Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  32  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11900919--11900957
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11918146--11918228
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Period
Size
Copy
Number
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Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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2.0
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0
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5
47
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
T
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(0-2)
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0
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55
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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(0-2)
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13
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12085478--12085505
13
2.2
13
100
0
56
39
10
14
35
1.81
12091423--12091463
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
12097000--12097029
14
2.1
14
93
0
51
46
36
0
16
1.47
12110032--12110118
46
1.9
45
95
4
158
37
9
13
39
1.77
12111385--12111445
30
2.0
30
96
0
113
32
14
6
45
1.71
12112900--12113500
131
4.6
129
79
3
562
27
20
17
33
1.95
12112900--12113494
260
2.3
263
81
4
675
28
20
18
33
1.96
12125956--12126098
73
2.0
74
82
8
177
41
6
2
48
1.43
12127887--12127954
10
6.7
10
70
20
52
35
1
1
61
1.14
12127887--12127954
20
3.4
19
74
22
59
35
1
1
61
1.14
12129423--12129453
14
2.1
15
94
5
55
38
0
0
61
0.96
12142178--12142329
43
3.5
43
88
0
241
31
30
24
13
1.94
12142322--12142429
38
2.8
38
90
0
153
28
27
23
20
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12145276--12145338
30
2.1
30
88
5
92
58
12
4
23
1.53
12145790--12145875
26
3.3
27
75
8
88
45
1
1
52
1.16
12146732--12146800
31
2.3
31
87
7
97
42
0
7
50
1.30
12147549--12147596
17
2.7
18
78
18
55
56
4
6
33
1.44
12175858--12175966
54
2.0
54
100
0
218
50
14
14
20
1.78
12179908--12179968
32
2.0
31
84
12
81
45
13
18
22
1.83
12183786--12184268
232
2.1
235
93
1
830
42
14
15
26
1.86
12186766--12186796
15
2.1
15
100
0
62
12
22
6
58
1.58
12188001--12188130
68
1.9
70
83
12
171
58
7
0
33
1.32
12188110--12188150
19
2.2
19
86
0
55
65
2
0
31
1.05
12202961--12203002
21
2.0
21
86
9
59
16
38
0
45
1.48
12203787--12204388
322
1.9
321
90
0
961
46
9
13
30
1.75
12225314--12225396
21
3.9
21
83
3
85
36
26
22
14
1.93
12226363--12226398
13
2.8
14
84
16
51
27
25
0
47
1.52
12226350--12226390
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53
12226513--12226647
39
3.4
38
72
11
94
28
27
20
24
1.99
12226887--12226925
18
2.1
19
90
4
62
48
10
0
41
1.37
12228246--12228302
5
11.0
5
75
14
53
54
0
3
42
1.17
12228245--12228300
12
4.5
12
79
16
60
53
0
3
42
1.18
12233037--12233071
18
1.9
18
88
0
52
31
2
2
62
1.24
12240429--12240500
36
2.0
36
100
0
144
44
13
13
27
1.82
12242728--12242771
15
3.0
15
84
12
56
56
13
0
29
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12243462--12243513
24
2.2
24
89
0
77
55
9
1
32
1.43
12245431--12245482
24
2.2
24
89
0
77
55
9
1
32
1.43
12247403--12247460
30
2.0
29
86
3
80
48
5
1
44
1.35
12248775--12248854
40
2.0
40
100
0
160
35
10
17
37
1.83
12256624--12256817
96
2.0
96
87
4
275
12
32
18
36
1.88
12264911--12265025
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
12264911--12265044
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
12280136--12280201
27
2.4
27
80
12
64
9
12
3
75
1.14
12282243--12282305
30
2.1
30
93
0
108
25
4
12
57
1.55
12282379--12282425
17
2.6
19
76
10
53
27
0
6
65
1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318