genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  254  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80837500--80837543	18	2.4	18	92	0	70	38	15	13	31	1.87
80837659--80837777	51	2.3	53	82	4	134	41	15	21	21	1.90
80839021--80839064	16	2.8	16	86	10	63	56	2	0	40	1.11
80851010--80851041	15	2.1	16	88	11	50	46	18	0	34	1.49
80860089--80860158	31	2.3	29	76	9	68	27	1	7	64	1.28
80862431--80862460	15	2.0	15	93	0	51	33	10	13	43	1.77
80864031--80864122	33	2.7	33	86	3	121	23	20	38	17	1.93
80864573--80864616	19	2.3	19	88	0	61	29	18	15	36	1.92
80868963--80869148	40	4.7	40	84	5	207	25	27	21	24	1.99
80877744--80877817	23	3.2	23	74	11	87	20	1	25	52	1.54
80877754--80877830	24	3.2	24	75	10	95	18	2	25	53	1.57
80877735--80877839	47	2.2	47	96	0	201	20	3	25	49	1.66
80891422--80891468	3	15.7	3	83	16	62	65	0	2	31	1.04
80894554--80896453	694	2.7	690	81	5	2131	34	12	22	30	1.91
80897671--80897769	45	2.3	41	81	8	108	25	17	24	33	1.96
80923757--80927229	702	4.9	700	81	3	3763	34	12	21	31	1.90
80923757--80927229	703	4.9	703	81	4	3638	34	12	21	31	1.90
80926753--80927713	484	2.0	484	85	2	1297	34	12	20	31	1.90
80943411--80943593	40	4.5	40	78	5	163	24	14	27	33	1.94
80946460--80946525	23	2.8	24	83	4	89	45	22	15	16	1.85
80947795--80947997	53	3.8	54	76	4	187	38	17	22	21	1.93
80958951--80959013	6	10.5	6	94	0	99	55	0	44	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80958930--80959014	6	14.3	6	83	11	68	58	1	40	0	1.05
80959044--80959103	21	2.9	21	87	0	84	30	25	18	26	1.98
80960606--80960657	25	2.1	24	82	3	59	17	19	23	40	1.91
80963932--80963981	5	9.4	5	95	4	73	18	6	0	76	0.99
80971064--80971088	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
80980928--80981020	47	2.0	48	86	2	134	45	24	11	18	1.83
80984353--80984881	68	7.8	69	74	6	362	33	13	21	31	1.92
80984353--80985048	136	5.1	136	76	5	465	33	13	21	31	1.92
80984356--80984981	204	3.1	202	79	3	601	33	13	21	31	1.92
80984372--80984945	68	8.4	68	73	4	316	33	13	21	31	1.92
80995246--80995465	46	4.8	44	79	11	212	20	27	20	30	1.98
80995246--80995466	94	2.4	88	81	11	248	21	27	20	30	1.98
81001765--81001987	46	4.8	45	79	11	222	23	28	17	29	1.97
81001763--81001983	94	2.4	92	84	7	279	23	28	18	29	1.98
81024696--81024756	27	2.3	26	83	8	70	42	21	14	21	1.88
81030601--81030687	44	2.0	44	100	0	174	40	20	6	32	1.79
81032857--81033076	27	8.1	27	82	7	196	31	11	19	37	1.87
81032854--81033076	54	4.1	54	84	3	252	31	11	19	37	1.88
81032854--81033076	81	2.8	80	78	6	243	31	11	19	37	1.88
81033397--81033431	17	2.0	17	88	5	52	17	40	28	14	1.88
81034782--81034813	11	2.9	11	90	0	55	43	15	0	40	1.47
81036764--81036814	22	2.3	22	79	0	57	31	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81037198--81037249	27	1.9	27	96	0	95	23	25	23	28	1.99
81037205--81037390	27	6.9	27	78	4	162	29	11	20	38	1.88
81037238--81037390	53	2.8	53	82	6	166	30	8	18	42	1.80
81037245--81037425	80	2.3	80	78	5	197	29	8	19	41	1.81
81039157--81039188	6	5.7	6	85	14	50	43	18	0	37	1.51
81039157--81039188	11	2.9	11	100	0	64	43	18	0	37	1.51
81043724--81043899	46	3.8	46	78	12	189	30	28	19	21	1.98
81043731--81043902	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	21	1.98
81051292--81051460	93	1.8	93	94	0	302	28	29	20	20	1.98
81051285--81051461	46	3.8	46	79	12	209	29	29	20	20	1.97
81064483--81064512	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
81064725--81064749	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
81068358--81068645	49	5.9	49	91	3	440	32	10	12	44	1.76
81071364--81071476	49	2.3	49	87	0	154	61	13	2	22	1.44
81077163--81077193	15	2.1	15	100	0	62	67	0	12	19	1.22
