genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75824220--75824436	114	1.9	113	89	0	335	29	28	18	22	1.98
75824366--75824619	141	1.8	141	83	3	341	36	21	15	27	1.93
75827240--75827271	12	2.6	13	90	9	50	50	21	6	21	1.71
75834356--75834387	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
75834847--75835005	42	3.7	43	75	12	139	28	25	18	26	1.98
75834842--75834998	86	1.8	85	83	4	208	28	27	19	24	1.99
75836737--75836854	22	5.4	22	83	0	110	31	23	28	16	1.96
75836798--75836868	22	3.2	22	83	0	61	33	22	26	16	1.96
75841886--75842100	50	4.3	50	75	3	137	29	12	19	39	1.88
75841911--75842093	99	1.8	100	83	5	246	30	9	19	40	1.84
75843284--75843347	22	3.0	22	70	20	55	29	1	20	48	1.59
75850271--75850326	22	2.4	24	82	14	73	30	3	23	42	1.71
75850917--75850980	22	3.0	22	70	20	55	29	1	20	48	1.59
75851293--75851394	51	2.0	51	98	0	195	36	15	16	31	1.91
75853295--75853320	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
75865436--75865533	39	2.5	39	96	0	178	26	20	26	26	1.99
75868327--75868380	25	2.1	26	83	16	69	29	3	3	62	1.29
75872363--75872474	27	4.1	27	82	7	129	16	24	22	37	1.93
75872363--75872483	54	2.2	54	83	2	154	16	25	22	35	1.95
75875599--75875645	23	2.0	23	84	15	62	36	12	6	44	1.68
75882457--75882613	43	3.7	43	78	9	133	31	26	17	24	1.97
75882461--75882573	42	2.7	42	79	9	131	33	26	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75884575--75884621	24	2.0	24	87	8	69	23	0	2	74	0.93
75886880--75886958	31	2.5	31	95	0	140	27	25	17	29	1.98
75886982--75887073	42	2.2	42	88	0	130	35	20	14	29	1.92
75887218--75887315	26	3.8	26	91	1	162	28	22	22	26	1.99
75888121--75888207	27	3.2	27	88	3	113	19	25	19	35	1.95
75888261--75888368	27	3.9	27	75	13	94	31	10	18	39	1.84
75888349--75888555	81	2.6	81	86	2	274	28	7	22	42	1.80
75888323--75888692	27	13.7	27	78	5	196	32	7	21	38	1.82
75902516--75902546	16	1.9	16	93	0	53	58	35	0	6	1.24
75902751--75902785	15	2.2	16	90	5	54	82	5	0	11	0.82
75909112--75909206	49	1.9	49	93	0	163	23	7	14	54	1.65
75914336--75914423	40	2.2	39	83	2	104	54	6	6	31	1.53
75920048--75920378	48	6.9	47	82	5	321	25	29	17	28	1.97
75920053--75920368	144	2.2	143	81	8	358	24	29	17	28	1.97
75922304--75922558	55	4.8	54	81	9	287	36	16	25	21	1.94
75922311--75922511	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.95
75922632--75922676	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
75944844--75945167	48	6.8	48	77	5	246	23	27	19	29	1.98
75944894--75945162	96	2.8	94	78	9	285	23	27	18	30	1.98
75944894--75945167	144	1.9	144	82	5	340	23	27	18	30	1.98
75948311--75948442	50	2.6	52	85	8	182	25	18	26	30	1.98
75949977--75950016	20	2.0	21	85	5	55	45	7	17	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75957814--75957892	26	3.0	26	68	3	70	20	17	26	35	1.95
75961473--75961526	27	2.0	27	82	3	65	33	20	14	31	1.93
75961632--75961700	27	2.6	27	83	0	75	20	20	23	36	1.95
75961686--75961756	26	2.7	26	82	4	81	12	21	26	39	1.89
75966347--75966522	46	3.8	45	79	10	203	21	21	28	28	1.98
75966344--75966514	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
75969766--75969941	46	3.8	45	76	12	196	21	20	28	28	1.98
75969763--75969933	93	1.8	93	92	2	290	21	21	29	28	1.98
75971544--75971607	26	2.5	26	84	5	85	26	21	14	37	1.92
75974703--75974854	27	5.6	27	92	3	223	30	28	13	27	1.94
75974703--75974854	55	2.8	55	91	0	232	30	28	13	27	1.94
75991853--75991905	26	2.0	26	92	0	88	32	24	24	18	1.97
75995822--75995973	27	5.6	27	92	3	223	27	13	28	30	1.94
75995822--75995973	55	2.8	55	91	0	232	27	13	28	30	1.94
76003994--76004145	27	5.6	27	92	3	223	27	13	28	30	1.94
76003994--76004145	55	2.8	55	91	0	232	27	13	28	30	1.94
76016129--76016362	113	2.1	113	92	0	387	38	21	18	20	1.93
