genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71500899--71501117	46	4.7	46	75	8	187	27	20	30	21	1.98
71511612--71511678	32	2.2	32	83	5	84	20	25	35	17	1.95
71514642--71514924	27	10.4	27	80	4	165	31	22	9	36	1.87
71514725--71514855	28	4.7	28	77	8	108	37	20	9	32	1.84
71514723--71514856	55	2.4	54	80	6	162	37	20	9	32	1.85
71514941--71515000	27	2.2	27	82	5	68	38	28	10	23	1.87
71514956--71515052	27	3.6	27	76	8	90	41	23	7	27	1.81
71515857--71515923	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
71515973--71516108	52	2.7	51	92	5	215	28	22	22	27	1.99
71515973--71516108	26	5.3	26	86	3	181	28	22	22	27	1.99
71516243--71516325	42	2.0	42	82	0	103	26	13	21	38	1.90
71518686--71518723	13	2.9	13	84	0	58	78	0	15	5	0.91
71518940--71519070	66	2.0	66	96	0	244	46	12	16	23	1.82
71523864--71524154	27	10.9	27	88	1	374	25	13	18	41	1.87
71524374--71524461	38	2.3	38	96	0	158	20	11	39	28	1.87
71524506--71524552	18	2.6	18	82	0	67	25	17	12	44	1.84
71544865--71544946	27	3.0	27	85	7	112	31	21	25	20	1.98
71545052--71545144	28	3.3	28	93	0	150	27	7	26	37	1.84
71567236--71567325	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
71567447--71567551	28	3.8	28	94	0	183	26	6	25	40	1.80
71585884--71585973	27	3.2	27	79	7	101	31	22	25	21	1.98
71586079--71586212	28	4.8	28	96	0	232	28	4	26	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71595251--71595351	28	3.6	27	82	4	112	31	22	24	20	1.98
71595457--71595523	28	2.4	28	89	0	107	31	7	26	34	1.84
71595767--71595798	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
71600143--71600187	23	2.0	23	95	0	81	24	31	26	17	1.97
71606754--71606925	93	1.8	93	86	0	245	22	19	28	30	1.98
71613999--71614111	43	2.7	43	78	12	133	26	18	23	30	1.98
71624975--71625147	46	3.7	46	78	14	194	21	19	27	30	1.98
71624972--71625141	93	1.8	93	92	2	288	21	19	28	30	1.98
71628339--71628458	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
71629586--71629810	40	5.7	40	84	5	278	24	22	27	25	2.00
71629586--71629843	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	2.00
71635704--71635829	46	2.7	46	93	0	207	22	22	26	29	1.99
71637543--71637608	32	2.1	32	88	0	96	22	37	18	21	1.94
71637580--71637629	23	2.2	23	96	0	91	18	32	22	28	1.97
71645663--71645711	6	7.8	6	77	8	53	73	0	22	4	1.00
71645663--71645711	13	3.9	12	86	7	53	73	0	22	4	1.00
71650568--71650602	18	1.9	18	88	0	52	62	0	5	31	1.18
71653253--71653287	14	2.5	14	85	0	52	62	0	2	34	1.10
71654425--71654453	13	2.2	13	100	0	58	41	0	6	51	1.28
71656473--71656537	22	3.0	22	77	8	69	30	21	26	21	1.98
71656684--71656801	41	2.9	41	88	0	155	29	31	17	21	1.96
71657039--71657109	27	2.6	27	81	0	79	30	14	21	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71657059--71657444	27	14.2	27	75	11	229	29	9	19	40	1.84
71657041--71657422	81	4.7	81	74	11	286	29	9	20	40	1.85
71657454--71657555	27	3.8	26	85	7	125	27	21	17	33	1.96
71659742--71659811	22	3.2	22	81	4	79	40	27	22	10	1.86
71660223--71660341	41	2.9	41	87	0	166	28	30	19	21	1.98
71660631--71660988	27	13.2	27	77	2	220	29	9	20	40	1.85
71660660--71660977	108	2.9	108	84	2	273	29	9	20	40	1.84
71660732--71660977	108	2.3	108	89	1	368	30	9	21	39	1.85
71660952--71661076	54	2.3	55	82	6	141	27	15	20	37	1.92
71660980--71661085	27	4.0	26	87	6	135	27	17	18	35	1.94
71661847--71661917	36	2.0	36	94	0	124	26	19	18	35	1.95
71663433--71663482	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
71663793--71663823	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
71663795--71663831	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
71663804--71663933	64	2.0	64	82	11	160	60	5	4	29	1.39
71664239--71664310	37	1.9	37	100	0	144	18	0	52	29	1.45
71664277--71664339	29	2.2	29	88	5	92	15	1	50	31	1.54
71664565--71664955	87	4.5	87	84	4	420	21	22	23	32	1.98
