genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319854--2319878	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2320299--2320327	14	2.1	14	100	0	58	13	20	6	58	1.58
2337809--2337935	47	2.7	47	98	0	245	22	20	30	26	1.98
2339731--2339881	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
2346889--2347008	53	2.3	53	94	0	204	28	25	18	27	1.98
2362907--2362938	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2385370--2385598	125	1.8	125	92	3	390	40	16	15	27	1.88
2386239--2386270	17	1.9	17	93	6	57	59	0	3	37	1.13
2386288--2386329	14	2.9	14	89	3	57	66	2	2	28	1.16
2414643--2414886	126	1.9	126	90	3	384	41	15	15	27	1.87
2415516--2415547	17	1.9	17	93	6	57	59	0	3	37	1.13
2415565--2415607	15	2.9	15	89	3	61	67	2	2	27	1.15
2416613--2416648	17	2.3	15	90	9	54	8	0	47	44	1.33
2450394--2450429	6	6.0	6	100	0	72	16	0	50	33	1.46
2456898--2456950	25	2.3	23	84	15	65	60	3	5	30	1.37
2457198--2457369	59	2.9	60	82	3	179	23	23	9	43	1.82
2457198--2457370	60	2.9	59	80	7	172	23	23	9	43	1.82
2458368--2458426	29	2.1	28	81	6	66	20	15	3	61	1.48
2471444--2471472	14	2.1	14	100	0	58	44	13	20	20	1.85
2480183--2480223	20	2.0	21	90	4	66	75	0	24	0	0.80
2482158--2482338	46	4.0	46	88	2	240	40	14	23	21	1.90
2497012--2497090	38	2.1	37	86	6	106	21	21	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2497062--2497336	43	6.4	43	89	0	374	13	23	32	30	1.93
2502348--2502392	22	2.0	23	95	4	83	42	22	17	17	1.89
2502595--2502674	28	2.8	28	86	1	106	45	32	3	18	1.68
2517884--2517998	44	2.6	45	84	5	144	36	13	22	27	1.91
2520652--2520802	53	2.8	53	88	4	205	29	27	16	26	1.97
2522467--2522593	42	3.0	42	79	8	136	28	25	14	30	1.95
2522552--2522675	47	2.7	46	84	2	158	29	26	16	28	1.97
2522693--2522872	31	5.8	31	88	5	265	26	27	19	27	1.99
2526384--2526540	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
2526457--2526823	46	7.6	46	86	7	437	29	22	14	34	1.93
2526500--2526817	52	6.3	52	86	7	417	28	22	13	34	1.93
2526457--2526809	196	1.8	196	92	0	598	28	22	14	34	1.93
2526457--2526823	98	3.7	97	84	9	492	29	22	14	34	1.93
2529944--2530138	49	4.0	49	93	0	309	30	29	15	24	1.96
2531396--2531552	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
2531469--2531835	46	7.6	46	86	7	437	29	22	14	34	1.93
2531512--2531829	52	6.3	52	86	7	417	28	22	13	34	1.93
2531469--2531821	196	1.8	196	92	0	598	28	22	14	34	1.93
2531469--2531835	98	3.7	97	84	9	492	29	22	14	34	1.93
2542425--2542466	9	4.6	9	77	16	50	57	0	2	40	1.12
2543969--2544028	24	2.5	24	86	5	77	30	0	13	56	1.37
2560406--2560433	10	2.8	10	100	0	56	0	57	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561592--2561638	24	2.0	24	83	8	60	48	8	4	38	1.53
2561713--2561755	21	2.0	22	90	4	70	44	0	2	53	1.13
2561713--2561771	22	2.7	22	85	12	70	45	1	1	50	1.21
2562173--2562231	28	2.1	28	81	12	68	50	6	5	37	1.51
2562607--2562660	27	2.0	27	82	7	65	38	3	0	57	1.17
2564939--2564968	9	3.2	9	90	9	51	43	0	13	43	1.43
2564939--2564978	19	2.1	19	85	0	53	40	0	12	47	1.41
2565488--2565535	24	2.0	24	100	0	96	45	4	16	33	1.67
2568541--2568582	19	2.4	17	81	14	50	33	0	14	52	1.42
2572430--2572457	6	4.7	6	100	0	56	17	35	17	28	1.93
2574029--2574105	38	2.0	38	94	0	136	45	7	16	29	1.76
2581120--2581178	26	2.3	26	83	11	70	47	1	1	49	1.21
2584570--2584603	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2587689--2587734	15	2.8	16	83	12	58	19	10	0	69	1.17
2590606--2590664	16	3.6	17	74	19	63	57	3	3	35	1.32
2591694--2591813	48	2.5	48	98	0	231	37	19	0	43	1.51
2593411--2593438	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
2596065--2596125	31	2.0	31	90	0	95	34	11	6	47	1.66
