genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53361884--53362003	50	2.4	47	82	9	150	31	21	20	26	1.98
53362051--53362097	20	2.3	20	96	0	85	34	17	10	38	1.84
53369765--53369828	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
53370037--53370144	25	4.4	25	82	12	109	31	21	19	27	1.97
53370059--53370144	25	3.4	25	84	9	113	32	20	19	26	1.97
53370025--53370144	50	2.4	47	78	14	127	30	21	20	26	1.98
53373251--53373291	19	2.2	19	86	0	55	46	12	0	41	1.41
53374868--53374894	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
53381780--53381856	31	2.5	31	86	0	109	20	14	12	51	1.75
53383060--53383107	23	2.0	25	88	8	73	39	0	0	60	0.97
53387682--53387823	31	4.6	31	75	9	114	30	12	13	42	1.81
53389625--53389678	27	2.0	27	100	0	108	37	14	7	40	1.74
53389890--53389918	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
53390712--53390795	16	4.9	16	72	22	55	52	0	1	46	1.08
53390731--53390822	37	2.5	37	87	7	134	47	2	1	48	1.20
53390725--53390791	26	2.5	25	77	15	64	52	0	1	46	1.09
53391002--53391109	15	7.2	15	67	12	78	43	7	22	26	1.79
53390996--53391119	30	4.1	30	93	1	203	42	6	24	26	1.78
53395693--53395770	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
53395686--53395770	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
53396491--53396525	9	3.8	9	96	3	61	91	0	8	0	0.42
53396491--53396531	10	4.1	10	87	12	66	90	0	9	0	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53396491--53396531	20	2.1	19	95	4	73	90	0	9	0	0.46
53396668--53396698	7	4.6	7	92	8	55	87	0	12	0	0.55
53396667--53396698	13	2.3	15	84	15	50	87	0	12	0	0.54
53399049--53399226	27	6.6	27	81	3	169	29	28	15	26	1.96
53414298--53414475	27	6.6	27	81	3	160	29	28	15	26	1.96
53419411--53419586	46	3.8	46	80	14	218	21	20	28	29	1.98
53419408--53419578	93	1.8	93	94	2	308	21	21	29	28	1.98
53421357--53421513	39	4.0	39	90	0	242	24	28	23	22	1.99
53423989--53424038	20	2.5	20	83	6	57	34	24	18	24	1.96
53425219--53425275	16	3.8	14	76	15	51	68	1	1	28	1.09
53425416--53425448	16	2.1	16	94	0	57	60	6	0	33	1.21
53426998--53427054	29	2.0	29	92	0	96	35	19	14	31	1.91
53430360--53430466	57	1.9	56	82	5	135	32	23	16	27	1.96
53430553--53430598	18	2.6	18	93	6	76	23	17	4	54	1.61
53430961--53431008	21	2.3	21	85	0	60	45	14	2	37	1.57
53432658--53432738	40	2.0	40	95	0	144	30	18	6	44	1.74
53457795--53457944	42	3.5	42	83	3	158	30	12	25	32	1.93
53457823--53457938	43	2.7	43	84	4	119	30	12	25	31	1.93
53462281--53462339	26	2.3	26	96	0	109	40	0	27	32	1.56
53464517--53464680	42	3.9	42	81	1	175	27	14	26	32	1.94
53464569--53464680	43	2.6	42	81	5	136	28	16	25	29	1.96
53480664--53480944	144	2.0	144	87	2	413	29	19	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53486961--53487147	50	3.8	49	78	7	189	29	28	16	25	1.97
53490390--53490457	30	2.3	30	94	0	118	33	23	2	39	1.70
53497844--53497938	43	2.2	43	86	0	127	21	22	31	25	1.98
53499200--53499279	29	2.8	29	86	0	106	26	31	17	25	1.97
53501129--53501540	46	9.0	46	92	0	664	22	23	16	38	1.93
53503969--53504036	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
53510679--53510711	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
53518684--53518788	46	2.2	48	86	6	142	35	14	24	25	1.93
53536886--53537004	29	4.2	29	77	2	107	29	30	14	26	1.95
53537216--53537258	8	5.4	8	77	0	50	6	20	20	51	1.71
53537216--53537258	16	2.7	16	88	0	68	6	20	20	51	1.71
53540562--53540613	27	1.9	27	100	0	104	36	21	15	26	1.93
53547212--53547270	27	2.2	27	100	0	118	22	23	16	37	1.94
53548677--53548721	20	2.2	20	100	0	90	26	40	4	28	1.75
53549839--53549938	49	2.0	49	100	0	200	33	19	6	42	1.75
53553497--53553540	22	2.0	23	86	4	63	25	4	4	65	1.30
53556902--53557043	40	3.6	40	92	2	225	26	26	23	23	2.00
53560351--53560444	40	2.4	39	78	7	93	38	34	9	18	1.83
