genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11082196--11082242	23	2.1	23	84	7	62	29	23	25	21	1.99
11093678--11093728	16	3.2	15	86	10	66	66	1	1	29	1.13
11093678--11093728	8	6.4	8	81	6	59	66	1	1	29	1.13
11093830--11094048	25	9.0	25	71	12	118	56	3	6	33	1.42
11094541--11094625	30	2.8	30	94	0	143	20	3	49	27	1.65
11096415--11096462	19	2.6	18	77	9	51	56	0	0	43	0.99
11109931--11110057	66	1.9	66	95	0	227	47	11	13	27	1.78
11111649--11111727	13	5.6	13	80	14	77	37	1	48	12	1.50
11111649--11111727	7	11.1	7	70	22	58	37	1	48	12	1.50
11111659--11111751	45	2.1	43	92	4	150	34	3	52	9	1.50
11111649--11111784	60	2.3	58	83	8	159	36	2	48	12	1.53
11111797--11112038	30	8.2	29	93	3	405	51	0	9	38	1.40
11112844--11112900	16	3.6	16	75	17	64	38	12	1	47	1.51
11112838--11112902	32	2.0	32	100	0	130	41	12	3	43	1.58
11112984--11113036	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
11144282--11144315	16	2.1	16	94	0	59	11	35	0	52	1.38
11145160--11145193	11	3.1	11	100	0	68	35	11	8	44	1.72
11165522--11165560	21	1.9	20	84	5	51	30	10	2	56	1.46
11167475--11167526	26	2.0	26	96	0	95	53	0	25	21	1.45
11172026--11172235	81	2.7	78	82	4	267	24	10	35	29	1.89
11174208--11175134	231	4.0	231	94	0	1622	21	13	30	34	1.92
11177069--11177125	19	2.9	19	73	2	51	64	1	1	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11179153--11179178	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
11182914--11182957	21	2.0	21	82	4	52	52	2	0	45	1.13
11183159--11183203	18	2.6	17	82	6	54	62	2	0	35	1.08
11184406--11184477	34	2.1	34	100	0	144	47	19	11	22	1.80
11191218--11191263	19	2.4	19	83	16	60	28	0	2	69	1.00
11197994--11198050	24	2.4	24	96	0	105	24	22	14	38	1.91
11207354--11207391	20	1.9	20	88	0	58	60	5	5	28	1.40
11208667--11208731	32	2.0	32	90	0	103	18	26	7	47	1.75
11213121--11213145	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
11213126--11213206	41	2.0	41	88	9	123	51	27	2	18	1.58
11213336--11213410	37	2.0	37	89	0	114	37	5	13	44	1.66
11215758--11215951	83	2.3	83	97	0	361	25	13	18	42	1.87
11225491--11225567	9	8.4	9	77	7	75	40	24	7	27	1.82
11225491--11225559	27	2.5	27	88	2	93	42	23	7	27	1.80
11237771--11238293	43	12.4	41	75	9	403	29	25	17	27	1.98
11237750--11238291	130	4.3	129	92	6	860	29	25	17	27	1.97
11237771--11238293	87	6.2	82	75	11	391	29	25	17	27	1.98
11239187--11239217	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
11253187--11253291	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
11258711--11258751	21	2.0	21	85	9	57	31	0	2	65	1.05
11267776--11267817	14	2.9	14	80	13	50	52	2	4	40	1.35
11273457--11273574	53	2.2	53	87	7	166	27	13	27	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11280914--11281059	53	2.7	53	88	4	195	26	14	28	30	1.95
11296615--11296641	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
11303897--11303930	18	1.9	18	88	5	52	26	0	8	64	1.22
11310392--11310442	16	3.1	16	86	13	68	64	1	0	33	1.05
11310388--11310439	8	6.5	8	82	8	61	65	1	0	32	1.04
11310388--11310443	24	2.3	24	81	6	69	66	1	0	32	1.03
11310553--11310606	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
11310569--11310654	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
11310674--11310805	25	5.6	24	71	15	89	58	2	3	36	1.26
11310604--11310730	25	4.9	27	71	11	77	56	3	7	33	1.42
11311283--11311456	30	5.8	30	90	0	267	22	4	47	25	1.70
11311283--11311456	60	2.9	60	93	0	303	22	4	47	25	1.70
11312207--11312688	75	6.3	75	71	15	358	34	20	17	28	1.95
11312291--11312595	164	1.9	163	86	4	434	32	20	17	29	1.96
11312483--11312669	74	2.5	73	92	0	311	30	23	16	29	1.96
11312675--11312702	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
11312199--11312852	238	2.7	238	94	1	1132	35	20	16	27	1.94
11312594--11312760	91	1.8	90	87	6	248	34	20	17	27	1.95
11312832--11312866	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
