genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25600996--25601209	89	2.4	90	90	2	333	32	20	16	30	1.95
25601059--25601447	163	2.4	163	85	5	529	33	20	17	28	1.96
25601304--25601529	77	3.0	73	83	5	265	32	24	16	26	1.96
25638761--25638861	48	2.2	42	73	23	103	26	52	6	13	1.66
25638701--25639496	51	15.9	51	84	8	904	28	50	6	13	1.67
25638788--25639498	96	7.2	96	87	7	910	29	51	6	12	1.64
25638884--25638908	6	4.2	6	100	0	50	16	68	0	16	1.22
25638776--25639496	102	7.2	99	90	4	1008	29	51	6	13	1.65
25642273--25642409	43	3.1	43	82	4	132	29	24	21	24	1.99
25642292--25642437	43	3.4	43	80	6	134	32	27	18	21	1.96
25643265--25643316	7	7.4	7	80	0	50	50	25	0	25	1.50
25643499--25643598	40	2.5	40	83	1	119	19	17	20	44	1.88
25643746--25643803	30	1.9	31	96	0	93	34	3	22	39	1.71
25644046--25644086	22	2.0	21	90	9	66	53	0	0	46	1.00
25644839--25644889	16	3.4	16	76	17	56	17	5	1	74	1.11
25646613--25646637	5	5.0	5	100	0	50	20	60	0	20	1.37
25661384--25661484	49	2.1	49	100	0	202	39	13	24	21	1.90
25662306--25662349	23	2.0	23	86	4	63	31	4	0	63	1.14
25664959--25665077	29	4.1	29	80	0	103	26	30	18	24	1.98
25667978--25668013	16	2.2	16	90	9	56	33	5	8	52	1.55
25675153--25675188	14	2.6	14	100	0	72	52	5	16	25	1.65
25682278--25682370	44	2.1	44	80	7	100	37	21	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25689042--25689098	18	3.4	18	67	18	59	43	17	5	33	1.71
25689273--25689356	44	1.9	44	82	4	107	34	23	19	22	1.96
25690245--25690269	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25693903--25693946	21	2.0	22	86	4	63	38	2	0	59	1.10
25695756--25695809	21	2.7	20	83	11	65	61	1	5	31	1.30
25702612--25702658	22	2.1	22	88	7	69	38	53	0	8	1.32
25703079--25703165	33	2.4	39	81	12	105	32	13	0	54	1.40
25713311--25713554	38	6.3	38	85	2	299	31	25	20	21	1.98
25713316--25713574	116	2.2	117	82	6	330	30	25	20	22	1.98
25713404--25713594	38	4.9	40	78	12	168	28	25	21	24	1.99
25713326--25713597	78	3.5	78	87	4	345	30	25	20	23	1.98
25717193--25718070	206	4.3	206	95	0	1551	29	18	23	28	1.98
25718441--25718470	15	1.9	16	93	6	53	53	33	3	10	1.51
25718546--25718581	13	2.8	13	95	0	63	38	52	0	8	1.32
25718663--25718700	16	2.5	15	87	8	51	21	2	34	42	1.67
25718992--25719078	33	2.4	39	81	12	105	32	13	0	54	1.40
25721018--25721075	19	2.9	19	79	5	62	63	1	5	29	1.25
25721250--25721282	17	1.9	17	100	0	66	54	12	9	24	1.66
25730431--25730521	44	2.1	44	85	0	119	29	9	14	46	1.77
25731251--25731288	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
25732249--25732273	10	2.5	10	100	0	50	64	8	20	8	1.46
25736577--25736601	10	2.5	10	100	0	50	64	8	20	8	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25752243--25752283	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
25765523--25765578	28	2.0	28	86	6	78	55	0	0	44	0.99
25768302--25768343	18	2.4	19	84	11	54	71	0	4	23	1.05
25768869--25768916	24	2.0	24	87	4	69	25	2	14	58	1.48
25769883--25769940	29	2.0	30	83	6	75	41	6	3	48	1.47
25773519--25773552	6	5.7	6	96	0	59	47	0	35	17	1.48
25776936--25776980	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
25779256--25779283	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
25780223--25780288	21	3.3	19	77	10	60	31	0	7	60	1.25
25782531--25782587	8	7.1	8	77	0	60	54	5	0	40	1.23
25782543--25782600	7	7.7	7	78	14	62	58	8	0	32	1.28
25782534--25782600	16	4.3	16	92	5	111	58	7	0	34	1.26
25788186--25788224	16	2.4	16	95	0	69	38	10	5	46	1.60
25788629--25788665	14	2.8	14	88	8	51	70	16	5	8	1.30
25788879--25788918	19	2.1	19	85	0	53	5	12	7	75	1.18
25792470--25792515	23	2.0	23	95	0	83	39	15	0	45	1.46
25795903--25795946	23	1.9	23	95	0	79	38	36	6	18	1.77
25797279--25797693	44	9.4	44	68	8	254	28	21	20	28	1.98
