genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93007722--93007773	19	2.7	20	84	6	70	32	1	38	26	1.68
93008052--93008240	73	2.6	73	77	5	191	38	19	16	25	1.92
93008858--93008894	15	2.5	15	91	4	58	27	2	24	45	1.66
93009067--93009122	29	1.9	29	96	0	103	19	7	37	35	1.79
93009700--93009854	41	3.8	41	89	1	222	23	21	19	35	1.96
93018744--93018875	35	3.6	35	74	16	124	25	20	21	33	1.97
93018711--93018922	40	5.6	38	71	18	138	25	20	21	32	1.97
93018699--93018928	75	3.1	74	89	3	318	27	20	20	31	1.97
93022826--93023054	51	4.5	51	77	3	167	30	27	16	26	1.97
93025736--93025928	104	1.9	103	87	1	287	30	15	30	24	1.96
93025902--93026022	65	1.9	64	86	5	172	34	14	26	23	1.94
93026000--93026031	16	2.0	16	93	0	55	31	21	25	21	1.98
93027367--93027419	25	2.1	26	89	3	81	20	11	7	60	1.55
93031624--93031685	29	2.1	29	90	0	97	33	9	11	45	1.73
93033278--93033315	11	3.5	11	82	7	51	60	0	0	39	0.97
93033280--93033322	10	4.3	10	82	8	52	62	0	0	37	0.95
93033279--93033324	21	2.2	21	88	7	67	65	0	0	34	0.93
93033460--93033506	23	2.0	23	83	4	58	46	0	0	53	1.00
93035055--93035134	39	2.1	39	95	0	142	25	18	20	36	1.95
93042571--93042604	2	17.5	2	93	6	61	0	50	0	50	1.00
93043927--93043961	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
93056063--93056093	15	2.1	14	94	5	53	29	3	0	67	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93058003--93058190	92	2.0	92	100	0	376	51	11	11	25	1.71
93067325--93067362	18	2.1	18	100	0	76	31	15	21	31	1.94
93073453--93073630	34	5.5	33	74	14	138	50	16	9	23	1.74
93074076--93074105	5	6.0	5	100	0	60	0	20	0	80	0.72
93074432--93074477	23	2.0	23	82	0	56	15	19	0	65	1.28
93074614--93075502	460	1.9	458	82	4	1119	32	13	16	37	1.88
93075740--93075785	6	7.2	6	81	13	56	67	0	19	13	1.23
93083004--93083070	16	4.4	16	70	21	54	68	4	4	22	1.26
93082998--93083076	29	2.8	28	72	12	72	67	6	3	22	1.30
93084891--93084923	13	2.4	14	90	5	50	24	0	3	72	0.98
93085646--93085683	17	2.2	17	100	0	76	36	13	15	34	1.87
93086169--93086233	18	3.6	18	79	6	69	40	16	7	35	1.78
93086561--93086617	24	2.3	24	79	8	62	38	15	0	45	1.47
93087586--93087619	17	2.1	15	89	10	50	0	35	0	64	0.94
93087935--93087969	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
93088441--93088496	26	2.2	24	84	12	69	8	7	3	80	1.01
93095631--93095669	13	2.9	14	77	14	55	41	20	0	38	1.53
93097136--93097191	21	2.6	22	83	8	62	46	0	5	48	1.25
93101950--93102015	20	3.4	19	84	16	82	36	1	7	54	1.38
93102465--93102555	36	2.5	36	98	0	173	65	2	5	26	1.25
93102490--93102552	20	3.3	20	65	24	55	63	1	6	28	1.28
93102806--93102861	24	2.3	24	84	6	69	23	1	5	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93102977--93103016	21	2.0	21	85	14	57	30	2	7	60	1.38
93106004--93106072	21	3.3	19	72	18	57	42	2	0	55	1.15
93106025--93106085	30	2.0	30	84	12	81	42	3	0	54	1.17
93106014--93106063	23	2.2	23	79	10	59	42	2	0	56	1.11
93107135--93107180	23	2.0	24	86	4	67	58	6	0	34	1.24
93107344--93107383	21	2.0	20	85	14	55	47	0	2	50	1.14
93113596--93113626	10	3.1	10	95	0	53	83	0	3	12	0.75
93115160--93115216	30	1.9	30	85	3	80	42	0	3	54	1.17
93118710--93118947	107	2.3	105	81	5	266	24	6	18	50	1.71
93123541--93123617	21	3.7	20	74	6	64	38	37	6	16	1.75
93124178--93124207	7	4.3	7	100	0	60	26	30	0	43	1.55
93130512--93130557	21	2.2	21	92	0	74	34	19	26	19	1.96
93131795--93131824	14	2.1	14	100	0	60	30	6	20	43	1.77
93138289--93138318	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
93139680--93139813	45	3.0	45	82	2	146	32	17	23	26	1.96
93140088--93140145	20	2.9	21	79	5	66	17	34	29	18	1.94
93140673--93140709	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
