genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58395076--58395285	39	5.3	39	91	2	307	25	22	26	25	2.00
58398466--58398494	13	2.2	13	100	0	58	48	0	6	44	1.29
58412686--58412724	19	2.1	19	90	0	60	35	7	23	33	1.83
58415987--58416026	17	2.4	17	87	8	55	60	12	7	20	1.56
58420137--58420439	151	2.0	151	100	0	606	42	13	15	28	1.85
58427492--58427742	80	3.2	80	81	6	235	26	20	26	26	1.99
58427485--58427709	40	5.7	40	86	4	276	24	21	26	27	2.00
58427492--58427742	119	2.1	119	80	8	271	26	20	26	26	1.99
58435345--58435558	69	2.8	79	77	16	227	24	22	28	24	2.00
58435345--58435558	39	5.6	39	81	12	216	24	22	28	24	2.00
58443239--58443463	40	5.7	40	84	5	269	24	22	27	25	2.00
58454669--58454701	16	2.1	16	100	0	66	24	12	15	48	1.78
58461727--58461918	27	7.1	27	80	7	194	41	19	12	26	1.87
58461700--58461905	81	2.5	81	85	2	279	42	19	13	24	1.87
58461700--58461916	54	4.0	54	77	4	197	42	18	12	25	1.86
58461909--58462105	27	7.3	27	86	4	274	20	16	20	43	1.88
58461909--58462105	80	2.4	81	88	2	290	20	16	20	43	1.88
58463086--58463145	27	2.3	26	80	8	68	33	18	23	25	1.97
58463107--58463168	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
58463881--58464024	27	5.3	27	81	3	146	29	20	15	34	1.93
58463879--58464024	54	2.7	54	77	4	168	28	20	16	34	1.94
58466403--58466445	22	2.0	21	82	8	52	53	2	18	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58466940--58467091	27	5.6	27	88	2	214	26	14	28	30	1.95
58466940--58467091	55	2.8	55	87	2	225	26	14	28	30	1.95
58466940--58467091	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
58469306--58469388	20	4.2	20	87	6	118	34	7	19	38	1.79
58469336--58469388	9	5.4	9	79	16	61	35	5	20	37	1.77
58469323--58469383	11	5.9	11	77	14	67	34	8	19	37	1.82
58469315--58469400	20	4.3	20	82	11	97	32	9	20	37	1.85
58469315--58469400	40	2.1	41	83	14	117	32	9	20	37	1.85
58469450--58469589	52	2.8	52	89	7	209	28	20	23	27	1.99
58469450--58469589	26	5.5	26	84	5	173	28	20	23	27	1.99
58477788--58477829	18	2.2	20	83	8	52	71	7	7	14	1.29
58483623--58483834	40	5.3	40	86	3	232	23	19	27	29	1.98
58491842--58492052	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
58494194--58494290	26	3.8	26	90	4	153	25	23	23	26	2.00
58494194--58494303	51	2.2	49	90	8	168	28	21	23	26	1.99
58503183--58503279	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
58505505--58505589	30	2.8	29	83	13	109	14	22	0	63	1.30
58505540--58505595	18	3.1	18	79	5	60	8	19	1	69	1.24
58505565--58505589	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
58505592--58505622	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
58505670--58505726	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
58505670--58505726	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58505670--58505737	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
58508263--58508359	30	3.2	30	75	2	97	27	15	27	28	1.96
58517553--58517639	28	3.0	27	70	22	68	29	27	14	27	1.96
58519139--58519193	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
58519818--58519852	3	11.7	3	87	0	52	68	0	2	28	1.04
58519817--58519846	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
58521226--58521354	53	2.4	53	81	2	150	37	20	22	19	1.95
58521262--58521369	53	2.0	53	85	0	144	37	18	23	20	1.94
58522766--58525767	734	4.0	746	94	3	4958	33	19	19	28	1.96
58523500--58525786	770	3.0	778	96	1	4210	32	19	19	28	1.96
58528728--58528786	29	2.0	29	84	12	77	20	6	16	55	1.63
58530047--58530139	46	2.0	46	97	0	177	32	19	11	36	1.88
58534750--58536750	401	5.0	401	97	0	3770	38	15	22	23	1.92
58534750--58536750	801	2.5	801	97	0	3770	38	15	22	23	1.92
58537764--58537860	30	3.2	30	74	8	99	28	15	27	27	1.96
58538162--58538191	12	2.5	12	100	0	60	50	26	0	23	1.50
