genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92671303--92671364	22	3.0	21	83	9	74	53	19	1	25	1.54
92674464--92674489	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
92675315--92675473	36	4.1	36	71	15	111	62	11	5	20	1.48
92675314--92675483	82	2.1	82	100	0	340	62	12	4	20	1.47
92675343--92675483	46	3.3	46	75	19	131	63	13	4	18	1.45
92683626--92683660	15	2.3	16	85	14	56	40	0	0	60	0.97
92689241--92689290	15	3.4	16	73	18	54	64	2	6	28	1.28
92690529--92691152	133	4.7	132	89	1	834	26	21	21	30	1.98
92690670--92691008	43	7.7	43	65	15	165	25	21	22	30	1.99
92707929--92708093	52	3.1	52	88	6	217	30	28	15	25	1.96
92709997--92710203	79	2.7	77	82	5	235	36	6	9	46	1.63
92709996--92710203	74	2.7	75	83	5	242	36	6	9	47	1.63
92711745--92711815	27	2.6	27	84	0	88	14	22	21	42	1.88
92720950--92720999	24	2.1	24	100	0	100	38	16	20	26	1.92
92725791--92725858	30	2.3	29	80	14	86	42	23	8	25	1.82
92744721--92744767	3	16.0	3	80	4	51	6	2	59	31	1.34
92746853--92746999	52	2.8	52	87	3	206	19	27	33	19	1.96
92747989--92748072	25	3.4	24	76	11	64	32	15	26	26	1.96
92748159--92748245	26	3.4	26	84	4	115	37	22	22	16	1.93
92750506--92750551	24	1.9	24	86	8	67	41	21	6	30	1.78
92755823--92755860	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
92759039--92759074	17	2.1	17	100	0	72	41	13	11	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92764056--92764105	26	1.9	26	95	0	91	34	6	14	46	1.69
92764056--92764111	26	2.2	26	90	0	85	35	5	12	46	1.65
92764377--92764436	26	2.3	26	80	5	68	16	21	21	40	1.92
92764473--92764555	25	3.3	25	67	0	67	21	26	18	33	1.96
92769908--92769960	26	2.0	26	92	0	88	24	13	5	56	1.58
92771952--92772010	9	6.6	9	90	0	82	42	20	13	23	1.88
92772030--92772082	6	8.5	6	83	8	52	16	0	9	73	1.08
92772031--92772071	12	3.3	12	93	3	64	17	0	12	70	1.16
92772031--92772071	18	2.2	19	91	4	66	17	0	12	70	1.16
92772030--92772083	18	2.9	18	81	13	58	18	0	9	72	1.11
92772107--92772131	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
92772108--92772145	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
92783434--92783481	3	16.3	3	80	4	53	33	60	2	4	1.27
92783500--92783527	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
92790064--92790089	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
92798679--92798715	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
92803018--92803106	44	2.0	45	88	4	135	31	13	26	28	1.94
92819080--92819558	131	3.6	131	78	5	448	34	18	19	27	1.95
92819299--92819552	133	1.9	132	87	2	375	32	17	20	29	1.95
92824755--92824802	22	2.2	22	88	7	71	14	0	35	50	1.44
92824755--92824817	29	2.2	28	88	2	90	17	0	36	46	1.49
92824879--92824919	22	1.9	21	90	5	64	26	0	36	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92824755--92824918	7	23.0	7	69	10	73	21	0	35	42	1.58
92831465--92831490	8	3.2	8	100	0	52	0	0	34	65	0.93
92831728--92831818	41	2.2	41	86	4	128	24	12	28	35	1.91
92831724--92831869	43	3.4	43	82	5	163	25	14	26	33	1.94
92831899--92831937	15	2.9	14	88	11	55	5	17	33	43	1.72
92834900--92834927	14	2.0	14	100	0	56	28	14	28	28	1.95
92837534--92837601	9	7.6	9	80	6	84	44	19	8	27	1.80
92837534--92837601	27	2.5	26	88	4	100	44	19	8	27	1.80
92837621--92837667	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
92837622--92837667	12	3.7	12	86	11	65	17	0	6	76	1.00
92839707--92839757	27	1.9	26	84	4	66	68	1	0	29	1.00
92863993--92864038	21	2.2	21	96	0	83	43	19	4	32	1.71
92867510--92867561	11	4.5	11	75	15	52	76	0	17	5	0.97
92867786--92867847	19	3.2	20	77	6	65	41	8	8	41	1.64
92872929--92873020	44	2.1	44	100	0	184	47	9	15	27	1.76
92876482--92876528	22	2.1	22	88	0	67	40	8	27	23	1.83
