genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99488527--99488908	26	15.2	26	88	6	531	32	0	20	46	1.56
99488527--99488909	51	7.7	46	87	6	277	32	1	20	46	1.58
99488792--99488835	18	2.4	18	84	0	70	34	4	18	43	1.70
99492209--99492279	14	5.0	14	69	16	56	40	35	1	22	1.63
99492516--99492721	113	1.8	115	84	2	290	28	23	18	29	1.98
99492532--99493164	208	2.9	209	84	7	741	27	21	18	32	1.96
99492729--99493395	113	5.9	112	78	7	605	26	22	18	32	1.97
99492729--99493281	227	2.4	227	87	2	680	26	21	18	33	1.97
99495784--99495823	20	2.0	20	85	0	53	40	7	17	35	1.78
99496189--99496226	19	2.2	19	86	13	55	47	0	18	34	1.49
99497099--99497171	36	2.0	36	100	0	146	32	24	10	31	1.90
99499384--99499415	15	2.0	17	88	11	50	71	0	3	25	1.00
99499683--99499718	19	1.9	18	88	5	54	44	0	5	50	1.25
99499737--99499787	21	2.4	21	83	6	59	33	5	1	58	1.33
99504612--99504650	20	1.9	21	84	5	53	64	5	0	30	1.15
99504713--99504777	20	3.2	20	72	8	60	63	3	4	29	1.30
99504795--99504887	46	2.0	46	100	0	186	27	4	30	37	1.76
99505098--99505127	14	2.1	14	93	0	51	80	0	0	20	0.72
99505215--99505271	20	3.0	20	78	14	66	33	1	3	61	1.23
99505219--99505396	9	19.0	9	70	16	91	35	3	2	58	1.27
99505323--99505465	18	8.1	17	69	18	71	34	2	2	60	1.23
99505334--99505392	17	3.3	18	81	13	68	33	0	1	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99506035--99506066	15	2.1	15	94	0	55	3	0	25	71	1.00
99506057--99506110	23	2.3	23	80	3	63	11	11	12	64	1.49
99506096--99506170	30	2.5	31	79	14	86	25	5	8	61	1.45
99507078--99507119	22	1.9	23	85	9	61	38	0	9	52	1.34
99507276--99507307	11	2.9	11	95	0	55	65	0	0	34	0.93
99507400--99507430	13	2.4	13	88	0	53	70	0	19	9	1.14
99511811--99511858	17	3.0	17	76	11	57	22	0	6	70	1.09
99516955--99516997	21	2.0	21	91	8	70	62	2	2	32	1.20
99518586--99518624	10	3.7	10	83	10	51	46	0	2	51	1.14
99518583--99518624	22	1.9	22	85	9	59	45	0	2	52	1.13
99518789--99518829	21	2.0	21	95	0	73	78	4	14	2	1.03
99520323--99520375	21	2.5	21	81	0	70	16	28	24	30	1.97
99525941--99526041	51	2.0	49	94	3	175	27	16	24	30	1.97
99527849--99527893	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
99531624--99531674	22	2.3	22	89	0	75	49	15	1	33	1.56
99538036--99538069	12	2.8	12	83	16	52	64	0	0	35	0.94
99541029--99541058	5	6.0	5	96	0	51	60	23	0	16	1.36
99548578--99548643	33	2.0	33	100	0	132	33	15	12	39	1.84
99549596--99549644	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
99551554--99551604	24	2.2	23	82	3	57	41	0	5	52	1.25
99553757--99553815	25	2.4	24	77	5	64	50	10	0	38	1.36
99554592--99554624	17	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99559211--99559306	42	2.3	42	85	3	122	43	13	25	17	1.85
99561192--99561252	29	2.0	29	84	6	77	42	16	8	32	1.78
99561208--99561266	29	2.0	31	86	6	86	38	16	8	35	1.80
99566553--99566577	10	2.5	10	100	0	50	0	8	8	84	0.79
99572711--99572744	16	2.2	15	89	5	50	38	0	2	58	1.13
99574603--99574627	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
99578612--99578689	21	3.6	21	89	3	102	32	26	26	14	1.94
99578598--99578703	42	2.5	42	82	3	131	36	25	22	15	1.93
99584102--99584135	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
99585199--99585231	13	2.3	15	90	10	52	39	3	3	54	1.31
99588592--99588727	39	3.5	39	91	0	209	36	23	25	13	1.92
99593004--99593094	4	22.8	4	100	0	182	25	0	24	50	1.49
99597866--99597890	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
99601923--99601973	25	2.0	25	88	0	75	5	35	1	56	1.35
99604258--99604299	22	1.9	22	95	0	75	28	4	30	35	1.78
99604591--99604634	18	2.3	19	92	7	72	50	9	11	29	1.69
99608290--99608340	16	3.2	16	80	0	66	21	15	17	45	1.86
