genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87054219--87054252	16	2.2	15	89	5	50	38	5	5	50	1.51
87055647--87055695	23	2.1	23	85	7	64	44	8	2	44	1.45
87060142--87060198	23	2.3	23	85	8	69	35	19	28	17	1.94
87061004--87061060	28	2.0	28	100	0	114	38	17	7	36	1.77
87067951--87068062	49	2.3	50	78	10	122	38	19	24	17	1.93
87076112--87076155	21	2.1	21	95	0	79	43	13	25	18	1.86
87076310--87076347	16	2.4	16	100	0	76	34	13	31	21	1.91
87080508--87080815	40	7.7	40	96	0	553	31	20	26	22	1.98
87086048--87086091	21	2.1	21	95	0	79	43	13	25	18	1.86
87086143--87086477	68	4.9	66	72	11	214	37	11	23	28	1.89
87087845--87088017	46	3.7	46	79	11	201	22	20	28	28	1.98
87087842--87088012	93	1.8	93	92	2	290	22	20	29	28	1.98
87092412--87092496	40	2.1	40	86	4	118	36	27	16	20	1.93
87094905--87095149	58	4.2	57	80	4	215	22	26	13	37	1.91
87094905--87095152	29	8.5	29	73	6	160	22	26	13	37	1.91
87100252--87100411	83	1.9	84	93	1	277	25	18	11	45	1.83
87107857--87107913	26	2.2	26	96	0	105	28	17	12	42	1.85
87109817--87109982	46	3.6	46	97	0	305	17	23	13	45	1.84
87109817--87110021	92	2.2	92	89	1	304	20	22	13	44	1.85
87110003--87110118	45	2.6	45	87	0	169	21	23	17	37	1.93
87113838--87113870	17	1.9	17	100	0	66	21	54	0	24	1.45
87116254--87116297	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87118627--87118668	20	2.1	20	86	0	57	23	30	16	28	1.96
87120874--87120922	22	2.2	22	85	7	64	34	12	22	30	1.91
87120975--87121068	36	2.6	36	82	3	125	25	22	28	23	1.99
87121417--87121450	17	2.0	18	88	11	54	41	8	0	50	1.34
87122516--87122541	12	2.2	12	100	0	52	26	23	7	42	1.81
87132689--87132757	34	2.0	34	100	0	138	40	14	8	36	1.77
87136990--87137040	24	2.1	24	96	0	93	50	0	11	37	1.39
87144822--87144857	18	2.0	18	100	0	72	11	5	27	55	1.57
87147316--87147383	17	4.0	17	100	0	136	41	11	11	35	1.78
87147300--87147395	34	2.8	34	83	12	124	40	11	12	35	1.79
87147324--87147404	17	4.4	21	77	22	69	41	8	14	34	1.77
87147374--87147418	23	2.0	22	82	4	54	42	2	17	37	1.62
87147685--87147719	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
87147734--87147778	14	3.4	14	75	12	58	26	6	0	66	1.16
87147732--87147783	26	2.0	26	96	3	97	26	7	0	65	1.20
87156193--87156491	78	3.8	78	88	3	420	32	17	24	25	1.97
87156521--87156690	89	1.9	89	90	0	268	28	13	30	27	1.94
87156431--87156687	134	1.9	136	83	7	335	29	15	28	26	1.96
87156431--87156691	45	5.8	45	78	7	260	29	15	28	26	1.96
87157055--87157152	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
87157055--87157145	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
87157433--87157469	19	2.0	18	89	5	56	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87162615--87162725	47	2.4	47	81	6	145	35	22	16	26	1.95
87163548--87163596	24	2.0	24	100	0	98	8	16	0	75	1.03
87169903--87170010	47	2.3	47	82	6	139	35	20	17	26	1.95
87170771--87170799	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
87182002--87182048	22	2.2	21	84	3	58	40	27	29	2	1.68
87187486--87187519	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
87188184--87188216	10	3.2	11	87	12	52	21	0	0	78	0.75
87190835--87190870	18	1.9	19	88	5	56	50	19	11	19	1.77
87192817--87192877	25	2.4	26	89	8	90	16	3	3	77	1.04
87192882--87192925	4	10.5	4	83	9	52	18	2	2	77	0.98
87192867--87192922	26	2.1	26	87	9	78	14	5	3	76	1.09
87192882--87192922	13	3.2	13	85	0	64	17	2	2	78	0.98
87192963--87193068	21	4.9	22	82	12	121	45	0	0	53	1.06
87193128--87193219	23	3.9	22	77	13	78	39	0	1	59	1.04
87193132--87193201	22	3.1	22	78	10	70	40	0	1	58	1.07
87193175--87193213	16	2.4	17	91	8	64	38	0	0	61	0.96
87193203--87193256	21	2.5	21	77	14	56	37	3	3	55	1.35