71664763--71664907	43	3.3	43	69	12	134	23	20	22	33	1.97
71664967--71665720	133	5.6	134	85	2	989	27	22	20	29	1.98
71664993--71665356	90	4.1	87	67	15	249	27	23	20	28	1.99
71667053--71667100	24	2.0	24	83	0	60	2	22	6	68	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71667059--71667152	24	4.1	24	73	13	81	0	23	3	73	0.98
71667097--71667174	14	5.5	13	75	15	75	0	28	0	71	0.86
71667063--71667184	44	3.0	39	80	14	138	0	25	1	72	0.93
71667066--71667186	13	8.8	13	71	17	75	0	24	1	73	0.92
71667089--71667178	44	2.0	44	97	0	171	0	27	0	72	0.85
71673542--71673591	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
71673899--71673929	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
71673901--71673938	19	2.1	18	95	5	67	68	0	0	31	0.90
71674341--71674414	37	2.0	36	94	2	130	16	0	54	29	1.43
71674382--71674443	28	2.2	29	85	8	83	14	1	51	32	1.52
71674775--71674829	26	2.1	26	93	0	92	27	32	18	21	1.96
71684178--71684211	16	2.3	14	90	10	50	52	2	0	44	1.16
71685341--71685384	20	2.1	21	84	12	56	52	18	2	27	1.57
71686013--71686086	38	1.9	38	94	0	130	21	17	5	55	1.62
71686181--71686206	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
71692397--71692574	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71692398--71692553	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71692394--71692574	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71700451--71700628	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71700452--71700607	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71700448--71700628	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71702887--71702946	30	2.0	30	100	0	120	40	30	0	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71710305--71710330	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
71711702--71711943	40	6.2	40	91	5	388	22	21	27	28	1.99
71711702--71711943	116	2.1	119	90	5	386	22	21	27	28	1.99
71714920--71714951	17	1.9	16	93	6	55	40	12	15	31	1.85
71719684--71719791	21	5.0	22	85	5	123	37	25	22	14	1.93
71720164--71720220	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
71720542--71720593	5	10.2	5	97	2	95	57	0	0	42	0.98
71720616--71720644	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
71723502--71723569	34	2.0	34	100	0	136	29	14	17	38	1.90
71726150--71726225	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
71726346--71726749	47	8.6	47	93	1	628	29	30	8	31	1.86
71726346--71726749	190	2.1	190	90	1	627	29	30	8	31	1.86
71730466--71730569	40	2.6	40	85	0	127	25	30	21	22	1.98
71730571--71730742	40	4.3	40	82	7	183	24	27	19	28	1.98
71730511--71730742	80	2.9	80	81	7	224	24	28	19	27	1.99
71730599--71730742	40	3.6	40	87	4	195	22	27	20	29	1.98
71731030--71731108	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
71731090--71731233	43	3.4	43	96	1	256	27	35	14	22	1.93
71733272--71733675	47	8.6	47	93	1	601	29	30	8	31	1.86
71733272--71733675	190	2.1	188	89	0	610	29	30	8	31	1.86
71735289--71735366	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
71737377--71737496	39	3.0	40	81	2	136	26	30	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71737746--71737824	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
71737806--71737936	43	3.0	43	93	0	226	26	33	16	23	1.95
71739749--71739824	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
71740017--71740270	47	5.3	47	90	4	402	31	29	7	32	1.84
71740015--71740270	96	2.7	96	97	0	478	31	29	7	32	1.84
71741881--71741958	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
71743993--71744113	40	3.0	40	80	2	127	26	29	19	23	1.98
71744123--71744271	78	1.9	79	89	6	232	24	28	17	29	1.97
71744123--71744276	40	3.9	39	88	7	206	24	28	16	29	1.97
71744127--71744306	40	4.6	39	84	10	203	23	28	17	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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