genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7734798--7734839	20	2.2	19	83	12	50	2	14	11	71	1.24
7738675--7738726	16	3.3	15	84	10	59	48	5	17	28	1.70
7744668--7744725	29	2.0	29	96	0	107	50	24	8	17	1.74
7747598--7747769	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
7747591--7747766	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
7753669--7753934	131	2.0	131	84	0	343	34	19	18	27	1.95
7754927--7754969	10	4.3	10	81	0	50	46	4	9	39	1.57
7757204--7757378	46	3.8	46	77	13	187	30	29	18	20	1.97
7757212--7757382	93	1.8	93	89	2	272	30	29	19	20	1.97
7760647--7760684	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
7762580--7762715	46	3.0	46	92	0	218	38	15	23	22	1.92
7772718--7772762	21	2.1	21	84	8	56	53	2	0	44	1.13
7790225--7790276	26	2.0	27	92	3	88	44	21	17	17	1.87
7792571--7792600	16	1.9	16	93	6	53	60	10	0	30	1.30
7795287--7795324	20	2.0	19	85	10	51	21	7	5	65	1.38
7796407--7796440	14	2.2	16	90	10	54	73	0	0	26	0.83
7801358--7801397	21	1.9	21	89	0	62	0	25	12	62	1.30
7803245--7803272	14	2.0	14	100	0	56	14	28	7	50	1.69
7819251--7819290	21	1.9	21	85	10	55	37	2	2	57	1.26
7825622--7825691	10	7.4	9	72	15	52	35	0	4	60	1.17
7826197--7826253	19	2.8	19	80	17	62	43	3	1	50	1.29
7827837--7827890	21	2.6	21	76	5	56	61	1	0	37	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7827835--7827890	27	2.1	27	83	6	69	60	1	0	37	1.07
7829871--7829931	31	2.0	31	90	6	97	37	9	6	45	1.63
7831693--7831735	20	2.1	20	82	4	50	18	6	6	67	1.37
7832353--7832378	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
7839279--7839379	19	5.3	19	70	14	75	59	0	8	31	1.28
7839273--7839381	56	1.9	56	98	0	209	60	0	9	30	1.28
7884264--7884457	16	12.2	15	69	15	72	24	10	0	64	1.28
7884291--7884632	5	63.6	5	67	22	74	24	14	0	60	1.39
7884335--7884371	19	1.9	19	100	0	74	27	5	0	67	1.12
7884325--7884385	29	2.1	29	90	6	97	27	6	0	65	1.17
7884325--7884389	30	2.2	31	89	8	100	27	7	0	64	1.20
7884410--7884484	28	2.7	28	83	8	82	26	12	1	60	1.40
7884465--7884508	23	1.9	22	90	9	70	29	22	0	47	1.51
7884466--7884509	12	3.8	12	77	17	56	27	22	0	50	1.50
7884514--7884577	31	2.1	31	91	5	103	17	17	0	65	1.27
7884598--7884632	11	3.3	11	96	4	63	25	17	0	57	1.40
7884566--7884631	17	3.8	17	82	9	73	28	15	0	56	1.40
7884258--7884681	147	2.9	148	74	14	401	23	12	0	62	1.36
7884258--7884687	148	2.9	146	74	14	393	23	13	0	62	1.36
7884598--7884706	10	10.6	10	75	13	53	25	11	0	63	1.27
7884684--7884738	25	2.2	25	86	0	74	38	7	0	54	1.28
7885872--7885905	18	1.9	17	88	5	50	32	0	14	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7886596--7886658	28	2.2	28	80	8	65	36	17	0	46	1.49
7886613--7886927	112	2.8	111	90	5	494	35	14	0	50	1.43
7886822--7886846	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
7890037--7890204	51	3.2	51	90	5	228	29	23	14	32	1.94
7890078--7890209	58	2.3	58	89	0	201	28	24	14	32	1.94
7892770--7892955	46	4.0	46	89	1	248	22	23	13	40	1.90
7894965--7895013	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
7894971--7895009	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
7894972--7895013	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
7894983--7895058	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
7895256--7895314	30	1.9	31	86	3	84	30	22	1	45	1.62
7897188--7897263	27	2.8	28	75	16	79	56	1	0	42	1.07
7900171--7900202	14	2.3	14	94	0	55	68	6	0	25	1.12
7902835--7902918	29	3.0	27	68	16	64	58	1	3	36	1.23
7903195--7903253	22	2.7	21	77	12	55	40	1	3	54	1.27
7904819--7904862	23	1.9	23	85	0	61	61	2	0	36	1.09
7905333--7905373	9	4.6	9	90	0	55	43	0	4	51	1.23
