genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82822414--82822570	40	3.9	40	88	0	224	26	29	21	23	1.99
82822427--82822688	40	6.6	41	82	6	220	24	28	21	24	1.99
82822994--82823072	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
82823054--82823156	43	2.4	43	96	0	197	26	34	15	23	1.94
82824901--82824979	37	2.1	37	90	0	122	25	32	18	22	1.97
82825097--82825671	47	12.0	47	92	2	871	29	29	9	32	1.88
82825108--82825671	49	11.8	49	92	4	918	28	29	9	31	1.89
82825097--82825671	96	6.0	97	92	4	911	29	29	9	32	1.88
82830202--82830649	190	2.4	191	81	4	487	32	19	20	27	1.97
82830284--82830713	190	2.3	189	80	4	461	32	19	22	26	1.97
82837059--82837083	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
82836955--82837200	101	2.4	101	86	4	318	26	15	25	31	1.96
82837054--82837144	45	2.0	44	89	2	137	27	15	25	31	1.95
82837102--82837249	56	2.6	56	92	0	233	27	13	23	35	1.92
82839685--82839814	48	2.7	49	82	2	154	26	31	15	26	1.96
82841844--82841873	5	5.8	5	96	4	51	43	0	0	56	0.99
82848365--82848535	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
82848360--82848532	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
82848955--82849014	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
82855885--82856055	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
82855880--82856052	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
82856477--82856536	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82857922--82858152	46	4.8	46	82	11	239	22	25	13	38	1.91
82858030--82858122	30	3.2	30	69	22	99	22	24	17	35	1.95
82858029--82858140	56	2.0	56	100	0	224	23	25	16	35	1.94
82876514--82876538	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
82881584--82881613	15	2.0	15	93	0	51	20	3	20	56	1.56
82883918--82884033	27	4.3	26	81	7	124	37	22	19	19	1.94
82883918--82884033	55	2.2	53	81	6	135	37	22	19	19	1.94
82887861--82887953	44	2.1	46	84	8	120	39	22	4	33	1.74
82887935--82887972	16	2.4	16	90	0	58	34	26	2	36	1.71
82888021--82888086	13	5.1	13	71	0	60	39	16	7	36	1.77
82888019--82888086	26	2.6	25	77	6	73	41	16	7	35	1.76
82891991--82892178	96	2.0	92	81	10	220	43	10	7	38	1.68
82892508--82892543	17	2.1	18	89	5	56	50	2	0	47	1.15
82894198--82894312	41	2.8	41	84	4	142	31	26	16	25	1.96
82898274--82898298	10	2.5	10	100	0	50	52	0	28	20	1.47
82916140--82916325	80	2.3	80	83	9	220	28	27	20	23	1.99
82916142--82916325	40	4.6	40	82	7	196	28	27	21	23	1.99
82917415--82917488	37	2.0	37	100	0	148	35	24	27	13	1.93
82918213--82918244	16	2.0	16	93	0	55	40	12	9	37	1.75
82921418--82921449	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
82927401--82927470	33	2.1	33	97	0	131	38	17	8	35	1.80
82930009--82930087	39	2.0	39	100	0	158	21	10	25	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82933064--82933130	34	1.9	35	90	3	109	34	10	11	43	1.76
82934475--82934544	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
82938803--82938833	6	5.2	6	92	0	53	70	16	12	0	1.16
82943478--82943527	15	3.4	15	86	2	66	10	16	12	62	1.55
82948407--82948464	14	4.1	14	79	16	66	62	0	8	29	1.25
82948396--82948453	29	2.0	29	96	0	107	60	0	10	29	1.30
82948400--82948448	15	3.3	15	75	16	57	61	0	10	28	1.29
82953339--82953382	17	2.5	18	92	3	72	36	34	6	22	1.81
82957216--82957266	22	2.3	22	83	12	61	21	7	3	66	1.34
82958921--82959000	40	2.0	40	95	0	142	27	8	26	37	1.86
82969009--82969193	40	4.7	40	83	7	218	24	22	27	25	2.00
82969009--82969191	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
82969043--82969226	79	2.3	77	80	10	201	27	21	26	25	1.99
82977097--82977281	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
82977097--82977279	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
82977098--82977304	79	2.6	79	80	12	237	25	21	27	25	1.99
