Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  310  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98008118--98008150
18
1.9
17
88
11
50
39
24
9
27
1.85
98014306--98014358
20
2.7
20
85
5
72
50
0
26
22
1.49
98014287--98014422
74
1.9
72
81
9
168
37
0
33
28
1.58
98015866--98015907
22
2.0
21
95
4
75
33
11
16
38
1.86
98019571--98019646
21
3.6
21
83
0
89
5
34
27
32
1.79
98026841--98027253
68
6.1
65
69
16
162
25
22
10
41
1.85
98026841--98027264
136
3.1
136
74
10
355
26
21
10
41
1.85
98035087--98035218
50
2.6
52
80
6
162
34
15
12
36
1.86
98043939--98044012
35
2.3
31
86
9
94
59
1
2
36
1.20
98043961--98044012
7
6.7
7
81
14
50
61
0
1
36
1.07
98044028--98044088
18
3.3
18
76
17
54
60
4
3
31
1.34
98044058--98044087
9
3.3
9
90
0
51
70
6
0
23
1.11
98044048--98044087
18
2.1
20
90
9
66
65
7
0
27
1.20
98044100--98044176
27
2.7
27
76
13
66
57
2
5
35
1.35
98044665--98044712
15
3.3
15
76
5
53
18
0
29
52
1.46
98044657--98044735
29
2.7
30
78
5
90
20
0
26
53
1.46
98044690--98044742
15
3.5
15
71
0
52
20
0
24
54
1.44
98044657--98044743
30
3.0
30
77
5
97
19
0
26
54
1.45
98045640--98045887
114
2.2
114
86
2
363
20
3
45
31
1.67
98045642--98045908
57
4.7
57
81
0
282
21
3
44
29
1.69
98047216--98047303
31
2.8
31
96
0
158
25
14
9
51
1.72
98047248--98047300
15
3.5
15
70
14
54
26
15
7
50
1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98048254--98048297
6
7.0
6
85
10
61
77
4
0
18
0.94
98048257--98048295
20
2.0
20
94
0
69
74
5
0
20
1.01
98048328--98048396
27
2.6
27
90
0
111
23
5
26
44
1.75
98048328--98048386
9
6.6
9
88
0
82
23
6
27
42
1.79
98048870--98049185
161
2.0
161
84
2
415
38
15
14
31
1.88
98050182--98050310
67
1.9
67
85
6
181
50
19
6
24
1.70
98053035--98053086
22
2.3
23
83
12
72
34
5
5
53
1.49
98058080--98058133
20
2.7
21
80
5
67
22
3
3
70
1.19
98059775--98059885
13
9.5
13
73
20
111
36
46
0
16
1.47
98059775--98059870
48
2.0
48
91
0
156
38
45
0
15
1.46
98059804--98059881
35
2.2
34
90
4
120
38
46
0
15
1.46
98060279--98060358
3
26.3
3
72
20
53
30
3
1
65
1.18
98060283--98060358
18
4.1
18
80
12
82
30
3
1
64
1.20
98060270--98060362
26
3.6
26
72
10
82
29
3
1
66
1.14
98066034--98066189
39
4.0
39
93
0
251
28
29
23
18
1.98
98066170--98066208
19
2.1
19
95
0
69
25
25
23
25
2.00
98066131--98066247
58
2.0
58
98
0
225
27
29
23
20
1.99
98066189--98066297
39
2.8
39
97
0
200
29
28
22
19
1.98
98066092--98066282
97
2.0
97
97
0
364
27
29
24
18
1.98
98069451--98069493
19
2.3
19
100
0
86
13
20
9
55
1.66
98071154--98071185
15
2.1
16
94
5
57
25
0
0
75
0.81
98071149--98071196
13
3.4
14
83
16
64
29
2
0
68
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98071154--98071204
20
2.9
17
80
16
52
27
3
0
68
1.07
98071493--98071530
14
2.8
14
88
4
60
26
2
0
71
1.00
98073246--98073298
24
2.2
24
89
0
79
39
9
7
43
1.65
98077536--98077871
171
2.0
171
92
1
557
30
16
27
26
1.96
98084689--98084738
17
2.9
17
85
5
57
50
0
6
44
1.26
98086868--98086938
27
2.6
27
81
0
88
32
18
11
38
1.86
98088343--98088405
31
2.0
31
96
0
117
36
6
14
42
1.71
98088909--98088943
6
5.8
6
93
0
61
17
20
17
45
1.85
98088900--98088949
18
2.7
18
84
3
64
16
26
16
42
1.88
98091733--98091904
93
1.8
93
94
0
308
27
30
21
20
1.98
98091726--98091901
46
3.8
46
79
12
207
28
30
21
19
1.98
98104757--98104797
22
1.9
21
85
5
55
36
0
17
46
1.48
98106687--98106728
3
14.0
3
100
0
84
33
0
0
66
0.92
98110652--98110700
25
2.0
24
88
11
73
42
0
2
55
1.11
98116487--98116511
11
2.3
11
100
0
50
76
0
0
24
0.80
98116481--98116561
39
2.0
40
83
6
103
59
2
1
37
1.19
98117242--98117280
21
1.9
20
89