92877780--92877826	19	2.4	20	92	3	78	34	10	10	44	1.74
92881808--92881951	68	2.1	68	81	0	171	35	13	19	31	1.91
92882081--92882757	105	6.5	105	75	7	423	33	18	18	28	1.95
92892102--92892163	28	2.2	28	88	0	97	40	9	20	29	1.84
92896429--92896496	33	2.1	33	100	0	136	38	2	2	55	1.30
92896432--92896484	16	3.2	16	71	23	56	43	1	3	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92898289--92898318	13	2.3	13	100	0	60	43	0	0	56	0.99
92899335--92899359	10	2.5	10	100	0	50	76	0	8	16	1.02
92901122--92901168	24	2.0	24	100	0	94	25	17	12	44	1.84
92903354--92903379	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
92908319--92908402	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
92908323--92908416	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
92908619--92908692	21	3.4	23	76	16	86	13	20	27	39	1.90
92909774--92909942	46	3.5	48	75	13	159	24	13	30	31	1.93
92911152--92911197	22	2.1	22	100	0	92	39	0	21	39	1.54
92924579--92924612	11	3.1	11	86	0	50	29	14	26	29	1.95
92930134--92930169	15	2.4	15	90	0	54	16	0	0	83	0.65
92936085--92936176	44	2.1	44	86	8	125	33	21	20	23	1.97
92937362--92937399	14	2.4	17	87	12	55	55	0	0	44	0.99
92939465--92939583	55	2.2	55	83	3	150	22	25	27	24	2.00
92944286--92944377	44	2.1	44	86	11	127	34	23	21	19	1.96
92945411--92945452	13	3.4	12	81	12	50	59	2	0	38	1.10
92945269--92945554	157	1.8	158	80	6	348	41	9	4	44	1.56
92946593--92946706	43	2.7	43	82	8	117	26	14	26	33	1.94
92949675--92949719	11	3.9	11	80	11	54	35	0	0	64	0.94
92949670--92949725	24	2.3	24	87	3	76	37	0	1	60	1.07
92951850--92952123	46	6.0	46	90	2	381	40	14	23	21	1.90
92953062--92953358	46	6.5	46	90	1	427	19	20	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92953167--92953236	22	3.1	22	65	15	61	17	18	14	50	1.79
92953330--92953453	45	2.8	45	86	2	151	23	25	15	36	1.94
92953372--92953471	45	2.2	42	81	14	128	20	24	19	37	1.94
92953480--92953525	22	2.1	22	84	8	58	21	21	19	36	1.95
92957610--92957667	30	1.9	30	85	0	80	22	34	25	17	1.96
92962673--92962730	27	2.1	27	83	0	71	5	37	1	55	1.33
92964425--92964471	17	2.8	17	86	0	67	8	8	2	80	0.97
92964425--92964477	23	2.3	23	86	0	70	9	9	1	79	1.02
92964414--92964477	11	5.6	11	78	12	58	10	9	1	78	1.04
92969001--92969078	39	2.0	39	97	0	147	42	5	15	37	1.69
92972040--92972086	19	2.6	18	77	16	51	61	2	0	36	1.08
92976393--92976433	22	1.9	21	90	5	64	34	2	7	56	1.40
92977495--92977812	127	2.5	125	84	4	395	26	17	19	36	1.94
92978515--92978570	27	2.1	27	86	3	78	62	1	3	32	1.23
92981302--92981336	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
92981464--92981598	48	2.7	48	78	13	114	57	4	6	31	1.45
92981487--92981582	25	3.9	24	76	14	88	58	5	5	31	1.42
92981618--92981674	22	2.8	21	80	19	59	57	3	5	33	1.38
92982154--92982252	30	3.3	30	91	0	162	19	6	48	26	1.72
92982187--92982242	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
92982712--92982749	15	2.6	15	87	4	51	63	5	5	26	1.37
92992705--92992747	20	2.2	20	83	8	52	46	2	2	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92993747--92993791	11	4.3	11	80	8	58	82	8	2	6	0.93
92996518--92996574	24	2.4	25	91	5	91	42	12	19	26	1.86
92998384--92998571	43	4.3	43	91	0	268	37	23	17	21	1.93
92998864--92998911	21	2.3	21	88	0	78	2	56	16	25	1.51
92999288--92999316	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
93004462--93004628	9	17.6	9	75	10	145	31	0	21	46	1.56
93004462--93004628	57	2.9	56	79	9	185	31	0	21	46	1.56
93004495--93004611	39	3.0	39	98	0	225	31	0	22	46	1.52
93004462--93004617	48	3.2	48	80	3	179	32	0	22	44	1.58
93007667--93007704	19	2.0	19	94	0	67	21	28	31	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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