genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56926256--56926308	11	4.7	10	82	17	52	16	5	7	69	1.31
56926241--56926308	24	2.8	24	85	12	95	19	5	7	67	1.36
56927944--56928031	30	2.9	30	74	0	95	29	15	26	28	1.96
56929835--56929889	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
56934192--56934256	5	13.0	5	100	0	130	40	0	0	60	0.97
56935166--56935262	30	3.2	31	75	5	101	27	27	15	28	1.96
56937783--56937839	5	11.0	5	75	20	55	75	1	19	3	1.04
56937887--56937917	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
56937930--56937990	30	2.0	31	84	9	81	57	1	24	16	1.48
56939595--56939691	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
56941175--56941271	30	3.2	31	75	5	101	27	27	15	28	1.96
56942825--56943000	46	3.8	46	77	14	191	20	20	29	29	1.98
56950048--56950272	40	5.7	40	86	6	289	24	22	28	25	2.00
56950048--56950305	119	2.2	119	82	8	294	25	22	27	25	2.00
56958817--56958934	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
56959557--56959611	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
56965589--56965764	46	3.8	45	77	12	187	21	20	28	30	1.98
56965586--56965755	93	1.8	93	94	0	304	21	21	28	28	1.99
56982879--56982926	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
56984801--56984863	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
56985771--56985827	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
56986564--56986620	30	1.9	30	82	7	71	42	15	10	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56994271--56994327	30	1.9	30	82	7	71	42	15	10	31	1.81
56995814--56995858	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
56996422--56996451	12	2.5	12	94	0	51	13	3	3	80	0.97
57003336--57003513	27	6.6	27	82	5	162	28	29	15	26	1.96
57003357--57003512	82	1.9	81	85	3	215	27	30	16	26	1.96
57004963--57005059	30	3.2	30	73	2	97	28	25	16	28	1.97
57013159--57013336	27	6.6	27	82	5	162	28	29	15	26	1.96
57013180--57013335	82	1.9	81	85	3	215	27	30	16	26	1.96
57024584--57024637	21	2.6	22	88	8	78	66	0	24	9	1.20
57024584--57024645	21	3.0	21	84	13	76	66	0	22	11	1.23
57030583--57030630	17	2.9	16	77	17	53	16	33	14	35	1.89
57050252--57050324	34	2.1	34	85	5	94	27	21	27	23	1.99
57050654--57050713	29	2.1	29	100	0	120	46	20	6	26	1.75
57054872--57055041	75	2.3	75	81	4	209	22	21	25	30	1.99
57057497--57057526	13	2.3	13	94	0	51	36	40	16	6	1.75
57063859--57063894	16	2.2	16	100	0	72	25	11	25	38	1.88
57064229--57064271	20	2.2	20	83	8	52	46	6	6	39	1.58
57064579--57064681	23	4.5	23	76	14	97	26	22	17	33	1.96
57064592--57064683	23	4.1	22	78	14	98	25	22	17	34	1.96
57067198--57067320	47	2.7	44	84	12	149	26	18	30	24	1.98
57069299--57069413	23	5.0	23	69	17	69	35	22	25	16	1.95
57069295--57069426	71	1.9	71	91	0	219	34	21	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57071546--57071624	3	28.3	3	73	19	73	69	0	2	27	1.01
57071545--57071624	8	9.6	8	74	23	60	70	0	2	27	1.01
57071552--57071620	11	6.5	11	83	9	99	69	0	2	27	1.02
57071552--57071667	52	2.3	50	82	7	126	63	2	1	31	1.18
57071553--57071669	20	5.7	21	79	10	75	63	3	1	31	1.21
57072247--57072326	41	2.0	41	94	0	142	22	23	40	13	1.90
57073113--57073176	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
57073370--57073537	25	7.0	24	91	4	243	28	22	20	28	1.98
57073391--57073536	23	6.1	23	94	4	238	29	21	20	28	1.98
57073583--57073653	20	3.5	20	88	0	106	32	19	12	35	1.90
57073690--57073737	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
57085001--57085267	24	11.1	24	89	4	387	30	21	20	26	1.98
57088354--57088623	47	5.7	47	94	2	443	30	28	7	33	1.85
57088358--57088602	49	5.1	49	95	3	435	30	28	7	33	1.85
57088354--57088623	96	2.8	94	90	7	436	30	28	7	33	1.85
57095641--57095763	23	5.2	24	71	15	80	23	21	18	35	1.95
57095619--57095739	23	5.1	23	71	14	79	23	23	19	34	1.96