53564882--53564988	43	2.5	43	82	8	112	28	16	20	33	1.95
53566870--53566911	18	2.4	17	84	11	50	19	2	26	52	1.58
53569122--53569242	42	2.8	43	80	7	138	28	26	19	24	1.99
53574738--53574865	44	3.0	43	84	6	152	29	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53576803--53576934	40	3.3	40	94	1	239	22	24	28	25	2.00
53584767--53584973	40	5.2	40	91	1	328	24	23	28	24	2.00
53608885--53608980	47	2.0	47	91	0	156	30	14	12	42	1.83
53610252--53610335	31	2.7	31	87	1	116	29	26	16	27	1.97
53610359--53610450	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
53610585--53610666	25	3.3	24	80	8	67	26	24	21	26	2.00
53610598--53610667	25	2.8	26	80	6	90	27	25	24	22	2.00
53614371--53614422	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
53617853--53618056	45	4.6	45	88	2	288	23	20	28	27	1.98
53631078--53631227	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
53631102--53631285	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
53634878--53635077	27	7.4	27	87	0	274	36	19	20	24	1.95
53635724--53635775	27	2.0	26	84	3	68	17	21	23	38	1.93
53636847--53636898	21	2.8	17	76	20	59	21	11	3	63	1.43
53638181--53638300	47	2.6	47	78	11	120	30	20	28	20	1.97
53638275--53638391	46	2.6	44	78	13	121	29	19	26	23	1.98
53639258--53639287	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
53642600--53642631	11	2.9	11	100	0	64	28	0	0	71	0.86
53644210--53644247	16	2.4	16	100	0	76	23	0	18	57	1.40
53647154--53647191	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
53647580--53647621	18	2.3	18	80	8	50	33	2	4	59	1.31
53647668--53647803	18	7.6	18	68	17	86	33	2	1	62	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53647668--53647802	9	15.0	9	64	17	50	33	2	1	62	1.19
53649049--53649094	20	2.3	20	88	7	67	50	0	2	47	1.13
53649090--53649156	20	3.3	20	78	15	68	35	0	8	55	1.32
53649178--53649415	118	2.0	118	100	0	476	35	14	15	35	1.87
53651703--53651729	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
53652424--53652450	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
53655900--53656131	101	2.3	99	85	5	297	25	18	26	30	1.98
53655905--53656131	50	4.5	50	80	7	289	25	17	26	30	1.97
53661794--53661834	13	2.9	15	82	10	52	17	4	17	60	1.52
53661733--53662425	350	2.0	350	93	2	1180	33	8	18	39	1.82
53666988--53667016	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
53667687--53667735	15	3.3	15	82	0	62	57	16	10	16	1.65
53670625--53670804	96	1.9	96	85	2	254	22	28	20	28	1.98
53670625--53670812	48	3.9	48	82	1	225	22	27	20	29	1.98
53670789--53670837	25	2.0	25	91	0	80	22	20	16	40	1.91
53681767--53681883	32	3.7	32	90	0	180	25	17	26	29	1.98
53689775--53690248	47	10.1	47	96	0	831	30	8	31	29	1.88
53690382--53690460	37	2.1	37	90	4	124	26	18	29	25	1.98
53692326--53692428	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
53692410--53692483	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
53692796--53692991	40	4.9	40	81	5	184	26	22	26	23	2.00
53692796--53692992	80	2.5	81	80	7	206	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53695656--53696144	47	10.4	47	94	0	825	31	8	30	29	1.87
53696265--53696341	37	2.1	37	90	4	120	24	19	29	25	1.98
53698378--53698565	40	4.7	40	90	3	308	25	27	23	24	2.00
53698355--53698565	80	2.7	80	90	4	331	25	26	22	25	2.00
53714421--53714648	40	5.7	40	91	3	370	26	27	21	24	1.99
53719448--53719590	43	3.3	43	84	0	178	34	32	20	12	1.90
53719579--53719699	40	3.0	40	92	0	188	27	32	22	18	1.97
53722684--53722762	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
53722965--53723011	22	2.1	22	100	0	94	36	27	0	36	1.57
53722922--53723125	67	3.0	69	89	5	342	32	27	6	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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