genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78931676--78931725	20	2.5	20	83	6	57	34	8	32	26	1.85
78934819--78934960	69	2.1	69	97	0	266	33	21	20	23	1.97
78934932--78934994	27	2.3	27	83	0	72	20	23	26	28	1.99
78938634--78938711	33	2.4	34	85	8	99	24	12	43	19	1.86
78938882--78938916	12	2.9	12	86	0	52	0	37	31	31	1.58
78940868--78941315	115	3.9	116	93	2	746	51	16	0	31	1.49
78941584--78941660	3	25.3	3	84	7	102	0	32	0	67	0.91
78941584--78941666	32	2.6	33	84	5	107	0	33	0	66	0.92
78941845--78941896	27	1.9	27	92	0	86	17	34	26	21	1.95
78942675--78942724	24	2.2	22	89	7	73	52	8	0	40	1.31
78942654--78942790	36	3.8	37	70	18	99	51	7	1	40	1.39
78942652--78942802	72	2.1	73	93	1	268	49	10	1	38	1.46
78943003--78943070	34	2.0	34	94	0	118	38	14	8	38	1.78
78954912--78954976	31	2.1	31	85	5	87	44	15	15	24	1.85
78955105--78955160	22	2.5	22	91	0	85	46	8	3	41	1.52
78959877--78959912	5	7.2	5	90	9	56	80	2	0	16	0.83
78964908--78964940	13	2.5	14	85	14	52	48	6	6	39	1.53
78964931--78964995	28	2.3	28	86	2	85	47	15	1	35	1.55
78975819--78975896	3	25.3	3	73	19	56	64	1	3	30	1.20
78975819--78975901	12	6.8	12	77	17	75	65	1	3	30	1.17
78975824--78975883	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
78975819--78975896	25	3.0	27	70	19	76	64	1	3	30	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78976739--78976803	21	3.1	21	62	4	51	24	21	23	30	1.99
78976850--78977192	86	4.0	87	86	4	442	20	21	20	37	1.94
78976845--78977202	44	8.2	45	70	11	217	20	21	20	37	1.94
78977331--78977504	88	2.0	86	85	4	233	21	21	20	35	1.96
78985526--78985572	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
78987993--78988134	39	3.5	40	70	19	96	59	6	3	30	1.39
78988372--78988452	3	26.3	3	72	18	53	65	1	3	29	1.17
78988372--78988457	9	9.1	9	74	18	61	66	1	3	29	1.16
78988372--78988433	18	3.3	18	81	14	72	62	1	3	32	1.20
78988370--78988456	25	3.4	27	73	17	78	65	1	3	29	1.16
78988372--78988456	39	2.2	38	80	13	95	65	1	3	29	1.16
78994438--78994495	28	2.1	28	100	0	116	25	15	20	37	1.92
78998576--78998620	3	15.0	3	92	0	72	68	0	28	2	1.01
79002664--79002715	20	2.5	21	78	12	63	48	11	5	34	1.63
79005562--79005621	25	2.4	25	80	0	75	33	20	21	25	1.97
79011626--79011655	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
79011795--79011837	21	2.1	20	83	12	52	32	6	11	48	1.66
79015625--79015663	17	2.3	17	90	0	60	35	7	12	43	1.72
79021044--79021223	49	3.7	49	77	5	177	22	27	21	27	1.99
79021287--79021408	46	2.7	44	83	11	142	25	27	15	31	1.96
79027369--79027418	24	2.1	23	81	3	55	28	16	10	46	1.78
79033585--79033638	19	2.9	18	79	17	58	59	3	1	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79033585--79033640	18	3.1	18	78	19	62	60	3	1	33	1.24
79041628--79041665	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
79041721--79041792	29	2.5	29	97	0	135	33	23	13	29	1.93
79051589--79051814	46	4.9	46	90	1	292	20	23	14	42	1.88
79051744--79051813	21	3.1	21	67	21	61	25	22	10	41	1.85
79055569--79055609	19	2.2	19	100	0	82	29	14	19	36	1.92
79063677--79063720	19	2.3	19	88	4	61	34	11	4	50	1.59
79065070--79065130	32	1.9	32	93	0	104	52	18	3	26	1.60
79065070--79065143	32	2.5	30	85	10	91	52	18	2	25	1.59
79067352--79067405	22	2.5	22	96	0	99	27	9	18	44	1.80
79076405--79076797	178	2.2	177	86	3	538	27	25	17	30	1.97
79089897--79089950	27	2.2	24	83	12	65	61	1	3	33	1.25
79100951--79101039	43	2.0	44	85	8	119	31	7	20	40	1.81
79101534--79101575	21	1.9	23	85	9	61	59	14	0	26	1.35
79106286--79106393	26	4.2	26	93	0	189	33	7	24	35	1.83
79111143--79111232	45	2.0	45	97	0	171	32	2	12	53	1.50
79135313--79135401	43	2.0	44	85	8	119	31	7	20	40	1.81
79135893--79135934	21	1.9	23	85	9	61	59	14	0	26	1.35
