genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75539300--75539332	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
75540115--75540147	16	2.1	16	100	0	66	36	18	0	45	1.49
75540131--75540229	41	2.4	41	100	0	198	32	19	4	44	1.69
75543244--75543344	26	3.9	26	97	0	175	36	24	5	32	1.80
75545043--75545084	17	2.6	17	85	10	54	40	0	0	59	0.97
75545511--75545537	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
75546019--75546045	6	4.5	6	100	0	54	33	18	48	0	1.49
75547710--75547748	7	5.7	7	81	6	53	51	5	0	43	1.24
75547861--75547922	23	2.8	21	79	13	61	56	4	4	33	1.42
75547882--75547943	23	2.8	22	85	9	74	58	4	1	35	1.29
75551571--75551627	23	2.4	24	80	8	64	42	1	3	52	1.28
75560012--75560099	20	4.4	20	75	13	83	42	19	6	31	1.77
75560245--75560381	23	5.8	23	74	10	100	34	18	21	25	1.96
75560267--75560403	68	1.9	71	81	10	165	36	17	21	24	1.94
75565118--75565144	12	2.2	12	100	0	54	48	14	11	25	1.77
75570889--75571211	46	6.8	48	76	13	242	25	18	32	24	1.97
75571033--75571211	99	1.8	99	84	8	249	24	17	32	25	1.97
75570894--75571211	99	3.3	97	75	15	245	25	18	32	24	1.97
75575533--75575764	40	5.8	40	82	4	306	25	28	21	24	1.99
75575513--75575763	80	3.2	80	93	0	414	27	28	20	23	1.99
75580040--75580078	14	2.6	16	88	8	55	41	2	23	33	1.68
75584730--75584758	14	2.1	14	93	6	51	44	0	20	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75586891--75587252	47	7.7	47	74	11	228	24	29	19	27	1.98
75586890--75587159	48	5.7	48	77	10	225	24	30	18	26	1.98
75589275--75589313	16	2.4	16	91	0	60	33	7	28	30	1.85
75589488--75589567	26	3.0	27	73	10	85	51	2	1	45	1.22
75589547--75589579	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
75589486--75589602	52	2.2	51	83	10	137	48	3	0	47	1.24
75589973--75590057	43	2.0	43	95	0	152	30	27	11	30	1.92
75593263--75593291	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
75594204--75594362	68	2.3	70	85	5	205	50	3	33	12	1.56
75618237--75618305	36	1.9	36	100	0	138	31	7	27	33	1.84
75619418--75619456	18	2.2	18	100	0	78	43	15	12	28	1.83
75620877--75620908	12	2.7	12	95	0	55	34	15	15	34	1.90
75622024--75622059	15	2.4	15	95	0	63	44	8	11	36	1.70
75623963--75624320	47	7.6	47	74	10	279	28	20	29	22	1.98
75623963--75624320	94	3.8	93	79	12	376	28	20	29	22	1.98
75631072--75631431	47	7.7	45	72	14	214	28	20	29	21	1.98
75631076--75631431	94	3.8	93	77	10	343	28	20	29	22	1.98
75631074--75631431	141	2.6	137	80	10	379	28	20	29	22	1.98
75636121--75636151	15	2.1	15	93	0	53	41	9	6	41	1.63
75637527--75637594	30	2.3	30	86	0	91	44	26	2	26	1.69
75637538--75637595	30	1.9	30	96	0	107	41	25	0	32	1.56
75639243--75639281	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75640070--75640138	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
75640070--75640138	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
75640119--75640209	45	2.0	45	85	6	123	27	5	28	38	1.79
75640374--75640410	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
75640354--75640643	120	2.4	120	88	3	447	48	4	2	43	1.37
75644748--75644824	38	2.0	38	100	0	154	42	5	18	33	1.72
75645717--75646085	138	2.6	138	88	1	513	41	13	23	21	1.88
75645716--75646037	46	7.0	46	92	0	482	40	14	22	21	1.90
75645731--75646112	92	4.1	88	83	10	381	42	14	22	20	1.88
75649770--75649839	31	2.3	29	85	9	88	60	5	11	22	1.52
75652236--75652263	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
75654536--75654619	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
75656405--75656691	137	2.1	137	94	0	502	24	18	24	33	1.97
75659978--75660010	14	2.5	13	90	9	50	39	0	9	51	1.34
75674508--75674584	39	2.0	39	97	0	145	29	7	12	49	1.69
75681922--75681954	13	2.3	15	90	10	52	78	3	9	9	1.05