99608501--99608557	19	2.9	18	80	19	62	56	1	7	35	1.37
99612243--99612486	80	3.0	80	93	3	398	36	11	17	34	1.87
99619877--99619942	33	2.0	33	93	0	114	18	12	18	51	1.76
99623464--99623543	31	2.5	32	97	2	153	26	17	15	41	1.88
99623877--99623916	19	2.0	20	90	4	64	47	20	15	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99626294--99626334	17	2.5	17	84	11	50	75	2	0	21	0.92
99627423--99627497	38	2.0	38	97	0	141	42	32	6	18	1.76
99628786--99629049	47	5.7	45	77	13	207	23	29	19	27	1.98
99628786--99629049	94	2.8	92	79	10	236	23	29	19	27	1.98
99628795--99629049	140	1.8	140	86	5	372	24	29	18	27	1.98
99630969--99631016	24	2.0	24	100	0	96	33	25	4	37	1.75
99635902--99636163	46	5.6	47	79	10	245	23	30	18	27	1.98
99635940--99636161	94	2.4	92	84	8	263	22	30	18	27	1.98
99635902--99636156	140	1.8	140	87	5	381	23	29	18	28	1.98
99636500--99636580	30	2.7	30	98	0	153	27	23	16	33	1.95
99650723--99650757	18	1.9	18	88	0	52	8	37	8	45	1.65
99650945--99652476	772	2.0	772	93	0	2591	28	19	20	30	1.97
99659354--99659491	39	3.5	39	79	7	136	43	22	4	29	1.72
99661431--99661469	12	3.2	12	85	7	60	20	5	0	74	1.01
99667858--99667933	24	3.4	22	80	8	64	19	3	2	73	1.11
99667879--99667941	10	6.2	10	75	21	51	25	1	1	71	1.04
99667872--99667935	24	2.8	24	83	4	78	23	1	3	71	1.08
99667873--99667936	34	2.0	32	85	14	87	23	1	3	71	1.08
99674929--99675018	45	2.0	45	95	0	162	42	14	3	40	1.62
99675577--99675618	6	7.0	6	97	0	57	40	0	9	50	1.35
99681384--99681434	24	2.1	24	85	0	66	49	11	11	27	1.74
99683672--99683736	19	3.1	21	86	6	62	36	20	9	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99683689--99683786	19	5.2	19	87	7	146	35	16	10	37	1.82
99683700--99683786	36	2.3	37	88	7	131	36	14	11	36	1.83
99695947--99695985	19	2.0	20	95	5	71	53	10	25	10	1.66
99706237--99706266	15	2.0	15	93	0	51	63	6	10	20	1.47
99706292--99706346	14	3.9	14	80	7	67	45	1	16	36	1.58
99706290--99706392	28	3.7	27	75	12	91	44	0	20	33	1.58
99706290--99706393	21	5.0	20	72	11	75	45	0	20	33	1.58
99711945--99712068	63	2.0	64	83	4	162	26	20	5	47	1.72
99716550--99716743	47	4.1	47	87	2	264	33	10	28	26	1.90
99716625--99716697	22	3.2	22	63	30	53	30	13	31	24	1.94
99716624--99716699	23	3.2	25	65	24	72	31	13	31	23	1.93
99716701--99716847	48	3.0	48	92	3	233	35	8	26	29	1.87
99716994--99717102	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
99734052--99734135	42	2.0	42	100	0	168	52	11	0	35	1.38
99743798--99743845	25	1.9	25	83	8	62	45	2	4	47	1.33
99745383--99745409	14	1.9	14	100	0	54	48	14	14	22	1.81
99761641--99761705	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
99770935--99771062	67	1.9	67	90	3	204	25	14	18	42	1.88
99771245--99771301	28	2.0	28	93	0	78	43	10	22	22	1.84
99773855--99773897	21	2.0	21	86	4	59	55	4	0	39	1.20
99774954--99775005	26	2.1	25	89	7	79	23	19	15	42	1.89
99775806--99775947	50	2.9	48	83	6	178	28	10	11	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99776690--99776725	6	6.0	6	100	0	72	66	0	0	33	0.92
99785312--99785374	25	2.5	25	85	12	76	73	7	1	17	1.16
99785344--99785390	16	2.7	18	81	15	55	65	6	4	23	1.33
99785686--99785786	50	2.0	50	90	3	159	20	13	12	52	1.74
99786260--99786344	31	2.7	32	80	8	77	47	7	15	30	1.72
99786211--99786377	91	1.9	90	84	2	228	49	11	13	25	1.75
99787257--99787305	17	2.8	17	90	3	71	24	2	2	71	1.07
99790170--99790261	42	2.2	42	100	0	184	30	23	36	8	1.85
99792894--99792966	30	2.4	29	82	10	85	42	2	6	47	1.44
99794003--99794043	21	2.0	21	85	4	57	48	4	9	36	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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