genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19331063--19331141	21	3.8	21	76	6	79	45	17	21	15	1.85
19331021--19331141	42	2.9	42	82	7	106	46	15	21	16	1.84
19331070--19331159	42	2.1	42	89	0	135	45	17	18	17	1.86
19346382--19346431	25	2.0	25	92	7	84	50	4	2	44	1.32
19354911--19354935	6	4.2	6	100	0	50	0	16	16	68	1.22
19358760--19358785	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
19361067--19361133	30	2.2	31	84	10	86	55	2	2	38	1.31
19376650--19376700	22	2.5	20	81	9	57	29	23	1	45	1.64
19376828--19376990	37	4.2	38	80	5	141	30	23	19	26	1.98
19377951--19377996	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
19377936--19378000	22	2.8	22	82	15	69	29	6	0	64	1.17
19377945--19377999	26	2.1	27	86	10	78	29	5	0	65	1.15
19377954--19378007	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
19377964--19378021	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
19386249--19386278	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
19387732--19387756	10	2.5	10	100	0	50	44	16	24	16	1.86
19389087--19389129	17	2.5	17	80	3	50	11	4	4	79	1.04
19395433--19395471	20	2.0	20	90	10	62	64	0	0	35	0.94
19397051--19397080	3	10.0	3	92	0	51	66	0	3	30	1.07
19402020--19402066	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
19408666--19408752	28	3.2	28	69	21	94	27	12	9	50	1.70
19408664--19408770	53	2.0	53	100	0	214	28	13	9	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19414202--19414243	22	1.9	22	85	9	59	45	4	19	30	1.71
19414434--19414487	28	2.0	27	85	10	74	40	0	7	51	1.30
19414490--19414523	11	3.2	10	88	12	50	29	0	0	70	0.87
19416169--19416306	40	3.5	40	82	0	159	31	13	20	34	1.91
19416284--19416502	79	2.8	79	87	0	305	31	15	22	29	1.95
19416871--19417037	57	3.0	56	80	7	151	32	4	20	41	1.73
19416896--19417055	57	2.8	53	73	12	133	33	5	20	41	1.73
19421442--19421468	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
19440817--19440842	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
19442560--19442588	14	2.1	14	100	0	58	27	34	0	37	1.57
19442584--19442668	37	2.3	37	93	0	152	32	22	15	29	1.94
19445325--19445517	46	4.0	48	86	9	259	36	15	20	27	1.93
19445254--19445516	98	2.7	98	93	1	449	34	14	21	28	1.93
19445491--19445673	37	5.0	37	94	1	307	38	16	21	24	1.93
19446925--19447043	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
19446944--19447034	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
19446985--19447078	49	1.9	49	93	0	161	24	14	29	30	1.95
19450265--19450457	46	4.0	48	84	9	250	36	15	20	27	1.92
19450199--19450456	98	2.6	98	95	0	462	35	15	21	28	1.93
19450431--19450613	37	5.0	37	94	1	307	38	16	21	24	1.93
19453724--19453748	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
19468453--19468502	24	2.0	26	84	7	68	60	6	0	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19468502--19468547	23	2.0	23	86	4	65	52	4	2	41	1.33
19475495--19475554	29	2.1	29	96	0	111	30	18	11	40	1.86
19479322--19479382	28	2.2	28	100	0	122	19	14	3	62	1.46
19486504--19486541	20	1.9	20	94	0	67	21	5	7	65	1.38
19487010--19487097	42	2.1	42	84	0	113	32	23	25	18	1.97
19491564--19491610	19	2.3	21	79	13	55	44	4	12	38	1.62
19491780--19491820	21	1.9	22	85	5	57	41	0	4	53	1.22
19491848--19491895	24	2.0	23	84	11	62	47	10	4	37	1.57
19491922--19491968	5	8.8	5	82	13	58	40	0	2	57	1.11
19491922--19491969	12	3.8	12	82	17	62	41	0	2	56	1.11
19492029--19492054	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
19493295--19493333	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
19493561--19493672	39	2.8	40	72	5	102	23	18	26	31	1.98
19493819--19493859	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
19494847--19494885	20	2.0	20	84	0	51	30	5	0	64	1.15