58538423--58538476	20	2.7	21	80	11	60	40	18	20	20	1.91
58542397--58542758	46	7.7	47	83	13	435	31	7	31	29	1.84
58542397--58542708	93	3.3	91	88	11	436	31	6	31	31	1.82
58542873--58542950	36	2.1	36	86	6	104	25	19	30	24	1.98
58544734--58544830	37	2.4	41	86	10	139	23	14	35	26	1.93
58545186--58545367	40	4.6	40	80	5	165	26	22	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58545186--58545367	80	2.3	82	82	4	212	26	22	26	23	2.00
58548599--58548678	37	2.1	38	86	6	110	25	20	30	25	1.99
58565700--58565747	11	4.1	11	80	15	51	68	4	8	18	1.31
58565705--58565748	12	3.6	12	80	17	54	75	4	6	13	1.17
58567790--58567843	15	3.8	14	76	11	56	74	1	22	1	1.02
58570200--58570228	13	2.2	13	100	0	58	17	27	6	48	1.72
58574691--58574912	39	5.7	38	83	9	211	26	22	26	25	2.00
58574691--58574912	78	2.8	79	80	12	251	26	22	26	25	2.00
58574691--58574912	117	1.9	119	81	10	278	26	22	26	25	2.00
58574698--58574945	78	3.2	76	77	14	220	27	20	26	25	1.99
58582599--58582829	40	5.8	40	86	5	299	25	22	27	25	2.00
58582599--58582856	119	2.2	119	82	8	294	25	21	27	25	1.99
58595358--58596199	419	2.0	419	99	0	1675	25	14	26	33	1.94
58597687--58597801	55	2.1	56	82	8	137	34	20	24	20	1.96
58597712--58597801	28	3.2	27	84	7	110	32	22	24	21	1.98
58597712--58597801	27	3.2	27	82	7	101	32	22	24	21	1.98
58602556--58602776	40	5.6	40	80	7	211	24	21	27	26	1.99
58607193--58607349	79	2.0	80	85	6	212	25	28	22	24	2.00
58607146--58607349	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
58612935--58613049	55	2.1	56	82	8	137	34	21	23	20	1.96
58612968--58613049	28	3.0	27	83	7	103	30	21	25	21	1.99
58612967--58613049	27	3.0	27	80	7	96	30	21	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58613142--58613331	95	2.0	95	100	0	380	33	16	17	31	1.93
58616038--58616174	56	2.4	56	88	0	202	32	22	16	28	1.95
58617323--58617351	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
58621477--58621584	39	2.8	39	89	0	162	27	29	19	23	1.98
58627231--58627352	6	19.8	6	77	17	126	47	15	18	18	1.83
58627245--58627352	31	3.5	31	80	14	132	47	15	19	17	1.83
58627240--58627346	37	2.9	37	88	4	162	47	14	19	17	1.82
58627240--58627352	25	4.6	25	83	9	119	47	15	19	17	1.82
58627474--58627533	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
58627802--58628239	27	16.3	27	86	1	520	25	21	18	34	1.96
58628278--58628510	27	8.6	27	75	3	164	31	8	20	39	1.83
58628225--58628510	54	5.3	54	77	5	213	31	8	20	38	1.83
58628273--58628489	81	2.7	81	80	2	231	32	8	19	38	1.83
58630478--58630544	19	3.6	19	80	11	75	53	16	13	16	1.73
58630470--58630572	31	3.3	31	71	15	86	52	15	15	16	1.75
58630461--58630573	6	18.3	6	72	18	81	51	15	15	17	1.77
58630506--58630573	25	2.7	25	90	0	109	47	16	19	17	1.83
58630692--58630751	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58631021--58631406	27	14.3	27	85	5	415	24	21	18	34	1.96
58631024--58631401	54	7.0	54	86	2	465	24	21	19	34	1.96
58631024--58631406	81	4.7	81	85	3	479	24	21	18	34	1.96
58631386--58631702	27	11.7	27	80	1	258	32	8	21	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58633652--58633763	6	18.3	6	76	17	79	50	14	15	20	1.78
58633669--58633735	19	3.6	19	74	11	66	52	13	14	19	1.75
58633882--58633941	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58634210--58634593	54	7.1	54	83	1	475	26	19	18	35	1.95
58634212--58634585	27	13.9	27	84	2	421	26	20	18	35	1.95
58634577--58634870	27	10.9	27	77	5	204	32	7	20	39	1.80
58634613--58634891	54	5.2	54	79	5	233	32	7	19	39	1.81
58634686--58634891	27	7.6	27	82	2	225	32	7	19	40	1.79
58636841--58636936	6	15.7	6	77	16	99	48	15	17	17	1.81
58636850--58636936	25	3.5	25	90	4	133	49	14	18	17	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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