genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88823905--88824340	151	2.9	151	89	0	674	26	17	25	29	1.98
88824543--88824574	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
88824906--88825257	180	2.0	180	86	2	501	37	9	19	32	1.84
88830049--88830080	14	2.3	14	94	0	55	0	25	0	75	0.81
88833440--88833846	45	9.1	44	78	5	363	34	16	18	30	1.93
88833523--88833875	134	2.6	133	82	3	395	33	15	19	30	1.93
88833477--88833875	89	4.5	88	79	4	345	34	15	19	30	1.93
88838162--88838587	45	9.5	44	70	12	303	31	16	26	25	1.96
88838111--88838619	90	5.7	90	92	0	806	30	16	26	26	1.96
88837985--88838626	180	3.7	179	89	3	909	31	15	27	25	1.96
88840026--88840083	27	2.1	27	90	0	89	31	1	0	67	1.01
88840113--88840293	12	15.1	12	75	17	121	33	1	1	64	1.08
88840114--88840286	7	23.1	7	70	23	97	32	1	0	65	1.04
88840114--88840288	79	2.2	80	86	9	243	32	1	0	65	1.04
88840113--88840293	15	12.6	15	71	25	119	33	1	1	64	1.08
88840664--88840697	17	1.9	18	88	5	52	17	0	5	76	0.98
88842823--88842868	20	2.3	20	81	3	58	56	4	0	39	1.19
88842817--88842919	39	2.6	38	75	9	91	60	4	0	34	1.18
88843590--88843653	13	4.9	13	71	7	58	31	6	26	35	1.81
88843597--88843655	26	2.3	26	78	0	64	35	5	27	32	1.79
88844774--88844815	16	2.6	16	81	14	50	38	21	11	28	1.89
88851949--88852002	3	18.0	3	84	0	72	27	1	3	66	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88852238--88852284	22	2.0	22	88	8	67	34	12	2	51	1.52
88852251--88852292	22	1.9	22	85	0	57	30	16	2	50	1.58
88854263--88854318	26	2.2	26	83	3	69	30	14	19	35	1.91
88854271--88854346	26	2.8	27	80	7	84	28	13	21	36	1.91
88854273--88854346	28	2.8	26	79	8	78	29	10	21	37	1.88
88855791--88855874	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
88856883--88856937	19	3.0	18	73	19	51	38	0	3	58	1.16
88856900--88856961	29	2.1	30	82	8	74	38	0	3	58	1.15
88856882--88856970	39	2.4	37	80	14	94	40	0	2	57	1.11
88879503--88879567	33	2.0	33	96	0	121	36	26	12	24	1.91
88884249--88884282	7	4.9	7	100	0	68	44	0	41	14	1.45
88892226--88892302	37	2.1	37	92	0	127	27	24	6	41	1.79
88904183--88904218	18	2.0	18	100	0	72	11	5	33	50	1.61
88912439--88913292	426	2.0	426	97	0	1627	35	15	19	29	1.93
88918621--88918657	16	2.4	15	90	4	56	27	8	0	64	1.21
88918814--88918841	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
88920305--88920374	34	2.1	34	83	5	88	15	2	7	74	1.16
88928814--88928840	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
88928957--88928983	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
88935292--88935360	32	2.2	32	84	10	88	27	4	7	60	1.42
88936828--88936886	3	19.3	3	96	3	109	66	0	33	0	0.92
88937734--88937784	3	17.0	3	100	0	102	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88937854--88937894	21	2.0	21	95	0	73	24	26	19	29	1.98
88947009--88947131	61	2.0	62	93	1	212	41	16	12	30	1.84
88949154--88949208	20	2.8	21	81	10	53	38	29	1	30	1.68
88954888--88955004	25	4.7	25	76	8	112	24	13	24	36	1.92
88954913--88955028	50	2.3	49	81	8	135	25	12	25	36	1.92
88955615--88955712	48	2.0	48	98	0	187	30	17	29	22	1.96
88956076--88956115	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
88956932--88957093	81	2.0	81	88	0	243	28	9	12	50	1.71
88962194--88962258	24	2.7	25	81	9	82	67	1	3	27	1.14
88964065--88964188	41	3.0	41	84	3	144	33	17	23	25	1.97
88964229--88964329	41	2.5	41	86	0	139	21	16	27	33	1.95
88964464--88964495	15	2.1	15	94	0	55	59	6	3	31	1.38
88964896--88964935	14	2.9	14	84	0	53	32	0	20	47	1.50
88965422--88965455	18	1.9	17	88	5	50	52	2	0	44	1.16
88970818--88970882	31	2.1	32	83	13	82	26	3	3	67	1.20
88976628--88976675	22	2.2	22	85	7	62	6	14	4	75	1.16
88976636--88976676	22	1.9	22	95	5	75	4	12	2	80	0.97