25797282--25797760	88	5.5	88	89	2	662	28	21	19	29	1.98
25797795--25798039	44	5.5	43	72	10	158	27	17	23	31	1.97
25797792--25798034	133	1.8	133	84	1	335	28	18	23	30	1.97
25797795--25798038	89	2.7	89	76	7	228	27	17	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25798115--25798275	44	3.6	44	76	9	148	29	15	21	33	1.94
25798117--25798285	89	1.9	88	79	8	191	30	15	21	33	1.94
25799822--25799852	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
25799819--25799858	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
25799931--25799975	23	1.9	24	95	4	83	22	22	11	44	1.84
25800103--25800298	55	3.6	53	81	8	216	21	25	16	36	1.94
25803166--25803252	26	3.3	27	84	9	92	31	3	1	64	1.17
25804565--25804620	25	2.2	26	81	12	71	53	7	14	25	1.66
25804573--25804632	25	2.4	25	80	8	68	61	8	11	18	1.54
25806113--25806150	20	1.9	20	88	0	58	42	2	2	52	1.29
25816265--25816289	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
25820058--25820095	20	1.9	20	84	10	51	44	13	21	21	1.85
25822003--25822269	46	5.8	46	89	1	347	39	15	24	20	1.91
25823827--25823867	20	2.0	20	90	0	64	34	0	4	60	1.18
25824052--25824101	21	2.5	21	81	12	61	32	6	4	58	1.41
25825613--25825647	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
25825782--25825824	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
25826571--25826609	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
25826834--25826881	25	1.9	25	100	0	96	4	0	50	45	1.21
25831489--25831520	17	1.9	17	93	6	57	56	6	0	37	1.25
25831573--25831614	17	2.4	18	80	4	50	35	7	0	57	1.26
25832133--25832183	26	2.0	26	84	7	68	47	0	3	49	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25836700--25836742	22	2.0	22	85	0	59	39	0	0	60	0.97
25838620--25838677	23	2.6	22	81	5	62	60	3	3	32	1.30
25838955--25838985	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
25839227--25839289	30	2.1	30	84	3	81	52	11	3	33	1.53
25839282--25839352	31	2.3	31	82	0	88	33	8	5	52	1.55
25844771--25844840	28	2.5	29	84	9	92	51	5	0	42	1.25
25845896--25845942	22	2.1	22	85	14	62	51	4	0	44	1.21
25852271--25852301	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
25853998--25854027	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
25855761--25855791	15	2.1	15	93	0	53	51	0	3	45	1.17
25856670--25856720	22	2.3	22	96	0	93	13	17	15	52	1.74
25862439--25863515	72	15.2	72	76	7	867	15	30	12	41	1.84
25862439--25864279	144	12.8	143	74	11	1128	15	30	12	41	1.84
25862441--25864098	216	7.7	216	73	12	634	15	30	12	41	1.84
25863034--25863153	60	2.0	60	96	0	222	20	27	14	38	1.91
25862965--25863212	132	1.9	132	87	1	363	17	29	12	39	1.87
25863535--25864279	72	10.4	72	79	6	670	14	29	13	41	1.84
25863563--25864091	141	3.8	138	82	6	460	14	31	12	40	1.84
25863539--25864098	213	2.7	207	82	4	640	15	31	12	40	1.85
25864186--25867737	117	30.0	116	73	12	2040	15	28	15	41	1.87
25864183--25866078	111	16.4	111	77	11	1701	15	28	15	41	1.87
25864185--25867735	234	15.0	229	78	11	2507	15	28	15	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25866245--25866270	6	4.3	6	100	0	52	15	34	15	34	1.89
25867859--25867916	24	2.4	24	80	8	64	1	22	18	56	1.50
25870135--25870379	126	1.9	127	90	0	393	38	15	17	28	1.90
25871275--25871310	18	2.0	18	100	0	72	16	0	61	22	1.35
25871287--25871386	37	3.1	30	71	19	85	18	2	49	31	1.59
25871289--25871363	37	2.0	37	94	0	132	17	1	53	28	1.52
25879573--25879749	87	2.0	87	100	0	354	41	13	13	31	1.83
25882488--25882541	6	7.9	7	78	15	51	59	0	0	40	0.98
25882700--25882755	22	2.6	21	78	15	69	48	0	0	51	1.00
25886742--25886848	46	2.3	46	93	1	130	36	14	21	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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