5
60
46
0
0
53
1.00
98118467--98118538
27
2.6
27
82
6
81
50
0
1
48
1.09
98118880--98118949
35
2.0
35
86
5
97
45
0
10
44
1.37
98119528--98119576
21
2.3
21
85
0
62
48
6
6
38
1.53
98122882--98122934
20
2.6
21
82
8
74
39
20
11
28
1.87
98124453--98124491
18
2.1
19
90
4
62
38
0
0
61
0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98127091--98127129
18
2.2
18
90
0
60
35
2
2
58
1.25
98129428--98129482
27
2.0
27
100
0
110
43
10
3
41
1.57
98129817--98129874
11
5.4
10
76
19
55
25
1
3
68
1.14
98137267--98137293
5
5.4
5
100
0
54
37
0
0
62
0.95
98154831--98154858
13
2.2
13
100
0
56
42
0
0
57
0.99
98161154--98161197
22
2.0
22
100
0
88
45
0
22
31
1.53
98162769--98162845
27
2.9
28
79
11
90
31
3
3
61
1.32
98162867--98162937
29
2.5
28
82
11
90
28
5
0
66
1.14
98163054--98163104
14
3.8
13
78
17
50
29
3
0
66
1.09
98167536--98167898
3
119.0
3
67
16
106
27
7
2
61
1.36
98167536--98167757
20
10.6
20
68
17
78
27
7
2
62
1.36
98168944--98168980
20
1.9
20
88
5
58
43
0
5
51
1.24
98171142--98171460
46
7.0
46
89
1
426
39
15
23
21
1.92
98171145--98171414
91
2.9
91
93
1
450
38
15
23
22
1.93
98171142--98171414
137
2.0
137
91
0
438
37
16
23
22
1.93
98171155--98171460
137
2.2
135
86
4
337
39
16
23
21
1.92
98173433--98173540
52
2.1
53
82
5
130
32
15
6
45
1.72
98174954--98174999
23
2.1
22
88
8
67
69
6
0
23
1.11
98175086--98175136
25
2.0
25
92
0
84
60
1
5
31
1.31
98177754--98177796
11
3.8
11
80
17
52
32
2
0
65
1.06
98179495--98179669
30
5.8
30
89
1
228
26
48
4
21
1.68
98180158--98180285
23
5.5
23
67
19
70
35
4
3
57
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98180233--98180291
25
2.3
26
77
8
68
37
3
1
57
1.25
98180256--98180300
16
2.7
18
80
13
51
37
2
0
60
1.09
98180210--98180360
81
1.9
81
81
5
189
34
6
3
54
1.45
98180256--98180321
34
2.0
33
84
3
87
34
4
3
57
1.34
98180310--98180368
25
2.5
24
78
10
68
33
8
6
50
1.59
98180326--98180374
25
2.0
25
91
0
80
34
8
6
51
1.57
98180527--98180574
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
98180527--98180578
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
98190453--98190615
71
2.3
70
80
9
188
30
12
21
35
1.91
98190507--98190875
122
3.0
122
92
1
578
24
13
22
39
1.91
98190772--98190911
72
1.9
72
92
0
235
20
16
25
37
1.93
98190893--98190928
18
2.0
18
89
10
56
11
16
5
66
1.40
98190916--98191432
156
3.3
156
70
11
511
27
17
18
36
1.93
98191063--98191581
77
6.8
75
72
10
347
26
18
19
35
1.95
98190911--98191797
309
2.8
309
89
5
1255
25
17
18
37
1.93
98191372--98191621
75
3.3
74
83
7
299
24
19
20
35
1.96
98191604--98191648
13
3.4
13
78
6
54
17
13
6
62
1.52
98192415--98192589
30
5.8
30
90
1
237
26
48
4
20
1.67
98193074--98193201
23
5.5
23
67
19
70
35
4
3
57
1.36
98193149--98193207
25
2.3
26
77
8
68
37
3
1
57
1.25
98193172--98193238
35
2.0
35
82
5
84
34
4
2
58
1.34
98193243--98193291
25
2.0
25
87
0
71
36
8
4
51
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98193451--98193490
16
2.5
16
92
8
64
30
0
2
67
1.04
98193451--98193494
8
5.5
8
84
10
54
29
0
2
68
1.02
98196748--98196810
30
2.1
30
100
0
126
26
6
6
60
1.45
98196799--98196857
25
2.5
24
78
10
68
33
8
6
50
1.59
98196815--98196863
25
2.0
25
91
0
80
34
8
6
51
1.57
98196843--98196898
19
2.8
20
75
8
60
32
7
5
55
1.50
98197014--98197061
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
98197014--98197065
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
98199764--98199880
43
2.7
42
79
10
121
35
23
16
25
1.95
98199815--98199918
44
2.4
43
84
7
131
33
25
20
21
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318