genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80577826--80577904	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
80579754--80579942	43	4.4	43	98	0	369	22	14	35	26	1.93
80579924--80579995	28	2.5	29	84	8	94	26	15	31	26	1.95
80580388--80580627	40	6.0	40	87	0	318	23	21	28	26	1.99
80580309--80580625	80	4.0	80	82	3	318	24	22	27	25	2.00
80583965--80584416	47	9.4	47	89	5	600	32	9	29	28	1.88
80584535--80584613	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
80586463--80586651	43	4.4	43	98	0	369	22	14	35	26	1.93
80586633--80586704	28	2.5	29	84	8	94	26	15	31	26	1.95
80587097--80587335	40	6.0	40	86	1	309	23	21	28	26	1.99
80587018--80587333	80	4.0	80	81	4	309	24	21	27	25	1.99
80587097--80587335	79	3.0	79	83	3	293	23	21	28	26	1.99
80587100--80587345	119	2.0	121	84	2	316	23	21	29	26	1.99
80590672--80591072	47	8.3	47	91	5	595	31	8	29	30	1.87
80590672--80591343	94	7.2	94	87	9	941	31	9	29	29	1.88
80590672--80591387	141	5.1	141	85	8	937	31	9	30	29	1.88
80591089--80591387	47	6.4	47	94	0	490	32	10	29	27	1.90
80590706--80591387	170	3.7	180	85	8	808	31	8	30	29	1.88
80590871--80591289	217	1.9	217	98	0	811	31	9	30	29	1.88
80591506--80591584	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
80593123--80593395	50	5.5	49	79	5	262	27	20	29	23	1.98
80593123--80593404	100	2.8	100	84	6	326	27	20	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80601227--80601289	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
80601227--80601289	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
80601219--80601296	34	2.3	33	79	14	88	44	0	2	52	1.14
80601252--80601385	61	2.3	58	79	11	139	44	1	3	50	1.29
80601473--80601611	46	3.1	46	94	2	237	33	26	7	32	1.84
80601593--80601679	16	5.4	16	87	0	120	27	26	5	40	1.79
80602948--80603015	34	2.0	34	88	5	102	50	16	11	22	1.77
80617043--80617094	26	2.0	26	85	7	70	44	3	11	40	1.59
80617410--80617493	43	2.0	43	87	0	123	35	21	21	21	1.96
80623100--80623211	57	1.9	58	84	12	151	49	5	14	31	1.66
80623203--80623231	6	5.0	6	91	8	51	65	0	17	17	1.27
80629270--80629315	23	2.0	23	100	0	92	34	17	8	39	1.80
80631140--80631168	13	2.1	14	93	6	51	6	17	3	72	1.21
80631234--80631537	94	3.2	94	83	2	324	35	15	21	27	1.94
80631265--80631537	94	2.9	94	83	2	325	35	15	21	27	1.94
80637143--80637285	55	2.6	55	76	4	144	15	27	27	29	1.96
80641220--80641290	35	2.0	35	97	0	133	22	19	23	33	1.97
80645939--80645991	27	2.0	27	100	0	106	22	11	18	47	1.81
80649646--80650088	74	6.0	74	90	0	665	38	27	7	27	1.84
80656979--80657031	25	2.1	25	100	0	106	32	15	32	20	1.93
80658305--80658386	43	1.9	43	94	0	146	30	2	20	46	1.64
80659324--80659361	18	2.1	19	95	5	69	52	15	7	23	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80659511--80659556	6	7.5	6	86	13	67	80	2	0	17	0.81
80659514--80659551	20	2.0	20	94	5	69	76	2	0	21	0.91
80659515--80659557	20	2.2	19	87	4	59	81	2	0	16	0.79
80659576--80659661	9	9.6	9	92	0	136	24	9	22	44	1.82
80663377--80663437	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80664257--80664426	43	4.0	43	77	9	159	30	23	18	27	1.97
80664307--80664420	44	2.6	44	86	6	153	30	25	19	24	1.98
80668617--80668673	30	1.9	30	85	7	80	10	31	33	24	1.89
80672143--80672184	22	2.0	21	86	13	61	61	4	11	21	1.48
80682724--80683003	48	5.9	48	76	10	234	28	25	19	26	1.99
80686700--80686790	33	2.7	34	81	6	87	26	28	14	30	1.95
80689448--80689563	47	2.4	48	81	5	137	31	14	28	25	1.95
80689486--80689749	144	1.8	143	80	7	320	31	17	26	25	1.97
80697192--80697512	48	6.7	48	77	7	285	30	18	27	23	1.98
80697186--80697510	144	2.3	143	82	4	395	29	18	27	24	1.98
80697192--80697509	96	3.3	96	81	5	322	30	18	27	23	1.98
80703966--80704006	11	3.8	11	78	18	50	70	0	0	29	0.87
