genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23666543--23666572	14	2.1	14	93	0	51	53	6	0	40	1.27
23676727--23676844	61	1.9	61	85	0	164	38	6	19	35	1.78
23678095--23678180	42	2.0	42	95	0	154	27	24	19	27	1.99
23678531--23678588	29	2.0	29	100	0	116	24	6	13	55	1.63
23682636--23682770	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
23684334--23684364	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
23692597--23692797	89	2.3	89	82	0	242	30	20	21	27	1.98
23692879--23693030	41	3.7	41	93	0	259	34	17	19	28	1.95
23693853--23693894	9	4.7	9	85	8	50	4	11	0	83	0.79
23693855--23693897	22	1.9	23	85	4	61	4	11	0	83	0.78
23694802--23694901	3	31.7	3	77	13	87	29	5	4	62	1.35
23695192--23695237	21	2.1	22	84	4	58	30	4	2	63	1.26
23701234--23701276	21	2.0	22	82	13	54	34	6	4	53	1.49
23702517--23702555	8	4.9	8	83	0	51	61	2	0	35	1.10
23702475--23702576	24	4.6	22	72	18	79	61	3	0	33	1.21
23702354--23702576	121	1.8	123	83	7	283	60	5	3	30	1.36
23702776--23702858	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
23702776--23702859	12	6.8	12	77	16	75	65	1	3	29	1.17
23703937--23704812	86	10.3	86	84	7	883	19	22	21	35	1.96
23703937--23704861	44	21.7	44	65	16	241	19	22	21	36	1.96
23705723--23705836	52	2.2	53	91	1	185	55	9	13	21	1.66
23707832--23707886	23	2.2	27	78	18	66	38	0	10	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23710199--23710337	60	2.3	59	84	8	174	27	20	25	26	1.99
23710337--23711357	510	2.0	510	98	0	1988	28	14	19	36	1.92
23715001--23715039	16	2.4	16	82	4	51	58	5	0	35	1.20
23714845--23715099	118	2.1	120	76	14	267	58	5	5	30	1.42
23715141--23715191	3	16.0	3	84	11	50	62	5	0	31	1.19
23715266--23715351	3	28.3	3	73	19	65	65	2	3	29	1.22
23715261--23715351	30	3.0	29	79	14	103	63	2	3	30	1.22
23715861--23715943	30	2.8	30	94	0	139	26	8	48	16	1.75
23721930--23722000	28	2.6	27	88	2	106	23	9	5	60	1.50
23721930--23722007	27	2.8	28	88	1	113	23	8	6	61	1.49
23723476--23723577	30	3.4	30	82	2	116	29	22	3	44	1.71
23723977--23724025	17	2.9	17	79	11	55	73	0	26	0	0.83
23724272--23724338	12	6.3	11	77	19	54	79	0	20	0	0.74
23724272--23724338	21	3.1	21	78	16	75	79	0	20	0	0.74
23724683--23724736	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
23724729--23724903	73	2.3	75	82	2	192	37	12	9	41	1.74
23724672--23725060	35	10.9	35	74	10	202	33	12	10	43	1.77
23724672--23725161	17	27.8	18	69	15	249	33	11	11	43	1.76
23725122--23725250	39	3.4	38	73	15	124	36	10	12	41	1.77
23725087--23725253	73	2.3	72	81	3	181	36	10	11	41	1.76
23726742--23726881	48	3.1	44	81	15	176	37	2	41	17	1.65
23726933--23727024	34	2.5	36	86	8	116	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23726971--23727023	26	2.1	25	85	3	70	58	0	0	41	0.98
23730214--23730246	17	1.9	18	88	11	52	42	0	3	54	1.15
23730229--23730279	21	2.3	22	80	12	61	39	1	5	52	1.37
23730595--23730629	15	2.3	15	90	9	54	42	25	0	31	1.55
23731308--23731339	12	2.7	12	100	0	64	53	0	15	31	1.43
23736911--23736950	21	1.9	21	84	0	53	27	2	15	55	1.53
23741603--23741646	22	2.0	22	100	0	88	36	18	13	31	1.90
23744321--23744443	54	2.4	49	77	12	138	35	13	9	41	1.77
23744340--23744445	54	2.0	54	88	0	158	36	13	9	40	1.77
23745486--23745569	23	3.7	23	85	4	125	42	26	19	11	1.85
23745486--23745582	23	4.2	23	85	0	122	41	27	20	10	1.85
23748466--23748569	46	2.3	46	98	0	199	36	14	24	25	1.93
23748545--23748592	23	2.1	23	96	0	87	37	20	18	22	1.94
23748499--23748638	69	2.0	69	98	0	271	37	17	22	23	1.94
23748568--23748662	46	2.1	46	100	0	190	37	14	23	24	1.92
23782907--23782956	19	2.5	20	74	6	57	64	2	8	26	1.32
23783860--23783914	24	2.2	24	75	12	58	34	3	1	60	1.25
