genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58950324--58950855	262	2.0	262	97	0	1010	23	10	31	33	1.89
58954376--58954560	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
58954376--58954560	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
58962258--58962442	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
58962258--58962442	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
58963564--58963600	1	37.0	1	91	0	56	2	2	0	94	0.36
58981092--58981312	40	5.6	40	78	10	168	27	27	20	23	1.99
58981092--58981312	80	2.8	80	78	11	211	27	27	20	23	1.99
58984588--58984696	52	2.0	54	92	5	186	37	17	16	28	1.91
58987567--58987597	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
58989413--58989585	46	3.7	46	77	11	183	22	19	27	30	1.98
58989410--58989580	93	1.8	93	91	2	281	22	19	28	29	1.98
58991216--58991507	40	7.3	40	92	3	471	26	27	21	23	1.99
58993210--58993300	46	2.0	46	91	0	146	27	30	7	34	1.85
58993319--58993440	22	5.3	22	65	30	67	24	27	13	35	1.92
58993274--58993516	47	5.1	48	89	4	323	25	27	11	34	1.91
58993316--58993516	47	4.2	47	93	2	330	24	27	12	35	1.92
58993274--58993516	96	2.5	96	86	4	305	25	27	11	34	1.91
58997855--58998286	220	2.0	221	89	1	661	32	12	19	34	1.90
59003138--59003290	42	3.6	42	85	4	209	30	16	24	27	1.97
59003290--59003355	34	1.9	34	96	0	123	25	18	18	37	1.93
59011671--59011783	42	2.7	43	77	2	129	31	26	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59015857--59015916	30	2.0	30	100	0	120	16	10	20	53	1.71
59016262--59016327	7	9.6	7	85	3	62	46	34	1	16	1.56
59016262--59016327	14	4.8	14	79	3	71	46	34	1	16	1.56
59016498--59016550	14	3.7	14	73	12	54	52	32	0	15	1.42
59016534--59016662	43	3.0	42	72	7	125	49	22	1	26	1.59
59017171--59017258	21	4.2	21	72	5	70	50	29	2	18	1.59
59017532--59017696	40	4.1	41	84	4	203	25	21	21	31	1.98
59017368--59017623	141	1.8	139	85	5	363	26	19	20	33	1.96
59018182--59018234	22	2.4	22	83	3	61	35	13	13	37	1.83
59018194--59018269	37	2.1	37	82	5	91	36	18	11	32	1.87
59020416--59020559	64	2.2	64	95	1	252	45	3	6	44	1.47
59022731--59022816	18	4.9	17	76	21	88	65	0	5	29	1.16
59023269--59023320	22	2.4	23	81	12	65	48	28	3	19	1.66
59029360--59029540	40	4.6	40	88	2	251	27	23	27	21	1.99
59035088--59035201	28	4.2	28	82	7	137	20	23	21	35	1.96
59037141--59037180	14	2.9	14	92	7	64	20	15	37	27	1.92
59040972--59041109	37	3.7	37	96	0	240	26	31	18	23	1.97
59041252--59041964	48	14.9	48	97	0	1291	29	29	7	34	1.84
59045395--59045596	40	5.1	40	96	0	368	25	29	22	22	1.99
59046871--59047010	37	3.8	37	91	0	217	25	31	18	24	1.98
59047151--59047767	48	12.9	48	95	0	1117	30	29	6	34	1.82
59052965--59053052	28	3.2	28	81	9	110	17	23	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59055296--59055361	28	2.4	28	86	0	87	22	22	25	28	1.99
59055468--59055511	23	1.9	23	90	0	70	38	20	18	22	1.93
59058327--59058423	40	2.4	41	83	6	119	28	27	17	25	1.98
59060666--59060794	46	2.8	46	95	0	222	20	20	28	30	1.98
59066533--59066599	23	2.7	25	84	9	84	23	14	34	26	1.94
59074092--59074119	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
59077399--59077724	40	8.1	40	79	5	345	35	21	18	24	1.96
59077398--59077724	81	4.1	80	82	5	367	35	21	18	24	1.95
59077764--59077866	40	2.6	41	89	3	156	26	21	25	27	1.99
59077639--59077912	144	1.9	143	85	5	374	31	20	20	27	1.97
59077916--59077996	40	2.0	40	83	4	101	29	23	18	28	1.98
59078066--59078199	7	18.7	7	68	7	63	20	0	38	40	1.53
59078120--59078202	36	2.3	36	81	2	96	21	0	37	40	1.54
59079012--59079056	21	2.1	22	83	4	56	35	33	0	31	1.58
59085075--59085163	44	2.0	44	86	0	124	30	12	11	46	1.76
59087353--59087394	19	2.3	19	87	4	59	26	0	2	71	0.98
59087466--59087534	35	2.0	35	82	5	86	36	2	4	56	1.34
59087665--59087897	42	5.5	42	81	5	202	25	16	29	28	1.97