2611336--2611368	15	2.2	15	100	0	66	75	0	0	24	0.80
2629222--2629412	39	4.9	39	85	3	208	20	21	29	28	1.98
2632025--2632152	21	6.0	21	78	4	114	14	21	25	38	1.92
2632024--2632152	65	2.0	64	89	1	195	14	20	25	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2632025--2632152	44	3.0	42	74	7	125	14	21	25	38	1.92
2634742--2634820	7	10.6	7	71	22	54	46	1	1	50	1.17
2634743--2634828	20	4.4	20	71	14	72	48	1	1	48	1.16
2634784--2634828	17	2.8	17	80	6	58	53	0	0	46	1.00
2635946--2636003	29	1.9	31	89	6	93	20	22	15	41	1.90
2638415--2638547	46	2.9	47	81	3	162	29	24	23	23	1.99
2654428--2654469	18	2.3	18	87	0	66	59	11	11	16	1.61
2660004--2660034	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
2669704--2669737	11	3.0	11	87	8	50	0	17	0	82	0.67
2669911--2669983	29	2.6	29	80	6	87	36	4	5	53	1.43
2670228--2670292	29	2.2	29	91	2	94	40	12	9	38	1.75
2683084--2683116	9	3.6	9	95	4	57	12	0	0	87	0.53
2692319--2692348	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
2702862--2702980	59	2.0	59	96	0	220	23	20	2	53	1.57
2706851--2706897	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
2714992--2715043	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
2715280--2715314	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2715238--2715310	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
2715427--2715461	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2715199--2715473	147	1.9	149	95	1	500	46	2	2	47	1.31
2715447--2715625	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
2715547--2715581	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715657--2715688	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2715410--2715702	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
2717459--2717505	19	2.4	19	96	3	85	44	21	4	29	1.71
2718197--2718231	14	2.4	14	95	4	61	65	0	25	8	1.21
2718207--2718251	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
2722446--2722543	48	2.0	48	100	0	196	37	12	29	20	1.89
2726650--2726724	39	1.9	39	97	0	141	28	22	5	44	1.75
2735838--2735877	20	2.0	20	95	0	71	27	10	10	52	1.66
2735823--2735889	34	1.9	35	87	3	100	32	8	10	47	1.69
2736080--2736173	26	3.7	25	67	14	66	51	7	6	35	1.56
2736056--2736161	51	2.1	51	98	0	203	48	9	4	37	1.57
2736466--2736687	111	2.0	111	100	0	444	39	15	11	33	1.83
2746675--2746810	68	2.0	68	100	0	272	38	19	10	32	1.85
2753395--2753419	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2753498--2753541	22	2.0	22	86	13	63	61	0	2	36	1.09
2757593--2757742	52	2.8	53	86	6	187	30	26	16	26	1.96
2757624--2757757	52	2.6	52	88	4	173	29	25	16	28	1.97
2758182--2758220	20	2.0	20	85	10	53	33	12	0	53	1.39
2765073--2765257	53	3.7	47	81	11	142	28	28	17	25	1.98
2765108--2765272	53	3.1	53	87	6	212	30	27	15	26	1.96
2771019--2771194	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
2772322--2772546	40	5.7	40	86	5	287	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773994--2774034	4	10.2	4	100	0	82	75	0	24	0	0.80
2774711--2774754	18	2.5	17	82	7	52	63	4	4	27	1.33
2779946--2780121	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
2779943--2780114	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
2781763--2781819	29	1.9	29	82	3	69	26	22	8	42	1.83
2782694--2783345	135	4.8	135	90	2	968	26	21	20	30	1.98
2782862--2783067	45	4.5	45	67	13	125	27	22	19	30	1.98
2782741--2783345	273	2.2	269	92	1	1005	27	21	20	30	1.98
2798643--2798806	52	3.1	53	92	4	280	48	9	20	21	1.78
2799926--2800146	40	5.7	40	83	8	251	25	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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