genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38714747--38715041	147	2.0	147	100	0	590	31	12	23	32	1.91
38723531--38723599	28	2.4	27	77	15	68	27	2	1	68	1.13
38724179--38724217	15	2.5	16	88	12	55	38	2	0	58	1.12
38724179--38724217	8	5.0	8	90	9	55	38	2	0	58	1.12
38726692--38726746	15	3.3	18	70	19	64	25	12	3	58	1.51
38726702--38726754	16	3.2	17	73	10	65	22	15	3	58	1.53
38726990--38727041	17	2.9	18	70	18	54	50	1	1	46	1.23
38730226--38730404	62	2.9	62	82	0	225	26	24	26	23	2.00
38738077--38738184	30	3.6	30	83	0	117	35	12	17	35	1.87
38742900--38742969	26	2.5	27	76	17	63	41	5	1	51	1.34
38742907--38742973	29	2.3	30	78	16	79	41	4	1	52	1.31
38748727--38748837	34	3.3	34	81	5	134	37	6	19	36	1.78
38748910--38749047	59	2.3	61	79	8	167	32	13	26	27	1.93
38763243--38763291	25	2.0	25	87	0	71	26	14	22	36	1.92
38765715--38765750	18	1.9	18	88	5	54	75	0	11	13	1.06
38766464--38766571	34	3.2	34	86	0	144	37	5	20	37	1.76
38770266--38770300	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
38770686--38770744	10	5.4	12	71	22	58	64	0	1	33	1.04
38770637--38770748	42	2.7	42	77	11	115	63	0	6	30	1.19
38770703--38770748	12	3.8	12	88	5	65	65	0	2	32	1.05
38770686--38770786	42	2.4	42	83	9	118	65	2	0	30	1.14
38770810--38770852	18	2.4	18	84	3	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38775052--38775096	15	3.3	14	87	12	58	64	0	8	26	1.23
38775072--38775104	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
38775059--38775100	15	3.0	15	90	10	63	61	0	7	30	1.22
38775208--38775234	12	2.2	12	100	0	54	74	7	0	18	1.05
38775220--38775331	49	2.4	47	76	17	108	56	4	7	32	1.47
38775407--38775510	11	8.9	11	65	18	50	54	4	6	33	1.48
38775470--38775516	21	2.2	21	82	10	60	61	4	4	29	1.34
38775458--38775529	23	3.3	20	73	19	65	61	2	4	31	1.29
38775553--38775632	24	3.5	24	73	16	80	46	6	10	37	1.63
38775549--38775635	43	2.0	43	100	0	174	47	6	11	34	1.67
38775549--38775621	20	3.5	20	74	17	67	49	6	8	35	1.59
38777816--38778247	174	2.5	171	81	9	509	19	22	22	35	1.96
38777827--38778231	86	4.7	86	82	9	404	19	23	21	35	1.96
38777867--38778199	44	7.7	43	70	11	216	18	23	23	35	1.96
38777828--38778241	44	9.5	43	68	16	106	20	22	22	34	1.96
38778318--38778441	64	1.9	64	90	0	194	37	12	17	32	1.88
38791567--38791830	86	3.1	86	90	0	411	26	23	24	26	2.00
38791778--38792158	134	2.8	134	91	0	611	26	20	23	29	1.99
38791886--38792082	46	4.4	46	64	10	136	25	20	23	30	1.98
38792170--38792622	44	10.2	44	74	6	236	28	16	26	28	1.97
38792166--38792622	88	5.2	89	75	5	381	28	16	26	28	1.97
38792166--38792577	132	3.1	132	95	0	716	29	16	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38801142--38801179	18	2.2	17	90	4	58	81	2	0	15	0.80
38801758--38801820	27	2.4	27	81	2	74	30	9	1	58	1.39
38801758--38801842	27	3.3	26	74	21	72	31	9	1	57	1.38
38801775--38801842	24	2.7	27	78	17	74	32	8	1	57	1.39
38802021--38802154	3	44.0	3	65	14	51	32	6	2	58	1.37
38802021--38802154	21	6.4	21	66	16	64	32	6	2	58	1.37
38802069--38802154	15	5.7	15	69	10	59	33	3	2	60	1.26
38802258--38802303	20	2.3	20	84	0	56	34	2	2	60	1.21
38802324--38802353	14	2.1	14	100	0	60	33	6	0	60	1.23
38802411--38802466	23	2.6	23	83	8	64	33	3	5	57	1.39
38802408--38802487	23	3.5	24	76	13	62	33	2	6	57	1.37
38802334--38802417	23	3.3	23	71	17	53	34	8	4	52	1.53
38802516--38802576	24	2.7	22	80	7	59	37	6	4	50	1.50
38802642--38802733	25	3.5	25	79	7	94	31	7	5	55	1.51
38820957--38821335	86	4.5	85	78	13	356	26	17	21	34	1.95
38821131--38821279	76	2.0	75	84	4	192	28	14	22	34	1.94
38822972--38823056	27	3.3	26	74	21	72	31	9	1	57	1.38