11312521--11312995	162	2.9	161	86	4	650	33	21	16	27	1.95
11321314--11321349	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
11322915--11322962	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11322911--11322962	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
11323090--11323159	25	2.9	25	85	4	90	57	5	5	31	1.46
11323196--11323329	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
11323193--11323243	14	3.9	13	73	17	52	64	0	3	31	1.11
11325529--11325584	18	3.4	18	68	27	61	25	48	7	19	1.74
11325519--11325617	30	3.3	30	91	0	162	26	48	6	19	1.72
11326174--11326283	29	4.0	26	70	20	73	33	2	4	59	1.32
11326178--11326243	15	4.3	16	74	16	59	34	3	1	60	1.21
11326185--11326283	27	3.6	27	80	10	112	32	3	5	59	1.34
11326245--11326352	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
11326251--11326337	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
11326294--11326352	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
11326467--11326501	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
11329437--11329474	19	2.0	20	85	10	53	34	18	13	34	1.89
11338715--11338739	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
11340065--11340137	38	1.9	38	100	0	146	24	2	19	53	1.58
11340883--11340959	36	2.2	36	97	2	147	36	22	14	27	1.92
11344320--11344357	6	6.3	6	100	0	76	50	15	34	0	1.45
11345248--11345320	38	1.9	38	100	0	146	28	8	2	60	1.40
11346630--11346661	13	2.4	14	85	15	50	28	6	0	65	1.16
11372527--11372552	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
11387366--11387400	16	2.2	16	89	0	52	68	2	0	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11389125--11389187	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
11389268--11389308	17	2.3	19	80	16	52	21	0	9	68	1.18
11390351--11390900	273	2.0	273	99	0	1082	42	3	16	36	1.66
11392581--11392799	24	8.8	25	70	12	114	19	27	20	33	1.96
11410364--11410395	16	2.0	16	100	0	64	37	0	12	50	1.41
11412483--11412617	67	2.0	67	89	0	207	25	22	12	40	1.89
11429700--11429724	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
11429971--11430019	24	2.0	25	88	4	73	51	0	2	46	1.12
11441039--11441125	42	2.1	42	97	0	165	28	6	13	50	1.67
11444661--11444689	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
11445203--11445266	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
11446530--11446598	27	2.4	27	85	7	84	17	4	39	39	1.69
11446726--11446766	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
11451979--11452003	12	2.1	12	100	0	50	48	8	20	24	1.76
11452872--11452905	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
11453029--11453091	30	2.1	30	96	0	117	57	9	3	30	1.46
11453122--11453152	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
11456343--11456400	29	2.0	29	100	0	116	34	17	17	31	1.93
11463370--11463484	40	2.9	40	88	0	158	36	20	11	31	1.88
11465164--11465188	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
11479701--11479745	22	2.0	22	83	8	56	62	2	11	24	1.40
11480431--11480482	26	2.0	26	82	17	63	57	1	0	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11505679--11505795	51	2.3	51	92	0	198	29	23	13	34	1.93
11526252--11526320	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
11526252--11526320	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
11526301--11526391	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
11526539--11527365	120	6.9	120	98	0	1586	47	6	1	43	1.40
11542233--11542312	31	2.7	29	78	18	83	37	0	2	60	1.11
11557486--11557541	20	2.8	20	91	2	87	55	0	7	37	1.27
11566247--11566279	15	2.2	15	100	0	66	42	0	12	45	1.41
11566820--11566917	41	2.4	41	78	14	103	47	1	2	48	1.19
11567309--11567341	6	5.5	6	100	0	66	15	18	36	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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