7908707--7908770	21	3.2	21	68	28	66	45	10	4	39	1.60
7908707--7908788	39	2.1	39	100	0	164	45	10	4	39	1.61
7911555--7911726	93	1.8	93	92	2	292	29	29	19	20	1.97
7911548--7911723	46	3.8	46	76	14	191	30	29	19	20	1.97
7913485--7913666	46	4.0	46	89	1	258	21	22	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7915963--7916071	53	2.1	53	81	5	123	26	14	22	35	1.93
7922018--7922150	49	2.7	50	83	5	164	27	28	17	27	1.97
7922018--7922288	46	5.7	47	80	10	213	26	28	16	28	1.97
7922066--7922288	46	4.8	46	83	7	220	24	29	17	28	1.97
7922018--7922288	92	2.9	92	82	9	282	26	28	16	28	1.97
7922772--7922824	11	4.9	11	79	4	54	33	0	1	64	1.05
7924464--7924676	46	4.6	46	85	0	282	38	13	26	21	1.90
7924660--7924692	16	2.1	16	94	0	57	42	9	30	18	1.81
7924614--7924738	62	2.0	62	85	0	169	41	12	25	20	1.87
7924568--7924783	108	2.0	107	84	2	281	41	13	25	19	1.88
7924676--7924783	46	2.4	45	85	1	135	46	12	22	18	1.83
7929413--7929452	18	2.2	18	86	8	55	22	2	2	72	1.09
7936172--7936201	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
7948063--7948093	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
7948173--7948203	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
7949326--7949410	41	2.1	41	84	2	109	18	3	10	67	1.35
7949906--7949986	29	2.6	31	68	18	78	35	9	3	50	1.53
7964475--7964651	50	3.5	50	88	2	257	35	16	21	26	1.94
7964629--7964799	31	5.5	31	90	0	252	28	19	26	25	1.99
7964805--7964833	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
7964837--7964962	47	2.7	47	83	4	148	29	14	25	30	1.95
7971805--7971921	61	1.9	62	85	1	164	39	17	11	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7972381--7972531	76	2.0	78	85	2	207	41	5	3	50	1.41
7972684--7972731	21	2.3	21	86	10	64	50	0	0	50	1.00
7973952--7974044	48	1.9	48	84	0	123	26	12	19	40	1.88
7974207--7974239	17	1.9	17	100	0	66	48	3	6	42	1.43
7974438--7974469	12	2.7	12	95	0	55	71	6	9	12	1.29
7976618--7976839	87	2.6	87	86	4	297	25	27	15	31	1.96
7976767--7976908	75	1.9	75	80	0	167	27	23	14	33	1.94
7977761--7977845	39	2.2	39	89	4	136	12	21	21	44	1.85
7988266--7988312	18	2.6	18	82	0	58	27	34	10	27	1.90
8000914--8000979	31	2.1	31	83	5	80	39	15	9	36	1.79
8001004--8001079	21	3.3	21	71	25	73	40	1	5	52	1.32
8001015--8001098	25	3.4	25	76	18	104	42	2	5	48	1.40
8001020--8001095	23	3.2	23	76	20	93	39	2	6	51	1.42
8000998--8001095	48	2.0	48	100	0	196	39	2	6	52	1.38
8001019--8001095	21	3.0	28	68	28	89	40	2	6	50	1.42
8001726--8001773	17	2.8	16	78	12	51	70	2	0	27	0.98
8016055--8016154	50	2.0	50	94	0	173	45	11	4	40	1.58
8016433--8016465	12	2.7	13	86	13	52	45	0	0	54	0.99
8018933--8018963	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
8024974--8025018	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
8029567--8029611	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
8036915--8036944	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040859--8041030	47	3.6	48	81	6	179	25	18	29	27	1.98
8040896--8041016	47	2.6	47	89	1	181	25	16	26	31	1.96
8047304--8047352	23	2.1	23	85	7	64	24	2	4	69	1.17
8059479--8059613	40	3.4	39	81	9	134	40	22	17	19	1.91
8059653--8059848	41	4.8	41	92	0	311	19	20	26	32	1.97
8080411--8080468	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
8081627--8081654	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
8082199--8082244	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
8099005--8099097	49	1.9	49	88	2	143	43	33	2	21	1.65
8099205--8099249	21	2.1	21	88	8	65	35	42	0	22	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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