38822989--38823056	24	2.7	27	78	17	74	32	8	1	57	1.39
38823239--38823318	24	3.1	24	73	16	63	28	7	3	60	1.42
38823257--38823338	24	3.3	23	77	14	58	28	7	3	60	1.40
38823540--38823569	14	2.1	14	100	0	60	33	6	0	60	1.23
38823540--38823696	64	2.5	58	75	16	136	34	6	5	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38823627--38823684	23	2.6	23	83	8	66	34	3	5	56	1.38
38823550--38823633	23	3.3	23	73	17	62	34	8	4	52	1.53
38823812--38824006	25	8.2	25	67	19	105	31	8	5	54	1.53
38827291--38827338	20	2.5	20	86	3	62	66	2	4	27	1.21
38828248--38828301	23	2.3	23	96	3	99	33	24	7	35	1.83
38829879--38829929	16	3.2	16	80	5	59	41	1	25	31	1.67
38830094--38830214	60	2.1	57	87	4	170	51	2	0	45	1.20
38837247--38837284	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
38839127--38839165	19	2.1	19	100	0	78	25	20	20	33	1.97
38840287--38840354	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
38840590--38840624	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
38840710--38840744	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
38840573--38840820	120	2.1	120	100	0	496	48	5	2	43	1.38
38857826--38857876	20	2.5	20	78	6	59	52	0	5	41	1.25
38860841--38860883	17	2.4	17	84	7	50	67	2	4	25	1.22
38860857--38860944	19	4.7	19	72	8	65	63	3	3	29	1.27
38861281--38861445	86	1.9	86	82	3	208	33	7	17	41	1.79
38863930--38864004	31	2.5	31	91	2	116	44	13	13	29	1.82
38869077--38869128	24	2.2	25	80	16	65	59	0	9	30	1.29
38873517--38873564	3	16.3	3	83	12	64	64	0	35	0	0.94
38873518--38873560	22	2.0	21	90	4	68	67	0	32	0	0.91
38873517--38873563	25	1.9	24	91	4	76	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38874032--38874114	16	5.1	16	72	5	60	68	3	6	21	1.27
38876585--38876699	33	3.5	32	82	4	133	25	41	15	17	1.88
38882563--38882648	45	2.0	42	84	6	109	50	32	2	15	1.57
38899522--38899549	11	2.5	11	100	0	56	21	35	0	42	1.53
38905008--38905037	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
38905495--38905533	19	2.1	19	90	9	62	51	5	2	41	1.38
38905730--38905778	21	2.2	23	85	7	66	61	2	2	34	1.19
38906760--38906830	32	2.2	32	79	0	79	14	11	16	57	1.64
38909186--38909295	26	4.2	26	94	2	177	33	4	25	36	1.76
38910469--38910499	15	2.1	15	93	0	53	48	22	19	9	1.78
38910745--38910804	26	2.2	26	82	5	66	31	23	13	31	1.93
38910912--38910978	27	2.5	27	82	0	80	17	20	23	37	1.94
38914982--38915091	26	4.2	26	89	2	150	35	5	24	34	1.79
38916695--38916796	27	3.8	27	81	3	98	18	24	20	36	1.95
38919417--38919471	19	2.9	18	76	12	56	56	0	0	43	0.99
38926272--38926360	43	2.1	43	93	0	151	41	8	12	37	1.74
38928075--38928211	37	3.5	39	72	13	104	31	27	18	23	1.97
38928784--38928913	42	3.3	41	68	22	123	27	22	5	44	1.74
38928778--38928943	77	2.2	77	98	0	323	28	21	4	45	1.70
38930229--38930278	26	1.9	26	84	8	66	24	20	28	28	1.99
38930317--38930420	28	3.7	28	70	12	86	25	24	19	30	1.98
38930451--38930528	36	2.2	36	83	4	104	29	16	19	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38932377--38932420	17	2.4	19	88	7	65	38	0	0	61	0.96
38934519--38934922	226	1.8	217	81	5	504	30	5	15	47	1.69
38945908--38946009	41	2.5	40	84	7	127	37	14	16	31	1.89
38946358--38946395	5	7.6	5	100	0	76	60	39	0	0	0.97
38946453--38946491	19	2.1	19	95	0	69	38	28	15	17	1.91
38947017--38947055	19	2.0	20	85	5	53	43	7	5	43	1.55
38950645--38950756	24	4.6	24	77	4	100	25	16	30	26	1.97
38956080--38956117	14	2.7	14	95	0	67	47	13	2	36	1.56
38957991--38958035	19	2.3	20	81	14	58	37	2	6	53	1.40
38959817--38959852	18	2.1	16	90	10	54	25	0	2	72	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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