genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26455729--26455905	40	4.4	40	95	0	309	22	19	29	28	1.98
26455759--26455925	80	2.1	80	90	0	262	23	22	28	25	1.99
26466273--26466446	78	2.2	80	90	4	273	21	20	28	29	1.98
26466273--26466446	40	4.4	40	89	3	273	21	20	28	29	1.98
26476769--26476945	40	4.4	40	91	0	291	21	19	28	29	1.98
26476769--26476965	80	2.5	80	88	0	232	22	20	27	28	1.99
26499399--26499784	27	14.6	26	69	16	81	40	19	8	32	1.82
26499578--26499787	82	2.6	80	87	3	287	38	18	9	33	1.82
26499578--26499786	54	3.9	54	84	8	257	38	18	9	33	1.82
26499578--26499785	27	7.7	27	82	7	217	38	18	9	33	1.83
26499770--26500099	27	12.3	27	88	0	464	33	20	21	25	1.97
26500526--26500590	22	3.0	22	75	8	60	20	20	23	36	1.95
26508016--26508123	26	4.2	26	89	0	171	32	8	24	35	1.85
26510371--26510520	41	3.7	41	83	1	212	28	27	23	21	1.99
26518625--26518783	41	3.9	41	81	4	214	27	28	22	20	1.99
26521037--26521066	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
26521456--26521596	27	5.2	27	82	11	182	18	24	23	33	1.97
26521452--26521596	54	2.7	54	94	2	247	17	24	23	33	1.96
26521456--26521614	27	5.9	26	81	2	104	20	24	22	33	1.97
26523652--26523872	46	4.8	46	79	9	270	28	28	21	21	1.99
26529678--26529837	26	6.2	26	90	0	248	34	7	21	36	1.82
26529678--26529837	52	3.1	52	96	0	284	34	7	21	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26531435--26531575	27	5.2	27	80	11	173	18	24	24	32	1.97
26531432--26531575	54	2.7	54	92	2	236	18	25	24	32	1.97
26537501--26538327	40	20.6	40	93	1	1395	27	19	27	25	1.99
26543559--26543744	47	4.0	47	88	0	264	33	12	28	25	1.92
26543906--26544014	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
26545149--26545255	26	4.2	25	86	5	160	32	8	23	35	1.85
26546854--26546940	27	3.2	27	79	9	97	18	21	22	36	1.95
26551482--26551518	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
26551482--26551541	10	5.8	10	74	14	50	60	1	1	36	1.17
26555918--26555969	25	2.2	25	89	6	81	32	0	0	67	0.91
26556038--26556090	15	3.9	14	88	11	76	33	3	0	62	1.13
26556038--26556111	27	2.8	27	80	17	84	32	4	0	63	1.13
26556036--26556111	13	5.6	14	80	13	81	32	3	0	63	1.13
26556041--26556141	25	3.8	26	79	19	95	33	2	0	62	1.17
26556008--26556134	15	9.7	14	73	19	73	32	3	0	62	1.19
26556218--26556314	35	2.7	34	71	16	88	36	4	2	57	1.29
26556219--26556331	36	3.1	34	72	22	106	37	3	1	57	1.26
26563691--26563720	15	2.1	15	93	6	53	46	6	33	13	1.69
26564123--26564213	19	4.9	19	89	8	152	37	12	15	35	1.84
26564123--26564236	19	5.8	22	78	17	87	36	10	15	36	1.82
26572581--26572742	89	1.8	87	81	5	200	29	18	24	27	1.98
26572775--26572989	78	2.8	78	84	1	297	33	20	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26572555--26573356	376	2.1	376	92	0	1325	32	18	23	25	1.97
26573181--26573601	78	5.4	78	92	2	711	31	19	25	23	1.98
26573541--26573814	45	6.1	45	77	6	277	31	16	27	25	1.96
26573541--26573801	134	1.9	136	83	6	343	30	16	27	25	1.97
26573631--26573797	89	1.9	89	91	2	273	29	15	29	25	1.96
26573642--26573820	89	2.0	89	85	4	243	31	16	27	24	1.96
26574159--26574256	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
26574159--26574249	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
26574159--26574272	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
26583111--26583270	79	2.0	79	92	0	266	33	20	5	41	1.74
26591198--26591302	22	4.5	23	79	11	90	41	15	21	20	1.89
26595307--26595338	4	8.0	4	100	0	64	0	0	75	25	0.81
26597624--26597656	9	3.7	9	88	12	50	42	3	24	30	1.70
26600855--26600885	4	7.8	4	100	0	62	0	25	0	74	0.82
26601663--26601804	48	3.0	48	87	2	196	32	30	16	21	1.95
26603464--26603600	24	5.5	24	68	10	87	35	19	21	22	1.96