87196594--87196667	30	2.5	30	84	0	85	28	20	25	25	1.99
87207776--87207830	20	2.5	23	77	14	71	36	1	0	61	1.06
87208086--87208158	34	2.1	34	82	9	87	56	0	1	42	1.08
87208203--87208294	24	3.7	26	75	12	77	73	5	7	13	1.22
87208284--87208350	28	2.3	29	82	2	82	62	4	7	25	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87208285--87208353	29	2.5	27	79	6	75	59	7	7	26	1.50
87211832--87211895	32	2.0	32	93	6	112	59	7	10	21	1.56
87232647--87232693	19	2.4	20	96	3	87	23	10	17	48	1.77
87236282--87236311	12	2.5	12	94	0	51	40	10	16	33	1.82
87237746--87237824	27	3.4	22	68	28	56	63	6	2	27	1.32
87252567--87252615	21	2.3	21	100	0	98	44	12	12	30	1.78
87276534--87276569	18	2.0	18	94	0	63	58	0	8	33	1.28
87287074--87287268	46	4.3	46	65	13	134	31	24	18	24	1.98
87287041--87287383	135	2.6	134	94	1	589	29	23	20	26	1.99
87287389--87287888	88	5.7	89	76	5	444	30	26	16	26	1.97
87287391--87287888	132	3.8	132	96	0	890	30	26	16	26	1.97
87302663--87302972	157	2.0	157	86	3	437	34	20	18	27	1.95
87305142--87305309	89	1.9	89	86	4	241	50	4	3	41	1.41
87305234--87305279	19	2.4	19	81	3	56	54	2	0	43	1.12
87305230--87305287	26	2.2	27	81	3	64	53	1	1	43	1.21
87308368--87308395	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
87313560--87313697	57	2.4	57	82	11	158	26	28	14	30	1.95
87318069--87318130	31	2.0	31	90	0	97	25	27	22	24	2.00
87319733--87319758	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
87326896--87327496	120	5.0	120	96	0	990	42	1	4	51	1.30
87327329--87327384	15	4.1	13	76	14	51	42	0	1	55	1.10
87327333--87327375	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87327453--87327494	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
87327444--87327485	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
87327711--87327762	16	3.2	16	94	0	95	36	36	0	26	1.57
87341142--87341198	21	2.7	21	81	13	71	22	33	7	36	1.81
87342756--87342846	25	3.6	25	86	0	110	29	19	28	21	1.98
87345763--87345873	42	2.6	42	87	2	152	30	26	12	30	1.93
87346021--87346107	31	2.8	31	86	6	122	26	28	18	26	1.98
87351952--87351993	17	2.5	17	100	0	84	33	19	11	35	1.88
87353532--87353571	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
87360309--87360372	32	1.9	35	87	9	98	50	12	7	29	1.68
87360438--87360561	60	2.1	60	92	0	203	33	20	12	33	1.89
87366063--87366108	24	1.9	24	86	8	67	26	2	2	69	1.11
87368389--87368416	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
87373316--87373444	50	2.5	51	90	5	199	35	17	22	24	1.95
87373420--87373568	31	4.8	31	91	0	235	26	20	27	26	1.99
87373587--87373749	47	3.6	47	83	8	171	28	15	26	29	1.96
87373680--87373793	42	2.7	43	89	4	169	30	14	26	28	1.95
87374926--87374989	25	2.8	21	78	19	74	45	0	3	51	1.17
87374942--87374991	25	2.0	25	96	0	91	46	0	4	50	1.20
87381821--87381870	27	1.9	26	84	8	66	30	6	4	60	1.39
87396846--87396923	25	3.2	25	87	5	99	17	24	17	39	1.91
87396866--87396942	22	3.4	22	85	5	91	18	23	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87405017--87405066	25	2.0	25	96	0	91	40	14	12	34	1.82
87407030--87407076	20	2.1	21	85	14	60	61	0	4	34	1.15
87407123--87407160	19	2.1	18	90	5	58	60	0	0	39	0.97
87407466--87407522	19	2.8	20	79	15	62	24	1	3	70	1.13
87407491--87407528	19	2.1	18	90	9	60	26	0	0	73	0.83
87408826--87408852	14	1.9	14	100	0	54	51	18	0	29	1.46
87410297--87410347	26	2.0	26	84	0	66	33	11	7	47	1.69
87417890--87417933	22	2.0	22	82	8	54	38	6	4	50	1.50
87418385--87418409	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
87418540--87418591	9	5.8	9	95	0	95	36	30	9	23	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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