23799855--23799902	2	24.0	2	100	0	96	0	0	50	50	1.00
23804845--23804916	30	2.3	32	78	4	85	38	1	2	56	1.22
23805981--23806048	19	3.5	19	84	9	84	57	0	1	41	1.08
23805984--23806057	19	4.1	17	77	17	69	54	0	2	43	1.14
23806859--23806902	22	2.0	22	82	8	54	25	6	9	59	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23808700--23808734	19	1.9	17	88	11	52	40	8	2	48	1.49
23817705--23817772	34	2.0	33	86	13	95	39	0	8	51	1.33
23828647--23828682	15	2.5	15	90	4	56	66	0	33	0	0.92
23836424--23836475	23	2.3	22	84	15	63	67	3	7	21	1.32
23846145--23846234	39	2.3	38	81	5	101	25	26	23	24	2.00
23847133--23847192	21	2.8	20	73	14	57	55	3	0	41	1.16
23849823--23849973	53	2.8	53	87	4	205	30	27	15	25	1.96
23851921--23851948	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
23857849--23858203	158	2.2	158	87	1	514	30	21	14	32	1.94
23858418--23858497	34	2.4	33	82	13	103	41	0	0	58	0.98
23868449--23868489	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
23881857--23881939	40	2.1	40	95	0	148	61	4	4	28	1.37
23885855--23885881	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
23891502--23891814	39	8.0	39	89	0	473	24	28	23	23	2.00
23893658--23893760	31	3.3	30	74	8	91	24	15	11	48	1.78
23901609--23901697	38	2.3	38	88	5	124	38	2	7	51	1.43
23904751--23904794	11	3.8	11	82	11	52	31	0	2	65	1.05
23907788--23907835	20	2.3	20	75	3	51	0	58	2	39	1.10
23908315--23908354	15	2.6	15	88	11	55	27	10	0	62	1.27
23909752--23910000	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	25	1.99
23909751--23910000	100	2.4	104	87	6	348	20	29	24	25	1.99
23910095--23910126	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23910338--23910395	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
23917456--23917526	24	2.8	24	77	10	72	38	1	0	60	1.06
23917510--23917551	22	1.9	22	85	9	59	23	4	7	64	1.38
23917588--23917641	29	1.9	29	85	7	76	57	3	0	38	1.17
23920900--23920927	5	5.6	5	100	0	56	39	39	0	21	1.54
23921253--23921277	6	4.2	6	100	0	50	16	16	36	32	1.90
23926625--23926672	20	2.3	21	82	10	71	39	2	0	58	1.10
23926632--23926670	20	2.0	20	100	0	78	35	2	0	61	1.10
23931270--23931313	23	1.9	23	86	9	63	13	36	13	36	1.85
23933789--23933828	22	2.0	21	85	14	57	45	2	10	42	1.51
23933796--23933839	21	2.0	22	82	4	54	45	2	9	43	1.48
23938394--23938579	42	4.5	42	77	4	155	34	25	12	26	1.92
23942512--23942622	56	2.0	56	94	0	195	27	15	24	32	1.95
23948200--23948237	18	2.1	18	100	0	76	39	23	10	26	1.87
23955624--23955653	12	2.5	12	94	0	51	20	26	30	23	1.98
23969031--23969059	8	3.8	8	95	4	51	10	6	0	82	0.83
23969075--23969150	38	2.1	36	82	9	91	19	3	3	72	1.17
23969104--23969155	18	2.9	18	80	5	61	26	1	1	69	1.10
23970432--23970635	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
23970516--23970634	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
23970525--23970615	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
23971707--23971751	20	2.3	18	79	17	54	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23971712--23971772	21	3.0	21	81	11	65	50	0	0	49	1.00
23971707--23971775	26	2.6	27	77	13	79	53	0	0	46	1.00
23971738--23971779	21	2.0	21	90	4	68	45	0	0	54	0.99
23971916--23971978	26	2.4	27	83	2	74	50	3	0	46	1.17
23971982--23972056	34	2.2	33	80	4	87	16	5	5	73	1.20
23972548--23972599	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
23972621--23972669	12	4.3	12	79	10	59	75	0	10	14	1.04
23982437--23982499	30	2.1	30	100	0	126	33	7	15	42	1.76
23994542--23994592	17	3.1	17	76	23	56	45	0	5	49	1.26
23994554--23994602	26	1.9	25	83	4	62	53	0	4	42	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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