81092107--81092151	22	2.0	22	100	0	90	37	17	8	35	1.81
81094454--81094486	14	2.4	14	94	0	57	15	33	9	42	1.78
81096306--81096371	7	8.6	7	78	18	53	53	1	1	43	1.19
81096293--81096371	27	2.8	31	76	20	91	49	2	1	46	1.23
81096303--81096368	8	8.4	8	70	21	50	51	1	1	45	1.19
81111927--81112158	40	5.8	40	84	4	324	25	28	21	24	1.99
81111907--81112157	80	3.2	80	95	0	432	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81120399--81120426	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
81122053--81122174	43	2.9	42	78	7	147	31	17	23	27	1.97
81137656--81137726	28	2.5	28	86	4	90	33	26	11	28	1.91
81141276--81141393	43	2.8	41	77	7	119	31	17	22	27	1.97
81142927--81143098	43	4.1	42	76	8	170	26	14	25	33	1.94
81150962--81151127	43	3.9	43	76	10	144	27	14	24	33	1.94
81150617--81151226	310	2.0	310	90	0	959	31	14	23	30	1.94
81153922--81153976	27	2.0	27	92	0	92	30	12	20	36	1.90
81157187--81157259	36	2.0	36	97	0	137	42	10	15	31	1.81
81162159--81162198	21	2.0	20	85	5	53	20	35	30	15	1.93
81163813--81163898	30	2.9	30	74	17	81	29	23	17	30	1.97
81166361--81166406	16	3.1	14	82	14	56	76	2	17	4	1.06
81166479--81166548	24	2.9	25	76	6	72	64	1	22	11	1.34
81166474--81166559	30	2.9	31	77	8	81	67	1	19	11	1.28
81170246--81170277	13	2.5	13	94	0	55	68	3	6	21	1.26
81171180--81171234	21	2.7	20	81	15	60	78	5	16	0	0.93
81171191--81171229	15	2.6	14	84	15	51	79	2	17	0	0.84
81171186--81171246	26	2.4	26	78	15	65	78	4	14	1	0.99
81171321--81171403	30	2.8	30	76	7	87	67	1	20	10	1.28
81171326--81171395	24	2.9	24	74	6	61	62	1	24	11	1.36
81175098--81175130	13	2.5	13	95	0	57	66	9	6	18	1.40
81176031--81176096	21	3.1	20	79	14	62	78	4	15	1	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81176042--81176098	5	11.0	5	78	10	53	78	3	15	1	0.96
81176046--81176094	26	1.9	25	84	12	64	79	4	14	2	0.97
81176173--81176197	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
81176173--81176255	30	2.8	30	76	7	96	66	1	20	12	1.31
81178492--81178577	30	2.9	30	78	11	97	27	20	18	32	1.96
81195568--81195748	49	3.7	49	85	1	254	29	27	17	25	1.98
81195568--81195749	99	1.8	99	93	0	319	29	27	17	25	1.98
81200510--81200572	29	2.2	29	91	0	99	39	3	26	30	1.72
81207466--81207524	29	2.0	29	100	0	118	23	16	33	25	1.96
81208546--81208584	18	2.1	19	90	4	62	64	0	17	17	1.30
81208747--81208808	26	2.4	26	83	0	70	41	11	12	33	1.79
81216763--81216850	40	2.2	40	91	0	140	19	42	20	18	1.90
81222180--81222494	39	8.1	39	96	0	549	23	24	29	22	1.99
81227971--81228013	21	2.0	21	95	0	77	27	18	25	27	1.98
81229428--81229601	96	1.8	96	83	5	235	27	29	17	25	1.98
81231166--81231276	37	3.0	37	94	0	204	35	11	11	41	1.78
81232529--81232572	22	2.0	23	86	4	63	52	0	0	47	1.00
81237598--81237640	18	2.5	17	85	7	59	58	2	0	39	1.11
81239347--81239381	16	2.1	17	89	5	54	45	0	5	48	1.26
81255697--81255814	43	2.8	42	78	10	132	28	24	15	31	1.95
81257433--81257494	19	3.2	19	67	13	54	33	14	33	17	1.90
81257413--81257585	39	4.4	39	87	0	229	33	14	32	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81261748--81261862	14	8.2	13	78	1	59	31	14	14	39	1.87
81261756--81261868	28	4.0	28	82	11	142	31	15	13	39	1.85
81261756--81261835	42	1.9	42	81	0	97	31	15	15	38	1.88
81261767--81261875	56	1.9	56	92	0	182	31	15	13	39	1.87
81261962--81262021	30	2.0	30	83	0	75	33	18	20	28	1.96
81265105--81265277	58	3.0	58	97	0	319	31	25	16	26	1.97
81268465--81268528	19	3.2	19	80	13	67	54	4	0	40	1.21
81268477--81268519	18	2.5	17	85	7	59	51	4	0	44	1.22
81268524--81268584	11	5.5	11	78	5	70	68	4	1	24	1.18
81277319--81277355	17	2.2	17	100	0	74	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318