57095955--57096007	20	2.6	20	80	14	56	39	7	9	43	1.65
57095998--57096036	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
57111604--57111635	16	2.0	16	93	0	55	56	0	9	34	1.32
57111673--57111701	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
57115448--57115481	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57116201--57116320	43	2.8	42	79	7	136	26	25	17	30	1.97
57117674--57117746	9	8.6	9	71	25	61	24	0	19	56	1.42
57117693--57117746	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
57119530--57119583	7	7.6	7	78	12	56	38	1	1	57	1.20
57130827--57130854	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
57133596--57133626	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
57138461--57138541	40	2.0	40	97	0	153	40	11	27	20	1.86
57141592--57141639	21	2.2	21	77	3	51	58	4	8	29	1.46
57145592--57145626	8	4.4	8	92	0	52	68	0	0	31	0.90
57149626--57149801	27	6.6	27	81	5	160	28	27	15	27	1.96
57153901--57154073	46	3.7	46	76	10	181	22	19	27	31	1.98
57153898--57154068	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	30	1.98
57156547--57156585	16	2.4	16	95	0	69	30	15	20	33	1.94
57157845--57157869	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
57160491--57160529	16	2.4	16	100	0	78	33	12	20	33	1.91
57166934--57166958	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
57167659--57167921	47	5.6	46	73	11	187	26	17	30	24	1.97
57167659--57167930	49	5.8	46	73	11	196	27	18	30	23	1.98
57169820--57169864	22	2.0	23	91	4	74	33	4	8	53	1.52
57169940--57170081	76	1.9	76	88	2	214	45	11	6	37	1.66
57172840--57172998	84	1.9	84	86	1	230	34	7	11	46	1.68
57173091--57173158	30	2.3	30	87	7	95	41	14	10	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57175754--57175856	43	2.4	43	77	9	111	32	28	15	24	1.95
57185022--57185193	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
57185015--57185190	46	3.8	46	77	12	198	28	28	21	21	1.98
57190194--57190620	213	2.0	213	99	0	845	45	14	14	25	1.82
57195972--57196053	9	7.9	10	69	17	60	31	2	2	63	1.20
57199456--57199719	40	6.7	40	88	5	351	25	21	27	26	1.99
57199456--57199752	119	2.5	118	81	9	329	26	20	27	25	1.99
57201780--57202035	107	2.4	103	80	10	293	23	24	16	35	1.95
57201782--57202035	55	4.8	54	76	12	235	22	24	16	35	1.95
57204057--57204289	27	8.7	27	82	4	265	30	21	7	40	1.81
57204057--57204288	107	2.2	108	88	2	342	31	20	7	40	1.81
57204057--57204290	54	4.4	54	84	4	303	30	20	7	40	1.81
57204241--57204352	27	4.1	27	77	6	93	39	23	6	31	1.79
57204057--57204332	54	5.1	54	81	3	279	32	21	7	38	1.82
57204057--57204315	134	1.9	134	83	1	331	32	20	7	39	1.81
57204282--57204460	27	6.7	26	81	9	141	40	21	8	29	1.82
57204282--57204409	27	4.8	27	86	5	170	40	24	8	26	1.84
57204452--57204636	27	7.0	27	86	1	250	35	18	20	25	1.95
57204841--57204910	25	2.8	25	91	0	113	27	25	21	25	1.99
57204962--57205053	38	2.4	38	98	0	175	15	11	39	33	1.84
57205169--57205251	31	2.7	31	94	3	143	26	18	27	27	1.98
57205483--57205513	12	2.6	12	94	0	53	32	6	0	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57207521--57207704	27	6.8	27	87	0	215	30	22	7	39	1.82
57207526--57207706	81	2.2	81	90	0	281	29	22	8	39	1.83
57207664--57207801	27	5.1	27	75	7	102	39	20	7	32	1.81
57207526--57207733	81	2.6	81	85	1	229	31	21	8	38	1.83
57207724--57207819	27	3.6	27	83	5	106	42	19	9	28	1.82
57207838--57207970	27	5.0	27	85	2	173	34	19	21	24	1.96
57208175--57208244	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
57208178--57208255	25	3.1	25	89	7	106	25	24	24	25	2.00
57208465--57208610	31	4.7	31	92	0	240	28	15	25	30	1.96
57210565--57210632	32	2.1	32	100	0	136	26	10	20	42	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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