75684395--75684463	30	2.2	31	89	5	104	20	17	5	56	1.61
75691626--75691761	59	2.3	59	82	6	161	44	0	3	52	1.19
75691856--75691948	44	2.1	46	88	8	138	35	24	5	34	1.79
75693433--75693517	25	3.5	24	72	6	64	18	24	20	36	1.95
75693577--75693636	25	2.4	24	78	13	68	26	23	15	35	1.94
75698507--75698690	35	5.3	35	84	2	235	36	22	10	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75698514--75698690	70	2.5	70	93	0	291	36	22	11	29	1.89
75701436--75701704	48	5.6	48	94	1	466	30	26	6	36	1.81
75701437--75702013	98	5.6	98	79	12	624	30	25	6	37	1.81
75701675--75701731	27	2.1	27	100	0	114	33	22	7	36	1.81
75701631--75701779	75	2.0	75	94	0	262	31	25	6	36	1.82
75701702--75702013	48	6.4	48	90	2	462	30	24	6	38	1.80
75701529--75701879	173	2.0	174	94	1	623	31	25	6	37	1.81
75709437--75709566	66	2.0	66	93	0	224	26	35	25	13	1.92
75710226--75710362	35	3.9	35	82	0	157	36	21	10	31	1.88
75710232--75710381	70	2.1	70	85	6	205	34	20	12	32	1.90
75710267--75710381	35	3.3	34	74	12	117	34	19	13	32	1.91
75710622--75710670	21	2.3	21	96	0	89	16	22	38	22	1.92
75711788--75711909	47	2.6	48	89	1	183	22	28	22	25	1.99
75729881--75729937	29	2.0	28	80	12	64	35	5	24	35	1.78
75730921--75730952	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
75732539--75732763	40	5.7	40	86	5	269	24	28	22	24	2.00
75732541--75732763	119	1.9	120	84	6	301	24	27	22	24	2.00
75739775--75739826	26	2.0	26	82	10	63	46	5	23	25	1.74
75741454--75741490	18	2.2	18	90	9	60	21	10	2	64	1.37
75749157--75749208	23	2.4	22	75	12	54	32	17	7	42	1.77
75756045--75756083	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
75758544--75758605	29	2.1	29	84	0	79	37	8	0	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75760462--75760496	18	1.9	18	94	0	61	5	5	45	42	1.51
75764493--75764526	18	1.9	18	88	5	52	79	0	17	2	0.86
75765444--75765476	15	2.4	14	90	10	50	18	0	0	81	0.68
75765859--75765903	19	2.4	18	78	7	54	31	4	2	62	1.27
75766658--75766714	29	1.9	30	82	10	73	31	26	1	40	1.66
75769353--75769431	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
75769550--75769821	47	5.8	47	90	2	411	28	30	8	32	1.87
75769790--75769841	16	3.4	16	70	20	56	36	25	0	38	1.56
75769789--75769851	30	2.1	30	100	0	126	36	26	0	36	1.57
75769742--75769898	77	2.0	77	97	0	296	32	28	5	33	1.79
75769696--75769946	124	2.0	123	95	3	450	31	29	6	32	1.83
75769819--75770106	49	6.0	49	94	4	509	30	29	8	31	1.87
75769601--75770044	219	2.0	218	93	4	759	30	29	7	32	1.85
75773423--75773579	40	3.9	40	89	0	233	25	29	21	23	1.99
75773436--75773697	40	6.6	40	81	7	225	24	28	22	24	1.99
75774003--75774081	29	2.7	29	88	2	113	27	31	15	25	1.95
75774063--75774165	43	2.4	43	95	0	188	27	35	13	23	1.92
75775906--75775984	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
75776105--75776679	49	12.0	49	93	2	886	29	30	9	31	1.88
75780420--75780536	46	2.5	46	83	5	128	29	17	27	25	1.97
75780459--75780645	97	1.9	97	81	4	225	28	19	27	24	1.99
75783038--75783081	22	2.0	22	86	0	61	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75784266--75784412	24	6.3	23	70	8	100	25	22	17	34	1.96
75784266--75784412	47	3.1	47	82	7	167	25	22	17	34	1.96
75784595--75784655	20	3.0	20	88	4	79	39	6	18	36	1.76
75784606--75784702	20	4.8	20	73	12	65	38	7	15	39	1.75
75791391--75791623	47	5.0	47	80	7	242	25	19	18	36	1.95
75791391--75791599	23	9.0	23	69	16	121	25	19	17	37	1.94
75791766--75791808	20	2.2	20	86	0	59	41	2	20	34	1.65
75798834--75798860	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
75802270--75802318	23	2.3	21	82	10	55	51	30	2	16	1.56
75805872--75805901	15	1.9	16	93	6	53	36	26	3	33	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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