26603669--26603742	25	3.0	25	90	5	107	36	20	24	18	1.95
26603680--26603763	25	3.4	24	85	4	71	39	17	22	20	1.92
26608059--26608103	22	2.0	22	95	0	81	48	6	13	31	1.68
26609258--26609352	42	2.3	42	82	10	106	41	8	5	45	1.57
26609786--26609841	25	2.2	25	83	3	76	33	1	1	62	1.16
26609852--26609931	39	2.1	39	92	0	133	38	7	10	43	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26611217--26611266	26	2.0	24	84	7	64	62	6	0	32	1.20
26618091--26618134	21	2.1	21	100	0	88	31	34	9	25	1.87
26628712--26629022	46	6.6	46	75	9	206	25	19	29	24	1.99
26632830--26633007	27	6.6	27	80	7	155	28	29	15	26	1.96
26632855--26633006	54	2.8	53	84	6	189	26	30	16	26	1.97
26636863--26636905	5	8.8	5	97	2	79	41	0	0	58	0.98
26637757--26637899	40	3.6	40	74	9	123	28	16	19	35	1.93
26642088--26642140	25	2.1	25	100	0	106	45	16	0	37	1.48
26642094--26642147	25	2.2	25	93	0	90	46	14	0	38	1.45
26642864--26642893	16	1.9	16	93	6	53	53	6	3	36	1.44
26643248--26643366	60	2.0	60	91	3	195	52	10	1	34	1.46
26643387--26643451	25	2.4	27	82	10	80	64	0	0	35	0.94
26643973--26644031	31	1.9	31	100	0	118	49	16	13	20	1.80
26647721--26647811	11	7.9	11	68	18	51	63	4	3	28	1.29
26647781--26647817	11	3.4	11	88	0	56	64	2	8	24	1.34
26649964--26649988	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
26650551--26650792	133	1.8	133	96	0	448	26	25	12	35	1.91
26654261--26654289	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
26655575--26655623	26	1.9	25	84	12	64	53	2	2	42	1.24
26656245--26656277	15	2.1	16	88	5	50	27	0	3	69	1.03
26656374--26656507	48	2.8	48	83	11	143	32	8	5	52	1.55
26658096--26658138	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26661616--26661870	126	2.0	126	92	1	422	26	18	19	36	1.94
26662323--26662352	15	2.0	15	93	0	51	50	30	0	20	1.49
26668345--26668387	9	4.6	9	77	11	50	41	0	2	55	1.12
26668352--26668388	20	1.9	20	88	5	58	45	0	2	51	1.15
26668344--26668389	10	4.7	10	79	15	51	41	0	2	56	1.11
26668322--26668415	29	3.1	28	76	21	84	41	1	1	56	1.13
26669035--26669076	21	2.0	21	100	0	84	47	0	4	47	1.23
26669306--26669348	21	2.0	21	91	8	70	32	32	4	30	1.78
26674677--26674728	25	2.1	25	96	0	95	28	3	9	57	1.48
26676833--26676945	25	4.5	25	71	13	79	30	19	29	21	1.97
26678827--26678864	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
26679928--26679969	22	1.9	22	85	0	57	33	2	16	47	1.60
26681556--26681783	85	2.7	84	87	5	307	42	19	7	30	1.77
26681975--26682014	21	2.0	20	90	9	64	60	0	5	35	1.19
26682291--26682479	9	19.9	9	67	13	58	30	4	2	62	1.27
26682291--26682341	19	2.8	18	85	5	75	21	7	1	68	1.25
26682301--26682460	59	2.7	58	80	11	166	30	4	1	63	1.25
26682377--26682451	19	3.8	19	72	11	62	33	2	2	61	1.24
26682327--26682422	30	3.3	28	73	9	86	33	5	2	59	1.31
26682418--26682476	18	3.2	18	83	9	66	28	0	5	66	1.13
26682348--26682471	29	4.2	29	78	5	99	32	3	2	62	1.24
26682436--26682517	29	2.9	28	70	7	67	31	2	2	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26693111--26693193	39	2.1	39	95	0	148	43	20	6	30	1.76
26701147--26701197	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
26701150--26701197	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
26705802--26705852	25	2.0	25	84	0	66	41	7	17	33	1.79
26708916--26708996	40	2.0	40	100	0	162	35	27	4	32	1.78
26727519--26727558	19	2.1	19	95	0	71	12	42	2	42	1.56
26728189--26728223	6	6.0	6	96	3	63	0	68	0	31	0.90
26729731--26729800	27	2.6	27	78	12	74	45	2	0	51	1.16
26730183--26730261	30	2.6	31	93	2	133	62	0	5	32	1.17
26730856--26731017	89	1.8	89	85	5	229	40	16	8	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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