59087661--59087897	84	2.8	85	82	5	282	25	16	29	28	1.97
59087960--59087990	15	2.1	15	94	5	55	6	12	29	51	1.65
59089787--59089883	40	2.4	41	79	6	110	29	27	16	25	1.97
59093306--59093348	20	2.1	21	87	12	63	30	4	11	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59093860--59093927	35	1.9	35	93	0	118	29	8	25	36	1.86
59108577--59108620	21	2.1	21	83	8	54	6	27	18	47	1.73
59109854--59109887	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
59111399--59111439	21	2.0	21	100	0	82	14	24	29	31	1.95
59113834--59113894	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
59116789--59116855	26	2.6	26	88	4	91	43	14	19	22	1.87
59116915--59117060	65	2.2	65	81	0	166	36	24	15	23	1.94
59121323--59121353	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
59121320--59121359	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
59121545--59121799	55	4.8	53	80	7	218	21	25	16	36	1.94
59121592--59121792	108	1.8	110	87	4	300	22	25	17	33	1.96
59124910--59125088	46	3.8	49	78	13	189	28	29	21	21	1.98
59124917--59125088	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
59129439--59129499	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
59133883--59133943	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
59138887--59138917	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
59138885--59138923	20	2.0	20	84	0	51	35	23	0	41	1.55
59139816--59139991	46	3.8	45	78	7	183	21	19	29	29	1.98
59139812--59139983	93	1.8	93	89	0	272	20	20	30	28	1.98
59142182--59142686	47	10.6	47	93	3	762	28	28	8	33	1.87
59142182--59142686	96	5.3	96	91	4	801	28	28	8	33	1.87
59144142--59144261	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59147134--59147206	15	4.9	15	73	15	62	12	19	12	56	1.67
59147127--59147206	30	2.6	31	81	11	94	12	18	12	56	1.67
59149127--59149302	46	3.8	46	81	4	219	20	21	30	28	1.98
59149123--59149294	93	1.8	93	93	0	299	20	21	30	27	1.98
59150770--59150970	108	1.8	110	87	4	300	22	24	17	35	1.95
59150721--59150977	55	4.8	52	79	10	213	21	24	17	36	1.94
59161158--59161194	18	2.1	18	100	0	74	45	21	21	10	1.82
59170506--59170731	40	5.7	40	88	4	271	25	27	21	25	1.99
59171858--59171977	56	2.1	56	96	0	222	23	23	8	45	1.80
59172760--59172822	18	3.7	18	70	20	55	63	0	30	6	1.19
59179726--59180115	50	7.8	50	80	8	416	27	17	23	30	1.97
59179726--59180115	101	3.9	101	81	8	422	27	17	23	30	1.97
59179737--59180112	151	2.5	151	97	0	709	27	17	24	30	1.97
59181869--59181925	26	2.2	26	83	3	69	26	10	28	35	1.89
59182843--59182875	17	1.9	17	88	11	50	60	3	27	9	1.42
59185268--59185334	33	2.0	33	100	0	134	23	23	17	34	1.96
59189555--59189607	27	2.0	27	88	7	81	35	22	20	20	1.96
59189711--59189768	26	2.2	26	84	0	71	24	15	25	34	1.95
59190022--59190051	16	1.9	16	93	6	53	6	20	20	53	1.67
59190693--59190725	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
59197587--59197773	50	3.8	49	78	4	187	26	16	25	31	1.96
59197585--59197773	99	1.9	100	83	1	245	25	16	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59201500--59201654	43	3.6	42	78	7	143	30	26	18	23	1.98
59205290--59205373	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
59215346--59215485	37	3.8	37	96	0	244	25	30	20	23	1.98
59215626--59216001	48	7.9	48	94	0	655	31	27	6	34	1.81
59215626--59216001	191	2.0	192	96	0	691	31	27	6	34	1.81
59221587--59221647	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
59227451--59227675	40	5.6	40	83	8	246	23	22	27	27	1.99
59233039--59233224	47	3.9	47	89	2	273	27	31	8	31	1.87
59233039--59233394	49	6.9	49	73	18	278	29	30	8	32	1.86
59233150--59233293	71	2.0	71	100	0	288	28	32	8	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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