genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36017506--36017535	14	2.1	14	100	0	60	13	13	6	66	1.43
36017519--36017629	54	2.0	56	91	6	183	27	16	17	39	1.90
36020007--36020054	24	1.9	26	84	16	66	35	0	6	58	1.23
36020098--36020136	21	1.9	20	89	5	60	23	2	10	64	1.37
36036929--36037000	28	2.6	28	88	0	99	27	27	12	31	1.93
36040072--36040117	18	2.6	18	85	0	65	15	39	30	15	1.88
36045083--36045146	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
36045530--36045571	12	3.3	13	80	12	52	38	7	0	54	1.28
36048780--36048809	11	2.7	11	94	0	51	10	20	16	53	1.71
36048934--36048988	18	3.0	18	78	7	58	5	18	0	76	0.97
36048934--36048987	19	2.9	18	78	10	65	5	16	0	77	0.94
36053184--36053259	40	1.9	40	86	0	107	32	35	14	17	1.90
36062902--36062951	25	2.0	26	88	11	77	44	2	0	54	1.11
36065107--36065154	23	2.2	21	78	10	51	33	2	22	41	1.66
36077393--36077445	24	2.2	23	78	15	54	56	3	5	33	1.41
36079358--36079409	24	2.2	24	82	6	61	63	5	0	30	1.18
36079370--36079416	24	1.9	25	86	4	69	61	6	0	31	1.21
36079400--36079426	12	2.2	12	100	0	54	70	7	0	22	1.12
36081766--36081805	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
36085595--36085743	41	3.6	42	74	10	137	36	29	18	15	1.91
36085668--36085809	66	2.2	66	84	0	185	38	28	18	14	1.89
36085710--36085768	25	2.4	25	82	0	73	40	32	15	11	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36085737--36085888	41	3.7	41	91	1	216	38	26	22	12	1.90
36085650--36085847	107	1.9	107	81	2	245	38	28	20	13	1.90
36085592--36085888	148	2.0	148	81	2	346	37	28	19	14	1.91
36108822--36108874	21	2.5	20	85	8	70	56	0	1	41	1.10
36108791--36108874	10	8.6	10	70	17	61	52	1	2	44	1.21
36108791--36108901	58	1.9	57	83	5	143	51	0	1	45	1.17
36108877--36108965	25	3.8	25	81	14	125	43	0	0	56	0.99
36108879--36108965	45	1.9	45	100	0	174	44	0	0	55	0.99
36108893--36108961	20	3.2	20	67	25	59	46	0	0	53	1.00
36108879--36108943	10	7.0	10	80	16	86	47	0	0	52	1.00
36108884--36108974	13	7.7	12	74	10	73	45	0	1	53	1.07
36111892--36111928	13	2.9	13	96	4	67	21	40	13	24	1.89
36113107--36113154	25	1.9	25	82	0	60	33	31	0	35	1.58
36113523--36113554	11	2.8	12	86	13	50	0	25	0	75	0.81
36115402--36115460	30	2.0	30	83	6	75	52	0	0	47	1.00
36116704--36116744	6	7.2	6	86	10	59	48	2	0	48	1.14
36116704--36116746	16	2.5	17	88	7	61	48	2	0	48	1.14
36116776--36116810	6	5.8	6	96	0	61	11	85	0	2	0.69
36117413--36117461	25	2.0	24	96	4	89	42	0	0	57	0.99
36123356--36123409	19	2.8	20	86	5	67	25	18	7	48	1.74
36123534--36123588	24	2.3	24	84	6	67	54	16	21	7	1.66
36123723--36123879	83	1.9	83	89	0	242	29	33	15	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36131605--36131811	45	4.7	43	69	11	141	31	19	24	23	1.98
36131605--36131971	133	2.8	133	85	0	484	31	20	23	25	1.98
36131919--36132074	44	3.5	44	75	13	133	29	22	20	27	1.98
36137710--36137776	33	2.0	33	94	0	116	29	7	19	43	1.78
36153817--36153863	21	2.2	21	85	11	60	17	31	40	10	1.83
36158112--36158186	37	2.0	37	84	0	96	57	5	10	26	1.54
36158413--36158437	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
36158544--36158614	3	24.3	3	81	11	85	66	1	1	30	1.09
36159928--36160408	44	10.9	44	77	6	456	29	27	16	27	1.97
36159928--36160413	132	3.7	132	96	0	873	29	26	16	27	1.97
36165344--36165875	266	2.0	266	96	0	974	23	25	18	32	1.97
36167844--36167868	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
36167976--36168041	3	22.3	3	78	9	73	66	1	1	30	1.10
36172974--36173007	18	1.9	17	88	5	50	44	8	5	41	1.60
36179440--36179754	130	2.4	128	79	6	328	27	18	15	37	1.91
36179513--36179754	130	1.9	130	86	1	351	24	19	18	38	1.93
36181250--36181286	5	7.6	5	82	17	51	21	21	16	40	1.91
36181250--36181296	24	2.0	24	100	0	94	21	21	14	42	1.88
36181244--36181281	19	2.0	19	94	0	67	23	21	13	42	1.88