19497351--19497506	77	2.0	77	100	0	312	32	12	11	42	1.79
19497476--19497559	24	3.3	24	67	20	71	29	13	13	44	1.81
19497462--19497567	53	2.0	53	100	0	212	30	13	11	45	1.78
19498603--19498796	3	64.7	3	73	7	135	60	1	7	29	1.34
19498575--19498781	12	17.6	12	69	16	87	60	1	8	28	1.37
19498960--19498995	14	2.5	14	95	4	63	58	0	5	36	1.22
19498960--19499095	3	45.3	3	70	10	73	57	0	9	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19499636--19499894	128	2.0	126	84	5	335	40	18	13	27	1.89
19500280--19500321	18	2.3	18	88	8	59	59	2	9	28	1.41
19500299--19500353	12	4.6	12	76	0	56	61	1	9	27	1.36
19500293--19500353	24	2.5	24	78	5	70	60	1	9	27	1.38
19500268--19500349	42	2.0	42	85	9	114	60	2	9	26	1.40
19523290--19523495	46	4.5	44	77	12	150	25	30	19	24	1.98
19530233--19530434	101	2.0	101	99	0	395	43	12	7	36	1.70
19532195--19532219	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
19532276--19532314	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
19532338--19532399	14	4.3	15	76	13	60	35	1	0	62	1.05
19532338--19532410	14	5.0	14	73	15	51	35	2	0	61	1.10
19532876--19533091	3	72.3	3	70	14	126	61	1	7	30	1.32
19532865--19532940	38	1.9	38	86	7	107	61	1	6	30	1.29
19547573--19547616	23	1.9	23	90	0	70	22	4	2	70	1.17
19547569--19547651	23	3.5	23	77	11	69	27	3	4	63	1.31
19547592--19547644	24	2.3	23	78	9	56	26	3	5	64	1.33
19547644--19547734	25	3.5	25	77	8	92	32	4	4	58	1.38
19549852--19549882	8	3.9	8	91	0	53	41	0	0	58	0.98
19549811--19549903	49	1.9	48	82	10	118	47	1	3	48	1.25
19550024--19550117	4	22.8	4	70	18	52	69	4	24	2	1.18
19550034--19550117	25	3.4	24	73	15	73	69	3	26	1	1.12
19550982--19551097	40	2.9	40	86	10	157	37	10	16	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19550987--19551121	40	3.4	38	81	7	153	35	10	19	34	1.86
19558155--19558207	24	2.3	22	81	18	63	60	1	7	30	1.35
19558165--19558262	24	4.1	23	72	18	76	58	2	8	31	1.39
19558213--19558405	26	7.4	26	67	11	74	59	5	7	27	1.46
19562619--19562893	44	6.2	44	72	10	175	29	17	26	26	1.98
19562619--19562893	89	3.1	89	68	10	254	29	17	26	26	1.98
19562883--19563558	44	15.6	43	70	11	154	31	19	21	27	1.97
19562883--19563604	86	8.3	86	73	7	464	31	19	21	27	1.97
19562870--19563604	130	5.7	130	86	0	963	31	19	21	27	1.97
19563187--19563628	216	2.0	216	81	6	511	31	20	19	28	1.97
19563797--19564046	44	5.5	44	70	11	130	30	18	20	30	1.96
19563709--19563919	88	2.4	88	82	4	239	30	18	21	29	1.97
19563797--19564069	140	2.0	140	82	0	341	32	18	20	29	1.96
19563936--19564092	44	3.5	44	78	3	145	32	18	19	29	1.95
19563697--19564271	227	2.5	220	77	10	536	31	19	21	28	1.97
19566047--19566134	27	3.4	26	75	9	81	32	3	4	59	1.35
19566086--19566145	25	2.3	26	82	2	68	30	6	3	60	1.39
19568898--19569144	131	1.9	131	92	0	413	28	19	19	32	1.96
19570916--19570993	29	2.5	31	77	22	85	62	2	1	33	1.17
19574272--19574557	141	2.0	141	95	1	511	25	16	16	41	1.89
19574596--19574638	17	2.5	17	75	10	52	27	0	4	67	1.10
19574990--19575107	28	4.3	27	71	21	84	61	5	0	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19575009--19575060	10	5.4	10	80	13	56	57	7	0	34	1.27
19574973--19575185	9	22.9	9	73	15	105	59	5	2	32	1.34
19575083--19575116	17	2.1	16	88	5	50	58	0	0	41	0.98
19575676--19575718	17	2.5	17	80	3	50	32	4	2	60	1.30
19575740--19575783	17	2.5	17	82	17	54	29	0	6	63	1.20
19578851--19578897	24	2.0	24	95	0	85	31	10	8	48	1.68
19580796--19580825	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
19582385--19582419	18	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
19582392--19582437	18	2.8	17	83	9	51	45	0	0	54	0.99
19582404--19582460	26	2.2	25	81	3	69	40	0	3	56	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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