76018183--76018238	20	2.8	20	86	0	76	44	26	21	7	1.78
76018156--76018249	20	4.7	20	69	10	57	42	22	25	9	1.83
76018337--76018423	43	2.0	43	97	0	165	34	12	9	43	1.75
76019467--76019516	21	2.4	21	96	0	91	44	20	10	26	1.82
76021749--76021913	43	3.8	44	81	6	194	26	16	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76025313--76025352	19	2.1	19	100	0	80	37	10	10	42	1.72
76040612--76040856	48	5.1	48	86	2	296	27	16	28	27	1.97
76040628--76040841	95	2.2	95	87	0	293	25	17	29	27	1.98
76040628--76040889	48	5.5	47	83	4	285	26	16	29	27	1.97
76047137--76047185	21	2.4	20	86	6	71	22	10	6	61	1.50
76050626--76050853	49	4.7	49	92	0	368	25	18	27	28	1.98
76050633--76050853	98	2.3	98	99	0	435	26	18	26	28	1.98
76054125--76054156	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
76063997--76064056	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
76075867--76075965	32	3.2	32	61	25	75	40	16	10	33	1.82
76075846--76075970	62	2.0	62	100	0	250	40	16	11	32	1.83
76076335--76076456	22	5.3	22	63	21	61	26	29	10	33	1.90
76076307--76076556	47	5.3	47	92	0	360	27	31	9	32	1.88
76082703--76082737	14	2.6	13	82	8	52	68	11	5	14	1.37
76083517--76083792	48	5.8	48	90	2	337	27	17	28	26	1.98
76086005--76086030	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
76090459--76090492	16	2.2	16	89	5	52	73	0	0	26	0.83
76097231--76097325	25	3.8	25	92	0	154	27	23	24	25	2.00
76097530--76097719	27	7.0	27	81	7	215	26	21	18	34	1.96
76097531--76097719	54	3.5	54	87	2	254	26	21	17	34	1.96
76097712--76097784	27	2.7	27	85	2	76	34	12	13	39	1.82
76097724--76097915	27	7.1	27	86	0	213	30	10	18	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76097724--76097915	81	2.4	81	84	3	235	30	10	18	40	1.84
76097908--76098330	27	15.8	27	86	2	521	40	7	22	30	1.80
76097827--76098256	54	8.0	54	82	3	391	38	6	22	32	1.81
76097798--76098217	81	5.2	79	81	4	313	37	7	21	33	1.82
76104953--76104996	22	2.0	23	90	4	72	40	0	4	54	1.21
76108640--76108761	41	3.0	42	78	11	135	27	25	22	24	2.00
76109018--76109287	27	10.0	27	77	7	174	29	10	20	40	1.85
76109018--76109285	54	5.0	54	76	8	195	29	10	19	39	1.85
76109299--76109358	27	2.2	27	90	0	93	26	20	16	36	1.93
76109315--76109372	27	2.1	27	83	0	71	29	25	17	27	1.97
76115495--76115564	25	2.8	25	86	0	95	21	22	21	34	1.97
76116208--76116249	20	2.2	19	83	12	50	64	7	14	14	1.48
76124895--76124951	25	2.3	26	85	11	75	36	10	14	38	1.80
76127239--76127320	24	3.4	24	83	6	94	26	24	20	28	1.99
76127252--76127319	25	2.8	24	86	4	91	27	25	23	23	2.00
76127543--76127760	27	8.3	26	85	6	271	24	20	19	35	1.96
76127537--76127759	103	2.1	107	83	7	287	26	20	18	34	1.96
76127779--76127928	27	5.6	27	83	0	176	31	10	18	40	1.84
76127910--76128102	81	2.4	81	82	1	244	37	8	23	30	1.85
76127921--76128077	27	5.8	27	87	3	217	39	9	23	27	1.86
76127750--76128116	27	13.7	27	79	5	145	34	9	20	34	1.86
76127921--76128102	54	3.4	54	83	3	213	37	9	23	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76130717--76130853	27	5.1	27	95	0	220	25	22	18	32	1.97
76130811--76130990	54	3.4	53	80	6	141	29	12	20	38	1.88
76130853--76131018	27	6.2	27	82	6	151	31	10	18	39	1.84
76130867--76131023	54	2.9	53	83	4	172	31	9	19	39	1.84
76130993--76131167	81	2.2	81	83	2	199	40	8	22	29	1.83
76131011--76131167	27	5.8	27	86	0	206	40	7	22	29	1.82
76131011--76131167	81	1.9	81	89	0	242	40	7	22	29	1.82
76130893--76131186	27	10.9	27	82	4	155	35	8	21	34	1.84
76133533--76133602	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
76133804--76133939	27	5.0	27	90	0	209	22	21	22	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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