93154549--93154591	19	2.2	20	87	4	61	30	18	4	46	1.69
93163030--93163143	45	2.6	44	81	4	113	33	18	18	29	1.95
93163163--93163247	44	1.9	44	82	0	107	29	20	24	25	1.99
93162838--93163261	227	1.9	225	85	5	595	32	18	20	28	1.96
93164799--93164843	22	2.0	22	86	0	63	26	4	4	64	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93164807--93164849	22	2.1	22	87	12	65	25	0	6	67	1.15
93177230--93177271	17	2.2	20	84	12	54	35	4	4	54	1.42
93177256--93177308	27	1.9	28	88	11	83	33	0	1	64	1.05
93177752--93177819	21	3.2	20	74	12	57	41	26	5	26	1.78
93182740--93182804	29	2.2	29	84	10	80	27	6	4	61	1.40
93184388--93184431	22	2.0	22	86	4	61	13	11	18	56	1.66
93185632--93185689	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
93186218--93186279	20	3.0	20	78	2	52	0	46	3	50	1.17
93189087--93189123	19	1.9	19	100	0	74	56	21	5	16	1.59
93191558--93191601	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
93191625--93191666	15	2.7	16	85	14	61	57	0	2	40	1.12
93191812--93191856	23	1.9	24	86	4	65	24	15	4	55	1.59
93192208--93192246	14	2.8	13	88	7	51	30	23	7	38	1.83
93193207--93193237	15	2.1	15	93	0	53	58	22	0	19	1.40
93194365--93194408	21	2.1	21	82	0	52	36	9	11	43	1.72
93204025--93204100	2	38.5	2	72	7	57	0	60	2	36	1.11
93204031--93204096	14	4.7	14	80	12	73	0	62	3	34	1.11
93204018--93204100	30	2.8	30	82	8	100	0	62	2	34	1.08
93204029--93204100	24	3.2	22	79	9	74	0	61	2	36	1.11
93226529--93226625	33	2.9	33	95	0	167	28	40	9	21	1.84
93231412--93231451	20	2.0	20	85	0	53	30	7	20	42	1.79
93243783--93243835	16	3.3	16	76	10	63	50	1	32	15	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93246598--93246622	12	2.1	12	100	0	50	20	0	0	80	0.72
93248397--93248427	4	7.5	4	96	3	53	48	3	22	25	1.66
93249054--93249117	27	2.4	27	86	0	83	25	7	32	34	1.84
93250571--93250621	25	2.0	25	100	0	102	25	23	11	39	1.89
93250627--93250774	24	6.0	24	69	3	80	19	28	18	33	1.96
93250739--93250803	25	2.7	24	78	7	69	24	24	15	35	1.94
93250767--93250823	25	2.3	25	84	6	71	28	26	15	29	1.96
93251868--93251906	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
93251885--93252019	42	3.1	42	66	22	116	44	42	0	13	1.43
93251855--93252035	88	2.1	88	98	0	353	44	40	0	14	1.46
93253185--93253256	25	2.8	25	81	8	83	36	4	4	55	1.38
93253563--93253605	21	2.0	21	81	0	50	34	9	9	46	1.68
93253804--93253834	13	2.3	14	94	5	55	25	0	16	58	1.38
93258929--93259094	53	3.1	54	84	9	191	31	27	14	26	1.95
93260918--93260944	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
93267601--93267664	28	2.4	28	73	17	64	40	4	7	46	1.53
93300109--93300408	73	4.2	70	79	6	298	26	16	24	33	1.96
93300109--93300413	142	2.1	145	85	6	406	26	16	23	33	1.96
93300404--93300439	14	2.6	14	95	0	63	22	25	0	52	1.47
93300532--93300952	128	3.2	128	87	7	619	32	16	19	31	1.94
93300652--93300924	139	2.0	140	94	0	476	35	16	17	30	1.92
93301754--93301792	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93301771--93301905	42	3.1	42	66	22	116	44	42	0	13	1.43
93301741--93301921	88	2.1	88	98	0	353	44	40	0	14	1.46
93303069--93303140	25	2.8	25	81	8	83	36	4	4	55	1.38
93303447--93303489	21	2.0	21	81	0	50	34	9	9	46	1.68
93303688--93303718	13	2.3	14	94	5	55	25	0	16	58	1.38
93311284--93311335	24	2.2	24	85	0	68	34	5	5	53	1.49
93313960--93314005	21	2.2	21	88	0	65	69	6	4	19	1.28
93314103--93314150	19	2.6	19	87	9	64	31	2	0	66	1.03
93314717--93314789	23	3.2	21	79	11	67	52	2	0	45	1.15
93326204--93326243	22	1.9	20	85	10	53	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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