80703968--80704015	21	2.3	21	86	10	71	77	0	2	20	0.88
80706576--80706691	57	2.0	57	100	0	232	38	15	6	38	1.74
80709333--80709710	48	7.9	48	80	1	434	28	16	28	26	1.97
80709333--80709710	96	3.9	96	92	1	605	28	16	28	26	1.97
80715218--80715291	26	2.8	25	80	9	85	40	14	0	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80715236--80715303	26	3.0	21	70	24	57	42	14	0	42	1.46
80715154--80715404	53	4.8	52	71	18	171	42	11	1	44	1.49
80715146--80715404	27	9.8	26	67	19	94	42	12	1	44	1.50
80715146--80715419	107	2.6	104	87	4	388	41	12	1	44	1.50
80717979--80718042	31	2.1	31	100	0	128	26	12	21	39	1.89
80719226--80719462	118	2.0	118	98	0	456	24	18	20	37	1.94
80722035--80722073	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
80722054--80722099	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
80722441--80722512	21	3.2	20	70	24	54	43	12	0	44	1.42
80727039--80727120	41	2.0	42	85	2	112	25	28	21	24	1.99
80729363--80729427	24	2.5	26	85	12	98	53	13	15	16	1.73
80731790--80731977	40	4.7	40	94	0	295	29	21	27	21	1.99
80733520--80733797	135	2.0	138	85	5	375	40	17	9	31	1.83
80740516--80740569	5	10.2	5	84	11	72	40	1	20	37	1.63
80740599--80740745	31	4.7	31	79	6	163	43	5	22	28	1.75
80740614--80740729	17	7.4	17	69	16	97	42	6	23	28	1.78
80740600--80740745	62	2.4	62	87	2	213	43	5	21	28	1.75
80740598--80740682	14	5.6	14	70	15	53	45	3	21	29	1.68
80744049--80744091	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
80745261--80745290	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
80745372--80745426	17	3.1	18	82	10	69	60	7	0	32	1.24
80756440--80756483	16	2.7	16	83	13	54	63	4	0	31	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80756696--80756779	3	28.3	3	72	20	54	66	1	3	28	1.15
80756692--80756779	18	4.7	18	75	18	74	65	1	3	29	1.16
80757105--80757168	21	2.9	22	81	11	69	57	29	1	10	1.42
80757653--80757804	40	3.8	40	81	3	196	26	20	21	30	1.98
80757637--80757805	82	2.0	83	89	1	259	26	18	21	33	1.96
80757967--80758524	268	2.1	257	92	5	917	28	22	21	27	1.99
80757972--80758419	45	10.1	46	63	15	174	28	23	21	26	1.99
80757965--80758524	136	4.3	133	93	5	923	28	23	21	27	1.99
80758492--80759035	44	12.5	44	74	6	462	31	25	17	26	1.97
80758520--80759040	132	4.0	132	95	0	929	30	25	16	27	1.97
80771176--80771205	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
80771287--80771333	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
80771290--80771338	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
80771552--80771637	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
80771557--80771637	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
80771968--80772040	23	3.2	23	76	16	71	60	28	1	9	1.37
80771966--80772031	21	3.0	21	82	8	62	57	30	1	10	1.42
80772408--80772576	48	3.6	48	76	3	198	28	18	27	24	1.98
80772596--80772726	49	2.7	49	79	4	140	29	17	26	26	1.98
80772987--80773650	330	2.0	330	97	0	1265	26	16	17	39	1.90
80793159--80793200	21	2.0	21	81	9	50	47	0	0	52	1.00
80794091--80794126	15	2.2	18	85	14	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80794295--80794334	19	2.1	19	100	0	80	40	5	5	50	1.46
80794812--80794850	19	2.1	19	100	0	78	41	0	15	43	1.46
80796832--80797056	46	4.8	47	75	11	151	28	19	29	22	1.98
80798662--80798725	32	2.0	32	93	0	110	40	4	17	37	1.70
80807662--80807704	21	2.0	22	95	4	79	11	9	4	74	1.20
80810983--80811029	22	2.2	22	84	3	60	21	36	29	12	1.91
80812231--80812380	56	2.6	58	80	10	166	32	24	16	27	1.96
80823601--80823628	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
80826583--80826702	55	2.2	55	83	0	141	27	31	22	18	1.97
80827243--80827274	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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