82984131--82984190	30	2.0	30	96	0	111	31	10	21	36	1.87
82993721--82993892	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
82993714--82993889	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
82999502--82999610	58	1.9	57	84	5	148	27	16	27	28	1.97
82999490--82999603	29	4.0	29	81	13	121	27	15	27	29	1.96
83005658--83005693	17	2.1	17	89	0	54	52	8	0	38	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83006181--83006231	13	3.8	13	77	12	59	76	1	0	21	0.88
83006181--83006231	26	1.9	26	84	11	68	76	1	0	21	0.88
83009802--83009846	13	3.5	13	80	14	58	75	0	8	15	1.03
83011712--83011764	20	2.7	20	87	0	70	18	33	32	15	1.92
83015525--83015609	29	3.0	29	80	16	106	24	15	31	28	1.95
83030532--83030796	46	5.7	46	70	15	204	30	28	18	22	1.98
83030586--83030748	47	3.5	47	70	17	158	29	28	19	22	1.98
83030541--83030804	93	2.8	94	90	2	426	29	28	19	22	1.98
83041651--83041728	41	1.9	41	100	0	156	44	12	30	11	1.78
83041882--83041947	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
83041899--83041996	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
83041899--83041996	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
83042576--83042780	87	2.3	89	84	3	263	25	21	19	33	1.97
83043079--83043215	41	3.4	40	69	24	117	24	21	24	30	1.99
83042899--83043347	84	5.4	84	84	5	569	26	22	21	30	1.99
83043199--83043340	43	3.3	43	65	19	116	29	22	19	28	1.98
83044300--83044346	18	2.6	18	86	0	67	4	12	0	82	0.80
83044297--83044357	19	3.4	17	76	24	63	4	11	0	83	0.79
83049977--83050023	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
83049994--83050091	19	5.2	19	85	7	137	37	15	10	36	1.81
83049994--83050091	36	2.6	37	83	9	126	37	15	10	36	1.81
83056910--83057034	27	4.7	27	79	8	112	39	24	8	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83056910--83057079	54	3.2	54	78	4	164	40	21	9	28	1.85
83057057--83057501	27	16.5	27	87	0	559	30	20	6	42	1.78
83057029--83057145	54	2.2	54	84	0	144	31	19	9	39	1.84
83057002--83057501	81	6.2	81	85	1	322	31	20	7	40	1.79
83058042--83058118	31	2.5	31	84	0	100	20	16	12	49	1.79
83058042--83058172	6	21.3	6	69	16	63	19	18	14	47	1.83
83058063--83058162	37	2.7	37	85	0	128	20	22	14	44	1.86
83065709--83065856	44	3.4	43	75	13	144	23	19	27	29	1.98
83065711--83065867	43	3.7	42	73	10	131	24	18	26	30	1.98
83066674--83066787	57	2.0	57	94	0	201	25	17	23	33	1.96
83070985--83071056	36	2.0	36	100	0	144	27	16	25	30	1.97
83072533--83072692	43	3.7	42	78	9	164	23	18	26	31	1.98
83081582--83081737	40	3.9	40	82	0	168	21	27	16	34	1.94
83081589--83081737	80	1.9	80	85	2	210	21	28	15	34	1.94
83083690--83083859	63	2.7	63	77	3	153	27	28	18	26	1.98
83085185--83085231	24	1.9	25	82	4	60	38	17	27	17	1.91
83097672--83097726	27	2.0	27	100	0	110	14	10	18	56	1.67
83097737--83097808	24	3.0	24	74	9	76	15	6	8	69	1.35
83106896--83106999	42	2.5	42	90	0	163	34	15	22	27	1.94
83109998--83110027	13	2.2	14	94	5	53	53	13	0	33	1.40
83111861--83111913	25	2.1	26	82	3	63	15	9	7	67	1.39
83113511--83113625	23	4.9	23	81	8	126	35	18	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83113519--83113625	24	4.7	22	78	12	117	36	18	19	25	1.95
83130444--83130975	48	11.0	48	93	1	884	36	6	26	31	1.81
83131124--83131228	37	2.9	37	94	1	176	23	19	31	25	1.98
83133075--83133171	34	2.9	34	95	0	167	27	26	18	26	1.98
83146447--83146533	40	2.2	40	83	4	106	36	34	11	17	1.86
83151451--83151485	15	2.2	16	90	5	54	37	8	2	51	1.47
83155631--83155693	31	2.0	31	96	0	117	36	3	25	34	1.72
83155791--83155843	25	2.1	25	82	0	61	18	7	7	66	1.41
83156446--83156563	36	3.1	37	74	17	118	50	4	3	41	1.38
83165973--83166690	48	14.9	48	94	0	1202	35	6	26	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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