79140669--79140776	26	4.2	26	93	0	189	33	7	24	35	1.83
79145536--79145625	45	2.0	45	97	0	171	32	2	12	53	1.50
79149562--79149615	20	2.7	20	78	16	58	44	20	1	33	1.62
79151212--79151259	5	9.4	5	95	4	87	58	0	2	39	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79151437--79151488	20	2.6	20	78	9	61	44	25	0	30	1.54
79156633--79157071	29	15.1	29	84	3	461	37	13	26	22	1.92
79159895--79160528	44	14.0	44	71	8	335	28	21	17	31	1.96
79159901--79160340	89	5.0	88	78	7	379	28	21	17	32	1.96
79159898--79160340	177	2.5	177	82	3	516	28	21	17	32	1.96
79159901--79160344	133	3.3	132	76	7	389	28	22	17	32	1.96
79165807--79165832	9	2.9	9	100	0	52	53	11	0	34	1.37
79165973--79166025	24	2.2	24	83	12	65	64	9	0	26	1.24
79166888--79166941	26	2.0	27	96	3	101	25	3	11	59	1.48
79168263--79168290	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
79168047--79168434	89	4.4	87	84	6	480	32	21	18	27	1.96
79168371--79168513	75	1.9	75	92	0	241	29	23	16	30	1.97
79168368--79168530	75	2.2	75	86	2	238	33	21	17	28	1.96
79168190--79168982	250	3.3	243	80	10	830	33	21	16	28	1.95
79168612--79169135	73	7.0	73	80	6	525	33	22	17	27	1.96
79168612--79169076	147	3.2	146	81	8	537	34	21	16	27	1.95
79174102--79174281	40	4.5	40	83	3	202	28	26	21	23	1.99
79182210--79182401	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
79182181--79182400	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
79193117--79193157	22	2.0	20	85	9	55	58	9	2	29	1.43
79193305--79193357	24	2.2	24	83	12	65	62	9	1	26	1.36
79199381--79199434	3	18.0	3	81	7	65	64	3	3	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79199432--79199460	4	7.2	4	100	0	58	51	0	24	24	1.48
79211457--79211489	10	3.5	10	88	12	52	30	0	0	69	0.88
79213238--79213267	11	2.7	11	94	0	51	63	3	20	13	1.43
79219000--79219053	14	3.8	13	79	13	54	31	3	3	61	1.31
79219000--79219053	21	2.5	20	82	8	54	31	3	3	61	1.31
79218992--79219061	28	2.5	29	79	6	81	31	8	2	57	1.44
79219018--79219061	21	2.1	21	82	0	52	31	4	4	59	1.38
79219596--79219654	28	2.1	28	100	0	118	27	37	22	13	1.91
79222251--79222358	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
79236446--79236523	26	3.0	26	94	0	138	34	24	7	33	1.84
79238382--79238449	23	3.2	21	76	10	66	35	25	22	17	1.95
79238711--79238771	20	3.2	20	69	21	67	42	16	0	40	1.48
79238700--79238774	37	2.0	37	97	0	141	41	16	1	41	1.56
79238700--79238760	17	3.1	21	66	22	60	37	19	1	40	1.62
79238710--79238770	21	3.1	21	68	22	69	40	16	0	42	1.48
79238956--79238991	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
79239418--79239458	16	2.5	17	84	8	57	2	21	0	75	0.92
79239745--79239801	3	19.3	3	76	16	57	64	1	0	33	1.04
79239745--79239802	22	2.8	20	80	14	73	65	1	0	32	1.03
79239752--79239795	23	1.9	23	86	9	63	65	2	0	31	1.05
79241197--79241475	144	1.9	143	97	0	522	32	14	24	28	1.94
79244077--79244121	23	2.0	22	86	4	63	53	33	2	11	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79248952--79249265	46	6.8	46	75	12	320	29	28	19	22	1.98
79248959--79249219	93	2.8	92	92	1	423	29	28	19	22	1.98
79249008--79249174	47	3.6	47	77	13	200	29	27	19	23	1.98
79252017--79252055	15	2.6	15	91	0	69	58	20	12	7	1.58
79251996--79252055	30	2.0	30	87	6	86	56	16	15	11	1.67
79253123--79253155	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
79253979--79254076	32	3.2	32	72	21	118	27	29	20	22	1.98
79253942--79254142	60	3.3	60	90	5	284	28	27	18	24	1.98
79254132--79254177	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97
79257027--79257116	45	2.0	45	97	0	171	46	17	10	25	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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