36182759--36182791	7	4.7	7	100	0	66	45	15	0	39	1.46
36184704--36184927	45	5.1	44	70	7	141	31	20	23	24	1.98
36184668--36185590	132	7.0	130	82	5	988	29	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36184680--36185606	131	7.1	129	84	3	1002	29	18	24	27	1.98
36184691--36185606	260	3.5	260	88	3	1128	29	18	25	27	1.98
36185786--36187096	44	29.8	44	87	1	1739	27	15	31	26	1.95
36189777--36190032	130	2.0	129	85	2	352	26	18	18	36	1.94
36191283--36191338	26	2.2	26	83	0	67	62	1	5	30	1.28
36192575--36192634	10	6.0	10	82	7	77	70	1	5	23	1.16
36192589--36192666	20	3.9	20	74	12	70	65	3	2	28	1.23
36193300--36193481	96	1.9	97	89	3	287	30	26	15	27	1.96
36194274--36194307	14	2.5	14	90	4	52	76	0	2	20	0.92
36200673--36200718	10	4.6	10	89	10	60	69	2	6	21	1.22
36204870--36204899	12	2.5	12	94	0	51	13	23	20	43	1.86
36205413--36205620	91	2.3	91	86	2	274	45	4	3	46	1.41
36205650--36205681	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
36205674--36205886	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
36205636--36205928	120	2.4	120	92	2	482	42	2	5	50	1.36
36205757--36205791	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
36205877--36205911	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
36205865--36206139	147	1.9	149	95	1	500	47	2	3	46	1.33
36206024--36206058	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
36206220--36206314	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
36206295--36206346	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
36206466--36206533	16	4.2	16	98	0	127	26	0	35	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36206769--36206803	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
36206663--36206971	157	2.0	158	94	0	539	44	3	4	47	1.42
36220051--36220091	16	2.6	16	96	0	73	31	7	34	26	1.84
36220507--36220559	19	2.8	19	100	0	106	32	9	9	49	1.67
36220897--36220931	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
36220946--36221009	20	3.2	20	66	24	53	32	17	9	40	1.81
36220935--36221115	40	4.5	40	90	0	281	32	16	8	43	1.78
36231231--36231311	34	2.4	34	83	4	92	28	8	17	45	1.78
36231409--36231606	44	4.5	44	87	0	252	24	23	21	30	1.99
36233252--36233280	13	2.1	14	93	6	51	82	0	6	10	0.83
36236279--36236313	18	2.0	18	88	5	54	60	5	0	34	1.21
36245969--36246012	23	1.9	23	86	9	63	59	6	0	34	1.24
36248034--36248281	132	1.9	131	83	2	327	25	24	19	29	1.98
36248273--36248710	44	9.9	44	67	7	188	27	24	18	29	1.98
36248263--36248804	178	3.1	174	85	5	714	27	24	18	29	1.98
36258173--36258229	28	2.0	28	96	0	105	33	10	14	42	1.79
36259783--36259998	3	70.7	3	73	13	147	29	5	2	62	1.32
36263197--36263235	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
36265480--36265528	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
36267690--36267747	30	2.0	29	82	3	71	29	13	24	32	1.94
36268933--36269040	26	4.2	26	91	0	171	32	7	23	37	1.82
36270481--36270551	26	2.7	26	80	4	70	35	21	11	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36270661--36270800	54	2.6	53	90	2	208	17	22	23	36	1.95
36270661--36270800	27	5.2	27	82	6	169	17	22	23	36	1.95
36277019--36277124	26	4.1	26	93	0	176	33	7	22	35	1.83
36279763--36279800	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
36280030--36280200	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
36280025--36280197	46	3.7	46	76	10	181	30	28	20	20	1.98
36281532--36281672	27	5.2	26	81	6	165	17	22	24	36	1.95
36281532--36281690	54	3.0	53	85	6	205	18	23	22	35	1.95
36281532--36281690	27	5.9	27	79	11	148	18	23	22	35	1.95
36283469--36283566	18	5.4	18	77	2	90	41	13	9	35	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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