	0	64	0.94
33513975--33514018	15	3.1	15	83	6	56	31	0	0	68	0.90
33513987--33514029	22	2.0	23	86	9	63	30	0	0	69	0.88
33513996--33514038	21	2.0	21	81	9	50	37	0	2	60	1.10
33517378--33517434	23	2.5	23	85	0	78	63	7	1	28	1.30
33517398--33517446	23	2.1	23	88	3	71	63	12	2	22	1.39
33525650--33525680	16	1.9	16	100	0	62	51	0	25	22	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33529318--33529370	26	2.0	26	82	7	63	28	16	18	35	1.93
33530856--33530965	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
33532789--33532829	20	2.0	20	90	0	64	14	29	36	19	1.92
33532797--33532840	20	2.2	20	83	0	52	13	27	40	18	1.88
33535134--33535167	18	1.9	18	94	5	61	67	0	0	32	0.91
33541902--33541961	30	2.0	30	100	0	120	43	10	10	36	1.72
33545491--33545552	27	2.3	27	97	0	115	40	12	14	32	1.84
33545878--33545923	3	15.7	3	82	13	60	2	30	0	67	1.03
33545873--33545923	23	2.3	23	90	9	81	1	29	0	68	1.00
33556296--33556340	5	9.0	5	97	0	81	37	0	0	62	0.96
33557338--33557430	18	5.2	18	89	0	141	29	24	15	31	1.95
33572344--33572375	11	2.8	12	90	9	57	65	0	9	25	1.22
33573279--33573326	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
33574743--33574786	18	2.4	18	84	0	61	79	0	2	18	0.83
33578322--33578369	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
33578393--33578422	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
33580610--33580643	16	2.1	16	100	0	68	23	17	5	52	1.66
33580610--33580647	16	2.5	15	91	8	60	21	18	7	52	1.70
33584517--33584559	20	2.2	19	88	12	61	39	0	2	58	1.11
33584943--33585001	30	2.0	30	86	0	82	28	8	5	57	1.50
33587665--33587703	20	2.1	19	85	9	53	43	5	33	17	1.72
33588253--33588282	14	2.2	14	94	5	53	23	6	26	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33588443--33588487	15	3.1	15	79	17	51	22	24	13	40	1.90
33607663--33608018	44	8.0	44	64	9	125	30	16	26	26	1.97
33607779--33607991	88	2.4	88	85	0	302	27	16	27	28	1.97
33607996--33608193	88	2.2	88	88	1	290	31	20	23	24	1.98
33611385--33611421	19	1.9	19	89	10	58	59	13	0	27	1.35
33612268--33612306	16	2.4	16	80	16	53	66	0	0	33	0.92
33613747--33613844	19	5.1	19	94	2	160	34	10	18	36	1.85
33619467--33619534	8	8.8	8	80	16	81	85	0	14	0	0.60
33620490--33620590	44	2.3	44	89	1	150	30	22	18	27	1.98
33620649--33621660	220	4.6	220	91	0	1535	32	17	21	27	1.96
33621988--33622068	19	4.2	19	91	3	126	35	9	17	37	1.83
33632187--33632222	18	2.0	18	100	0	72	33	11	5	50	1.61
33638529--33638574	17	2.7	18	83	10	60	10	0	41	47	1.38
33645600--33645626	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
33645598--33645629	14	2.3	14	88	0	55	78	0	0	21	0.76
33647432--33647732	38	7.9	38	87	2	426	37	24	21	16	1.93
33657726--33657797	28	2.7	26	78	15	76	31	0	1	66	1.00
33657746--33657798	22	2.4	22	78	15	63	33	0	1	64	1.05
33657749--33657810	26	2.3	26	78	15	65	33	3	1	61	1.22
33657786--33657872	30	2.9	31	75	11	85	36	4	1	57	1.27
33669120--33669191	28	2.7	26	78	15	76	31	0	1	66	1.00
33669140--33669192	22	2.4	22	78	15	63	33	0	1	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33669143--33669204	26	2.3	26	78	15	65	33	3	1	61	1.22
33669180--33669266	30	2.9	31	75	11	85	36	4	1	57	1.27
33680371--33680412	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
33681370--33681456	43	2.0	43	88	4	131	29	11	31	27	1.92
33681413--33681630	87	2.5	87	92	0	355	27	15	27	30	1.96
33681488--33681877	213	1.8	213	83	2	523	30	17	24	28	1.97
33686221--33686279	24	2.3	26	82	17	86	52	23	10	13	1.71
33686230--33686279	24	2.1	24	100	0	100	54	24	8	14	1.66
33689093--33689438	171	2.0	171	100	0	692	28	8	17	45	1.77
33708415--33708449	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
33710849--33711524	334	2.0	334	95	0	1226	34	20	11	33	1.90
33712793--33712821	9	3.2	9	100	0	58	20	0	0	79	0.74
33712993--33713040	19	2.5	20	76	10	55	41	0	0	58	0.98
33712996--33713034	16	2.4	16	83	12	53	48	0	0	51	1.00
33713886--33713959	27	2.7	27	82	0	94	28	28	22	20	1.99
33716533--33716579	18	2.5	19	80	13	53	61	6	0	31	1.21
33724163--33724272	55	2.0	55	100	0	220	54	5	18	21	1.63
33725457--33725481	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
33729096--33729129	18	1.9	17	88	5	50	44	2	2	50	1.32
33729245--33729286	21	2.0	22	85	4	59	28	11	4	54	1.57
33729457--33729527	13	5.2	13	72	21	65	32	4	2	60	1.30
33729991--33730040	25	2.0	26	84	4	66	58	18	4	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33734454--33734505	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
33738853--33738905	24	2.2	24	93	0	88	37	1	9	50	1.46
33738860--33738916	24	2.4	24	88	5	80	36	3	10	49	1.55
33739304--33739347	22	2.0	23	86	13	65	36	20	2	40	1.65
33739655--33739681	13	2.1	13	100	0	54	55	29	0	14	1.40
33742027--33742080	14	3.7	14	76	9	63	33	3	1	61	1.25
33742014--33742087	30	2.5	29	80	6	94	29	4	5	60	1.37
33744016--33744055	21	1.9	21	84	0	53	15	7	7	70	1.33
33744561--33744618	6	9.2	6	87	9	80	17	0	1	81	0.78
33759272--33759327	10	5.5	10	75	8	51	35	10	19	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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