88976724--88976757	3	11.3	3	87	12	52	29	2	0	67	1.05
88977767--88977798	13	2.6	12	90	9	55	78	0	12	9	0.97
88978598--88978658	30	2.0	30	87	0	86	26	34	26	13	1.93
88987902--88987940	19	2.0	20	85	5	53	30	0	0	69	0.89
88988229--88988350	60	2.0	60	100	0	244	24	27	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88995476--88995531	27	2.1	26	80	9	60	1	28	1	67	1.10
88995614--88995669	27	2.1	26	83	3	67	1	26	1	69	1.08
88995370--88995791	138	3.1	138	95	1	738	13	23	3	59	1.50
89007896--89007929	18	2.0	17	88	11	52	35	0	5	58	1.22
89010361--89010416	22	2.6	21	85	5	67	41	5	0	53	1.24
89010384--89010551	3	54.7	3	68	17	55	30	4	3	61	1.31
89010384--89010442	23	2.5	23	78	13	57	33	5	1	59	1.29
89010537--89010603	20	3.5	19	70	22	50	34	0	7	58	1.26
89010531--89010822	141	2.0	143	94	1	507	31	3	4	60	1.32
89012174--89012224	25	2.0	25	84	7	66	35	0	1	62	1.06
89012179--89012243	30	2.2	28	78	10	67	32	4	1	61	1.26
89012253--89012328	12	6.2	12	76	22	70	28	0	2	68	1.03
89012260--89012328	7	9.7	7	72	19	54	28	0	2	68	1.04
89012262--89012321	16	3.7	16	76	15	61	28	0	3	68	1.05
89012253--89012339	33	2.8	31	85	13	108	29	0	3	66	1.08
89012268--89012337	19	3.9	19	70	24	62	30	0	4	65	1.11
89012253--89012333	21	4.0	21	79	12	87	29	0	3	66	1.09
89012353--89012393	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
89012717--89012759	18	2.4	18	84	3	61	23	0	6	69	1.12
89012780--89012919	71	2.0	70	81	6	167	28	2	12	57	1.47
89012793--89013006	112	1.8	112	82	8	268	29	3	12	53	1.56
89012843--89012938	48	2.0	49	88	10	144	28	3	14	54	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89017135--89017167	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
89017133--89017167	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
89018271--89018296	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
89025575--89025841	45	6.0	44	84	2	311	31	14	27	26	1.95
89025574--89025841	88	3.0	89	85	4	353	31	14	27	26	1.95
89025578--89025841	133	2.0	133	87	1	377	31	14	27	26	1.95
89027304--89027358	25	2.2	25	83	6	67	32	0	1	65	1.03
89027405--89027469	19	3.7	19	69	26	61	30	0	4	64	1.14
89027394--89027471	33	2.4	34	84	6	106	29	0	3	66	1.09
89027387--89027469	26	3.2	28	77	13	88	28	0	3	67	1.07
89027394--89027460	7	9.7	7	73	14	59	28	0	2	68	1.04
89027387--89027460	12	6.2	13	69	27	58	28	0	2	68	1.03
89027485--89027525	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
89036867--89037201	65	4.7	75	80	12	257	26	17	22	33	1.96
89036961--89037145	65	2.9	65	92	2	293	23	18	25	31	1.97
89037434--89037594	88	1.8	88	93	0	277	27	25	19	26	1.99
89037451--89037591	44	3.2	44	65	11	108	27	26	19	25	1.99
89038896--89038951	22	2.6	21	85	5	67	41	5	0	53	1.24
89038919--89039637	3	240.0	3	66	21	140	31	3	4	61	1.30
89038941--89038988	23	2.0	24	88	4	71	33	2	0	64	1.05
89038919--89038992	29	2.6	29	82	8	80	31	4	0	64	1.12
89039031--89039083	23	2.3	23	80	0	61	32	3	3	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89039091--89039183	16	5.4	16	69	18	55	34	1	2	62	1.14
89039081--89039140	10	6.1	10	75	9	52	36	0	6	56	1.26
89039055--89039133	38	2.1	38	81	13	92	34	0	6	59	1.23
89039051--89039641	152	3.9	150	79	15	499	31	2	4	61	1.30
89039218--89039508	133	2.2	134	94	1	512	30	2	5	61	1.32
89039221--89039553	133	2.5	132	89	6	460	31	2	5	60	1.32
89039793--89039817	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
89043800--89043851	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
89046056--89046102	22	2.1	23	84	4	60	38	2	14	44	1.58
89047232--89047286	27	2.0	28	82	7	67	58	10	3	27	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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